Базис 3-21G

вопросы строения молекул и квантовой химии
EvgeniX
Сообщения: 2662
Зарегистрирован: Пт апр 27, 2007 5:32 am

Re: Базис 3-21G

Сообщение EvgeniX » Пн май 23, 2011 5:57 am

Fnr писал(а):
EvgeniX писал(а):А что в INPUT-е в этот момент выводится?
Вы имеете ввиду в output-е?
Да.

Аватара пользователя
sanya1024
Сообщения: 1667
Зарегистрирован: Чт янв 20, 2011 3:24 pm

Re: Базис 3-21G

Сообщение sanya1024 » Пн май 23, 2011 2:12 pm

dirscf=.t. -- всегда обязательно. Иначе очень скоро упретесь в то, что задача или не влазит на диск, или что бОльшую часть времени программа тратит на считывание-перечитывание-пилежку диска. Ну, и диск скоро накроете.
Не 100% загрузка CPU -- ну, нормальное дело, ничего страшного. Если будет прямой расчет, периоды не-100% загрузки будут гораздо меньше.
Вот и вся моя работа. Стеречь ребят над пропастью во ржи. (Дж. Д. Сэлинджер)

Fnr
Сообщения: 16
Зарегистрирован: Вс апр 17, 2011 2:40 pm

Re: Базис 3-21G

Сообщение Fnr » Вт май 24, 2011 1:07 am

Добавил dirscf=.t. - засчитал на 100%, во всяком случае наблюдал около получаса, до 0 не опускался. А раньше - посчитает минут 10-15 на полной загрузке и падает до 0%. Ладно, хоть тут разобрался, спасибо :D

Fnr
Сообщения: 16
Зарегистрирован: Вс апр 17, 2011 2:40 pm

Re: Базис 3-21G

Сообщение Fnr » Чт май 26, 2011 8:17 pm

Переделал структуру, вот что получилось:
[cut]

