Расчёт переходного состояния в Gamess

вопросы строения молекул и квантовой химии
o-oxhem
Сообщения: 425
Зарегистрирован: Вт июл 08, 2008 10:33 pm

Re: Расчёт переходного состояния в Gamess

Сообщение o-oxhem » Ср сен 15, 2010 4:43 pm

Код: Выделить всё

 $CONTRL scftyp=rhf runtyp=sadpoint dfttyp=b3lyp1 maxit=100
 NZVAR=93 $end
 $zmat dlc=.t. auto=.t. $end 
 $statpt METHOD=GDIIS  nstep=300 hess=read hssend=.t. $end
 
Значит, хочется отметить - Вы считаете на FF. Значит, имеет смысл применить:
1) METHOD=GDIIS
2) $zmat dlc=.t. auto=.t. $end + NZVAR=93

Выше приведены строки, подвергнутые исправлению.
Хороший гессиан, хорошие координаты, хорошее начальное приближение для стр-ры=гарантированно хороший результат

Аватара пользователя
molkee
Сообщения: 85
Зарегистрирован: Вс сен 20, 2009 2:18 pm

Re: Расчёт переходного состояния в Gamess

Сообщение molkee » Ср сен 15, 2010 4:54 pm

И еще: может кто-нибудь искал ПС исходя из минимума? По мануалу gamess это возможно с помощью method=conopt и ifolow. Для меня это был бы наиболее подходящий вариант, т.к я знаю частоту(ее номер), которая должна стать мнимой в ПС.

o-oxhem
Сообщения: 425
Зарегистрирован: Вт июл 08, 2008 10:33 pm

Re: Расчёт переходного состояния в Gamess

Сообщение o-oxhem » Ср сен 15, 2010 5:26 pm

Можно искать и из локального минимума, в т.ч. методом экстремального градиента, например, GAMESS-US.
Но временные затраты возрастут в разы (~5 -10 для определенности, может больше). Лучший путь (наиболее экономный) : совместить глазомер химика, сканирование по интерсным координам, поиск ПС. Можно и QST2, QST3 начальные структуры поискать.

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 2021
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: Расчёт переходного состояния в Gamess

Сообщение amge » Чт сен 16, 2010 12:22 pm

molkee писал(а):amge, выложите, пож-та, z-матрицу, которую вы использовали в вашем расчете.
Использовал те координаты, которые Вы выложили (не z-матрицу). Оптимизация основного и двух переходных состояний DFT/PBE/L22 дала следующее:

Код: Выделить всё

 11
 Energy -264.67358334  Symmetry Cs  
  N   1.287000   0.597000   0.000000
  C   0.063000   1.132000   0.000000
  C   1.045000  -0.760000   0.000000
  C  -0.316000  -1.006000   0.000000
  N  -0.948000   0.224000   0.000000
  H  -0.180000   2.193000   0.000000
  H  -0.899000  -1.922000   0.000000
  H   1.863000  -1.483000   0.000000
  C  -2.394000   0.582000   0.000000
  H  -2.817000   0.039000   0.877000
  H  -2.817000   0.039000  -0.877000
 11
 Energy -264.67641409
  N   1.528657   0.472917   0.023408
  C   0.296410   1.019348   0.008603
  C   1.284773  -0.869011  -0.011545
  C  -0.084589  -1.120507  -0.029233
  N  -0.721667   0.104504  -0.014410
  H   0.084111   2.086495   0.026824
  H  -0.660775  -2.041114  -0.012896
  H   2.094290  -1.600189  -0.021141
  C  -2.149671   0.333245   0.095298
  H  -2.314713   1.393930  -0.176002
  H  -2.634954  -0.273467  -0.694010      
 11
 Energy -264.67289098   Symmetry Cs       
 N    0.570000  -0.950800   0.000000      
 C   -0.451600  -0.091900   0.000000      
 C   -0.046300  -2.184100   0.000000      
 C   -1.421600  -2.032200   0.000000      
 N   -1.682700  -0.684000   0.000000      
 H   -0.364700   0.994100   0.000000      
 H   -2.254200  -2.728900   0.000000      
 H    0.531700  -3.108500   0.000000      
 C   -3.053800  -0.091700   0.000000
 H   -3.058900   0.596400  -0.877000
 H   -3.058900   0.596400   0.877000
molkee писал(а):Это,скорее всего, из-за того, что вы использовали другой базис.
При переходе к базису существенно более высокого уровня L22 (аналог cc-pCVTZ) природа стационарных точек не поменялась. Поэтому дело скорее всего не в базисе, в функционале.

