HyperChem. Задание координат в декартовой системе координат.

[etzell]

Хотелось задать следующий вопрос. В Аdf можно импортировать файл с координатами, чтобы не рисовать молекулу. Вроде бы в Hyperchem также есть функция "import" координат с расширением .ext Только я вот понять не могу как там оформляются задание координат атомов? Стандартное задание с перечислением химических элементов с символами не проходит.. В мануале тоже не нашел описание.

[amge]

С Hyperchem никогда не работал, но наиболее стандартный xyz-формат начинается со строки с количеством атомов, затем строка для комментариев и дальше собственно атомы с координатами (в ангстремах). Например, аммиак:

Код: Выделить всё

 4
 Energy -56.50972563
 N  -0.00000133   0.05880466   0.00000335
 H   0.00000721  -0.27237891   0.96147250
 H   0.83266887  -0.27231595  -0.48076268
 H  -0.83265759  -0.27235753  -0.48074638

Если не пробовали так, то попробуйте.

[etzell]

Там только импорт идет файлов .ext и так стандартно я задавал, все равно не идет.

[EvgeniX]

Там только импорт идет файлов .ext и так стандартно я задавал, все равно не идет.

А экспорт в ext идёт?

[etzell]

Думаю да. Понятно, что надо тестовое задание вывести в оут файле и глянуть как там координаты зададутся) Но хотелось бы услышать ответ от тех, кто работал с этой программой.

[EvgeniX]

Думаю да. Понятно, что надо тестовое задание вывести в оут файле и глянуть как там координаты зададутся) Но хотелось бы услышать ответ от тех, кто работал с этой программой.

С ней мало кто работал, а кто работает, тот мало что руками умеет делать.

[etzell]

Неужели никто не работал с данной программой?)

[Marxist]

А в чём проблема нарисовать молекулу? Это ж пара минут

[etzell]

Нарисовать да. Но хотелось задать молекулу уже в оптимизированной геометрии... Другими словами у меня есть исходные данные в декартовых координатах( координаты атомов молекулы). Вот нужно построить молекулы именно в этой геометрии, чтобы просчитать спектр. Мне известно, что там можно построить электронный спектр поглощения и флуоресценции.
Вот в чем вопрос.

[Marxist]

Рисуете молекулу и оптимизируете геометрию. Вообще-то так всегда делают.

[etzell]

В этой программе методы оптимизации достаточно слабы, особенно методы ab initio. Поэтому вопрос актуален

[Marxist]

Вы собираетесь оптимизировать нарисованную молекулу ab initio? Месье знает толк в извращениях

[etzell]

Да, собираюсь и делаю уже. Мы исследуем ППЭ. Замечено, что полуэмпирика имеет свои недочеты. На кластере это делается достаточно быстро в зависимости от метода и выбранного базиса.

[Marxist]

Когда вы рисуете молекулу, её геометрия не имеет отношения к реальности. Для того, чтобы получить разумную стартовую геометрию для ab initio, надо сначала оптимизировать молмеханикой, которая хотя бы длины связей поправит и валентные углы, а затем полуэмпирикой. Зачем тратить время?

[etzell]

Хорошее замечание) Обычно у меня уходит 3-4 часа на оптимизацию методом DFT B3LYP в базисе AVTZ.

[VTur]

Неужели никто не работал с данной программой?)

Не охота разворачивать заново. Когда-то развернул, посмотрел, понял, что фуфло, удалил.
Она хороша для обучения. В этих целях мы её и используем, но сейчас реже - появились нормальные смотрелки для ГАМЕСС. Для научных расчетов пользоваться ей просто странно.

[etzell]

Да и Гаммес фуфло, если так сказать. Сейчас Molpro и Gaussian дают более точные ответы.

[EvgeniX]

Вообще-то, все эти программы примерно с одинаковой точностью считают. А уж в каких приближениях и как кто проводит расчёт, это только от него самого зависит.

Но использование HyperChem это однозначный признак непрофессионализма. Это примерно как квантовую химию в виртуальной java-машине на мобильном телефоне считать, когда есть предназначенные для этого персональные компьютеры.

[etzell]

Cпасибо за совет) Программу я только поставил HyperChem и как понимаю сразу удалю. А вот Gamess явно уступает в точности Molpro, в расчетах и в возможностях самое главное. Тут наверно дело даже в возможностях, а не в точности расчета. В Molpro включены более современные методы DFT и ab initio, если говорить о последних версиях. Хотя спорить не буду.

[VTur]

А вот Gamess явно уступает в точности Molpro, в расчетах и в возможностях самое главное. Тут наверно дело даже в возможностях, а не в точности расчета. В Molpro включены более современные методы DFT и ab initio, если говорить о последних версиях.

В FireFly нужно считать MPn и HF. Он для этого предназначен. DFT в FireFly'е взято из NWChem, но результаты один в один ГАУССИАН. В ГАМЕССе лучше сделны ангармонизмы - сами авторы теории делали и очень большая гибкость настроек.
А точность расчетов зависит от установок. Никогда не запускайте с установками по-умолчанию. Они предназначены для очень больших молекул.