Добрый день,
кто-либо считал RI-MP2 в Priroda?
Мне хотелось бы посчитать SP RI-MP2/basis4.in /L2 для моей молекулы -
| Dimension of wavefunction basis 2545
| Dimension of auxiliary basis 5484
448 electrons
Это реально на одной ноде с 8 ядрами и 16/32 Gb RAM?
Кто-либо считал что-либо подобное? Есть какие-нибудь советы? предложения?
RI-MP2 in Priroda
RI-MP2 in Priroda
Кто смел тот и съел
Re: RI-MP2 in Priroda
Вычислительные затраты методов в ПРИРОДе:
1) PBE/3ζ, Оптимизация, сканирование, расчёт энергии (идеальная корреляция R~0.999)
ОЗУ, всего - 3∙10^-9∙x^3 + 2∙10^-5∙x^2 + 1.8∙10^-2∙x + 2.5
Диск, всего - 10^-4∙x^2 + 2.264∙10^-1∙x
2) PBE/3ζ, Гессиан (идеальная корреляция R~0.999)
ОЗУ, всего - 2∙10^-9∙x^3 + 4∙10^-5∙x^2 + 4.15∙10^-2∙x + 1.6
Диск, всего - 4∙10^-7∙x^3 + 5∙10^-4∙x^-2 + 2.114∙10^-1∙x + 3.5
3) Хим. сдвиги ЯМР (плохая корреляция)
ОЗУ, всего - 9∙10^-8∙x^3 – 2∙10^-4∙x^2 + 3.088∙10^-1∙x
Диск, всего - 8∙10^-5∙x^2 + 2.723∙10^-1∙x
4) RI-MP2/Λ1 (релятив.) (удовлетворительная зависимость), Оптимизация, сканирование, расчёт энергии, direct-scf
ОЗУ, всего - 10^-5∙x^3 – 4.6∙10^-3∙x^2 + 1.8458∙10^-1∙x – 138.7
Диск, всего - 10^-8∙x^4 + 2∙10^-6∙x^3 + 1.51∙10^-2∙x^2 – 1.744∙10^-1∙x – 198.0
5) RI-MP2/Λ2 (релятив.), Оптимизация, сканирование, расчёт энергии (удовлетворительная зависимость), direct-scf
ОЗУ, всего - 10^-4∙x^4 + 3∙10^-6∙x^3 – 1.9∙10^-3∙x^2 + 1.442∙10^-1∙x – 127.8
Диск, всего - 2∙10^-11∙x^5 – 10^-7∙x^4 + 3∙10^-4∙x^3 – 1.9898∙10^-1∙x^2 + 7.6254∙10^-1∙x – 9598.1
x - размер основного базиса
затраты получаются в Мегабайтах
PS: Это приблизительные данные, более подробные и точные остались дома,если надо - посмотрю
(у меня база данных по статистике затрат в ПРИРОДЕ забита в SQLite, примерно > 2000 расчётов разными методами).
PPS: Включение Conventional SCF уменьшает затраты ОЗУ в 3 раза, но увеличивает время расчёта в 10 раз.
1) PBE/3ζ, Оптимизация, сканирование, расчёт энергии (идеальная корреляция R~0.999)
ОЗУ, всего - 3∙10^-9∙x^3 + 2∙10^-5∙x^2 + 1.8∙10^-2∙x + 2.5
Диск, всего - 10^-4∙x^2 + 2.264∙10^-1∙x
2) PBE/3ζ, Гессиан (идеальная корреляция R~0.999)
ОЗУ, всего - 2∙10^-9∙x^3 + 4∙10^-5∙x^2 + 4.15∙10^-2∙x + 1.6
Диск, всего - 4∙10^-7∙x^3 + 5∙10^-4∙x^-2 + 2.114∙10^-1∙x + 3.5
3) Хим. сдвиги ЯМР (плохая корреляция)
ОЗУ, всего - 9∙10^-8∙x^3 – 2∙10^-4∙x^2 + 3.088∙10^-1∙x
Диск, всего - 8∙10^-5∙x^2 + 2.723∙10^-1∙x
4) RI-MP2/Λ1 (релятив.) (удовлетворительная зависимость), Оптимизация, сканирование, расчёт энергии, direct-scf
ОЗУ, всего - 10^-5∙x^3 – 4.6∙10^-3∙x^2 + 1.8458∙10^-1∙x – 138.7
Диск, всего - 10^-8∙x^4 + 2∙10^-6∙x^3 + 1.51∙10^-2∙x^2 – 1.744∙10^-1∙x – 198.0
5) RI-MP2/Λ2 (релятив.), Оптимизация, сканирование, расчёт энергии (удовлетворительная зависимость), direct-scf
ОЗУ, всего - 10^-4∙x^4 + 3∙10^-6∙x^3 – 1.9∙10^-3∙x^2 + 1.442∙10^-1∙x – 127.8
Диск, всего - 2∙10^-11∙x^5 – 10^-7∙x^4 + 3∙10^-4∙x^3 – 1.9898∙10^-1∙x^2 + 7.6254∙10^-1∙x – 9598.1
x - размер основного базиса
затраты получаются в Мегабайтах
PS: Это приблизительные данные, более подробные и точные остались дома,если надо - посмотрю
(у меня база данных по статистике затрат в ПРИРОДЕ забита в SQLite, примерно > 2000 расчётов разными методами).
