Firefly`s coordinates

вопросы строения молекул и квантовой химии
Ответить
shura_zd
Сообщения: 420
Зарегистрирован: Вт окт 28, 2008 5:37 pm

Firefly`s coordinates

Сообщение shura_zd » Ср фев 09, 2011 11:25 pm

Доброго времени суток уважаемые форумчане!

Помогите с такой вот проблемой:

Не могу задать начальные координаты, имеется в виду сами цыфры.
Точнее вот пример: а) запускаю HyperChem-Built-Default Element-Element Table-выбираю елементы, рисую структуру-Built-Add H&Model Built-File-Save
As-Mopac Z-Matrix(*.zmt) либо MDL MOL(*.mol), далее открываю данный файл блокнотом и извлекаю координаты однако при попытки их исспользовать в Firefly в качестве координат при оптимизации геометрии ничего не получается.
б) При извлечении декартовых координат из HyperChem методом Select-Atom также ничего не получается.
в) рисую в wxMacMolPlt структуру выбираю Subwindow-Coordinates-Coordinates Window-Edit-Copy Coordinates а там хоть в Cartesian хоть в Z-Matrix и вставляя полученные данные в тот же Firefly и с тем же эффектом.

Значит собс-но вопрос: в какой программе Вы рисуете орг. молекулу атомов скажем на 10-30 и как из нее можно извлечь координаты в виде Cartesian либо Z-Matrix
и вставить их в Firefly. Не задавать же координаты исходя из ковалентных радиусов атомов уж очень данная процедура напряжна.

Р.S. Не судите строго я с данной программой только ознакамливаюсь, ранее имел опыт работы иссключительно с HyperChem`ом.

lmihael
Сообщения: 221
Зарегистрирован: Вт ноя 21, 2006 3:33 pm

Re: Firefly`s coordinates

Сообщение lmihael » Ср фев 09, 2011 11:34 pm

Рисую в гиперкеме. Сохраняю .XYZ координаты. Вставляю полученные координаты в $DATA гамесса.
1. Перед каждой строкой должен быть пробел
2. Затем обозначение атома, затем порядковый номер, затем координаты.
3. Избегайте символов табуляции - пользуйтесь пробелами.
4. Первая строка в DATA - симметрия.

Мой вам совет - пробуйте все на простых системах.

Аватара пользователя
sanya1024
Сообщения: 1667
Зарегистрирован: Чт янв 20, 2011 3:24 pm

Re: Firefly`s coordinates

Сообщение sanya1024 » Пт фев 11, 2011 3:09 am

Очень рекомендую ChemCraft. Линуксовый бесплатный, есть бесплатная light-версия, к-рая для Ваших целей вполне пригодна. Но и денег он стоит совершенно ерундовых, типа 300 руб для академических юзеров. Открываете *.hin файл ChemCraft-ом, потом жмете кнопку Coord, там находите кнопку Show in format, выбираете по вкусу строчку с GAMESS-US input и вуаля! готовая $DATA группа.

Если все-таки будете делать все ручками, обратите внимание, что Гамессы (что GAMESS-US, что Firefly) идентифицируют элементы по атомному номеру, к-рый должен находиться в 14-й позиции строки (наследие фортрановского ввода). ChemCraft как раз гарантирует, что все нужные цифры будут в нужных позициях.
Вот и вся моя работа. Стеречь ребят над пропастью во ржи. (Дж. Д. Сэлинджер)

lmihael
Сообщения: 221
Зарегистрирован: Вт ноя 21, 2006 3:33 pm

Re: Firefly`s coordinates

Сообщение lmihael » Пт фев 11, 2011 10:42 am

sanya1024 писал(а):по атомному номеру, к-рый должен находиться в 14-й позиции строки
Это не соответствует действительности. Достаточно такой последовательности " C 6 0 0 0", чтобы гамесс воспринял это как атом углерода с координатами равными нулю.

Аватара пользователя
sanya1024
Сообщения: 1667
Зарегистрирован: Чт янв 20, 2011 3:24 pm

Re: Firefly`s coordinates

Сообщение sanya1024 » Пт фев 11, 2011 2:17 pm

Возможно. Но если вдруг окажется, что Гамесс вовсе не видит атомов или воспринимает их координаты не так, как хотелось бы, стоит вспомнить о "фортрановском вводе". Кстати, я ошиблась -- не с 14, а с 13 позиции. И ChemCraft и ему подобные программы существуют именно для того, чтоб вообще на эту тему голова не болела.
Вот и вся моя работа. Стеречь ребят над пропастью во ржи. (Дж. Д. Сэлинджер)

petrovps
Сообщения: 325
Зарегистрирован: Вс янв 04, 2009 1:01 pm
Контактная информация:

Re: Firefly`s coordinates

Сообщение petrovps » Пт фев 11, 2011 7:10 pm

shura_zd, попробуйте воспользоваться программой OpenBabel (http://openbabel.org/wiki/Main_Page), позволяет переводить координаты очень многих форматов, в т.ч. и для GAMESS/Firefly

shura_zd
Сообщения: 420
Зарегистрирован: Вт окт 28, 2008 5:37 pm

Re: Firefly`s coordinates

Сообщение shura_zd » Сб фев 12, 2011 9:39 am

Спасибо всем кто откликнулся, будем пробовать! :)

Ответить

Вернуться в «квантовая химия и моделирование»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 2 гостя