USPEX

вопросы строения молекул и квантовой химии
Аватара пользователя
Love
Сообщения: 186
Зарегистрирован: Сб дек 17, 2005 8:27 am

Re: USPEX

Сообщение Love » Чт фев 16, 2012 10:01 am

Если данную програмку удастся освоить, то задач на нее очень много :) по крайней мере мой шеф очень уж точит на нее зуб. Основной задачей является поиск новых структур, не хочется вручную рисовать, воображение заканчивается, особенно если большие кристаллы. Вот и надеемся, что данная програмка поможет.
А по поводу сотрудников из России - оганов вроде как часто сотрудничает (судя по публикациям и его различным выступлениям) с Геологическим факультетом МГУ, он там работает. Часто приезжает в Россию, был где-то зимой, и в марте обещался быть. Видела презенташку его лекции в Новосибирском университете, может туда тоже заезжал.
Некий Alexander Dzyabchenko (Karpov Institute of Physical Chemistry) вроде тоже сотрудничает. По крайней мере будет читать лекцию на workshop-е в этом году. Это пока вся информация, найденная мной на первый взгляд. Если поискать - наверняка еще найдутся люди, кто сотрудничает с Огановым.
Если бы составляющие тела человека разбить на многообразные химические элементы, их бы общая стоимость составила бы 22,80 доллара США.

ХИМИЯ НЕ КРУГОМ НАС, А ВНУТРИ НАС.

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 2021
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: USPEX

Сообщение amge » Чт фев 16, 2012 10:24 am

himdim2012 писал(а):Не знаю, но вашу струтктуру нарисовал в diamond.
Простите, что вмешиваюсь. Если Вы имеете в виду структуры из последнего поста Love, то они уже преобразованы в обычный xyz, и их, разумеется, поймет любой квантовохимический вьювер.
Love писал(а):> в какой проге будете делать визуализацию?
Видимо буду биться с помощью Excel и ChemCraft.
Меня заинтересовали USPEX и GULP, в будущем собираюсь попробовать, а пока написал программу-конвертер USPEX/GULP в xyz. Возможно, она и Вам пригодится, хотя бы затем, чтобы вручную не преобразовывать фракционные координаты в декартовы. Это перл-скрипт, если работаете на линухе, то там перл уже наверняка стоит и все будет работать сразу (только файлу со скриптом сделать chmod +x). На выходе - конкатенированный xyz. Тестировал я ее на одном единственном файле, логе из Вашего вложения Uspex_test_Gulp.rar, так что в программе наверняка есть баги, дайте знать, если обнаружите.

Аватара пользователя
Love
Сообщения: 186
Зарегистрирован: Сб дек 17, 2005 8:27 am

Re: USPEX

Сообщение Love » Чт фев 16, 2012 10:40 am

amge писал(а):пока написал программу-конвертер USPEX/GULP в xyz. Возможно, она и Вам пригодится
Спасибки большое! Потестим :) Уверенна - будет полезна!
Если бы составляющие тела человека разбить на многообразные химические элементы, их бы общая стоимость составила бы 22,80 доллара США.

ХИМИЯ НЕ КРУГОМ НАС, А ВНУТРИ НАС.

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 2021
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: USPEX

Сообщение amge » Чт фев 16, 2012 2:57 pm

amge писал(а):Меня заинтересовали USPEX и GULP, в будущем собираюсь попробовать
Сплошное разочарование. Сплошная проприетарщина. УСПЕХу, насколько я понял, нужен матлаб, это 1000 баксов. С GULP тоже облом, бесплатно только для учебных заведений. :down:

Аватара пользователя
Love
Сообщения: 186
Зарегистрирован: Сб дек 17, 2005 8:27 am

Re: USPEX

Сообщение Love » Чт фев 16, 2012 4:47 pm

Увы, да, Успех - это просто код для матлаба. И соответственно без него не работает. Видимо с этим и связанно такое малое его распространение в России.
Если бы составляющие тела человека разбить на многообразные химические элементы, их бы общая стоимость составила бы 22,80 доллара США.

