Сходимость SCF в PRIRODA

[Chem1st]

Всем доброго дня! Знатоки и не очень, помогите кто чем сможет Есть дикатионный пи-комплекс, достаточно сложного строения (70 атомов, 344 электрона), но симметричный, два атома рутения. Оптимизация геометрии в базисах 3z и последующем L1 приводит к положительным результатам. Однако при попытке последующей дооптимизации оптимизации в базисе L2 программа не может сделать даже первый шаг, не сходится SCF и всё. Пробовал разные варианты: theory=dft four=1 и 0, procedure=bsfg и дефолт, d1small=1 и 0, ничего не помогает.

Может есть еще какие-то способы решения проблемы? Спасибо за ответ.

[alxyppv]

А совсем не сходится - это что значит? начинает сходиться, а потом расходится? или сразу все плохо? Кстаи,е совсме ясно, Вы работаете в релятивистком вариане, или нет? Если нет, то four=1 не имеет смысла..
В принципе, базис L2 уже весьма большой, и при небольшом наборе возможностей в природе играть со сходимостью действильно часто вызывает проблемы из-за линейной зависимости. Я бы не описывал все систему таким базисом. Вместо этого, описал бы им только атомы рутения, а для остальной части использовал бы L2m или L1. Ну и да, bfgs лучше работает для проблемных случаев (но для релятивисткого варианта он не реализован, там только nr есть)

[Chem1st]

Спасибо за ответ. Насколько я понимаю (но не знаю точно, поскольку не очень разбираюсь в расчетах в целом) - four=1 - это собственно релятивистский вариант, а four=0 нерелятивистский.

L2 с four=0 не стартует вообще, вылетает сразу. В варианте four=1 на нулевом шаге оптимизации геометрии процедура Scalar Relativistic Density Functional Calculation не доезжает до конца, прикрепил кусок аут-файла в аттаче. В принципе можно упрощенный базис для других атомов взять, но начальник требует L2.

Насчет bfgs - это да, он хорошо помогает в случае four=0, но с L2 этот вариант не работает.

Тогда такой вопрос, если такую молекулу считать в гауссиане 09 в базисе типа def2-TZVPP на 4 ядрах скорость оптимизации будет сильно ниже, чем в природе на уровне L2?

[EvgeniX]

L2 с four=0 не стартует вообще, вылетает сразу.

Потому как рутений только в релятивистском basis4.in есть, а в basis.in его нет.
Если указываете basis4.in, то four=1 обязателен, если basis.in, то с four=1 не заработает.

[EvgeniX]

Как вариант, немного изменить структуру комплекса (как угодно), сохранить волновую функцию и при старте нормального расчёта прочитать начальное приближение волновой функции. Мне часто помогало.

[alxyppv]

Тогда такой вопрос, если такую молекулу считать в гауссиане 09 в базисе типа def2-TZVPP на 4 ядрах скорость оптимизации будет сильно ниже, чем в природе на уровне L2?

В принципе, да. На мой взгляд, еслит уж говорить о переходе к другому пакеу, то стоит подумать об Орке (она, кстати, бесплатная). Там и GGA сопоставим с природой по скорости (медленнее конечно, но не на порядки), и есть возможность быстрого расчета гибридными функционалами, и для реятивисткого варианта есть ZORA, которая по времени ничего не требует (в отличие от варианта, реализованного в Природе, который весьма дорог), и остовные потенциалы там есть и проч. Т.е. если что-то не работает (или просто остуствует) в Природе, нам мой взгляд следующий пункт - Орка.

[sanya1024]

Коллеги, а с опциями $scf iterations=100,32 $end и $grid accuracy=1e-9 $end не пробовали?

iterations=100,32 означает 100 итераций, 32 микроитерации. В тяжелых случаях помогает. Увеличить точность сетки (grid) тоже не повредит (дефолтное значение accuracy=1e-8).

Еще если появились намеки на сходимость, можно сохранить орбитали $control save=<имя_файла> $end и при последующем запуске считать оттуда $guess read=1 $end (save в группе $control не должно меняться -- откуда считывали, туда и новые орбитали запишем). Поскольку при повторном запуске файл с сохраненными орбиталями будет перезаписан поверх старого, старый рекомендуется на всякий пожарный сбэкапить.

А теперь позвольте побухтеть Дергать не думая за все параметры в инпуте -- все равно что учиться водить трактор, дергая за все рычажки в кабине по очереди. С высокой вероятностью в речку Вы съедете раньше, чем разберетесь в интерфейсе трактора . Читайте мануалы, спрашивайте бывалых трактористов И если в мануале попалось незнакомое слово, не поленитесь выяснить, что оно означает

[Chem1st]

Всем большое спасибо за ответы! Буду пробовать разные варианты, увеличить сетку пробовал до -10, не помогает. Попробую увеличить число микроитераций.

[amge]

Еще один способ (рекомендованный автором Природы), который помогает иногда добиться сходимости SCF:
1. Задать небольшое количество циклов (iterations=10 в группе $scf) и включить запись файла векторов (save=filename в группе $control).
2. Если за заданное количество циклов градиент SCF остается слишком большим (SCF is far from convergence) и Природа вылетает, то перезапустить ее с текущей геометрией и последними векторами (read=1 в группе $guess).
3. Повторять п. 2 пока не сойдется.

Мне этот алгоритм неоднократно помогал, причем во всех случаях это были как раз тяжелые металлы. Вручную перезапускать много раз, конечно, муторно, но у меня есть скрипт для автоматизации.