расчёты для порфиринов

[VTur]

Вам с какой точностью надо? Какое рассогласование с экскрементом допустимо?

[Гесс]

плюсы (читай диффузионные ф-ции) нужны, если есть отрицательный заряд, для катионов и нейтральных частиц можно, в принципе, обойтись и без, а вот звездочки (читай поляризационные ф-ции) стоит включать. ИК считать, видимо, тем же методом, каким делалась оптимизация, УФ - TDDFT для начала.

Практически ППКС.

От попловских базисов, кстати, в расчетах дфт лучше уходить в сторону cc-pvnz и nZV и nZVP.

1) а почему попл это нехорошо?
2) nZV и nZVP сорри, это кто?

[Shorku]

1) а почему попл это нехорошо?
2) nZV и nZVP сорри, это кто?

1) это не нехорошо, просто можно лучше: подгонялись попловские базисы, если я правильно помню, под хф, тогда как correlation consistent калибровались уже под расчеты с учетом электронной корреляции.
2) ну TZV, TZVP, QZVP и все такое

[Гесс]

2) ну TZV, TZVP, QZVP и все такое

Мда, это я чтото вчера перепил, что до меня это не дошло. Вспомнил свои танцы вокруг TZV.

У нас тут есть обзор базисов: viewtopic.php?f=43&t=99426 и обсуждение их выбора viewtopic.php?f=71&t=100407#p741797

[Любитель_Манниха]

Появилось ещё несколько вопросов
1) DFT для порфиринов лучше всего, т.к. большие системы и есть возможность сосчитать с приличной точностью и при этом не состариться?
2) будет ли выигрыш по времени, если последовательно считать геометрию, скажем, в 6-311, 6-311(d,p), cc-pvDz по сравнению с тем, чтобы сразу в cc-pvDz?
3) насколько для порфиринов актуально MP2? (посмотрел статьи, народ на каком только уровне теории не считает ) ради интереса запустил на 4-х ядерном пне расчёт, после выдачи "calculating the MP2 energy directly or semi-directly" гауссиан задумался на пару суток

и ещё вдогонку: известны ли случаи, когда расчёты мол.механикой оказывались ближе к фактическому состоянию дел, чем для более высокой теории?
Дело в том, что один из моих порфиринов с большой вероятностью должен иметь куполообразное искажение макроцикла. Оптимизация ММ как раз привела к такой структуре,
а вот дальнейшая оптимизация DFT искажение практически сгладила.

[Гесс]

1) DFT для порфиринов лучше всего, т.к. большие системы и есть возможность сосчитать с приличной точностью и при этом не состариться?

Да

2) будет ли выигрыш по времени, если последовательно считать геометрию, скажем, в 6-311, 6-311(d,p), cc-pvDz по сравнению с тем, чтобы сразу в cc-pvDz?

категорически нет. cc-pVDZ - даблзета базис, 6-311 - триплзета, оба ненаагуменченны, размер 6-311 БОЛЬШЕ чем cc-pVDZ и считаться он будет дольше. Результат по геометрии может быть довольно похожим поэтому если ваша геометрия не особо уродливая тоскорее всего можно не заморачиваться предоптимизацией. Если же хотите предоптимизацию - сделайте 3-21, MINI, на крайняк 6-31 без плюсов и звезд. Для металлсодержащего добра возможно стоит использовать наагуменченные базисы.

3) насколько для порфиринов актуально MP2? (посмотрел статьи, народ на каком только уровне теории не считает ) ради интереса запустил на 4-х ядерном пне расчёт, после выдачи "calculating the MP2 energy directly or semi-directly" гауссиан задумался на пару суток

Если достаточно вычилительных мощностей то можно и MP2, а если очень хочется выпендриться и Очень много ресурсов - то можно для мелких порфиринов и СС2 загнать. На 4ядерной персоналке я бы таким не страдал.

