визуализация результатов MOPAC

вопросы строения молекул и квантовой химии
Ответить
Аватара пользователя
N oxide
Сообщения: 507
Зарегистрирован: Вт ноя 06, 2007 4:01 pm

визуализация результатов MOPAC

Сообщение N oxide » Сб фев 13, 2010 8:58 pm

Уважаемые коллеги!
Кто-нибудь работал с MOPAC, а именно с методом PM6? С помощью чего можно визуализировать конечные файлы?
Перепробовал многое, ничего не подходит. Вроде бы WebMO должен подходить, но такая муторная установка (пока не работает) :(
Если у кого есть опыт, поделитесь пожалуйста. :very_shuffle:

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 2046
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: визуализация результатов MOPAC

Сообщение amge » Пн фев 15, 2010 7:20 am

Здесь смотрели?
http://openmopac.net/resellers.html

Аватара пользователя
N oxide
Сообщения: 507
Зарегистрирован: Вт ноя 06, 2007 4:01 pm

Re: визуализация результатов MOPAC

Сообщение N oxide » Вт фев 16, 2010 7:46 pm

amge писал(а):Здесь смотрели?
http://openmopac.net/resellers.html
Смотрел, конечно не все, но большинство. Увы, с помощью их можно просмотреть только исходные *mop файлы, а не конечные *out и *arc. :(

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 2046
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: визуализация результатов MOPAC

Сообщение amge » Ср фев 17, 2010 10:39 am

Знаю, что molden умеет читать *out и *arc mopac7. Но не факт, что прокатит для MOPAC2009.
openbabel может перевести *out MOPAC2009 в любой другой формат.

Аватара пользователя
EvgeniX
Сообщения: 2780
Зарегистрирован: Пт апр 27, 2007 5:32 am

Re: визуализация результатов MOPAC

Сообщение EvgeniX » Ср фев 17, 2010 11:53 am

amge писал(а):Знаю, что molden умеет читать *out и *arc mopac7. Но не факт, что прокатит для MOPAC2009.
openbabel может перевести *out MOPAC2009 в любой другой формат.
Проверил, не читает.

YuraM
Сообщения: 462
Зарегистрирован: Пн ноя 26, 2007 11:07 pm

Re: визуализация результатов MOPAC

Сообщение YuraM » Пт фев 19, 2010 11:36 am

а что именно надо смотреть? если последнюю геометрию - то есть скрипт, который выдирает последние координаты в xyz file, который можно открыть.
Кто смел тот и съел

Аватара пользователя
N oxide
Сообщения: 507
Зарегистрирован: Вт ноя 06, 2007 4:01 pm

Re: визуализация результатов MOPAC

Сообщение N oxide » Пт фев 19, 2010 12:41 pm

YuraM писал(а):а что именно надо смотреть? если последнюю геометрию - то есть скрипт, который выдирает последние координаты в xyz file, который можно открыть.
Как я уже писал результатом являются файлы *out и *arc. *xyz не выдает :(
В файле *out содержится ход расчетов, а в файле *arc конечный результат. Конечно в них есть координаты атомов, и их можно вставить в любую программу, в которой есть визуализация... Но как быть если присутствуют водородные связи, да и вообще вводить координаты атомов, их заряды и т.д. как-то не с руки :?

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 2046
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: визуализация результатов MOPAC

Сообщение amge » Пт фев 19, 2010 1:52 pm

N oxide писал(а):В файле *out содержится ход расчетов
В out-файле для оптимизации геометрии, вроде, ничего, кроме конечной структуры, и нет такого, что стоило бы визуализировать. А вот если (для MOPAC2009) добавить ключевое слово AUX, то запишется файл огромного размера с расширением .aux. Вот этот файл отлично понимает molden, показывая при этом все точки оптимизации с графиками энергии и градиентов, заряды на атомах и даже орбитали в каждой точке. Может, это решение Вашей проблемы?