Попробовал еще найти стационарные точки Вашего аниона, добавив к нему противоион К+ (DFT/PBE/L1). "90-градусная" конформация стала выгоднее. Поэтому у Вас при добавлении противоиона природа стационарных точек, возможно, поменяется.

Код: Выделить всё

 12
 Energy -864.35974003   Symmetry Cs
 N    1.30600000   0.57300000   0.00000000
 C    0.10500000   1.13100000   0.00000000
 C    1.05000000  -0.77800000   0.00000000
 C   -0.31100000  -1.01300000   0.00000000
 N   -0.92300000   0.22700000   0.00000000
 H   -0.08400000   2.20600000   0.00000000
 H   -0.90300000  -1.92500000   0.00000000
 H    1.85700000  -1.51200000   0.00000000
 C   -2.36500000   0.51900000   0.00000000
 H   -2.80700000   0.02400000   0.88600000
 H   -2.80700000   0.02400000  -0.88600000
 K   -2.89200000   3.20100000   0.00000000
 12
 Energy -864.36909855
 N   -2.34339224   1.46462724  -0.55441113
 C   -1.42390290   2.29661856  -1.06392963
 C   -2.85309697   2.13935111   0.52426052
 C   -2.22908373   3.37648262   0.66193374
 N   -1.28624526   3.46013088  -0.34726090
 H   -0.80132347   2.09286958  -1.93602311
 H   -2.35770237   4.18788436   1.37600300
 H   -3.66982390   1.73156931   1.12028298
 C   -0.11134594   4.33093418  -0.34942575
 H    0.24637039   4.41482345  -1.38897811
 H   -0.42092992   5.33079774  -0.00575422
 K    0.40045433   2.06775597   1.22273361
 12
 Energy -864.35789673   Symmetry Cs
 N    0.68410000  -0.86420000   0.00000000
 C   -0.35240000  -0.03720000   0.00000000
 C    0.12370000  -2.11910000   0.00000000
 C   -1.25460000  -2.02730000   0.00000000
 N   -1.56280000  -0.68110000   0.00000000
 H   -0.30110000   1.05170000   0.00000000
 H   -2.03270000  -2.78820000   0.00000000
 H    0.73610000  -3.02100000   0.00000000
 C   -2.90140000  -0.06530000   0.00000000
 H   -2.96490000   0.59590000  -0.88600000
 H   -2.96490000   0.59590000   0.88600000
 K   -4.96990000  -1.84290000   0.00000000

Аватара пользователя
molkee
Сообщения: 85
Зарегистрирован: Вс сен 20, 2009 2:18 pm

Re: Расчёт переходного состояния в Gamess

Сообщение molkee » Чт сен 16, 2010 4:19 pm

Код: Выделить всё

  N   1.287000   0.597000   0.000000
  C   0.063000   1.132000   0.000000
  C   1.045000  -0.760000   0.000000
  C  -0.316000  -1.006000   0.000000
  N  -0.948000   0.224000   0.000000
  H  -0.180000   2.193000   0.000000
  H  -0.899000  -1.922000   0.000000
  H   1.863000  -1.483000   0.000000
  C  -2.394000   0.582000   0.000000
  H  -2.817000   0.039000   0.877000
  H  -2.817000   0.039000  -0.877000
amge, Вы что-то перепутали. Скорее всего, Вы не полностью скопировали мою структуру. У меня ионная пара, а не просто анион.
33 атома. Теперь понятно, почему так быстро считалось и откуда вылезли 90 градусов.А я то думаю... :)

