расчёты для порфиринов

вопросы строения молекул и квантовой химии
Аватара пользователя
amge
Сообщения: 1788
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: расчёты для порфиринов

Сообщение amge » Ср апр 01, 2015 2:34 pm

Любитель_Манниха писал(а):Вопрос такой - о чём говорит тот факт, что для базиса 6-31++G(d,p) (вынутого коллегой amge из Орки)- фейл, а для basis4 расчёт идёт?
Ни о чем особенном не говорит. Я тоже обращал внимание, что Природа не дружит с чужими базисами с диффузионными функциями (если попробуете 6-31G(d,p), без плюсов, то, думаю, все будет нормально, но смысла в этом особого нет, родные природовские базисы лучше). В новых базисах Природы (которые сейчас на сайте) мелькает что-то с плюсами, но означают ли эти плюсы диффузионные функции - не знаю. Поробуйте спросить у Лайкова.

Аватара пользователя
Любитель_Манниха
флудомастер
Сообщения: 15178
Зарегистрирован: Вт июл 15, 2008 11:55 pm

Re: расчёты для порфиринов

Сообщение Любитель_Манниха » Ср апр 01, 2015 4:05 pm

Ясно, спасибо!
А на что намекает такое явление: при замене катиона (исходная геометрия та же, что и с Mg2+) на более тяжёлый Природа выдаёт такие аутпуты:
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.
Я лично правами человека накушалась досыта. Некогда и мы,и ЦРУ,и США использовали эту идею как таран для уничтожения коммунистического режима и развала СССР. Эта идея отслужила свое,и хватит врать про права человека и про правозащитников. © Новодворская

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 11803
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: расчёты для порфиринов

Сообщение Гесс » Ср апр 01, 2015 4:26 pm

Помоему оно в неприятном удивлении от геометрии.
А запихивание иона металла в это место чем то обосновано?

Аватара пользователя
Любитель_Манниха
флудомастер
Сообщения: 15178
Зарегистрирован: Вт июл 15, 2008 11:55 pm

Re: расчёты для порфиринов

Сообщение Любитель_Манниха » Ср апр 01, 2015 4:32 pm

Ну. Хочется координации щел и щел-зем металла по кислородам :)

[ Post made via Android ] Изображение
Я лично правами человека накушалась досыта. Некогда и мы,и ЦРУ,и США использовали эту идею как таран для уничтожения коммунистического режима и развала СССР. Эта идея отслужила свое,и хватит врать про права человека и про правозащитников. © Новодворская

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 11803
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: расчёты для порфиринов

Сообщение Гесс » Ср апр 01, 2015 4:43 pm

Любитель_Манниха писал(а):Ну. Хочется координации щел и щел-зем металла по кислородам :)
Его пока плющит по атому углерода порфиринового кольца.
Вопрос всем: МД здесь не помошник для стартовых структур?

Аватара пользователя
Любитель_Манниха
флудомастер
Сообщения: 15178
Зарегистрирован: Вт июл 15, 2008 11:55 pm

Re: расчёты для порфиринов

Сообщение Любитель_Манниха » Ср апр 01, 2015 7:41 pm

Я как-то оптимизировал ММ такой краун-порфирин с дикатионом 1,3-диаминопропана, сначала первый аммониевый катион вставал к кислородам первого крауна, а потом фенилы второго краун-кольца разворачивалось так, чтобы получался "цис"-конформер, и второй аммониевый катион ориентировался на второй краун. Если брать просто катионы металлов, то сильно зависит от того, куда изначально их ляпнешь - иногда вроде и рядом с гетероатомами поставил, а он в бесконечность улетел.

[ Post made via Android ] Изображение
Я лично правами человека накушалась досыта. Некогда и мы,и ЦРУ,и США использовали эту идею как таран для уничтожения коммунистического режима и развала СССР. Эта идея отслужила свое,и хватит врать про права человека и про правозащитников. © Новодворская

Аватара пользователя
Любитель_Манниха
флудомастер
Сообщения: 15178
Зарегистрирован: Вт июл 15, 2008 11:55 pm

Re: расчёты для порфиринов

Сообщение Любитель_Манниха » Ср апр 01, 2015 7:42 pm

Гесс писал(а): Его пока плющит по атому углерода порфиринового кольца.
С магнием не плющит, а с барием плющит? :shock:

[ Post made via Android ] Изображение
Я лично правами человека накушалась досыта. Некогда и мы,и ЦРУ,и США использовали эту идею как таран для уничтожения коммунистического режима и развала СССР. Эта идея отслужила свое,и хватит врать про права человека и про правозащитников. © Новодворская

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 11803
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: расчёты для порфиринов

Сообщение Гесс » Ср апр 01, 2015 8:02 pm

Любитель_Манниха писал(а):
Гесс писал(а): Его пока плющит по атому углерода порфиринового кольца.
С магнием не плющит, а с барием плющит? :shock:
Я посмотрел последние фэланутые файлы - контакт с кислородом 1.4, с водородом 1.84, с углеродом 2.2, причем водород с металлом и углеродом на одной прямой. Я бы это назвал плющит. Не, может оптимизация его и расплющивает во чтото приличное, но это пока увидеть можете только вы.