и ещё вдогонку: известны ли случаи, когда расчёты мол.механикой оказывались ближе к фактическому состоянию дел, чем для более высокой теории?
Дело в том, что один из моих порфиринов с большой вероятностью должен иметь куполообразное искажение макроцикла. Оптимизация ММ как раз привела к такой структуре,
а вот дальнейшая оптимизация DFT искажение практически сгладила.

Представьте двух бросателей дротиков. Человека впервые увидевшего дартс и человека периодически практикующегося. Они бросят по сотне дротиков, причем каждый раз дротики немного разные между собой, но одинаковые в паре и мы посмотрим на их результаты. Статистически результаты дартиста будут намного лучше чем у новичка, у него не будет дротиков торчащих из потолка и пола и т.д. Но среди сотни дротиков наверняка чтото из дротиков новичка ляжет лучше чем соответствующий дротик любителя.
Да, ситуация когда дешевые методы работают лучше чем дорогие бывают. Иногда это означает что дорогой метод учитывает или переучитывает какие то факторы которых не учитывают дешевые.
Да и вообще - покажите порфирин, мы вам расскажем что у него кольца из одного места растут.

[Любитель_Манниха]

cc-pVDZ - даблзета базис, 6-311 - триплзета, оба ненаагуменченны, размер 6-311 БОЛЬШЕ чем cc-pVDZ и считаться он будет дольше

У мну как-то вышло наоборот

покажите порфирин, мы вам расскажем что у него кольца из одного места растут

v56 3.mol

[Гесс]

Хм, смахивает на не так уж сильно зажатый тетрафенилпорфирин. А что за литература предрекает ему "купола"?

[Любитель_Манниха]

У него цвет в растворе другой, чем для обычных тетрафенилпорфиринов. Зеленоватый. Зелёный характерен для дипротонированных порфиринов, у этого не такой интенсивный, но и не фиолетовый.
У аналога с более длинными линкерами цвет в норме. Каких-то других лежащих на поверхности объяснений я не вижу

[Гесс]

предскажите ему и "длинному" аналогу уф-видимый спектр в тддфт, исходя из ДФТ геометрий. базис можно взять выше чем оптимизации. Потом подумаем.

[Любитель_Манниха]

Пробую оптимизировать геометрию указанного выше порфирина и катионов щел-зем металлов.
Уже на первом шаге Гауссиан несколько раз подряд рестартит incremental Fock formation. Вопросы такие:
1. есть ли смысл использовать более дорогой базис (для начала решил сделать в 3-21+G*)?
2. есть ли смысл продолжать расчёт с данным начальным взаиморасположением катиона и лиганда или надо перетащить катион куда-нить в другое место?
3. использование quadratically convergent SCF может ли помочь?

[Гесс]

аутпуты, не стесняемся...

[Любитель_Манниха]