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 2021
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: Расчёт переходного состояния в Gamess

Сообщение amge » Пт сен 17, 2010 12:22 pm

molkee писал(а):amge, Вы что-то перепутали. Скорее всего, Вы не полностью скопировали мою структуру. У меня ионная пара, а не просто анион. 33 атома.
Точно. Вот конфуз то :oops:
У меня для вращения NCH3 получилось такое ПС (высота барьера 1.1 ккал):

Код: Выделить всё

 33
 Energy -1383.90035939
 N   -2.47560795   1.63788338  -0.50039577
 C   -1.24994077   2.13006431  -0.74469875
 C   -3.21385008   2.57070492   0.20769748
 C   -2.40581263   3.65668037   0.40093352
 N   -1.19374259   3.36127331  -0.20003291
 H   -0.40425117   1.64683306  -1.32045639
 H   -2.58517302   4.59741321   0.91112093
 H   -4.23745988   2.38400617   0.51515564
 C   -0.01090532   4.22783188  -0.26523112
 H   -0.22488676   5.15505065   0.28100875
 H    0.84740733   3.71751487   0.19201461
 H    0.22188854   4.45802271  -1.31375321
 C   -2.95072201   0.32498187  -0.99180838
 H   -3.50398586  -0.15164663  -0.16691211
 H   -2.04372411  -0.25903268  -1.23148174
 C   -3.80621007   0.45771810  -2.25337144
 H   -4.71926959   1.04603346  -2.04597862
 H   -3.21912756   1.00165846  -3.01325146
 C   -4.17562624  -0.92695076  -2.80173257
 H   -3.24104283  -1.48321774  -2.99019641
 H   -4.73895525  -1.49158566  -2.03584055
 C   -4.99888342  -0.83871732  -4.09055149
 H   -5.94411484  -0.29343633  -3.92835257
 H   -4.43570865  -0.31379009  -4.87944647
 H   -5.24927283  -1.84260090  -4.46801474
 S    0.65532459  -0.07410770  -2.97959021
 O    1.83444353  -0.85179853  -3.36272251
 O    0.93658514   1.17663991  -2.19138520
 O   -0.52836350  -0.82156308  -2.47951408
 C    0.01892633   0.65075127  -4.60889279
 F    0.95841563   1.40144649  -5.22087657
 F   -0.37263317  -0.31814259  -5.46229956
 F   -1.06360598   1.45933060  -4.38074627
Попробуйте его в качестве исходного.

Аватара пользователя
molkee
Сообщения: 85
Зарегистрирован: Вс сен 20, 2009 2:18 pm

Re: Расчёт переходного состояния в Gamess

Сообщение molkee » Пт сен 17, 2010 1:42 pm

Точно. Вот конфуз то
Да ничего страшного.
Поменяв method,вчера увидел-таки заветное 'saddle point located', жду гессиана.
высота барьера 1.1 ккал
Исходя из того, что получил я, высота барьера около 5 кдж, что почти совпадает с Вашими данными. Но честно говоря, я ожидал меньших величин. Для таких случаев (волчок соединен с жестким циклом) вращение можно считать почти свободным.Видимо, сильно влияет анион.

