Заранее извиняюсь за, быть может, безграмотный вопрос, но очень нужен совет.
Так уж вышло, что нужно мне в реакции типа А+В=Р локализовать переходное состояние. В документации PC GAMESS по этому поводу как-то скудно написано.
Пожалуйста, просветите! как правильно начать поиск переходного состояния, нужно ли для этого использовать (и если да, то поподробнее)RUNTYP=SADPOINT с соответствующими параметрами в $STATPT и группой $HESS, или нужно использовать RUNTYP=IRC?
Ещё раз извините за невежество....
Методика поиска переходного состояния в PC GAMESS. Помогите!
to Nord:
По Вашему замечанию просмотрел разделы "saddle points" и "mode following" в refs.doc- не могу похвастаться знанием английского, но насколько я понял, нужно, для начала, самому предположить структуру TS и чем она окажеться ближе к реальной, тем больше шансов на успех в его локализации. Т.е. все методы поиска кроме CONOPT эффективно работают только в окрестности TS?
Поиск TS выполняю впервые (не судите строго, из тьмутаракани я), подскажите, пожалуйста, какой из Вашего опыта алгоритм (QA, NR и т.п.) наиболее робастный? На что мне ещё нужно обратить внимание (в документации или иных источниках)?
Заранее благодарен.
По Вашему замечанию просмотрел разделы "saddle points" и "mode following" в refs.doc- не могу похвастаться знанием английского, но насколько я понял, нужно, для начала, самому предположить структуру TS и чем она окажеться ближе к реальной, тем больше шансов на успех в его локализации. Т.е. все методы поиска кроме CONOPT эффективно работают только в окрестности TS?
Поиск TS выполняю впервые (не судите строго, из тьмутаракани я), подскажите, пожалуйста, какой из Вашего опыта алгоритм (QA, NR и т.п.) наиболее робастный? На что мне ещё нужно обратить внимание (в документации или иных источниках)?
Заранее благодарен.
Все верно, локализация седловых точек, точнее, время, потраченное на нее сильно зависит от искусства исследователя.
В самом простом случае алгоритм таков:
Построить геометрию, наиболее близкую к предполагаемому седлу. Это творческая часть и не зная системы тут вряд ли чем-то можно помочь.
Выбрать RUNTYP=SADPOINT
Метод по-умолчанию, а именно QA вполне годится. Единственное, что надо сделать - это либо вставить гессиан с предыдущего расчета в этой точке (HESS=read), либо рассчитать его в самом начале HESS=calc. Значение по-умолчанию НЕ ГОДИТСЯ. Будьте внимательны со значением IFOLOW! Часто случается, что движения, ведущие в седловую точку не обязательно имеют самую большую по модулю мнимую частоту. Кроме того, может быть полезным подумать над значением IHREP.
Пока из общих советов все.
В самом простом случае алгоритм таков:
Построить геометрию, наиболее близкую к предполагаемому седлу. Это творческая часть и не зная системы тут вряд ли чем-то можно помочь.
Выбрать RUNTYP=SADPOINT
Метод по-умолчанию, а именно QA вполне годится. Единственное, что надо сделать - это либо вставить гессиан с предыдущего расчета в этой точке (HESS=read), либо рассчитать его в самом начале HESS=calc. Значение по-умолчанию НЕ ГОДИТСЯ. Будьте внимательны со значением IFOLOW! Часто случается, что движения, ведущие в седловую точку не обязательно имеют самую большую по модулю мнимую частоту. Кроме того, может быть полезным подумать над значением IHREP.
Пока из общих советов все.
Не важно, что о вас говорят современники, важно что о вас скажут потомки
Кто сейчас на конференции
Сейчас этот форум просматривают: Google [Bot] и 19 гостей