HyperChem. Задание координат в декартовой системе координат.

вопросы строения молекул и квантовой химии
etzell
Сообщения: 139
Зарегистрирован: Пн май 10, 2010 12:55 pm

HyperChem. Задание координат в декартовой системе координат.

Сообщение etzell » Вт сен 14, 2010 2:47 pm

Хотелось задать следующий вопрос. В Аdf можно импортировать файл с координатами, чтобы не рисовать молекулу. Вроде бы в Hyperchem также есть функция "import" координат с расширением .ext Только я вот понять не могу как там оформляются задание координат атомов? Стандартное задание с перечислением химических элементов с символами не проходит.. В мануале тоже не нашел описание.

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 1900
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: HyperChem. Задание координат в декартовой системе коорди

Сообщение amge » Ср сен 15, 2010 9:56 am

С Hyperchem никогда не работал, но наиболее стандартный xyz-формат начинается со строки с количеством атомов, затем строка для комментариев и дальше собственно атомы с координатами (в ангстремах). Например, аммиак:

Код: Выделить всё

 4
 Energy -56.50972563
 N  -0.00000133   0.05880466   0.00000335
 H   0.00000721  -0.27237891   0.96147250
 H   0.83266887  -0.27231595  -0.48076268
 H  -0.83265759  -0.27235753  -0.48074638
Если не пробовали так, то попробуйте.

etzell
Сообщения: 139
Зарегистрирован: Пн май 10, 2010 12:55 pm

Re: HyperChem. Задание координат в декартовой системе коорди

Сообщение etzell » Ср сен 15, 2010 3:17 pm

Там только импорт идет файлов .ext и так стандартно я задавал, все равно не идет.

Аватара пользователя
EvgeniX
Сообщения: 2762
Зарегистрирован: Пт апр 27, 2007 5:32 am

Re: HyperChem. Задание координат в декартовой системе коорди

Сообщение EvgeniX » Ср сен 15, 2010 3:50 pm

etzell писал(а):Там только импорт идет файлов .ext и так стандартно я задавал, все равно не идет.
А экспорт в ext идёт?

etzell
Сообщения: 139
Зарегистрирован: Пн май 10, 2010 12:55 pm

Re: HyperChem. Задание координат в декартовой системе коорди

Сообщение etzell » Ср сен 15, 2010 4:17 pm

Думаю да. Понятно, что надо тестовое задание вывести в оут файле и глянуть как там координаты зададутся) Но хотелось бы услышать ответ от тех, кто работал с этой программой.

Аватара пользователя
EvgeniX
Сообщения: 2762
Зарегистрирован: Пт апр 27, 2007 5:32 am

Re: HyperChem. Задание координат в декартовой системе коорди

Сообщение EvgeniX » Ср сен 15, 2010 9:11 pm

etzell писал(а):Думаю да. Понятно, что надо тестовое задание вывести в оут файле и глянуть как там координаты зададутся) Но хотелось бы услышать ответ от тех, кто работал с этой программой.
С ней мало кто работал, а кто работает, тот мало что руками умеет делать.

etzell
Сообщения: 139
Зарегистрирован: Пн май 10, 2010 12:55 pm

Re: HyperChem. Задание координат в декартовой системе коорди

Сообщение etzell » Сб сен 18, 2010 5:23 pm

Неужели никто не работал с данной программой?)

Marxist

Re: HyperChem. Задание координат в декартовой системе коорди

Сообщение Marxist » Сб сен 18, 2010 5:27 pm

А в чём проблема нарисовать молекулу? Это ж пара минут

etzell
Сообщения: 139
Зарегистрирован: Пн май 10, 2010 12:55 pm

Re: HyperChem. Задание координат в декартовой системе коорди

Сообщение etzell » Сб сен 18, 2010 9:24 pm

Нарисовать да. Но хотелось задать молекулу уже в оптимизированной геометрии... Другими словами у меня есть исходные данные в декартовых координатах( координаты атомов молекулы). Вот нужно построить молекулы именно в этой геометрии, чтобы просчитать спектр. Мне известно, что там можно построить электронный спектр поглощения и флуоресценции.
Вот в чем вопрос.