VTur
Сообщения: 7357
Зарегистрирован: Пт авг 31, 2007 1:36 pm

Re: Расчёт переходного состояния в Gamess

Сообщение VTur » Пт сен 17, 2010 9:27 pm

DFT занижает барьер (чем меньше базис, тем больше занижает) - Ваш базис ещё ничего, а то есть такие публикации. МР2 в таком базисе завышает барьер.
После отстоя требуйте долива

Чеширский кот
Сообщения: 14
Зарегистрирован: Пт дек 07, 2012 1:45 pm

Re: Расчёт переходного состояния в Gamess

Сообщение Чеширский кот » Пт дек 07, 2012 2:28 pm

Лучше не буду создавать новых тем, а спрошу здесь. Пожалуйста, прошу помочь всех сталкивающихся с данной проблемой, возникающей при SADPOINT. Ситуация в целом похожа на проблему Avelonа viewtopic.php?f=71&t=65762&start=20

В моем случае это органические соединения, различные производные одного класса (с выбором базисов разберусь позже, сейчас просто для проверки считаю в 3-21G). Шапка следующая:
$CONTRL SCFTYP=RHF RUNTYP=SADPOINT MULT=1 UNITS=ANGS ICHARG=-2 $END
$SYSTEM TIMLIM=1000 MEMORY=90000000 $END
$BASIS GBASIS=N21 NGAUSS=3 $END
$SCF DIRSCF=.T. DIIS=.T. $END
$ZMAT DLC=.t. AUTO=.t. $END
$DFT DFTTYP=B3PW91 $END
$statpt method=GDIIS nstep=2000 HESS=CALC opttol=0.00001 $END

При расчетах происходит вылет со следующими словами:

Вариант1

NONZERO BLOCKS
ITER EX DEM TOTAL ENERGY E CHANGE DENSITY CHANGE ORB. GRAD INTEGRALS SKIPPED
---------------START SECOND ORDER SCF---------------
1 0 0 -1248.315574171 -1248.315574171 0.001218078 0.000525060 301060817 156343838
SOSCF IS SCALING ROTATION ANGLE MATRIX, SQCDF= 503.029514
SOSCF IS SCALING ROTATION ANGLE MATRIX, DXMAX= 4.203942
2 1 0 -855.230600950 393.084973221 0.372498798 22.016330877 173853622 170285843
SOSCF IS SCALING ROTATION ANGLE MATRIX, SQCDF= 0.106537
SOSCF IS SCALING ROTATION ANGLE MATRIX, DXMAX= 4.198435
3 2 0 -854.962006760 0.268594189 0.620213739 22.172362427 286227240 158139363
4 3 0 -853.658269730 1.303737031 0.398195463 22.335352521 291427793 157432294
SOSCF IS SCALING ROTATION ANGLE MATRIX, SQCDF= 4.720934
SOSCF IS SCALING ROTATION ANGLE MATRIX, DXMAX= 4.132550
5 4 0 -855.129447080 -1.471177351 0.330881091 22.217631146 285743998 158118295