ХИМИЯ НЕ КРУГОМ НАС, А ВНУТРИ НАС.

himdim2012
Сообщения: 979
Зарегистрирован: Сб фев 04, 2012 4:20 pm

Re: USPEX

Сообщение himdim2012 » Чт фев 16, 2012 5:00 pm

amge писал(а): Меня заинтересовали USPEX и GULP, в будущем собираюсь попробовать, а пока написал программу-конвертер USPEX/GULP в xyz.
amge писал(а):Сплошное разочарование. Сплошная проприетарщина. УСПЕХу, насколько я понял, нужен матлаб, это 1000 баксов. С GULP тоже облом, бесплатно только для учебных заведений. :down:
Love писал(а):Увы, да, Успех - это просто код для матлаба. И соответственно без него не работает.

Обобщая эти 3 поста, возникает вопрос. Если Uspex это код для матлаба, который собственно запускает расчет в Gulp, нельзя ли написать такой же код, для матлаба который запускал расчет в том же Gamesse или другой кваново-химической проге? Да и все это хозяйство работало бы в Windows, что намного приятней.
- Вас Кузьмой зовут?
- Кузенькой, можно Кузькой, маленький я ещё, семь веков всего, восьмой пошел.

Из м/ф "Домовенок Кузя"

Аватара пользователя
Love
Сообщения: 186
Зарегистрирован: Сб дек 17, 2005 8:27 am

Re: USPEX

Сообщение Love » Чт фев 16, 2012 5:10 pm

himdim2012 писал(а):Да и все это хозяйство работало бы в Windows, что намного приятней.
Простите, а чем в Windows считать? Gamess? А мне вот периодику надо. У меня в принципе все программы под линуксом работают. Да и кластеры, на которых задачи ставим, тоже все с линуксом.

А переписать, при большом желании, можно. Просто там МНОГО чего переписывать. Там папка на 3 Мб с кодами. И сам файл запуска - черт ногу сломит. Я, как простой пользователь, знающий програмирование в матлабе на уровне "как-то чего-то видала", даже близко не подойду к этому. Ребята в моей лабе тоже отказались лезть в эти дебри. Мы как то пол дня потратили просто чтоб разобраться в алгоритме запускающей программы. Не добили - плюнули. Но мы не крутые спецы, так, начинающие. Поэтому если кто-нить перепишет под Винду - я думаю люди порадуются :)
Если бы составляющие тела человека разбить на многообразные химические элементы, их бы общая стоимость составила бы 22,80 доллара США.

ХИМИЯ НЕ КРУГОМ НАС, А ВНУТРИ НАС.

Аватара пользователя
Love
Сообщения: 186
Зарегистрирован: Сб дек 17, 2005 8:27 am

Re: USPEX

Сообщение Love » Чт фев 16, 2012 5:14 pm

Кстати, матлаб под линукс найти можно в интернете. по торрентам всяким, например
Если бы составляющие тела человека разбить на многообразные химические элементы, их бы общая стоимость составила бы 22,80 доллара США.

ХИМИЯ НЕ КРУГОМ НАС, А ВНУТРИ НАС.

himdim2012
Сообщения: 979
Зарегистрирован: Сб фев 04, 2012 4:20 pm

Re: USPEX

Сообщение himdim2012 » Чт фев 16, 2012 6:15 pm

А вот Gulp, а уж тем более Uspex там не найдешь. Насколько я понимаю Uspex помимо Gulp, может работать и с CP2K, Quantum ESPRESSO, SIESTA, VASP, STM4. Две первые можно скачать из инета, там с лицензией попроще. Вопрос к знатокам квантовой химии, эти проги под винду встают, никто не пробывал? И инпуты для них все разные? И вот интересно если код который использует Uspex может подойти еще к каким-нибудь прогам?
- Вас Кузьмой зовут?
- Кузенькой, можно Кузькой, маленький я ещё, семь веков всего, восьмой пошел.

