nzvar=1?

[АлександрI]

Работаю с FireFly. В молекуле 39 атомов. Хочу использовать DLC. Встретил рекомендацию : $contrl nzvar=1... Далее как обычно: $zmat dlc=1 auto=1 $end.
Что это дает : nzvar=1 ?
и правильно ли это?
следует ли это применять?
Вроде бы в аутпуте INTERNAL COORDINATES получаются...
Или надо, как в маннуале: nzvar= 3n-6 или 3n-5... ?

[avelon]

nzvar= 3n-6 конечно.

[АлександрI]

Спасибо за интерес к моему вопросу.
Только что проверил: и при nzvar=1 и для nzvar=127 в инпуте (считал для 41 атома) аутпут идентичен: общее число примитивов 227 и т.д.
Может это все же еще одна не раскрытая Грановским в маннуале возможность: программа (или как указал мне Грановский - программный пакет) сама считает величины типа M=3n-6 ? И тогда будет еще одно счастье пользователям FireFly...

[avelon]

не знаю на счет FF а в GAMESS US точно надо ставить самому

[АлександрI]

Боссы и рядовые бойцы клуба FireFly, отзовитесь!
Мой вопрос был именно к вам, а не пользователям US, UK и др. GAMESS...
Может это атавизм US G. ?
К этой теме у меня еще два вопроса:
1. Для чего ПРАКТИЧЕСКИ (а не для того, чтобы " а почему бы и не посчитать, да и распечатка будет больше...") нужна обширная таблица (приведу начало):

INDEP./SYM. INTERNAL COORDINATES
--------------------------------
CRD 1= -0.1675 ( 1) -0.1224 ( 10) -0.5622 ( 46) 0.1405 ( 56) 0.1396 ( 58)
-0.2287 ( 68) 0.1393 ( 79) -0.1148 ( 80) 0.5430 ( 86) -0.1670
..........................................................................................
Какую информацию я могу из нее извлечь для интерпретации результатов (подчеркиваю, конечных результатов, а не промежуточных данных) расчета - я выполняю команду OPTIMIZE - оптимизацию геометрических параметров модели ?
2. Зачем нужно ПРАКТИЧЕСКИ для указанных выше целей упоминание о матрице G (содержится в аутпуте ниже этой таблицы) с кошмарным детерминантом 10**(-90)? Неужели FireFly может считать такие числа?

[sanya1024]

не знаю на счет FF а в GAMESS US точно надо ставить самому

Совершенно не обязательно. 3N-6 (или, соответственно, 3N-5) нужно ставить тогда, когда предполагается неавтоматическое построение DLC (auto=0). Если auto=1, то годится любое ненулевое число.

[sanya1024]

Боссы и рядовые бойцы клуба FireFly, отзовитесь!
Мой вопрос был именно к вам, а не пользователям US, UK и др. GAMESS...
Может это атавизм US G. ?

И FF, и US-GAM работают с DLC примерно одинаково.

1. Для чего ПРАКТИЧЕСКИ (а не для того, чтобы " а почему бы и не посчитать, да и распечатка будет больше...") нужна обширная таблица (приведу начало):

INDEP./SYM. INTERNAL COORDINATES
--------------------------------
CRD 1= -0.1675 ( 1) -0.1224 ( 10) -0.5622 ( 46) 0.1405 ( 56) 0.1396 ( 58)
-0.2287 ( 68) 0.1393 ( 79) -0.1148 ( 80) 0.5430 ( 86) -0.1670
..........................................................................................
Какую информацию я могу из нее извлечь для интерпретации результатов (подчеркиваю, конечных результатов, а не промежуточных данных) расчета - я выполняю команду OPTIMIZE - оптимизацию геометрических параметров модели ?
2. Зачем нужно ПРАКТИЧЕСКИ для указанных выше целей упоминание о матрице G (содержится в аутпуте ниже этой таблицы) с кошмарным детерминантом 10**(-90)? Неужели FireFly может считать такие числа?

Далеко не вся печатаемая в выдаче информация нужна рядовому пользователю. Иногда она помогает выявлять проблемы. Например, та инфа, что Вы привели, возможно, поможет разобраться с ошибками при генерации DLC. Но хотя меня и можно считать ветераном FF, мне этой информацией ни разу не пришлось воспользоваться. Видимо, случаи, когда это нужно, достаточно экзотичны. Возможно, эта информация помогала при отладке программы. Отключить ее печать, видимо, нельзя. А оно Вам надо?

Вообще, приступая к работе с любой новой программой, лучше задавать вопросы типа: на какую часть выдачи я должен обращать внимание? Или: какая программа в наглядном виде сможет показать мне содержимое этой огромной матрицы? Вы же не изучаете вручную распечатку орбиталей? вместо этого Вы открываете выдачу ChemCraft-ом или MolDen-ом и смотрите картинки, предоставляя трудную работу программе-визуализатору.

[АлександрI]

Спасибо за ответ. Однако я не согласен с тем, что в штатном аутпуте необходима отладочная информация. Я сам пишу авторские программы на дедушке-фортране и всегда использую параметр типа nprizn для управлением выдачи информации, в том числе и отладочной. Поэтому предположение о невозможности отключения отладочной информации маловероятно.
С другой стороны, что означает аббревиатура CRD? А кто пользовался G US, неужели и там безусловно печатается отладочная информация?
А как узнать, в соответствии с Вашими указаниями, на какую часть выдачи я должен обращать внимание? Я уже обратил внимание на четыре фрагмента стандартной выдачи и не получил ни одного конкретного ответа, кроме общих предположений. Неужели за все время работы обоих Форумов никто этим не заинтересовался (или их английский так же плох, как и мой?)?!