SOSCF IS SCALING ROTATION ANGLE MATRIX, SQCDF= 2.618164
SOSCF IS SCALING ROTATION ANGLE MATRIX, DXMAX= 4.144891
6 5 0 -856.423191378 -1.293744298 0.226868230 22.085414235 289921538 157717759
SOSCF IS SCALING ROTATION ANGLE MATRIX, SQCDF= 0.478266
SOSCF IS SCALING ROTATION ANGLE MATRIX, DXMAX= 4.085913
7 6 0 -856.752858880 -0.329667502 0.257199102 21.972102247 289466933 157846792
SOSCF IS SCALING ROTATION ANGLE MATRIX, SQCDF= 138.426792
SOSCF IS SCALING ROTATION ANGLE MATRIX, DXMAX= 4.088891
8 7 0 -856.661059275 0.091799606 0.426608455 21.817636068 295655416 157105735
SOSCF IS SCALING ROTATION ANGLE MATRIX, SQCDF= 2.599397
SOSCF IS SCALING ROTATION ANGLE MATRIX, DXMAX= 3.939393
9 8 0 -855.961154791 0.699904483 0.599824674 21.657260678 300121152 156529917
SOSCF IS SCALING ROTATION ANGLE MATRIX, SQCDF= 2.576234
SOSCF IS SCALING ROTATION ANGLE MATRIX, DXMAX= 3.867633
10 9 0 -854.412104037 1.549050754 0.794805762 21.482721855 304168408 156028665
SOSCF IS SCALING ROTATION ANGLE MATRIX, SQCDF= 8.359131
SOSCF IS SCALING ROTATION ANGLE MATRIX, DXMAX= 3.855985
11 10 0 -852.517083567 1.895020470 1.076698346 21.254723587 307552384 155613737
SOSCF IS SCALING ROTATION ANGLE MATRIX, SQCDF= 2.579377
SOSCF IS SCALING ROTATION ANGLE MATRIX, DXMAX= 3.788467
12 11 0 -850.484773404 2.032310163 1.407383834 21.780537125 309919398 155330325
SOSCF IS SCALING ROTATION ANGLE MATRIX, SQCDF= 201.854777
SOSCF IS SCALING ROTATION ANGLE MATRIX, DXMAX= 3.790550
13 12 0 -848.517115303 1.967658101 1.579529513 23.466553352 313557997 154888852
SOSCF IS SCALING ROTATION ANGLE MATRIX, SQCDF= 117.916376
SOSCF IS SCALING ROTATION ANGLE MATRIX, DXMAX= 3.795696
14 13 0 -846.622270402 1.894844901 1.680595216 25.234299759 314973136 154709587
SOSCF IS SCALING ROTATION ANGLE MATRIX, SQCDF= 1.523653
SOSCF IS SCALING ROTATION ANGLE MATRIX, DXMAX= 3.778422
15 14 0 -844.958156010 1.664114392 2.051202705 26.975713280 315849933 154590234
SOSCF ENCOUNTERS A SERIOUS PROBLEM IN -SONEWT-
THE ROTATION ANGLE VECTOR HAS A HUGE NORM, SQCDF= 7.138E+04
REEXAMINE STARTING VECTORS, APPROPRIATENESS OF YOUR SCFTYP, ETC...