Josiah
Сообщения: 114
Зарегистрирован: Сб фев 06, 2010 1:04 pm

Re: визуализация результатов MOPAC

Сообщение Josiah » Пт фев 19, 2010 4:18 pm

gaussview умеет out-ы открывать

avelon
Сообщения: 478
Зарегистрирован: Ср авг 12, 2009 5:09 pm

Re: визуализация результатов MOPAC

Сообщение avelon » Сб фев 20, 2010 5:01 pm

avogadro берет MOPAC. как создает входной файл так и читает выходной, а потом полученну геометрю перегоняешь в нужное для дальнеших расчетов. очень удобно. сам долго искал в чем ауты открывать

Аватара пользователя
N oxide
Сообщения: 507
Зарегистрирован: Вт ноя 06, 2007 4:01 pm

Re: визуализация результатов MOPAC

Сообщение N oxide » Вс фев 21, 2010 2:05 pm

amge писал(а):
N oxide писал(а):В файле *out содержится ход расчетов
В out-файле для оптимизации геометрии, вроде, ничего, кроме конечной структуры, и нет такого, что стоило бы визуализировать. А вот если (для MOPAC2009) добавить ключевое слово AUX, то запишется файл огромного размера с расширением .aux. Вот этот файл отлично понимает molden, показывая при этом все точки оптимизации с графиками энергии и градиентов, заряды на атомах и даже орбитали в каждой точке. Может, это решение Вашей проблемы?
Спасибо за совет обязательно попробую :)
Josiah писал(а):gaussview умеет out-ы открывать
От MOPAC2009 увы не умеет...
avelon писал(а):avogadro берет MOPAC. как создает входной файл так и читает выходной, а потом полученну геометрю перегоняешь в нужное для дальнеших расчетов. очень удобно. сам долго искал в чем ауты открывать
Понятно, надо поробывать. Если можно дайте ссылку? (если не очень лиц...я, то в личку) :)

avelon
Сообщения: 478
Зарегистрирован: Ср авг 12, 2009 5:09 pm

Re: визуализация результатов MOPAC

Сообщение avelon » Вс фев 21, 2010 2:29 pm

avogadro - это Open source проект. вот ссылка http://avogadro.openmolecules.net/wiki/Main_Page

YuraM
Сообщения: 462
Зарегистрирован: Пн ноя 26, 2007 11:07 pm

Re: визуализация результатов MOPAC

Сообщение YuraM » Пн фев 22, 2010 11:33 am

скрипт на python выдирающий последние координаты из mopac. только расширение на *py смените.
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.
Кто смел тот и съел

ambivalentno
Сообщения: 97
Зарегистрирован: Ср апр 08, 2009 12:36 am

Re: визуализация результатов MOPAC

Сообщение ambivalentno » Ср мар 10, 2010 5:04 pm

Возмите опенбабель и конвертните в любой формат, просмотрие в любом просмотрщике.
http://openbabel.org

Аватара пользователя
Yurii
Сообщения: 682
Зарегистрирован: Сб авг 11, 2007 1:59 am

Re: визуализация результатов MOPAC

Сообщение Yurii » Ср мар 10, 2010 5:42 pm

ambivalentno писал(а):Возмите опенбабель и конвертните в любой формат, просмотрие в любом просмотрщике.
Осторожней с этим бабелем: помнится, при переходе на страницу загрузки он, гад, атаковал у меня порты.
прозвище "Фабержé" легендарный разведчик Дроздов получил за свое уникальное умение работать с информацией, добывать ее и превращать в драгоценность высшей пробы.

Cherep
Сообщения: 23476
Зарегистрирован: Чт окт 30, 2003 9:22 am

Re: визуализация результатов MOPAC

Сообщение Cherep » Вс мар 14, 2010 11:44 am

<offtopic>
babel небось на sourceforge лежит, а его могли хакнуть.
сайт гауссиана тож могли бы хакнуть, но там столько народа не тусуется
</offtopic>

Ответить

Вернуться в «квантовая химия и моделирование»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 5 гостей