Код: Выделить всё

14       0.320653113      0.021850178     -6.967703652
14      -2.176954116     -0.383997187     -1.617930942
14       1.574982828     -1.663720220     -3.753398028
14       1.437028287     -1.664043572     -1.405886013
14       0.736474544      2.111380029     -1.446534912
14       0.874429085      2.111703381     -3.794046926
14       0.182698572      0.021526826     -4.620191637
14      -2.039270738     -0.383726035     -3.965617944
14      -1.338716996     -4.159149636     -3.924969045
14      -2.739824480      3.391697566     -4.006266843
14      -4.399194589     -0.789302248     -0.963532236
14       4.488682651      0.831709196     -3.581827010
14      -0.231165051      0.020556769      2.422344405
14       1.428205058      4.201556583     -0.620390201
14       2.829312542     -3.349290618     -0.539092404
14       2.129293235      0.426229998     -0.579941221
14      -0.785104070     -2.069796773     -0.751553309
14      -1.485825510      1.706530588     -0.792211938
14      -5.237431709      2.985850201      1.343505867
14      -1.623449307      1.705803816      1.555550796
14      -2.324003049      5.481227417      1.514901897
14      -2.186048508      5.481550769     -0.832610118
14      -2.877779021      3.391374214     -1.658754828
14      -0.931184358      3.796077386      2.381495588
14      -3.836324225     -4.564997001      1.424803665
14      -0.084387282     -5.844720034     -0.710663421
14      -0.222341823     -5.845043386      1.636848593
14      -0.922895565     -2.069619785      1.596199694
14      -1.476671537     -4.159472988     -1.577457031
14      -3.698640847     -4.564725849     -0.922883337
14      -6.058564699     -4.970302062      2.079202370
14       1.169942433     -7.530290432      2.503642203
14       0.469923126     -3.754769816      2.462793386
14      -2.444474179     -6.250796587      2.291181298
14      -3.145195619     -2.474469226      2.250522668
14       1.991075422      0.425861830      1.767945699
14       5.743012366     -0.853861203     -0.367521386
14       5.605057825     -0.854184555      1.979990628
14       4.904504083      2.921239046      1.939341729
14       5.042458624      2.921562398     -0.408170285
14       4.350728110      0.831385843     -1.234314996
14       5.596234596      5.011415601      2.765486440
14       6.997342080     -2.539431601      2.846784238
14       6.297322773      1.236089015      2.805935421
14       3.382925468     -1.259937756      2.634323332
14       2.682204028      2.516389605      2.593664703
14      -7.469232536      2.586960212      2.032494748
1       -8.027423053      3.519109289      1.945193864
1       -7.934489531      1.824228482      1.408094046
1       -7.472448994      2.257784275      3.071596695
14      -4.546119216      5.095498157      2.188853032
1       -5.051083490      6.047146008      2.023089803
1       -4.551540175      4.862213809      3.253582588
14      -1.650039883      7.563166406      2.333603506
1       -2.365082246      8.366756461      2.157372291
1       -0.691710122      7.825042169      1.885133713
1       -1.521795563      7.420088458      3.406535049
14      -3.863512723      1.284927917      2.188599623
1       -4.184545427      0.468871025      1.541228669
1       -3.979626023      0.989058619      3.231230459
14      -5.075932392      3.024158202     -1.023194343
1       -5.580896666      3.975806053     -1.188957573
1       -5.513986338      2.262444951     -1.668176252
1        0.036756272      3.962953219      1.908903381
1       -0.795676956      3.799105146      3.463035498
1       -3.022456332      6.171048833     -0.947128106
1       -1.325256732      5.888954215     -1.362855298
1       -1.694082188      3.278187279     -4.291991317
1       -3.160709138      4.325323330     -4.379494706
1       -3.307732439      2.585853767     -4.471236005
1       -4.915863149      0.155957714     -1.129776642
1       -4.879596129     -1.542935549     -1.587512370
1       -4.510989135     -1.057375922      0.087057353
1       -2.424635227      0.563569458     -4.342745852
1       -2.650272117     -1.194020849     -4.363361113
1       -0.279965956      0.850774055     -7.342192558
1       -0.141919286     -0.907755122     -7.299306971
1        1.351668204      0.082243992     -7.316215447
1        0.180300835      2.854158591     -4.187806030
1        1.857697236      2.193342492     -4.257316610
1        0.649902106      4.938633957     -0.818029920
1        2.370075414      4.506908941     -1.076175425
1        1.581107475      4.131038173      0.456525768
1        5.082157498      5.849315501      2.294584652
1        6.676725427      5.136824763      2.695400021
1        5.352185867      5.063407685      3.826541123
1        5.528390459      0.891384222     -3.903613531
1        3.969072416      1.674736465     -4.037250139
1        4.067171255     -0.110614849     -3.931760627
1        6.925948357     -3.478057057      2.297252447
1        6.743945427     -2.682082438      3.897279776
1        8.001345420     -2.128289039      2.741717171
1        5.623637324     -1.848442253     -0.797240054
1        6.753144271     -0.493378610     -0.561907175
1        3.177281804     -3.807106742     -1.465063132
1        2.282570815     -4.070188858      0.068755612
1        3.679807819     -2.928691897     -0.002571668
1        1.456932775     -2.571885835     -4.344498189
1        2.595473359     -1.292921222     -3.849352078
1        6.834050630      0.931380103      3.704364988
1        6.990685310      1.861798025      2.243941979
1       -0.941812468     -3.229387452     -4.332533859
1       -0.696351970     -4.974527871     -4.257573176
1       -2.312171036     -4.308227257     -4.392155403
1       -0.899431058     -6.470185985     -1.074800738
1        0.889281459     -6.226667967     -1.017559103
1        1.719313441     -7.944957897      1.658454420
1        0.659177749     -8.321940683      3.051829504
1        1.889109930     -7.042304408      3.161493061
1       -2.824544423     -7.159840239      1.825041568
1       -2.521518120     -6.347380169      3.374156756
1        6.078154514      3.000512250     -0.738625947
1        4.443417837      3.748391178     -0.789751604
1        2.978099309     -2.271250927      2.596094394
1        3.547827220     -0.998665793      3.679619641
1        1.466322996     -3.687489757      2.026031788
1        0.501920069     -3.689255935      3.550352179
1       -4.277765330     -5.387836070     -1.341457579
1       -4.097044435     -3.638544127     -1.337083769
1       -6.069825643     -5.237123920      3.135980155
1       -6.474094857     -5.807406182      1.518228770
1       -6.639747775     -4.053584607      1.979425929
1        2.706945178      2.319670318      3.665480638
1        2.116240794      3.428141105      2.402628531
1       -0.295147111      0.020399973      3.510464928
1       -3.235922913     -2.751947612      3.300700893
1       -3.750221853     -1.592338441      2.041026763
Bonds
    1     7    S
    2     8    S
    2    11    S
    2    17    S
    2    18    S
    3     4    S
    3     7    S
    4    15    S
    4    16    S
    4    17    S
    5     6    S
    5    14    S
    5    16    S
    5    18    S
    6     7    S
    7     8    S
    9    29    S
   10    23    S
   12    41    S
   13    20    S
   13    28    S
   13    36    S
   16    36    S
   16    41    S
   17    28    S
   17    29    S
   18    20    S
   18    23    S
   20    24    S
   21    22    S
   21    24    S
   22    23    S
   25    30    S
   25    31    S
   25    34    S
   25    35    S
   26    27    S
   26    29    S
   27    32    S
   27    33    S
   27    34    S
   28    33    S
   28    35    S
   29    30    S
   36    45    S
   36    46    S
   37    38    S
   37    41    S
   38    43    S
   38    44    S
   38    45    S
   39    40    S
   39    42    S
   39    44    S
   39    46    S
   40    41    S
   47    50    S
   47    48    S
   47    49    S
   19    47    S
   51    53    S
   51    52    S
   54    57    S
   54    55    S
   54    56    S
   19    51    S
   21    51    S
   21    54    S
   58    60    S
   58    59    S
   20    58    S
   19    58    S
   61    62    S
   61    63    S
   23    61    S
   19    61    S
   24    64    S
   24    65    S
   22    67    S
   22    66    S
   10    70    S
   10    68    S
   10    69    S
   11    72    S
   11    71    S
   11    73    S
    8    75    S
    8    74    S
    1    78    S
    1    77    S
    1    76    S
    6    80    S
    6    79    S
   14    81    S
   14    82    S
   14    83    S
   42    86    S
   42    85    S
   42    84    S
   12    88    S
   12    87    S
   12    89    S
   43    92    S
   43    91    S
   43    90    S
   37    93    S
   37    94    S
   15    96    S
   15    95    S
   15    97    S
    3    98    S
    3    99    S
   44   100    S
   44   101    S
    9   104    S
    9   102    S
    9   103    S
   26   105    S
   26   106    S
   32   108    S
   32   109    S
   32   107    S
   34   111    S
   34   110    S
   40   113    S
   40   112    S
   45   114    S
   45   115    S
   33   117    S
   33   116    S
   30   119    S
   30   118    S
   31   122    S
   31   120    S
   31   121    S
   46   124    S
   46   123    S
   13   125    S
   35   126    S
   35   127    S
[/cut]