Из м/ф "Домовенок Кузя"

himdim2012
Сообщения: 979
Зарегистрирован: Сб фев 04, 2012 4:20 pm

Re: USPEX

Сообщение himdim2012 » Чт фев 16, 2012 6:24 pm

Еще забыл вроде DMACRYS (точно не знаю). Вопрос к Love:

А какую версию Uspex вы используете?
- Вас Кузьмой зовут?
- Кузенькой, можно Кузькой, маленький я ещё, семь веков всего, восьмой пошел.

Из м/ф "Домовенок Кузя"

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 2021
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: USPEX

Сообщение amge » Пт фев 17, 2012 7:05 am

himdim2012 писал(а):Да и все это хозяйство работало бы в Windows, что намного приятней.
Ну, где приятнее - это дело вкуса каждого. Но что несомненно, идеология и набор стандартных утилит *nix идеально приспособлены для работы с большими структурированными текстовыми файлами, а именно они обычно являются результатом расчетов.

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 2021
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: USPEX

Сообщение amge » Пт фев 17, 2012 7:30 am

himdim2012 писал(а):И инпуты для них все разные? И вот интересно если код который использует Uspex может подойти еще к каким-нибудь прогам?
Инпут у каждой программы свой (почти всегда). Иногда есть сходство, но только по стилю (GAMESS-Priroda, Orca-gaussian). Аутпут тем более. Так что Uspex будет работать только с теми программами, к которым у него есть интерфейс, но не с произвольными.

Аватара пользователя
Love
Сообщения: 186
Зарегистрирован: Сб дек 17, 2005 8:27 am

Re: USPEX

Сообщение Love » Пт фев 17, 2012 10:02 am

himdim2012 писал(а):А какую версию Uspex вы используете?
USPEX-i862

Quantum ESPRESSO в принципе с свободном доступе. Прям она под винду не работает, но можно запустить из под Cygwin (http://www.cygwin.com/). Я так запускаю Экспрессо для тестовых расчетов на своем компутере с виндой.
"USPEX is interfaced with VASP, SIESTA, GULP, DMACRYS, CP2k, QuantumEspresso codes. Interfacing with other codes is easy."
Не знаю, сильно ли там коды надо будет переписывать, но определяется тип программы, которым будет производится расчет, в файле запуска только 2-я строчками. Возможно тут все просто - я еще не пробовала. Возможно придется - если получится, сообщу :)
Если бы составляющие тела человека разбить на многообразные химические элементы, их бы общая стоимость составила бы 22,80 доллара США.

ХИМИЯ НЕ КРУГОМ НАС, А ВНУТРИ НАС.

himdim2012
Сообщения: 979
Зарегистрирован: Сб фев 04, 2012 4:20 pm

Re: USPEX

Сообщение himdim2012 » Пт фев 17, 2012 1:08 pm

amge писал(а): Но что несомненно, идеология и набор стандартных утилит *nix идеально приспособлены для работы с большими структурированными текстовыми файлами, а именно они обычно являются результатом расчетов.
Love писал(а): USPEX-i862
В последний версии Uspex, которую использует Love, выходные файл/ы могут быть в cif- формате, что будет очень удобно. Не знаю стоит ли отдельно это прописывать в инпуте. Если это действительно так, то это упрощает ситуацию с выходными данными, а уж тем более с визуализацией и не нужно дополнительно писать прогу. Кстати Love, а cif у Вас в выдачи не было?

А про Ваши эксперименты с виндой если получится или не получится, сообщите пожалуйста, будет интересно. В принципе может получится вариант Uspex под windows, было бы замечательно.
- Вас Кузьмой зовут?
- Кузенькой, можно Кузькой, маленький я ещё, семь веков всего, восьмой пошел.

Из м/ф "Домовенок Кузя"

Аватара пользователя
Love
Сообщения: 186
Зарегистрирован: Сб дек 17, 2005 8:27 am

Re: USPEX

Сообщение Love » Пт фев 17, 2012 2:44 pm

Не с Виндой, а с другой программой. У нас Галп не параллелится, вот и думаем, может придется на другую програмку переписать. Но она все равно будет под линукс.
Если бы составляющие тела человека разбить на многообразные химические элементы, их бы общая стоимость составила бы 22,80 доллара США.

