how to restart hessian in Gamess US ?

[Roverandom]

вопрос простой и глупый, пробовал по мануалу, скопировать в .инп последнюю $виб группу из аута, но выдаёт ошибку.
трёх отведённых на расчет дней ему не хватило, а терпеть ещё 3 дня что-то не охота. (лимит в 3 дня перекочевал в .инп гессиана из файла оптимизации структуры - уж её-то перезапустить легко)

[VTur]

приколачивайте *.inp, запустим на своих машинках

[alxyppv]

вопрос простой и глупый, пробовал по мануалу, скопировать в .инп последнюю $виб группу из аута, но выдаёт ошибку.

На всякий случай - а Вы группу $vib "закрыли" при помощи $end?

[Maksym]

$VIB group (relevant for RUNTYP=HESSIAN, METHOD=NUMERIC)

Formatted card image -restart- data. This data is
read in the format it was punched by a previous HESSIAN
job to the file IRCDATA. Just add a " $END" card, and if
the final gradient was punched as zero, delete the last
set of data.

Попробуйте cкопировать группу из файла IRCDATA (в рабочей папке).
ЗЫ мануал от Firefly

[EvgeniX]

$VIB group (relevant for RUNTYP=HESSIAN, METHOD=NUMERIC)

А там вообще точно численный расчёт гессиана (когда энергия для каждой деформации сохраняется)? Может там аналитический расчёт (продолжить никак не получится)?

[Maksym]

$FORCE group

(optional, relevant for RUNTYP=HESSIAN,OPTIMIZE,SADPOINT)

This group controls the computation of the hessian
matrix (the energy second derivative tensor, also known
as the force constant matrix), and an optional harmonic
vibrational analysis. This can be a very time consuming
calculation. However, given the force constant matrix,
the vibrational analysis for an isotopically substituted
molecule is very cheap. Related input is HESS= in
$STATPT, and the $MASS, $HESS, $GRAD, $DIPDR, $VIB groups.

METHOD = chooses the computational method.
= ANALYTIC is implemented only for SCFTYPs RHF,
ROHF, and GVB (when NPAIR is 0 or 1).
This is the default for these cases.
= NUMERIC is the default for all other cases:
UHF, MCSCF, and all MP2 or CI runs.

[Roverandom]

$end закрыл конечно, но, видимо, либо не ту $vib скопировал, либо не так вставил( мануалы к обоим gamess'ам у меня есть, (просто когда пробовал запускать firefly, комп перезагружался сразу, и теперь отступать с US не могу), а папки скрэч и темп уже успел почистить( чтобы попробовать перезапустить
метод seminum стоит - "аналитик" вообще ошику даёт сразу
так, что ещё по-существу...

приколачивайте *.inp, запустим на своих машинках

предложение слишком заманчивое, чтобы отказываться, но злоупотреблять гостеприимством не хочу Х_х расчеты идут в диплом, а статей у меня новых пока не будет - заканчиваю диплом и иду в аспиру, поэтому даже элементарно отблагодарить совместной статьёй может не получиться, либо не скоро ^_^
задача такая, вкраце, как вы мне подсказали с термодинамикой - теперь хочу пересчитать 2 изомера, подняв уровень теории до TZV2d3p B3LYP, может соотношение изомеров всё-таки сойдётся к чему-то интересному. (структуры в 2 циклогексильных кольца, пример на аватарке, только двойная связь на мостике)
и хочу посчитать два продукта конденсации + с последующей дегидратацией на 6-31dp (но это уже 4 циклогексильных кольца :*( ), что бы хоть как-то оценить, что происходит с этим кетоном
PS: прошу прощения за путанность, нервишки пошаливают...

[Roverandom]

и уж тогда, не знаю, поможет ли это, но цепляю гессиан-файлы по первому продукту конденсации
***Hess - первый расчет гессиана, длившийся 3 дня
***Hess2 - новый инпут и с EXETYP=check и .аут к нему - явно напортачено

[VTur]

Нужно подгружать всю группу $vib, а не только последний расчет.
Сколько Вам даётся времени, можно ли его увеличить?
Если нет, нужно выбрать другую стратегию.