Вариант 2
NONZERO BLOCKS
ITER EX DEM TOTAL ENERGY E CHANGE DENSITY CHANGE ORB. GRAD INTEGRALS SKIPPED
1 0 0 36400.066054782 36400.066054782 58.859547503 0.000000000 1389350298 765776277
2 1 0 2383.997101665-34016.068953117 65.403657987 9.274819959 1389223554 765808317
3 2 0100716.217359528 98332.220257864 65.388976117 44.401747348 1392952383 765179682
FSF: fatal error no. 0x00020017 in sub READREC on unit 10


Вариант 3
NONZERO BLOCKS
ITER EX DEM TOTAL ENERGY E CHANGE DENSITY CHANGE ORB. GRAD INTEGRALS SKIPPED
1 0 0 -2610.710044168 -2610.710044168 0.506167168 0.000000000 -1 79155561
---------------START SECOND ORDER SCF---------------
2 1 0 -2616.960954403 -6.250910235 0.729511914 0.079922853 -1 92492419
3 2 0 -2617.449619624 -0.488665220 2.028067596 0.110415609 771265936 186037231
4 3 0 -2617.958670902 -0.509051278 17.606309930 0.086581723 412472897 196783200
5 4 0 -2626.014168945 -8.055498043 97.769849657 4.850141392 -1 81634159
SOSCF IS SCALING ROTATION ANGLE MATRIX, SQCDF= 9.815651
SOSCF IS SCALING ROTATION ANGLE MATRIX, DXMAX= 7.030366
6 5 0 -2437.264099681 188.750069264 87.912320745 59.964365144 1009652478 -1
SOSCF IS SCALING ROTATION ANGLE MATRIX, SQCDF= 3.766801
SOSCF IS SCALING ROTATION ANGLE MATRIX, DXMAX= 7.021714
7 6 0 -2597.385941046 -160.121841366 262.422879200 60.227785440 1573520703 -1
SOSCF IS SCALING ROTATION ANGLE MATRIX, SQCDF= 0.734442
SOSCF IS SCALING ROTATION ANGLE MATRIX, DXMAX= 6.983126
8 7 0 -3285.118345691 -687.732404645 377.004075358 591.211802884 -1 -1
SOSCF IS SCALING ROTATION ANGLE MATRIX, SQCDF= 2.728035
SOSCF IS SCALING ROTATION ANGLE MATRIX, DXMAX= 6.991088
9 8 0 -1617.439342894 1667.679002797 217.5400274541468.072056560 -1 -1
SOSCF IS SCALING ROTATION ANGLE MATRIX, SQCDF= 2.226259
SOSCF IS SCALING ROTATION ANGLE MATRIX, DXMAX= 6.970105
10 9 0 -2911.251727714 -1293.812384820 246.1061527855100.510441210 -1 -1
SOSCF IS SCALING ROTATION ANGLE MATRIX, SQCDF= 14.003616
SOSCF IS SCALING ROTATION ANGLE MATRIX, DXMAX= 6.961475
11 10 0 4194.499119323 7105.750847037 290.4348505965363.247966698 -1 -1
SOSCF IS SCALING ROTATION ANGLE MATRIX, SQCDF= 2.063083
SOSCF IS SCALING ROTATION ANGLE MATRIX, DXMAX= 6.976165
12 11 0 18829.107563109 14634.608443785 119.7111069502879.899637653 -1 -1
SOSCF IS SCALING ROTATION ANGLE MATRIX, DXMAX= 2.323194
13 12 0 31100.548460760 12271.440897651 240.9616150114057.097117145 -1 -1
SOSCF IS SCALING ROTATION ANGLE MATRIX, SQCDF= 46.501962
SOSCF IS SCALING ROTATION ANGLE MATRIX, DXMAX= 6.960216
14 13 0-48644.366303465-79744.914764225 224.8515825603312.212788524 -1 -1
SOSCF IS SCALING ROTATION ANGLE MATRIX, SQCDF= 6.024019
SOSCF IS SCALING ROTATION ANGLE MATRIX, DXMAX= 7.012757
15 14 0-67787.606329552-19143.240026087 229.0683377267038.873708950 -1 -1
SOSCF IS SCALING ROTATION ANGLE MATRIX, SQCDF= 15.311106
SOSCF IS SCALING ROTATION ANGLE MATRIX, DXMAX= 6.557322
16 15 0-50899.868995449 16887.737334103 268.2876024125167.326191995 -1 -1
SOSCF IS SCALING ROTATION ANGLE MATRIX, SQCDF= 86.592094
SOSCF IS SCALING ROTATION ANGLE MATRIX, DXMAX= 6.236156
17 16 0 2285.283970983 53185.152966433 216.4528598073263.977434578 -1 -1
SOSCF IS SCALING ROTATION ANGLE MATRIX, SQCDF= 459.395842
SOSCF IS SCALING ROTATION ANGLE MATRIX, DXMAX= 6.106121
18 17 0-13984.866039232-16270.150010215 201.1024248223206.901497637 -1 -1
SOSCF IS SCALING ROTATION ANGLE MATRIX, SQCDF= 220.808169
SOSCF IS SCALING ROTATION ANGLE MATRIX, DXMAX= 6.543690
19 18 0****************-92269.340540788 231.3827936264564.793493094 -1 -1
SOSCF IS SCALING ROTATION ANGLE MATRIX, SQCDF= 262.706889
SOSCF IS SCALING ROTATION ANGLE MATRIX, DXMAX= 6.212088
20 19 0****************-36873.126004724 147.0367139488937.663126458 -1 -1
SOSCF ENCOUNTERS A SERIOUS PROBLEM IN -SONEWT-
THE ROTATION ANGLE VECTOR HAS A HUGE NORM, SQCDF= 3.145E+03
REEXAMINE STARTING VECTORS, APPROPRIATENESS OF YOUR SCFTYP, ETC...



Похоже, что проблема с алгоритмами сходимости, нужно попробовать другие критерии? Пару итераций FF делает, а вот дальше все непонятно. В теме Avelonа вроде бы ни к каким выводам не пришли.

