Gaussian: Фискация атомов при оптимизации геометрии

[fullerene]

Как заморозить ряд атомов при оптимизации геометрии в Gaussian 09? Я использую geom=(ReadFreeze) и потом в отдельной секции (после секции connectivity) - atoms=N1-N2. Входной файл прочитывается без ошибок, но по результатам оптимизации видно, что указанные атомы фактически были не фиксированными. Метод оптимизации - молекулярная механика. Ниже сокращенный пример входного файла со всеми секциями.

# opt amber=softfirst geom=(connectivity,ReadFreeze)
-EMPTY LINE-
GNR ....
-EMPTY LINE-
0 2
C-CA--0.000000 2.35919463 33.01533899 3.15179896
C-CA--0.000000 3.78758511 33.01838916 3.15179896
C-CA--0.000000 6.60040605 33.02503952 3.15179896
-EMPTY LINE-
1 2 1.5 15 1.5 43 1.5
2 16 1.5 44 1.5
-EMPTY LINE-
atoms=1-302
-EMPTY LINE-
HrmStr1 HA NC 500.0 1.00
HrmBnd1 CA CA NC 50.0 123.0
-EMPTY LINE-


Вот то, что по поводу frozen atoms пишет программа в выходном файле:


AtmSel: Line=" atoms=1-302"
AtmSel: NamVal=Blocks NAtLst= 363 NIVal= 0 NNoVal= 0:
AtmSel: IAtLst= 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10
AtmSel: IAtLst= 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
AtmSel: IAtLst= 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30
AtmSel: IAtLst= 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40
AtmSel: IAtLst= 41 42 43 44 45 46 47 48 49 50
AtmSel: IAtLst= 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60
AtmSel: IAtLst= 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70
AtmSel: IAtLst= 71 72 73 74 75 76 77 78 79 80
AtmSel: IAtLst= 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90
AtmSel: IAtLst= 91 92 93 94 95 96 97 98 99 100
AtmSel: IAtLst= 101 102 103 104 105 106 107 108 109 110
AtmSel: IAtLst= 111 112 113 114 115 116 117 118 119 120
AtmSel: IAtLst= 121 122 123 124 125 126 127 128 129 130
AtmSel: IAtLst= 131 132 133 134 135 136 137 138 139 140
AtmSel: IAtLst= 141 142 143 144 145 146 147 148 149 150
AtmSel: IAtLst= 151 152 153 154 155 156 157 158 159 160
AtmSel: IAtLst= 161 162 163 164 165 166 167 168 169 170
AtmSel: IAtLst= 171 172 173 174 175 176 177 178 179 180
AtmSel: IAtLst= 181 182 183 184 185 186 187 188 189 190
AtmSel: IAtLst= 191 192 193 194 195 196 197 198 199 200
AtmSel: IAtLst= 201 202 203 204 205 206 207 208 209 210
AtmSel: IAtLst= 211 212 213 214 215 216 217 218 219 220
AtmSel: IAtLst= 221 222 223 224 225 226 227 228 229 230
AtmSel: IAtLst= 231 232 233 234 235 236 237 238 239 240
AtmSel: IAtLst= 241 242 243 244 245 246 247 248 249 250
AtmSel: IAtLst= 251 252 253 254 255 256 257 258 259 260
AtmSel: IAtLst= 261 262 263 264 265 266 267 268 269 270
AtmSel: IAtLst= 271 272 273 274 275 276 277 278 279 280
AtmSel: IAtLst= 281 282 283 284 285 286 287 288 289 290
AtmSel: IAtLst= 291 292 293 294 295 296 297 298 299 300
AtmSel: IAtLst= 301 302 303 304 305 306 307 308 309 310
AtmSel: IAtLst= 311 312 313 314 315 316 317 318 319 320
AtmSel: IAtLst= 321 322 323 324 325 326 327 328 329 330
AtmSel: IAtLst= 331 332 333 334 335 336 337 338 339 340
AtmSel: IAtLst= 341 342 343 344 345 346 347 348 349 350
AtmSel: IAtLst= 351 352 353 354 355 356 357 358 359 360
AtmSel: IAtLst= 361 362 363
ITRead= 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3
ITRead= 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3
ITRead= 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3
ITRead= 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3
ITRead= 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3
ITRead= 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3
ITRead= 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3
ITRead= 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3
ITRead= 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3
ITRead= 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3
ITRead= 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3
ITRead= 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3
ITRead= 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3
ITRead= 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3
ITRead= 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3
ITRead= 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3
ITRead= 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3
ITRead= 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3
ITRead= 3 3 3
MicOpt= 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
MicOpt= 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
MicOpt= 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
MicOpt= 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
MicOpt= 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
MicOpt= 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
MicOpt= 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
MicOpt= 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
MicOpt= 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
MicOpt= 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
MicOpt= 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
MicOpt= 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
MicOpt= 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
MicOpt= 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
MicOpt= 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
MicOpt= 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
MicOpt= 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
MicOpt= 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
MicOpt= 0 0 0
I= 1 IAn= 6 Valence= 5.
JB= 1 J= 2 IAn= 6 IBT=12 Dist= 1.43D+00
JB= 2 J= 15 IAn= 6 IBT=12 Dist= 1.41D+00
JB= 3 J= 43 IAn= 6 IBT=12 Dist= 1.42D+00
I= 2 IAn= 6 Valence= 5.
JB= 1 J= 16 IAn= 6 IBT=12 Dist= 1.41D+00
JB= 2 J= 44 IAn= 6 IBT=12 Dist= 1.42D+00
JB= 3 J= 1 IAn= 6 IBT=12 Dist= 1.43D+00