Marxist

Re: HyperChem. Задание координат в декартовой системе коорди

Сообщение Marxist » Сб сен 18, 2010 9:41 pm

Рисуете молекулу и оптимизируете геометрию. Вообще-то так всегда делают.

etzell
Сообщения: 139
Зарегистрирован: Пн май 10, 2010 12:55 pm

Re: HyperChem. Задание координат в декартовой системе коорди

Сообщение etzell » Вс сен 19, 2010 8:03 am

В этой программе методы оптимизации достаточно слабы, особенно методы ab initio. Поэтому вопрос актуален

Marxist

Re: HyperChem. Задание координат в декартовой системе коорди

Сообщение Marxist » Вс сен 19, 2010 12:30 pm

Вы собираетесь оптимизировать нарисованную молекулу ab initio? Месье знает толк в извращениях

etzell
Сообщения: 139
Зарегистрирован: Пн май 10, 2010 12:55 pm

Re: HyperChem. Задание координат в декартовой системе коорди

Сообщение etzell » Вс сен 19, 2010 2:04 pm

Да, собираюсь и делаю уже. Мы исследуем ППЭ. Замечено, что полуэмпирика имеет свои недочеты. На кластере это делается достаточно быстро в зависимости от метода и выбранного базиса.

Marxist

Re: HyperChem. Задание координат в декартовой системе коорди

Сообщение Marxist » Вс сен 19, 2010 2:15 pm

Когда вы рисуете молекулу, её геометрия не имеет отношения к реальности. Для того, чтобы получить разумную стартовую геометрию для ab initio, надо сначала оптимизировать молмеханикой, которая хотя бы длины связей поправит и валентные углы, а затем полуэмпирикой. Зачем тратить время?

etzell
Сообщения: 139
Зарегистрирован: Пн май 10, 2010 12:55 pm

Re: HyperChem. Задание координат в декартовой системе коорди

Сообщение etzell » Вс сен 19, 2010 2:26 pm

Хорошее замечание) Обычно у меня уходит 3-4 часа на оптимизацию методом DFT B3LYP в базисе AVTZ.

VTur
Сообщения: 7360
Зарегистрирован: Пт авг 31, 2007 1:36 pm

Re: HyperChem. Задание координат в декартовой системе коорди

Сообщение VTur » Вс сен 19, 2010 4:35 pm

etzell писал(а):Неужели никто не работал с данной программой?)
Не охота разворачивать заново. Когда-то развернул, посмотрел, понял, что фуфло, удалил.
Она хороша для обучения. В этих целях мы её и используем, но сейчас реже - появились нормальные смотрелки для ГАМЕСС. Для научных расчетов пользоваться ей просто странно.
После отстоя требуйте долива

etzell
Сообщения: 139
Зарегистрирован: Пн май 10, 2010 12:55 pm

Re: HyperChem. Задание координат в декартовой системе коорди

Сообщение etzell » Вс сен 19, 2010 5:19 pm

Да и Гаммес фуфло, если так сказать. Сейчас Molpro и Gaussian дают более точные ответы.

Аватара пользователя
EvgeniX
Сообщения: 2762
Зарегистрирован: Пт апр 27, 2007 5:32 am

Re: HyperChem. Задание координат в декартовой системе коорди

Сообщение EvgeniX » Вс сен 19, 2010 6:00 pm

Вообще-то, все эти программы примерно с одинаковой точностью считают. А уж в каких приближениях и как кто проводит расчёт, это только от него самого зависит.

Но использование HyperChem это однозначный признак непрофессионализма. Это примерно как квантовую химию в виртуальной java-машине на мобильном телефоне считать, когда есть предназначенные для этого персональные компьютеры.

etzell
Сообщения: 139
Зарегистрирован: Пн май 10, 2010 12:55 pm

Re: HyperChem. Задание координат в декартовой системе коорди

Сообщение etzell » Вс сен 19, 2010 7:02 pm

Cпасибо за совет) Программу я только поставил HyperChem и как понимаю сразу удалю. А вот Gamess явно уступает в точности Molpro, в расчетах и в возможностях самое главное. Тут наверно дело даже в возможностях, а не в точности расчета. В Molpro включены более современные методы DFT и ab initio, если говорить о последних версиях. Хотя спорить не буду.

VTur
Сообщения: 7360
Зарегистрирован: Пт авг 31, 2007 1:36 pm

Re: HyperChem. Задание координат в декартовой системе коорди

Сообщение VTur » Вс сен 19, 2010 9:26 pm

etzell писал(а): А вот Gamess явно уступает в точности Molpro, в расчетах и в возможностях самое главное. Тут наверно дело даже в возможностях, а не в точности расчета. В Molpro включены более современные методы DFT и ab initio, если говорить о последних версиях.
В FireFly нужно считать MPn и HF. Он для этого предназначен. DFT в FireFly'е взято из NWChem, но результаты один в один ГАУССИАН. В ГАМЕССе лучше сделны ангармонизмы - сами авторы теории делали и очень большая гибкость настроек.
А точность расчетов зависит от установок. Никогда не запускайте с установками по-умолчанию. Они предназначены для очень больших молекул.
Последний раз редактировалось VTur Вс сен 19, 2010 9:32 pm, всего редактировалось 1 раз.
После отстоя требуйте долива

Ответить

Вернуться в «квантовая химия и моделирование»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: Google [Bot] и 3 гостя