Аватара пользователя
sanya1024
Сообщения: 1668
Зарегистрирован: Чт янв 20, 2011 3:24 pm

Re: Расчёт переходного состояния в Gamess

Сообщение sanya1024 » Пт дек 07, 2012 4:24 pm

Поставьте $SCF soscf=.f. $END -- и все.
Вот и вся моя работа. Стеречь ребят над пропастью во ржи. (Дж. Д. Сэлинджер)

AlfiaY
Сообщения: 8
Зарегистрирован: Пн янв 28, 2013 8:53 am

Re: Расчёт переходного состояния в Gamess

Сообщение AlfiaY » Вт окт 22, 2013 4:58 pm

Здравствуйте уважаемые пользователи форума!
Пытаюсь найти переходное состояние (седловую точку) в Gamess. Встаю в предполагаемое переходное состояние, ставлю runtyp=sadpoint. При этом все возвращается к минимуму, нет сообщения saddle point located. В чем может быть причина?

Аватара пользователя
sanya1024
Сообщения: 1668
Зарегистрирован: Чт янв 20, 2011 3:24 pm

Re: Расчёт переходного состояния в Gamess

Сообщение sanya1024 » Вт окт 22, 2013 6:21 pm

Показывайте инпут.
Вот и вся моя работа. Стеречь ребят над пропастью во ржи. (Дж. Д. Сэлинджер)

AlfiaY
Сообщения: 8
Зарегистрирован: Пн янв 28, 2013 8:53 am

Re: Расчёт переходного состояния в Gamess

Сообщение AlfiaY » Вт окт 22, 2013 8:20 pm

sadp.txt
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.

Аватара пользователя
sanya1024
Сообщения: 1668
Зарегистрирован: Чт янв 20, 2011 3:24 pm

Re: Расчёт переходного состояния в Gamess

Сообщение sanya1024 » Вт окт 22, 2013 9:31 pm

Первая рекомендация: обязательно $SCF DIRSCF=.T. $END -- здорово сэкономите на дисковых операциях чтения-записи и -- в конечном итоге -- на покупке нового диска взамен запиленного вусмерть.
Вторая рекомендация: COORD=unique + $ZMAT DLC=.t. AUTO=.t. $END -- это для того, чтобы все оптимизации шли в делокализованных внутренних координатах, а не в координатах довольно произвольно заданной z-матрицы. При этом спокойно можно задавать декартовы координаты атомов -- и Вам легче.
На всякий случай добавьте в $STATPT IFOLOW=1 (хотя по дефолту это так и есть) -- означает увеличивать энергию вдоль 1-й моды (не считая 3 трансляций и 3 вращений). Еще на всякий случай добавьте STPT=.t. Из мануала: flag to indicate whether the initial geometry is considered a stationary point. If .true. the initial geometry will be perturbed by a step along the IFOLOW normal mode with stepsize STSTEP. HESS=read -- дефолт для RUNTYP=SADPOINT, так что это можно не ставить.

Теперь вопросы: (1) Какая получилась мнимая частота в Вашем гессиане? в идеале, конечно, посмотреть выдачу, где считались частоты. Соответствует ли эта частота предполагаемому переходному состоянию?
(2) Вы уверены, что программа правильно поняла, что runtyp у нас sadpoint? Тут хорошо бы посмотреть ту выдачу, к-рая приводила у Вас к минимуму вместо переходного состояния.

