расчёты для порфиринов

[amge]

Вопрос такой - о чём говорит тот факт, что для базиса 6-31++G(d,p) (вынутого коллегой amge из Орки)- фейл, а для basis4 расчёт идёт?

Ни о чем особенном не говорит. Я тоже обращал внимание, что Природа не дружит с чужими базисами с диффузионными функциями (если попробуете 6-31G(d,p), без плюсов, то, думаю, все будет нормально, но смысла в этом особого нет, родные природовские базисы лучше). В новых базисах Природы (которые сейчас на сайте) мелькает что-то с плюсами, но означают ли эти плюсы диффузионные функции - не знаю. Поробуйте спросить у Лайкова.

[Любитель_Манниха]

Ясно, спасибо!
А на что намекает такое явление: при замене катиона (исходная геометрия та же, что и с Mg²⁺) на более тяжёлый Природа выдаёт такие аутпуты:

[Гесс]

Помоему оно в неприятном удивлении от геометрии.
А запихивание иона металла в это место чем то обосновано?

[Любитель_Манниха]

Ну. Хочется координации щел и щел-зем металла по кислородам

[ Post made via Android ]

[Гесс]

Ну. Хочется координации щел и щел-зем металла по кислородам

Его пока плющит по атому углерода порфиринового кольца.
Вопрос всем: МД здесь не помошник для стартовых структур?

[Любитель_Манниха]

Я как-то оптимизировал ММ такой краун-порфирин с дикатионом 1,3-диаминопропана, сначала первый аммониевый катион вставал к кислородам первого крауна, а потом фенилы второго краун-кольца разворачивалось так, чтобы получался "цис"-конформер, и второй аммониевый катион ориентировался на второй краун. Если брать просто катионы металлов, то сильно зависит от того, куда изначально их ляпнешь - иногда вроде и рядом с гетероатомами поставил, а он в бесконечность улетел.

[ Post made via Android ]

[Любитель_Манниха]

Его пока плющит по атому углерода порфиринового кольца.

С магнием не плющит, а с барием плющит?

[ Post made via Android ]

[Гесс]

Его пока плющит по атому углерода порфиринового кольца.

С магнием не плющит, а с барием плющит?

Я посмотрел последние фэланутые файлы - контакт с кислородом 1.4, с водородом 1.84, с углеродом 2.2, причем водород с металлом и углеродом на одной прямой. Я бы это назвал плющит. Не, может оптимизация его и расплющивает во чтото приличное, но это пока увидеть можете только вы.

[amge]

А на что намекает такое явление: при замене катиона (исходная геометрия та же, что и с Mg²⁺) на более тяжёлый Природа выдаёт такие аутпуты:

Приложенные файлы - не совсем fail. SCF хоть и не вполне сходится, но программа не считает ситуацию безнадежной и не вылетает. После того как геометрия улучшится, на сведение SCF будет, скорее всего, хватать и 15 циклов, и расчет закончится корректно.

Можно добавить циклов SCF:
$scf iter=50 $end

[Любитель_Манниха]

может оптимизация его и расплющивает во чтото приличное, но это пока увидеть можете только вы.

Oh shi~, если смотреть в кемкрафте, там очень быстро крауны разлетаются на атомы
Прилагаю то, что за сегодня насчитало (в два захода с вынужденной перезагрузкой компа).
ЗЫ: лиганд был предварительно оптимизирован в Гауссиане, b3lyp/cc-pvdz.

[Гесс]

Oh shi~, если смотреть в кемкрафте, там очень быстро крауны разлетаются на атомы

Все там нормально, это кемкрафт нелюбит CH связи длиннее 1.2 и CC длиннее 1.6.
То что они такие удлиненные - возможно эффект базиса.
Ну получившийся результат выглядит может и не очень романтично, но явно приятнее исходной структуры.
я думаю если отобрать протоны то металл окончательно плюнет на координацию крауном и уйдет с концами в порфирин.
И уподобится лиганд незамещенному.

[amge]

Oh shi~, если смотреть в кемкрафте, там очень быстро крауны разлетаются на атомы

У Вас гибридный функционал (B3LYP) и theory=dft (по умолчанию). Это неправильно (HF-часть функционала попросту игнорируется)! Отсюда и дурные длины связей. В Природе для гибридных функционалов обязательно нужно theory=ridft. Считать будет существенно дольше.