В инпуте убрал группу GUESS, добавил ndfunc=1(npfunс тоже пробовал добавить, но программа выдала ошибку, что-то типа no exponential definition для Si), посчитал. Время расчета возросло раза в 3, несмотря на добавление dirscf=.t., в результате получалась ширина запрещенной зоны 3,46 эВ, т.е. примерно на 2,5 больше чем нужно. Что опять не так делаю?
Последний раз редактировалось ИСН Пн май 30, 2011 8:55 pm, всего редактировалось 1 раз.
Причина: Именно для таких случаев вчера ввели тэг (cut)

Аватара пользователя
sanya1024
Сообщения: 1667
Зарегистрирован: Чт янв 20, 2011 3:24 pm

Re: Базис 3-21G

Сообщение sanya1024 » Чт май 26, 2011 10:22 pm

npfunс=1 включает p функции на водородах. В вашем случае они, действительно, не очень нужны -- водороды тут просто как затычки. Может даже, если сделаете достаточно большой кластер, можно будет поставить на водородах 3-21G, чтобы уменьшить размер базиса.
То, что сильно возросло время расчета -- логично. На сколько функций увеличился базис? хорошо, что размер задачи растет не как N^4 :) И без dirscf=.t. Вы бы вообще ничего посчитать не смогли.
3.46 эВ -- по-любому лучше чем 0.3 эВ :) Наверное, все-таки кластер маловат. Конечно, запрещенная зона будет уменьшаться при переходе от SiH4 к bulk Si, но я наивно надеялась, что уже на 50-атомном кластере цифра будет на что-то похожей. Однако нет. Видимо, придется нарастить кластер еще немножко, причем так, чтобы "углов" (SiH3 групп)было поменьше -- они дают здоровые краевые эффекты. В Вашем довольно маленьком кластере таких групп аж 13 штук из 50 -- больше четверти. А если обрезать (заменить на H) наиболее вопиющие SiH3 группы (Si1, Si31, Si32, Si42, Si43, Si47, Si54)? всяко покруглее получится. Вообще хорошо бы построить этот кластер так, чтобы SiH3 групп не было вовсе, максимум SiH2. Может, при меньшем размере получите лучший результат.
Вы еще и геометрию оптимизировали? приведенная структура -- это оптимизированная или стартовая? в ней есть "налезающие" друг на друга водороды (с расстоянием <2 A) -- это вечная проблема кластерных подходов: как заткнуть оборванные связи водородами, чтоб при этом водороды друг на друга не налезали, особенно если потом эти X-H связи не предполагается оптимизировать.
Вот и вся моя работа. Стеречь ребят над пропастью во ржи. (Дж. Д. Сэлинджер)

