)Недавно столкнулся со следующей проблемой. Мне необходимо рассчитать параметры геометрической конфигурации изолированной молекулы полиэтилена (длина цепочки C21H44) при разных значениях деформации самой цепочки молекулы. В дальнейшем по данной конфигурации молекулы будут рассчитаны спектры ИК и Рамана.
Я начал с того что с оптимизировал конфигурацию молекулы методом Хартри-Фока Г 3.21. И рассчитал спектры.
И вот, что меня смутило:
1) я попробовал растянуть молекулу с помощью метода молекулярной механики ММ2, увеличив валентный угол ССС.
2) я попробовал растянуть молекулу с помощью метода молекулярной механики ММ2, увеличив валентный угол ССС. И затем рассчитал оптимальную конфигурацию методом Хартри-Фока Г 3.21.
(Также я пробовал задать растяжение молекулы путем увеличения длин связей СС).
В обоих случаях меня смущает следующее - при растяжении молекулы меняются параметры = валентный угол ССС, HСH, длины СС и СH связей. Они действительно по расчетам меняются, но меняются не верно (я имею в виду не численно, они меняются в неверном направлении. То есть одно должно увеличиваться, а оно уменьшается и наоборот). Количественная оценка частот спектров естественно не совпадает с реальными спектрами, но трудность не в этом.
Вопрос: может мне кто-нибудь подсказать как правильно растягивать молекулу в программе ChemOffice?