Тот расчёт я тогда ещё перезапустил с Q-SCF, аутпут не сохранился, вот с предыдущей попытки на более дорогом базисе.
[cut]..................
Standard basis: 6-31+G(d) (6D, 7F)
There are 1289 symmetry adapted basis functions of A symmetry.
Integral buffers will be 262144 words long.
Raffenetti 2 integral format.
Two-electron integral symmetry is turned on.
1289 basis functions, 2232 primitive gaussians, 1289 cartesian basis functions
224 alpha electrons 224 beta electrons
nuclear repulsion energy 10378.0875208880 Hartrees.
NAtoms= 105 NActive= 105 NUniq= 105 SFac= 7.50D-01 NAtFMM= 80 NAOKFM=T Big=T
One-electron integrals computed using PRISM.
NBasis= 1289 RedAO= T NBF= 1289
NBsUse= 1264 1.00D-06 NBFU= 1264
Harris functional with IExCor= 402 diagonalized for initial guess.
ExpMin= 7.10D-03 ExpMax= 3.53D+04 ExpMxC= 5.30D+03 IAcc=3 IRadAn= 0 AccDes= 0.00D+00
HarFok: IExCor= 402 AccDes= 0.00D+00 IRadAn= 0 IDoV= 1
ScaDFX= 1.000000 1.000000 1.000000 1.000000
FoFCou: FMM=F IPFlag= 0 FMFlag= 100000 FMFlg1= 2001
NFxFlg= 0 DoJE=T BraDBF=F KetDBF=T FulRan=T
Omega= 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 ICntrl= 500 IOpCl= 0
NMat0= 1 NMatS0= 1 NMatT0= 0 NMatD0= 1 NMtDS0= 0 NMtDT0= 0
I1Cent= 4 NGrid= 0.
Petite list used in FoFCou.
Initial guess orbital symmetries:
Occupied (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
(A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
(A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
(A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
(A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
(A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
(A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
(A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
(A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
(A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
(A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
(A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
(A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
(A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
(A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
(A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
(A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
(A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
(A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
Virtual (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
(A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
(A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
(A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
(A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
(A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
(A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
(A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
(A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
(A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
(A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
(A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
(A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
(A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
(A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
(A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
(A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
(A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
(A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
(A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
(A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
(A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
(A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
(A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
(A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
(A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
(A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
(A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
(A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
(A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
(A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
(A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
(A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
(A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
(A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
(A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
(A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
(A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
(A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
(A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
(A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
(A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
(A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
(A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
(A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
(A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
(A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
(A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
(A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
(A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
(A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
(A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
(A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
(A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
(A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
(A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
(A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
(A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
(A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
(A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
(A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
(A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
(A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
(A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
(A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
(A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
(A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
(A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
(A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
(A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
(A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
(A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
(A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
(A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
(A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
(A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
(A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
(A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
(A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
(A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
(A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
(A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
(A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
(A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
(A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
(A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
(A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
The electronic state of the initial guess is 1-A.
Requested convergence on RMS density matrix=1.00D-08 within 128 cycles.
Requested convergence on MAX density matrix=1.00D-06.
Requested convergence on energy=1.00D-06.
No special actions if energy rises.
Restarting incremental Fock formation.
Restarting incremental Fock formation.
Restarting incremental Fock formation.
Restarting incremental Fock formation.[/cut]

[VTur]

Оперативка большая?
Лучше бы конешно весь файл посмотреть
Вот так делали
SCF(VarAcc,NoIncFock,SSD,XQC)
Если и это не поможет, то придется все шаги в памяти сохранять

[Любитель_Манниха]

Оперативка большая?

Выделено 1 Гб.

Лучше бы конешно весь файл посмотреть

porph-gau1.txt

После 94-х циклов таки сошлось на первом шаге
На втором уже за 20. Правда это наверное мало о чём говорит.

[VTur]

То исть - помогло?

[Любитель_Манниха]

Нет. Для этого начального взаиморасположения металла и лиганда повезло, я ничего не менял - более дорогой базис брал изначально.
А для другой аналогичной системы (для которой я прервал расчёт и перезапустил с Q-SCF) - думает. Аут на текущий момент - в txt:

[VTur]

Сообщение "Gradient too large for Newton-Raphson" - исходная геометрия сильно кривая. Но почему только QC, а не SCF(VarAcc,NoIncFock,SSD,XQC)?

[Любитель_Манниха]

Э. Возможно так было бы и лучше. Молекула так пока и не досчиталась а у меня следующий вопрос:
замучавшись ждать, запустил расчёт в ПРИРОДе. Даже на одном процессоре считает быстрее Гауссиана (B3LYP, basis4).
Вопрос такой - о чём говорит тот факт, что для базиса 6-31++G(d,p) (вынутого коллегой amge из Орки)- фейл, а для basis4 расчёт идёт?
Прилагаю ауты для 6-31++G(d,p) в сочетании с PBE (завалилось на первом шаге) и B3LYP (завалилось на втором шаге).

[Гесс]

Вопрос такой - о чём говорит тот факт, что для базиса 6-31++G(d,p) (вынутого коллегой amge из Орки)- фейл, а для basis4 расчёт идёт?

Вцелом ни о чем...