[amge]

Уважаемый Roverandom! Вопрос на засыпку .
А проводили ли Вы конформационный анализ своего соединения?

Дело в том, что я попробовал это сделать, и для того диастереомера, который был в Вашем инпуте, нашлось 60 конформеров (и еще 47 для другого диастереомера). Вчера поставил оптимизацию их по DFT, и уже получились три конформера, более стабильных, чем Ваш (~ на 1 ккал). Судя по тому, что Вы пытаетесь увеличивать базис, ловите Вы уже доли килокалории. Оправдана ли эта работа для, возможно (вероятно?), не самого стабильного конформера? Кроме того, если речь идет о термодинамике, нужно учитывать вклад всех конформеров близкой энергии (а они есть, и между ними, несомненно, возможны быстрые переходы).

[Roverandom]

нет( говоря проще, расставлял все на глаз, стараясь дать атомам как можно больше пространства, и нарисовал все кольца в креслах. И расчет всех конформеров на своём ноуте все равно не потяну даже 24/7.
1. как вы проводили конформационный анализ? а то я сижу соображаю, но кресло-ванна-полукресло... так много у меня в голове не укладывается, чтобы 60.
(фу, нет, всё, всё утро просидел, пытаясь что-то сообразить... зеро) давайте объясняйте или ткните носом, куда глядеть
2. "уже получилось"... Х_х у меня каждая структура от суток суток идёт. Прелюбопытнейше взглянуть на ваши файлы. Пожалуйста!

[Roverandom]

Нужно подгружать всю группу $vib, а не только последний расчет.
Сколько Вам даётся времени, можно ли его увеличить?
Если нет, нужно выбрать другую стратегию.

времени - месяц до диплома ))тогда $vib, как я поняло, копируется из рабочих файлов в temp и scratch

[amge]

как вы проводили конформационный анализ?

Вот здесь у меня об этом рассказано.

у меня каждая структура от суток суток идёт.

Рискуя вызвать комментарии истинных квантовиков , предложу все же, пока не поздно, перейти на расчет в pure DFT Природой. В Вашей системе нет ничего такого, что могло бы дать существенно различные результаты в зависимости от метода расчета. Для подобных систем, как я многократно убеждался, в B3LYP (GAMESS) и в PBE (Природа) получается, по большому счету, все то же самое. Но в последнем случае в сотни раз быстрее.

Прелюбопытнейше взглянуть на ваши файлы.

Прикладываю архив со структурами, которые к настоящему моменту посчитались (43 шт.). Они рассортированы по энергии. Ваша структура там 8-я. Но их нужно внимательно просмотреть и разбросать по диастереомерам. Попробуйте взять самую первую и посчитать своим методом, будет ли она стабильнее. Вдруг все же я был не прав, предполагая, что для Вашей системы B3LYP и PBE дадут примерно одно и то же.

[VTur]

Аффтар молчит. $vib берётся из или IRCDATA, или из *.irc, или подобных.

amge дело говорит. Обычно структур дофигинщенко и выбор оптимальной есть дело далеко не научное.

[Roverandom]

Аффтар молчит.

Дык, прочитал, потупился и молчу...)
Изучаю сайт amge, скачал файлы для природы, попробую подружиться с этой программой. Если она действительно даёт настолько 0_о ощутимый прирост скорости - есть надежда успеть не просто всё пересчитать, но и сделать это правильно, т.е. со всеми нужными конформерами. (тут если будут вопросы, задавать буду уже в другой теме) Лишь бы запустилась вообще, в отличие от PCGAMESSЮ который у меня не пошёл (
{я же как прочитал

А проводили ли Вы конформационный анализ своего соединения?

сразу в осадок выпал, смолистый такой тёмный осадок, попробую перекристаллизовать свой мозг}
соответственно, gamess перезапускать, по крайнее мере пока, не имеет смысла.
Domo Arigato за помощь!!!