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 1788
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: расчёты для порфиринов

Сообщение amge » Ср апр 01, 2015 8:13 pm

Любитель_Манниха писал(а):А на что намекает такое явление: при замене катиона (исходная геометрия та же, что и с Mg2+) на более тяжёлый Природа выдаёт такие аутпуты:
Приложенные файлы - не совсем fail. SCF хоть и не вполне сходится, но программа не считает ситуацию безнадежной и не вылетает. После того как геометрия улучшится, на сведение SCF будет, скорее всего, хватать и 15 циклов, и расчет закончится корректно.

Можно добавить циклов SCF:
$scf iter=50 $end

Аватара пользователя
Любитель_Манниха
флудомастер
Сообщения: 15178
Зарегистрирован: Вт июл 15, 2008 11:55 pm

Re: расчёты для порфиринов

Сообщение Любитель_Манниха » Чт апр 02, 2015 1:04 am

Гесс писал(а): может оптимизация его и расплющивает во чтото приличное, но это пока увидеть можете только вы.
Oh shi~, если смотреть в кемкрафте, там очень быстро крауны разлетаются на атомы :?
Прилагаю то, что за сегодня насчитало (в два захода с вынужденной перезагрузкой компа).
ЗЫ: лиганд был предварительно оптимизирован в Гауссиане, b3lyp/cc-pvdz.
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.
Я лично правами человека накушалась досыта. Некогда и мы,и ЦРУ,и США использовали эту идею как таран для уничтожения коммунистического режима и развала СССР. Эта идея отслужила свое,и хватит врать про права человека и про правозащитников. © Новодворская

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 11803
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: расчёты для порфиринов

Сообщение Гесс » Чт апр 02, 2015 2:44 am

Любитель_Манниха писал(а):Oh shi~, если смотреть в кемкрафте, там очень быстро крауны разлетаются на атомы :?
Все там нормально, это кемкрафт нелюбит CH связи длиннее 1.2 и CC длиннее 1.6.
То что они такие удлиненные - возможно эффект базиса.
Ну получившийся результат выглядит может и не очень романтично, но явно приятнее исходной структуры.
я думаю если отобрать протоны то металл окончательно плюнет на координацию крауном и уйдет с концами в порфирин.
И уподобится лиганд незамещенному.

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 1788
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: расчёты для порфиринов

Сообщение amge » Чт апр 02, 2015 6:36 am

Любитель_Манниха писал(а):Oh shi~, если смотреть в кемкрафте, там очень быстро крауны разлетаются на атомы :?
У Вас гибридный функционал (B3LYP) и theory=dft (по умолчанию). Это неправильно (HF-часть функционала попросту игнорируется)! Отсюда и дурные длины связей. В Природе для гибридных функционалов обязательно нужно theory=ridft. Считать будет существенно дольше.

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 11803
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: расчёты для порфиринов

Сообщение Гесс » Чт апр 02, 2015 11:11 am

amge писал(а):У Вас гибридный функционал (B3LYP) и theory=dft (по умолчанию).
У меня помнится с такими настройками вообще не заработало, я кажется жаловался тут. :)
amge писал(а):Это неправильно (HF-часть функционала попросту игнорируется)! Отсюда и дурные длины связей.
Если бы оно просто игнорироало ХФ часть то резуьтат должен был бы быть ТЕОРЕТИЧЕСКИ эквивалентен BLYPу. Вы думаете это так?
amge писал(а):В Природе для гибридных функционалов обязательно нужно theory=ridft. Считать будет существенно дольше.
Как Вы думаете - оно врет только по длинам связей или ваще глобально? Если только по длинам связей вероятно достаточно дооптимизировать с последней геометрии, это будет намного быстрее чем с самого начала (ну неверю я минимум рядом с исходной структурой).

Аватара пользователя
Любитель_Манниха
флудомастер
Сообщения: 15178
Зарегистрирован: Вт июл 15, 2008 11:55 pm

Re: расчёты для порфиринов

Сообщение Любитель_Манниха » Чт апр 02, 2015 3:13 pm

:shock:
Тупой вопрос - это только для Природы так, в том же Гауссиане автоматически делается riDFT для гибридных функционалов?
Ещё тупой вопрос - для подобных структур лучше всё-таки B3LYP или дефолтное для Природы PBE?
Я лично правами человека накушалась досыта. Некогда и мы,и ЦРУ,и США использовали эту идею как таран для уничтожения коммунистического режима и развала СССР. Эта идея отслужила свое,и хватит врать про права человека и про правозащитников. © Новодворская

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 11803
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: расчёты для порфиринов