Так что теперь давайте выдачу с гессианом и ту выдачу, где расчет сходился к минимуму.
Вот и вся моя работа. Стеречь ребят над пропастью во ржи. (Дж. Д. Сэлинджер)

AlfiaY
Сообщения: 8
Зарегистрирован: Пн янв 28, 2013 8:53 am

Re: Расчёт переходного состояния в Gamess

Сообщение AlfiaY » Ср окт 23, 2013 7:34 am

sanya1024 писал(а):
Так что теперь давайте выдачу с гессианом и ту выдачу, где расчет сходился к минимуму.
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 2021
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: Расчёт переходного состояния в Gamess

Сообщение amge » Ср окт 23, 2013 7:56 am

AlfiaY писал(а):Пытаюсь найти переходное состояние (седловую точку) в Gamess. Встаю в предполагаемое переходное состояние, ставлю runtyp=sadpoint. При этом все возвращается к минимуму, нет сообщения saddle point located. В чем может быть причина?
Вы замахнулись на весьма и весьма сложную задачу.
В дополнение к советам от sanya1024:
- для начала максимально упростите систему, оставив только принципиально важные фрагменты. Я бы заменил одно бензольное кольцо двойной связью, а фенил - атомом водорода. Потом, когда и если ПС на простой системе будет найдено, можно будет аккуратно навесить недостающее обратно и использовать в качестве начального приближения. Практика показывает, что обычно ключевые черты ПС от подобных замен не меняются.
- если в ПС имеется существенное разделение заряда, то нужно использовать сольватацию. То, что Вы взяли в качестве начального приближения - вполне себе цвиттер-ион, и если ПС действительно такое, то найти его без сольватации - дохлый номер. Чтобы избежать цвиттер-ионность, можно пробовать заменить воду гидроксилом.
- и наконец (на самом деле это д.б. первым) поищите в литературе. Если реакция в принципе считабельна, то ее, скорее всего уже считали. И даже если в SI не будет координат ПС, ключевые черты можно воссоздать по картинке.

На всякий случай, чтобы публика представляла, а чем речь, прикладываю структуру Вашего начального приближения
sadp.xyz
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.

AlfiaY
Сообщения: 8
Зарегистрирован: Пн янв 28, 2013 8:53 am

Re: Расчёт переходного состояния в Gamess

Сообщение AlfiaY » Ср окт 23, 2013 8:05 am

Спасибо большое!буду пробовать!

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 2021
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: Расчёт переходного состояния в Gamess

Сообщение amge » Ср окт 23, 2013 8:14 am

Кстати, на всякий случай нарисуйте, пожалуйста, схему реакции. И уверены ли Вы, что это одностадийная реакция?

AlfiaY
Сообщения: 8
Зарегистрирован: Пн янв 28, 2013 8:53 am

Re: Расчёт переходного состояния в Gamess

Сообщение AlfiaY » Ср окт 23, 2013 8:57 am

amge писал(а):Кстати, на всякий случай нарисуйте, пожалуйста, схему реакции. И уверены ли Вы, что это одностадийная реакция?
Вообще пытаюсь смоделировать реакцию обрыва цепи при поликонденсации подифениленфталида(для простоты взяли 3-хлор-3-фенилфталилиден). Происходит гидролиз псевдохлорангидридной группы, вследствие образуются неактивные кислотные концы. Мы предположили, что реакция идет так
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13055
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Расчёт переходного состояния в Gamess

Сообщение Гесс » Ср окт 23, 2013 10:17 am

Возможно я несу бред, но нести добро и возмездие я пока не научился:

Глядя на картинку amge у меня возникает впечатление что моделируется первая стадия схемы: приход воды с расщеплением C-O связи. В центре пентакоординированный углерод, но мне очень сильно ненравится то что расщепляемый C-O там аксиальный, а входящая вода - экваториальная. Насколько меня учили такая фигня может реализовываться для соединений кремния, а для углерода вход-выход должны быть оба аксиальными. Вообщем - если мы идем последовательно - не лучше ли поменять хлор и воду местами.
Потом я еще раз посмотрел на картинку и решил спросить: А не хотим ли мы все сразу: вода приходит и при этом без образования второй структуры со схемы сразу выбивает хлор. В этом случае надо имхо проворачивать фенилкарбоксил так чтоб кислород стал на место воды. Ну а воду соответственно убирать в противоположную вершину бипирамиды.

Ответить

Вернуться в «квантовая химия и моделирование»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 10 гостей