[sanya1024]

CRD -- сокращение от coordinate.
GAM-US и FF происходят от общего предка. В GAM-US тоже печатается масса отладочной информации, часть из к-рой можно отключить, но не всю. Сейчас на форуме FF как раз интенсивно обсуждается, какую инфу печатать в выдачу по дефолту, а какую нет.
Вообще говоря, программы типа GAMESS и FireFly рассчитаны на достаточно квалифицированных пользователей. Для чайников есть Hyperchem. Да, ничего серьезного в нем посчитать нельзя, но как лягушатник для обучения плаванию подходит просто отлично. И никакой лишней информации! Одна беда: великолепнейший мануал, просто учебник начального уровня -- написан по-английски.
Даже в гауссиановской выдаче есть фрагменты, не содержащие необходимой пользователю информации, а Гауссиан по интерфейсу гораздо более дружественен пользователю, чем все Гамессы. К сожалению, дружественность и эффективность работы почему-то находятся в обратной зависимости

На вопросы я отвечаю достаточно конкретно, конкретнее некуда. Более конкретные ответы могут получить, пожалуй, только мои студенты -- потому что я могу им пальцем в выдачу потыкать, и мышкой на экране структуру покрутить, и белочку изобразить для наглядности. Вы спрашиваете: для чего нужна такая-то табличка. Я отвечаю: рядовому пользователю она не нужна. Вы не считаете себя рядовым пользователем? Вы считаете, что у Вас какие-то особо-специальные задачи? мне так не кажется. Заковыка Ваших задач, к сожалению, лежит не в области квантовой химии.

[VTur]

G матрица (матрица кинематических коэффициентов) показывает линейную зависимость внутренних координат. Это требуется, если оптимизация проводится в z-матрице. Например, внутреннее вращение. Тогда нужно исключать сингулярности, это и показывает G матрица.

[АлександрI]

Столь малое значение детерминанта матрицы G c детерминантом 10**(-90) вычисляется в начале работы FireFly. Допустимо ли после этого продолжение вычислений? Можно ли не обращать внимание на эту величину?

[АлександрI]

Уважаемая Sanya1024 !
Большое спасибо за Ваше терпение при расчехвостке моих вопросов!
Конечно же я рядовой пользователь без какого либо гонора. Мне искренне жаль, что в некоторых Ваших ответах проскальзывает нотки раздражения на мой счет. Я сейчас, выполнив определенный кусок расчетной работы, обдумываю результаты с учетом надежности использовавшихся методов (задним числом, к сожалению). От этого и мои вопросы пока не моим задачам. Они впереди... А так я часто вспоминаю оброненную Вами цитату, о том, что простейшие топологические методы типа МОХ надежны, а все дальнейшее от ... (не буду называть Его имя на ночь глядя).
Открою небольшой секрет: сейчас на будущее мне важны не столь сами ответы, а то, как на них реагируют специалисты (прежде) иной для меня области.

[sanya1024]

Я тоже рядовой (хоть и весьма заслуженный) пользователь, и многого не знаю -- просто потому что не сталкивалась никогда. Разозлилась вчера -- честно скажу. Видимо, погода была нелетная... Sorry .
GAMESS и FF писали не дураки, и на пользователей все-таки ориентировались. Поэтому программа честно выдает предупреждения и сообщения об ошибках, если что-то не так. Т.е., не просто печатается цифирка или матрица, а еще и предупреждение, если с ней что-то нехорошо. И если такого предупреждения нет, то все в порядке. Более того, на некоторые предупреждения можно не обращать внимания... до определенной степени. Например, как я где-то уже писала про сообщение THIS IS NOT A STATIONARY POINT. Иногда можно игнорировать, иногда нет.

Задавать вопросы впрок -- дело бессмысленное. Лучше давайте разберем какой-нибудь Ваш конкретный расчет. И Вам станет понятнее, куда смотреть. Вы мне сейчас напоминаете туриста, к-рый на 1 день попал в большой интересный город, но забыл путеводитель, и теперь не знает, какие достопримечательности ему посетить. Такой рискует потратить драгоценное свое время на осмотр какой-нибудь захудалой церквушки, полуразрушенного особняка и чахлого скверика у вокзала вместо, скажем, Василия Блаженного, Большого театра и Кремля

[sanya1024]

Кстати, смотрите, что я нашла: http://physics-of-molecules.odessit.org ... SS.ru.html
Это описание несколько устаревшее (на сайте стоит дата 2004 год, а с тех пор в Гамессе мнооого добавилось). Но про оптимизацию геометрии, например, там почитать вполне можно, хотя бы принцип будет понятен.
И еще очень рекомендую для начала почитать Кларка "Компьютерную химию": viewtopic.php?f=35&t=20315&p=230011&hil ... BA#p230011. Тоже очень старая, но основы изложены вполне себе ничего. Можно спокойно пропускать главу про полуэмпирические расчеты, а вот мол. механику игнорировать не стоит. Разбор примеров тоже стоит посмотреть, хоть они и в Гауссиане.

[VTur]

Столь малое значение детерминанта матрицы G c детерминантом 10**(-90) вычисляется в начале работы FireFly. Допустимо ли после этого продолжение вычислений? Можно ли не обращать внимание на эту величину?

Если окажется недопустимым, программа все обратно выплюнет. Так что считайте сколько хотите.