Fnr
Сообщения: 16
Зарегистрирован: Вс апр 17, 2011 2:40 pm

Re: Базис 3-21G

Сообщение Fnr » Пт май 27, 2011 2:23 am

Геометрия стартовая. Сначала я составил тетраэдр SiH4 и оптимизировал его структуру. Расстояния получились около 1,5А. Но когда я сделал такие же связи в моем кластере, Firefly выдал ошибку о том что SCF не сходится (если нужно, то могу сказать точнее что была за ошибка). Поискав на форуме, я нашел что дело может быть в геометрии структуры. После этого я залез в гугл и нашел структуру силана, где была дана длина связи Si-H 1,09А. Сделал такие же длины связей в своем кластере - засчитало. Кстати, после оптимизации длины связи получаются-таки 1,5А.
Fnr писал(а):А если обрезать (заменить на H) наиболее вопиющие SiH3 группы
Я как раз хотел попробовать этот вариант. Спасибо.

Аватара пользователя
sanya1024
Сообщения: 1667
Зарегистрирован: Чт янв 20, 2011 3:24 pm

Re: Базис 3-21G

Сообщение sanya1024 » Пт май 27, 2011 7:02 pm

Fnr писал(а):Геометрия стартовая. Сначала я составил тетраэдр SiH4 и оптимизировал его структуру. Расстояния получились около 1,5А. Но когда я сделал такие же связи в моем кластере, Firefly выдал ошибку о том что SCF не сходится (если нужно, то могу сказать точнее что была за ошибка). Поискав на форуме, я нашел что дело может быть в геометрии структуры. После этого я залез в гугл и нашел структуру силана, где была дана длина связи Si-H 1,09А. Сделал такие же длины связей в своем кластере - засчитало. Кстати, после оптимизации длины связи получаются-таки 1,5А.
Думаю, сначала водороды налезли друг на друга очень уж сильно, так что даже ССП в точке сойтись не могло. Старт с другой структуры привел в конце концов к Si-H связям тоже по 1.5 A, но водороды в SiHx группах наверняка оказались слегка развернутыми, не прямо один на другой направленными, и налезать перестали.
Fnr писал(а):
А если обрезать (заменить на H) наиболее вопиющие SiH3 группы
Я как раз хотел попробовать этот вариант. Спасибо.
Я бы тогда обратила внимание на все (а не только самые торчащие) SiH3 группы. Самые торчащие -- обрезать, те, что сидят на гранях или ребрах многогранника-кластера -- связать SiH2 группами с соседями. В общем, кластер должен получиться максимально круглый, без SiH3 групп вообще.
Вот и вся моя работа. Стеречь ребят над пропастью во ржи. (Дж. Д. Сэлинджер)

Fnr
Сообщения: 16
Зарегистрирован: Вс апр 17, 2011 2:40 pm

Re: Базис 3-21G

Сообщение Fnr » Пт сен 23, 2011 9:27 pm

Новый вопрос: в firefly получаю сообщения по типу "8000000 WORDS OF MEMORY UNAVAILABLE" - очевидно, памяти не хватает. Запрашиваемого объема RAM на машине нет, но есть место на винте и установлен достаточный размер файла подкачки, но firefly будто бы игнорирует его. Можно ли обойти это ограничение на объем памяти и заставить firefly делать дампы на жесткий диск, пусть это и будет занимать много времени? Вообще, есть ли способ делать расчеты больших кластеров на не очень мощных компах (пусть и с очень низкой скоростью счета)?

o-oxhem
Сообщения: 425
Зарегистрирован: Вт июл 08, 2008 10:33 pm

Re: Базис 3-21G

Сообщение o-oxhem » Пт сен 23, 2011 9:53 pm

Да, способ есть - называется программа PRIRODA. Может, TURBOMOLE и/или ORCA позволят выполнить расчёт. А если сильно использовать диск, то время расчёта увеличится раз в 10.

Fnr
Сообщения: 16
Зарегистрирован: Вс апр 17, 2011 2:40 pm

Re: Базис 3-21G

Сообщение Fnr » Пт сен 23, 2011 10:04 pm

o-oxhem, спасибо.

Ответить

Вернуться в «квантовая химия и моделирование»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 1 гость