ХИМИЯ НЕ КРУГОМ НАС, А ВНУТРИ НАС.

himdim2012
Сообщения: 979
Зарегистрирован: Сб фев 04, 2012 4:20 pm

Re: USPEX

Сообщение himdim2012 » Пт фев 17, 2012 3:26 pm

Что скажите про cif файл? А причем здесь Галп? мы в предыдущем посте вели речь про Quantum ESPRESSO, она на винде вы сказали работает через переходник, единственная проблема переписать код Uspex под винду. Правильно понял?
- Вас Кузьмой зовут?
- Кузенькой, можно Кузькой, маленький я ещё, семь веков всего, восьмой пошел.

Из м/ф "Домовенок Кузя"

Аватара пользователя
Love
Сообщения: 186
Зарегистрирован: Сб дек 17, 2005 8:27 am

Re: USPEX

Сообщение Love » Пт фев 17, 2012 3:42 pm

Простите, вылетело из головы. Да, cif выдает.
Проблемы с визуализацией у меня нет. Перевести выдаваемый УСПЕХом POSCAR в xyz не проблема, к тому же и програмки соответствующие написаны.
А вот с виндой - нет у меня особой необходимости использовать винду. у меня комп всего 4 процессора с виндой. А расчеты все идут на кластере с линуксом. В перспективе ожидается перенос успеха на другие кластеры - и тоже под линуксом.
Да и все равно надо будет переписывать код таким образом, чтоб он из под винды открывал программу-переходник, которая бы уже открывает unix-ие программы для расчета... Сложно все, да и по большей части не нужно. Мало что проводит расчеты под Windows
Если бы составляющие тела человека разбить на многообразные химические элементы, их бы общая стоимость составила бы 22,80 доллара США.

ХИМИЯ НЕ КРУГОМ НАС, А ВНУТРИ НАС.

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 2021
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: USPEX

Сообщение amge » Пт фев 17, 2012 3:55 pm

himdim2012 писал(а):А причем здесь Галп? мы в предыдущем посте вели речь про Quantum ESPRESSO,
GULP - это молекулярная динамика (или типа того), Quantum ESPRESSO - DFT. Соответственно, расчет, который у GULP займет доли секунды, у Quantum ESPRESSO будет длиться часы. Если Love сетует, что GULP не параллелится, значит, на ее задачах Quantum ESPRESSO вряд ли применим вообще.

himdim2012
Сообщения: 979
Зарегистрирован: Сб фев 04, 2012 4:20 pm

Re: USPEX

Сообщение himdim2012 » Пт фев 17, 2012 5:07 pm

amge, для вас подойдет, если вы хотите взять из интернета проги, вот только у вас проблема может с доставанием uspex. Если сможете им разжиться, скажите как.

Love, а вы не пробывали обратиться к команде Оганова или на их форум, не думаю что за 7 лет использования проги, у них не вставало вопрос о коде и/или работе uspex в винде?
- Вас Кузьмой зовут?
- Кузенькой, можно Кузькой, маленький я ещё, семь веков всего, восьмой пошел.

Из м/ф "Домовенок Кузя"

Аватара пользователя
Love
Сообщения: 186
Зарегистрирован: Сб дек 17, 2005 8:27 am

Re: USPEX

Сообщение Love » Пт фев 17, 2012 5:13 pm

himdim2012, повторюсь - мне не нужен УСПЕХ под Windows, это бессмысленно для моих задач
Если бы составляющие тела человека разбить на многообразные химические элементы, их бы общая стоимость составила бы 22,80 доллара США.

ХИМИЯ НЕ КРУГОМ НАС, А ВНУТРИ НАС.

Ответить

Вернуться в «квантовая химия и моделирование»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: Bing [Bot], Google [Bot] и 1 гость