comparison DFT and x-ray diffraction

[YuraM]

Здравствуйте,
вопрос - как поумнее сравнить геометрию полученную квантовой химией и DFT. Мне необходимо выбрать метод который лучше воспроизводит геометрию рентгеноструктурного анализа.
Первое чи=то пришло на ум -
1. Удалить из xyz файла водороды
2. Рассчитать все уникальные расстояния в молекуле (в тч и несвязанные)
3. Дальше рассчиать mean signed error, mean unsigned error and RMS для все расстояний.
4. Дальше посмотреть DFT метод который дает наименьшие ошибки

Проблема в том, я не помню, должны ли в РСА дальние расстояния (несвязанные) входить с меньшим весом чем короткие? С одинаковой ли долей вероятности происходит рассеяние на длинных и коротких расстояниях?

Про то, что сравнение газовой фазы и кристаллической решетки некорректно - я знаю.

Спасибо заранее!

[amge]

как поумнее сравнить геометрию полученную квантовой химией и DFT. Мне необходимо выбрать метод который лучше воспроизводит геометрию рентгеноструктурного анализа.

Существует стандартный параметр, характеризующий похожесть молекул, RMSD. Это sum(mi*ri**2), где mi - масса атома, ri - расстояние между соответствующими атомами сравниваемых молекул. Некоторая сложность при вычислении этого параметра - сначала молекулы нужно сориентировать так, чтобы он был минимальным. Некоторые программы умеют вычислять RMSD. Если нужно, у меня есть код для этого и скрипты, его реализующие. Наверное, при желании туда можно ввести и веса.

[Darth Vasya]

поумнее сравнить геометрию полученную квантовой химией и DFT ... выбрать метод который лучше воспроизводит геометрию рентгеноструктурного анализа ... Про то, что сравнение газовой фазы и кристаллической решетки некорректно - я знаю.

Ответ, как обычно, содержится в вопросе: либо считайте кристалл (благо структура его вам должна быть известна), либо делайте эксперимент в газовой фазе, иначе "поумнее" не получится

[ИСН]

В РСА рассеяние происходит не на расстояниях. То есть нет причин, чтобы дальние расстояния определялись с худшими сигмами, чем ближние. А так всё ладно.