firefly и кластер

[petrovps]

Доброе время суток, коллеги!!!
Появилась возможность запускать кв.-хим. расчеты на кластере (Intel Xeon 2.2/CentOS 5/MPICH 1.2.7, используем ssh). Ознакомился с мануалами, запускал через mpirun, на небольшом количестве процессоров работает, но иногда вылетает, при запуске с параметром -p4pg вылетает очень часто. Не подскажете в чем может быть проблема и какую сборку firefly лучше всего использовать (fully statically linked, dynamically linked NPTL-based versions и другие)?

[avelon]

как именно запускаете? какой софт и т.д. больше информации надо и точнее, вполть до того как проги компилили. при большой необходимости могу помочь через временный доступ к кластер

[petrovps]

avelon, запускал стандартной командой .../mpirun -np 16 <путь к firefly> -i <путь к инпут-файлу> -o <путь к выходному файлу> -ex <путь к ех-файлам> -t /tmp/tmp
так, как написано в мануале. firefly не компилировал, скачивал с оф. сайта. mpich сами не компилировали, уже был установлен. доступ к кластеру осуществлял командой ssh (реже из-под Винды с использованием PUTTY).

[avelon]

на сколько я помню mpich лучше запускать через mpdboot+ mpiexec. а где же вы берез список нодов на котором вы запускаете задачу. как минимум у вас должен быть еще один ключик -hostfile filename, а то у вас все процессы запускаются на одном ноде тогда если не хватит оперативки у вас просто зависнет нод

[EvgeniX]

на сколько я помню mpich лучше запускать через mpdboot+ mpiexec.

Это если MPICH 2.

[petrovps]

на нашем кластере MPICH 1.2.7. вы правы, нода часто подвисает, приходится перезапускать всю машину. опишите, пожалуйста, подробнее каким образом нужно запускать с ключиком -hostfile filename и что должно быть прописано в файле filename?

[avelon]

запуск
mpirun -machinefile hosts -np 16
host Должен содержать
node-05-09-ib0 slots=8
..........
........
где node-05-09 имя нода
slots=8 количество ядер на ноде

общее количество строк должно совпадать с количеством выделенных вам нодов

P.S. на счет slots= не уверен, т.к. не использую данную программу. во всех MPI запуск немного может отличаться, но принцип один и тот же. единственное что могу точно сказать курите мануал) там все есть

[EvgeniX]

Как вариант ещё бывают:

machinefile:
------------------
node1: 2
node2: 2
...
node9: 2

Где после двоеточия стоит количество ядер на узле. А ещё:

machinefile:
------------------
node1
node1
node2
node2
...
node9

Просто повторяется количество узлов столько раз, сколько на нём ядер.

[petrovps]

Понятно, спасибо за советы. Попробую в понедельник.

[avelon]

первый случай в intel mpi применим
ну второй случай это вообще универсальный) только трудоемкий