PPS: Включение Conventional SCF уменьшает затраты ОЗУ в 3 раза, но увеличивает время расчёта в 10 раз.
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.
Re: RI-MP2 in Priroda
EvgeniX, спасибо большое за статистику! Полезные данные.
YuraM, сам я в riMP2 практически не считал, но по отзывам коллеги, геометрия в L1 и L2 практически одинакова (поэтому он бросил считать в L2, считает в L1) (это для нерелятивистских базисов).
Сам я такое (одинаковость геометрий и в нерелятивистских и в ненерелятивистских L1 и L2) многократно наблюдал для DFT. Поэтому тоже обычно оптимизирую в L1 и затем энергию в L22. Отсюда совет: оптимизируйте сначала в L1, а затем в L2 (оптимизация или точечный расчет), получится в большинстве случаев быстрее.
YuraM, сам я в riMP2 практически не считал, но по отзывам коллеги, геометрия в L1 и L2 практически одинакова (поэтому он бросил считать в L2, считает в L1) (это для нерелятивистских базисов).
Сам я такое (одинаковость геометрий и в нерелятивистских и в ненерелятивистских L1 и L2) многократно наблюдал для DFT. Поэтому тоже обычно оптимизирую в L1 и затем энергию в L22. Отсюда совет: оптимизируйте сначала в L1, а затем в L2 (оптимизация или точечный расчет), получится в большинстве случаев быстрее.
Re: RI-MP2 in Priroda
EvgeniX, скажите, пожалуйста, а есть ли корреляция затрат памяти с количеством базисных функций, взятых из расчетов в разных базисах? Если такая корреляция имеется, то можно написать программку, которая для данной брутто-формулы будет вычислять количество базисных функций для различных базисов и по Вашим формулам оценивать затраты для разных методов.
И еще вопрос: для riDFT (с функционалами типа B3LYP или PBE0) у Вас нет данных?
И еще вопрос: для riDFT (с функционалами типа B3LYP или PBE0) у Вас нет данных?
Re: RI-MP2 in Priroda
Да не за что, решил просто поделится.amge писал(а):EvgeniX, спасибо большое за статистику! Полезные данные.
На счёт "взятых из расчетов в разных базисах" точно не помню, но вроде корреляция очень плохая, решил на попозже оставить. Ещё ограничение - изучал только расчёты закрытых систем (по идее открытые системы в пару раз затратнее).amge писал(а):EvgeniX, скажите, пожалуйста, а есть ли корреляция затрат памяти с количеством базисных функций, взятых из расчетов в разных базисах? Если такая корреляция имеется, то можно написать программку, которая для данной брутто-формулы будет вычислять количество базисных функций для различных базисов и по Вашим формулам оценивать затраты для разных методов.
На счёт программы такая идея была. Всё изначально и планировалось, для лучше планировки расчётов на кластерах.
RI-DFT вообще не использовал, от силы пару расчётов провёл (медленно слишком, по сравнению с ПРИРОДным чистым DFT, и затраты памяти сильно выше).amge писал(а):И еще вопрос: для riDFT (с функционалами типа B3LYP или PBE0) у Вас нет данных?
PS: Пока просто не до этой темы было, выложил сырые результаты...
Re: RI-MP2 in Priroda
2 EvgeniX:
По PBE/3z, могу добавить несколько точек к Вашим кривым по гессиану (на случай если Вы до таких размеров не дотягивались - на Ваших рисунках их нет)
ф-ций: 3000, память: 465 573 Кб; диск: 9 403 157 Кб
ф-ций: 3380, память: 593 640 Кб; диск: 13 872 670 Кб
ф-ций: 3500, память: 631 795 Кб; диск: 13 999 446 Кб
ф-ций: 3745, память: 738 779 Кб; диск: 19 264 498 Кб
ф-ций: 4500, память: 1 021 981 Кб; диск: 27 124 902 Кб
ф-ций: 5100, память: 1 347 874 Кб; диск: 42 179 995 Кб
По PBE/3z, могу добавить несколько точек к Вашим кривым по гессиану (на случай если Вы до таких размеров не дотягивались - на Ваших рисунках их нет)
ф-ций: 3000, память: 465 573 Кб; диск: 9 403 157 Кб
ф-ций: 3380, память: 593 640 Кб; диск: 13 872 670 Кб
ф-ций: 3500, память: 631 795 Кб; диск: 13 999 446 Кб
ф-ций: 3745, память: 738 779 Кб; диск: 19 264 498 Кб
ф-ций: 4500, память: 1 021 981 Кб; диск: 27 124 902 Кб
ф-ций: 5100, память: 1 347 874 Кб; диск: 42 179 995 Кб
А.П.
Кто сейчас на конференции
Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 25 гостей