PRIRODA: оптимизация геометрии переходного состояния

вопросы строения молекул и квантовой химии
Ответить
Chem1st
Сообщения: 216
Зарегистрирован: Чт янв 17, 2008 11:54 pm

PRIRODA: оптимизация геометрии переходного состояния

Сообщение Chem1st » Сб дек 18, 2010 1:38 pm

Всем доброго дня! Вопрос к знатокам природы :-)

В последнее время пытаемся оптимизировать переходное состояние одной реакции в 6-ой природе, однако во всех случаях не удается избавиться от одной-двух минорных мнимых частот низкой интенсивности. Пробовали разные варианты, выбирали промежуточные шаги оптимизации, считали частоты и загоняли по новой оптимизироваться, результат - отрицательный. Возможно это связано с точностью расчетов частот в самой природе. Собственно вопрос :-) Как возможно решить эту проблему именно в природе, не используя сторонних программ?

В гауссиане есть удобная функция расчета частот после каждого шага оптимизации CalcALL, которая позволяет следить за частотами реал-тайм :-)) Она часто помогает в случаях, аналогичных нашему. Может кто знает, есть ли в природе аналогичная незадокументированная функция?

Аватара пользователя
EvgeniX
Сообщения: 2780
Зарегистрирован: Пт апр 27, 2007 5:32 am

Re: PRIRODA: оптимизация геометрии переходного состояния

Сообщение EvgeniX » Сб дек 18, 2010 2:16 pm

http://www.qchem.ru/f/kvantovo-khimiche ... a-priroda/
task=extremal

Попробуйте задать более строгие критерии оптимизации.

Chem1st
Сообщения: 216
Зарегистрирован: Чт янв 17, 2008 11:54 pm

Re: PRIRODA: оптимизация геометрии переходного состояния

Сообщение Chem1st » Сб дек 18, 2010 2:23 pm

Оооо :-) то что нужно, спасибо огромное! Уже запустили расчет 8-)

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 2045
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: PRIRODA: оптимизация геометрии переходного состояния

Сообщение amge » Сб дек 18, 2010 3:10 pm

EvgeniX писал(а):Попробуйте задать более строгие критерии оптимизации.
Я тоже хотел это это посоветовать в качестве первоочередной меры

Код: Выделить всё

$grid accuracy=1e-8 $end
$optimize tolerance=1e-5 $end

Chem1st
Сообщения: 216
Зарегистрирован: Чт янв 17, 2008 11:54 pm

Re: PRIRODA: оптимизация геометрии переходного состояния

Сообщение Chem1st » Сб дек 18, 2010 3:57 pm

Спасибо за советы!! Обязательно попробуем.

Chem1st
Сообщения: 216
Зарегистрирован: Чт янв 17, 2008 11:54 pm

Re: PRIRODA: оптимизация геометрии переходного состояния

Сообщение Chem1st » Сб дек 18, 2010 4:49 pm

Почитал диссертацию Дмитрия Лайкова, он советует для расчетов низких частот с малой интенсивностью использовать сетку 1е-10, поскольку даже 1е-8 не дает приемлемого результата. Кто-нибудь пробовал 1е-10? И если да, то насколько увеличивается время расчета при переходе от 1е-8 до 1е-10? Спасибо за ответы.

Аватара пользователя
EvgeniX
Сообщения: 2780
Зарегистрирован: Пт апр 27, 2007 5:32 am

Re: PRIRODA: оптимизация геометрии переходного состояния

Сообщение EvgeniX » Сб дек 18, 2010 5:47 pm

Chem1st писал(а):Почитал диссертацию Дмитрия Лайкова, он советует для расчетов низких частот с малой интенсивностью использовать сетку 1е-10, поскольку даже 1е-8 не дает приемлемого результата. Кто-нибудь пробовал 1е-10? И если да, то насколько увеличивается время расчета при переходе от 1е-8 до 1е-10? Спасибо за ответы.
Большой разницы не заметил, но мнимые частоты все исчезают.

Chem1st
Сообщения: 216
Зарегистрирован: Чт янв 17, 2008 11:54 pm

Re: PRIRODA: оптимизация геометрии переходного состояния

Сообщение Chem1st » Вс дек 19, 2010 6:53 pm

Вердикт такой: extremal - в нашем случае очень долго и нестабильно, может зависнуть, вылететь и т.д. Однако использование сетки е-10 позволило уже в нескольких случаях избавиться от минорных отрицательных частот :-) Всем спасибо за внимание и советы! :-)

Аватара пользователя
EvgeniX
Сообщения: 2780
Зарегистрирован: Пт апр 27, 2007 5:32 am

Re: PRIRODA: оптимизация геометрии переходного состояния

Сообщение EvgeniX » Вс дек 19, 2010 7:17 pm

> Однако использование сетки е-10 позволило уже в нескольких случаях избавиться от минорных отрицательных частот
Полная энергия тоже понизится. Т.е. придётся пересчитывать остальные соединения, относительно которых происходит расчёт. Если рассчитывали просто термодинамические поправки, то можно и так оставить.

Ответить

Вернуться в «квантовая химия и моделирование»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 4 гостя