[Гесс]

У Вас гибридный функционал (B3LYP) и theory=dft (по умолчанию).

У меня помнится с такими настройками вообще не заработало, я кажется жаловался тут.

Это неправильно (HF-часть функционала попросту игнорируется)! Отсюда и дурные длины связей.

Если бы оно просто игнорироало ХФ часть то резуьтат должен был бы быть ТЕОРЕТИЧЕСКИ эквивалентен BLYPу. Вы думаете это так?

В Природе для гибридных функционалов обязательно нужно theory=ridft. Считать будет существенно дольше.

Как Вы думаете - оно врет только по длинам связей или ваще глобально? Если только по длинам связей вероятно достаточно дооптимизировать с последней геометрии, это будет намного быстрее чем с самого начала (ну неверю я минимум рядом с исходной структурой).

[Любитель_Манниха]

Тупой вопрос - это только для Природы так, в том же Гауссиане автоматически делается riDFT для гибридных функционалов?
Ещё тупой вопрос - для подобных структур лучше всё-таки B3LYP или дефолтное для Природы PBE?

[Гесс]

Тупой вопрос - это только для Природы так, в том же Гауссиане автоматически делается riDFT для гибридных функционалов?

В гауссиане помнится нет resolution of identity для DFT - соответственно нету ручек - нет варенья - и проблемы нет.
В нем есть density fitting, что собственно то же самое что RI, базисы в него можно задавать через /Gen/Gen, но я им никогда не пользовался.
В остальных пакетах RI включается специальными словами и считать можно как с ним так и без него. В этой части природа отличилась.

Ещё тупой вопрос - для подобных структур лучше всё-таки B3LYP или дефолтное для Природы PBE?

его знает товарищ майор. В среднем по больнице по органике B3LYP очень замечательный функционал. Что ровным счетом ничего не гарантирует. Посмотрите чем народ считает порфирины. По их расчетам статей много.

[Любитель_Манниха]

В гауссиане помнится нет resolution of identity для DFT - соответственно нету ручек - нет варенья - и проблемы нет.

Ну так это значит или не значит, что pure DFT + B3LYP -

Это неправильно (HF-часть функционала попросту игнорируется)!

???

[Гесс]

В гауссиане помнится нет resolution of identity для DFT - соответственно нету ручек - нет варенья - и проблемы нет.

Ну так это значит или не значит, что pure DFT + B3LYP -

Нет, не значит.
RI это своего рода надстройка над функционалом. Теоретически она совместима как с гибридными так и с чистыми функционалами. Практически - в природе все немного специфично.
Вот скажем в орке:
For GGA calculations, use of the RI-J approximation is generally recommended and is the default in ORCA.
For hybrid GGA or hybrid meta-GGA calculations, use of the RI-JK or RIJCOSX approximations can speed things up considerably.
Я кстати не уверен правильнее ли pure GGA, или pure DFT.
Короче - каждый считает как хочет. Хоть с RI хоть без. По умолчанию - чистые С, гибридные БЕЗ.
В природе же - гибридники только С, чистые точно можно БЕЗ, можно ли С - неуверен.

Кстати непонятно почему С получается медленнее. Гибридные функционалы заметно дороже чистых (очень заметно в турбомоле), но RI должно значимо сокращать время.

[Любитель_Манниха]

theory=ridft. Считать будет существенно дольше

Мда. Похоже, что для систем такого размера и моего железа - не существенно, а катастрофически
За сутки даже нулевой шаг не сделало. Пора втыкать SSD
Кстати, а какого дьявола Природа запрашивает, скажем, 700 Мб памяти, а пользует только 2-3?
Или это особенности винды, и остальное "выделяется" в свап-файле?

[amge]

Считайте PBE. По моим ощущениям, результаты PBE и B3LYP существенно отличаются только в редких случаях. Или берите базисы с ECP

[VTur]

Разложение един цы сущестсенно сокращает время счета, однако, увеличивает погрешность, которая зависит от вспомогательного базиса. Я предпочитаю это приближение не использовать.

[ Post made via Android ]