Учет растворителя в Gamess в рамках PCM(континуальная модель

вопросы строения молекул и квантовой химии
Ответить
etzell
Сообщения: 139
Зарегистрирован: Пн май 10, 2010 12:55 pm

Учет растворителя в Gamess в рамках PCM(континуальная модель

Сообщение etzell » Вт мар 22, 2011 10:18 am

Хотелось узнать подробнее об этой процедуре и данной модели. Мне нужно учесть растворитель (этанол). Я использовал дополнительный тег
$PCM IEF=0 SOLVNT=C2H5OH EPC=27 $END
на сколько это уместно здесь или нужно все таки добавить и другие опции? Я вычисляю возбужденные состояния молекулы( вертикальные переходы).

Аватара пользователя
sanya1024
Сообщения: 1667
Зарегистрирован: Чт янв 20, 2011 3:24 pm

Re: Учет растворителя в Gamess в рамках PCM(континуальная мо

Сообщение sanya1024 » Ср мар 23, 2011 2:41 am

Обратите внимание на вот эту опцию в группе $TDDFT
NONEQ is a flag controlling PCM's solvent behavior: .TRUE. splits the dielectric constant into a bulk value (EPS in $PCM) and a fast component (EPSINF), see Cossi and Barone, 2001. The idea is that NONEQ=.t. is appropriate for vertical excitations, and .f. for adiabatic. (the default is .TRUE.)

В Вашем случае надо ставить .f.

Опция IEF=0 включает D-PCM. В мануале пишут:
D-PCM should be considered obsolete, while C-PCM is normally a better choice than IEF-PCM.
Но у меня с D-PCM результаты получались лучше, чем с C-PCM.

EPC=27 -- наверное, все-таки EPS=27? это лишнее. Если Вы задали SOLVNT из тех, чьи параметры уже зашиты в программу, то вводить параметры растворителя имеет смысл только тогда, когда Вас зашитые чем-то не устраивают. А если растворитель в Гамесс не зашит, но зашит в Гауссиан, то можно запустить маленький расчетик в Гауссиане (лучше G03, а не G09) и вытащить параметры растворителя из выдачи, они там печатаются.

Ссылки и описания вариантов PCM есть в мануале Гамесса (input.pdf и refs.pdf) и в мануале Гауссиана.
Вот и вся моя работа. Стеречь ребят над пропастью во ржи. (Дж. Д. Сэлинджер)

~Кирилл~
Сообщения: 19
Зарегистрирован: Вт мар 16, 2010 12:17 am

Re: Учет растворителя в Gamess в рамках PCM(континуальная мо

Сообщение ~Кирилл~ » Чт мар 24, 2011 7:35 pm

У меня возник такой вопрос - если растворитель не зашит в firefly, нужно ли указывать его название, к примеру:
$SOLVNT
IEF=3
SOLVNT=1,4-DIOXANE
EPS=2,209
$END

или можно

$SOLVNT
IEF=3
EPS=2,209
$END

Аватара пользователя
sanya1024
Сообщения: 1667
Зарегистрирован: Чт янв 20, 2011 3:24 pm

Re: Учет растворителя в Gamess в рамках PCM(континуальная мо

Сообщение sanya1024 » Чт мар 24, 2011 10:25 pm

Правильно так:
$PCM SOLVNT=input
RSOLV=2.155000 EPS=36.640000 EPSINF=1.806000
$END
Вот и вся моя работа. Стеречь ребят над пропастью во ржи. (Дж. Д. Сэлинджер)

~Кирилл~
Сообщения: 19
Зарегистрирован: Вт мар 16, 2010 12:17 am

Re: Учет растворителя в Gamess в рамках PCM(континуальная мо

Сообщение ~Кирилл~ » Чт мар 24, 2011 11:42 pm

спасибо. а откуда можно взять эти данные, к примеру для того же диоксана или эпихлоргидрина? в Гауссиане? и что значат RSOLV и EPSINF? EPS - это понятно, диэлектр. прониц.

Аватара пользователя
sanya1024
Сообщения: 1667
Зарегистрирован: Чт янв 20, 2011 3:24 pm

Re: Учет растворителя в Gamess в рамках PCM(континуальная мо

Сообщение sanya1024 » Пт мар 25, 2011 2:26 pm

Ну, если такой растворитель зашит в Гауссиан, то оттуда. Но ни диоксана ни, тем более, эпихлоргидрина, там нет :( Диоксан мне в свое время самой был нужен, но тогда знаний не хватило добыть нужные параметры.
RSOLV -- радиус растворителя. Видимо, придется взять из какой-нибудь примитивной молекулярной модели (нарисовали молекулу, грубо соптимизировали мол. механикой, взяли макс. диаметр, прибавили ван-дер-ваальсовские радиусы крайних атомов, поделили пополам).
EPSINF -- диэл. проницаемость на бесконечной частоте. Не знаю, откуда ее брать. Может, в справочниках найдется. Насколько я понимаю, EPSINF нужна только для расчетов с NONEQ=.t., а вертикальные спектры считаются с NONEQ=.f.
В общем, тут непросто все :)
Вот и вся моя работа. Стеречь ребят над пропастью во ржи. (Дж. Д. Сэлинджер)

avelon
Сообщения: 439
Зарегистрирован: Ср авг 12, 2009 5:09 pm

Re: Учет растворителя в Gamess в рамках PCM(континуальная мо

Сообщение avelon » Пт мар 25, 2011 4:42 pm

sanya1024 писал(а):Обратите внимание на вот эту опцию в группе $TDDFT
NONEQ is a flag controlling PCM's solvent behavior: .TRUE. splits the dielectric constant into a bulk value (EPS in $PCM) and a fast component (EPSINF), see Cossi and Barone, 2001. The idea is that NONEQ=.t. is appropriate for vertical excitations, and .f. for adiabatic. (the default is .TRUE.)

В Вашем случае надо ставить .f.
так тут наоборот написано что для вертикального возбуждения .t. а для адиабатического .f.

Аватара пользователя
sanya1024
Сообщения: 1667
Зарегистрирован: Чт янв 20, 2011 3:24 pm

Re: Учет растворителя в Gamess в рамках PCM(континуальная мо

Сообщение sanya1024 » Сб мар 26, 2011 5:40 pm

Sorry, перепутала. Вы правы.
Вот и вся моя работа. Стеречь ребят над пропастью во ржи. (Дж. Д. Сэлинджер)

Ответить

Вернуться в «квантовая химия и моделирование»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 1 гость