[fullerene]

Или atoms=1-302 нужно где-нибудь в другом месте (выше?) писать для правильной интерпретации?

[VTur]

Не очень понятно, почему выбран такой способ заморозки и где указано, что атомы нужно заморозить. Но с молмеханикой не знаком. Пишу из общих соображений.

[fullerene]

А вы предлагаете ModRedundant?

Я плохо понимаю, как с этим ModRedundant (который подразумевает Z-матрицу) заморозить именно декартовые координаты определенных атомов входной конфигурации. Задача состоит именно в том, что если я задаю точку (10,10,10), то она мне нужна именно в таком виде и после оптимизации.

[VTur]

Смысл действия не очень понятен. Начало координат все равно едет.

[Лечащий Врач]

Читайте хэлп И ПРИМЕРЫ:

http://gaussian.com/g_tech/g_ur/k_opt.htm

Чтобы зафиксировать первые 302 атома, нужно писать noatoms atoms=1-302 вроде бы.

Я не проверял, но что-то мне подсказывает, что это по крайней мере подтолкнет вас в нужном напралении.

[fullerene]

Лечащий Врач,
Ну я же вроде бы не идиот, чтобы мне хелпы совать. Не работает в такой постановке. Noatoms - это для исключения части атомов из заявленного в atoms диапазона.

[fullerene]

Смысл действия не очень понятен. Начало координат все равно едет.

Так вот нужно как раз, чтобы не "ехало". Может быть, в Gaussian это и в принципе не предусмотрено.

Смысл в том, что эти координаты потом перебрасываются в другую программу, где моделируется уже периодическая структура, и нужно, чтобы все "на концах" идеально совпадало. Там довольно сложная система, которая состоит не из одной молекулы, и как раз в силу ее сложности оптимизация возможна только молекулярной механикой, которая в Gaussian не понимают периодических условий. Можно, конечно, загнать в обычный МД код, когда ничего не останется...

Если я пойму, как проделать то же самое через ModRedundant - cделаю так, но пока единственный пример, который я нашел, положительного результата не дал.

[Лечащий Врач]

Попробуйте через ModRedundant как описано по ссылке в пункте 3:

http://lmtoelf.wikidot.com/how-to-make- ... h-gaussian

[VTur]

Вам надо добавить NoSymmetry , чтобы оставаться в input orientation. По умолчанию ГАУССИАН переходит в другую систему координат (standard orientation), из-за этого едет начало отсчета. А потом уже морозить атомы.

Посмотрите оверлеи. Как жестко закрепить атомы в неподвижной системе координат.

[VTur]

Да, забыл сказать, что в этом случае (NoSymmetry) нельзя использовать ничего, связанное с орбиталями, например, заряды по Малликену.

[fullerene]

Спасибо, это уже веселее.