Gaussian Oniom

[Josiah]

объясните дурню, что такое ONIOM в гауссиане. И каково назначение этих слоев

[VTur]

Пример. Есть большая молекула - белок или что-то такое. Известно его примерное строение и примерное место связывания, сайт. Или просто в нём есть интересный кусок. Строите молекулу из фрагментов в какой-либо рисовалке. Мысленно разбиваете молекулу на куски. Допустим на три вложенных сферы и интересный кусок в самой внутренней. Те части, что никакой роли не играют, рассчитываете молмеханикой. Если арифмометр хороший, типа Вы из МГУ, то полуэмпирикой. Ту часть, что примыкает к инетересному куску - полуэмпирикой, Хартри с Фоком, или DFT с FMM. Интересный кусок с помощью хорошего метода.

[EvgeniX]

Пример.

А примеров в виде gjf случайно нет?

[VTur]

Своих примеров нет, так как арифмометр слабый. Вот гауссиановские

1.rar

[Josiah]

Здорово. мне нравится. а есть ли простой способ задания неоптимизируемых параметров из gaussview? Я так полагаю со слоями такого не сделаешь, ибо все равно каким-то методом оптимизировать кусок он будет. у меня цель создать подложку из металла. подложку я оптимизирую, а потом, допустим, в окружении каких-то молекул мне нужно, чтобы он ее не пересчитывал. пытался через constants задавать, но gaussian кучу ошибок выдает.

[VTur]

... пытался через constants задавать, но gaussian кучу ошибок выдает.

Файл прикрепите.
Можно ещё морозить координаты. Почитаёте Opt, в нём ModRedundant и F. Там и примеры есть.

[VTur]

а есть ли простой способ задания неоптимизируемых параметров из gaussview?

Edit->Atom List, там можно и морозить и слои задавать. Либо Edit->Red... Coord... морозить.

[Josiah]

преогромнейшее Вам спасибо!

[Darth Vasya]

Аййййй, больно читать! Забудьте про гауссиан, если действительно нужно - используйте человеческий QM:MM типа CPMD:GROMACS, GAMESS:GROMACS (там и ониом ваш есть тоже), NWChem, на худой конец...

http://en.wikipedia.org/wiki/Law_of_the_hammer

[Josiah]

а gaussian-то чем не угодил?

[Darth Vasya]

Медленный, кривой, дорогой.

[Yurii]

Медленный, кривой, дорогой.

Я вот выложил тут входной файл для расчета (420 тяжелых атомов, симметрия s6): среднее время расчета одной точеи на i7 860 6 часов, сходимость быстрая, жрет памяти всего 20 с небольшим гигов, винт не бьет (сборка гауссиана моя). Что лучше можете предложить?

[Josiah]

А молекулярную орбиталь я могу увидеть в Gaussview?

[Josiah]

А, все, вспомнил. это был крик души