Сообщение Гесс » Чт апр 02, 2015 3:59 pm

Любитель_Манниха писал(а)::shock:
Тупой вопрос - это только для Природы так, в том же Гауссиане автоматически делается riDFT для гибридных функционалов?
В гауссиане помнится нет resolution of identity для DFT - соответственно нету ручек - нет варенья - и проблемы нет.
В нем есть density fitting, что собственно то же самое что RI, базисы в него можно задавать через /Gen/Gen, но я им никогда не пользовался.
В остальных пакетах RI включается специальными словами и считать можно как с ним так и без него. В этой части природа отличилась.
Любитель_Манниха писал(а):Ещё тупой вопрос - для подобных структур лучше всё-таки B3LYP или дефолтное для Природы PBE?
:003: его знает товарищ майор. В среднем по больнице по органике B3LYP очень замечательный функционал. Что ровным счетом ничего не гарантирует. Посмотрите чем народ считает порфирины. По их расчетам статей много.
Последний раз редактировалось Гесс Чт апр 02, 2015 6:53 pm, всего редактировалось 1 раз.
Причина: пост редактировался несколько раз, в виде уточнений и переводов этих уточнений на русский.

Аватара пользователя
Любитель_Манниха
флудомастер
Сообщения: 15178
Зарегистрирован: Вт июл 15, 2008 11:55 pm

Re: расчёты для порфиринов

Сообщение Любитель_Манниха » Чт апр 02, 2015 4:06 pm

В гауссиане помнится нет resolution of identity для DFT - соответственно нету ручек - нет варенья - и проблемы нет.
Ну так это значит или не значит, что pure DFT + B3LYP -
amge писал(а):Это неправильно (HF-часть функционала попросту игнорируется)!
???
Я лично правами человека накушалась досыта. Некогда и мы,и ЦРУ,и США использовали эту идею как таран для уничтожения коммунистического режима и развала СССР. Эта идея отслужила свое,и хватит врать про права человека и про правозащитников. © Новодворская

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 11803
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: расчёты для порфиринов

Сообщение Гесс » Чт апр 02, 2015 4:13 pm

Любитель_Манниха писал(а):
В гауссиане помнится нет resolution of identity для DFT - соответственно нету ручек - нет варенья - и проблемы нет.
Ну так это значит или не значит, что pure DFT + B3LYP -
Нет, не значит.
RI это своего рода надстройка над функционалом. Теоретически она совместима как с гибридными так и с чистыми функционалами. Практически - в природе все немного специфично.
Вот скажем в орке:
For GGA calculations, use of the RI-J approximation is generally recommended and is the default in ORCA.
For hybrid GGA or hybrid meta-GGA calculations, use of the RI-JK or RIJCOSX approximations can speed things up considerably.

Я кстати не уверен правильнее ли pure GGA, или pure DFT.
Короче - каждый считает как хочет. Хоть с RI хоть без. По умолчанию - чистые С, гибридные БЕЗ.
В природе же - гибридники только С, чистые точно можно БЕЗ, можно ли С - неуверен.

Кстати непонятно почему С получается медленнее. Гибридные функционалы заметно дороже чистых (очень заметно в турбомоле), но RI должно значимо сокращать время.

Аватара пользователя
Любитель_Манниха
флудомастер
Сообщения: 15178
Зарегистрирован: Вт июл 15, 2008 11:55 pm

Re: расчёты для порфиринов

Сообщение Любитель_Манниха » Пт апр 03, 2015 4:08 pm

theory=ridft. Считать будет существенно дольше
Мда. Похоже, что для систем такого размера и моего железа - не существенно, а катастрофически :lol:
За сутки даже нулевой шаг не сделало. Пора втыкать SSD :roll:
Кстати, а какого дьявола Природа запрашивает, скажем, 700 Мб памяти, а пользует только 2-3?
Или это особенности винды, и остальное "выделяется" в свап-файле?
Я лично правами человека накушалась досыта. Некогда и мы,и ЦРУ,и США использовали эту идею как таран для уничтожения коммунистического режима и развала СССР. Эта идея отслужила свое,и хватит врать про права человека и про правозащитников. © Новодворская

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 1788
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: расчёты для порфиринов

Сообщение amge » Пт апр 03, 2015 6:29 pm

Считайте PBE. По моим ощущениям, результаты PBE и B3LYP существенно отличаются только в редких случаях. Или берите базисы с ECP

VTur
Сообщения: 7360
Зарегистрирован: Пт авг 31, 2007 1:36 pm

Re: расчёты для порфиринов

Сообщение VTur » Сб апр 04, 2015 3:51 pm

Разложение един цы сущестсенно сокращает время счета, однако, увеличивает погрешность, которая зависит от вспомогательного базиса. Я предпочитаю это приближение не использовать.

[ Post made via Android ] Изображение
После отстоя требуйте долива

Ответить

Вернуться в «квантовая химия и моделирование»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: Bing [Bot] и 4 гостя