расчёты для порфиринов

вопросы строения молекул и квантовой химии
kbob
Сообщения: 1307
Зарегистрирован: Сб окт 17, 2009 9:48 am

Re: расчёты для порфиринов

Сообщение kbob » Вс апр 05, 2015 12:47 pm

VTur писал(а):Разложение един цы сущестсенно сокращает время счета, однако, увеличивает погрешность, которая зависит от вспомогательного базиса. Я предпочитаю это приближение не использовать.

[ Post made via Android ] Изображение
Погрешность возрастает незначительно, использовать можно.
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/24116550
If you are not part of the solution, you are part of the precipitate.

VTur
Сообщения: 7360
Зарегистрирован: Пт авг 31, 2007 1:36 pm

Re: расчёты для порфиринов

Сообщение VTur » Вс апр 05, 2015 9:49 pm

Для каких молекул посчитано?
После отстоя требуйте долива

Аватара пользователя
Любитель_Манниха
флудомастер
Сообщения: 15178
Зарегистрирован: Вт июл 15, 2008 11:55 pm

Re: расчёты для порфиринов

Сообщение Любитель_Манниха » Вс апр 05, 2015 11:32 pm

Просьба дискуссию о достоинствах и недостатках RI-DFT в общем виде продолжить в другой теме :)
Для моих систем с катионами металлов пока выяснено, что считая на обычном компе: с Гауссианом-B3LYP-DFT можно состариться, с Природой и RI-DFT-B3LYP тоже, DFT-B3LYP в Природе работает некорректно, а вот Природа-DFT-PBE считает быстро, и по мнению коллеги amge достаточно качественно. Если есть какие-то соображения против PBE для порфиринов/краунов/систем с зарядами - прошу ими поделиться :)
Я лично правами человека накушалась досыта. Некогда и мы,и ЦРУ,и США использовали эту идею как таран для уничтожения коммунистического режима и развала СССР. Эта идея отслужила свое,и хватит врать про права человека и про правозащитников. © Новодворская

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 11804
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: расчёты для порфиринов

Сообщение Гесс » Пн апр 06, 2015 1:48 am

Что такое, в свое теме вы против оффтопа? :D
DFT-B3LYP и DFT-PBE говорить некорректно. Просто B3LYP и PBE, либо, применитеьно к данному случаю - гибридные и чистые GGA функционалы соответственно.

Соображение было очень простое - посмотреть литературу.
Спрашиваем гугл - получаем приложенную статью.
Liao_et_al-2006-Journal_of_Computational_Chemistry.pdf
Читаем статью по диагонали - видим
‘‘Good’’ functionals for all FeP, FeP(Cl), and FeP(THF)2: HCTH/407, B3LYP, B97, B97-1, and -HCTH-hyb.
Most GGA and meta-GGA functionals are biased towardlower-spin states and so fail to give a correct ground state for thehigh-spin systems, for which the meta-GGA functionals showmore or less improvement over the GGA ones.
Слово PBE в статье встречается 107 раз. Чем оно плохо - читайте не по диагонали.

А скажем в
DOI:
http://dx.doi.org/10.1016/j.chemphys.2007.10.030
разноагольствуется что GGA+U уже получше чем GGA.
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 1788
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: расчёты для порфиринов

Сообщение amge » Пн апр 06, 2015 7:46 am

Статья в JCC - какая-то подозрительная. Авторы использовали геометрии, оптимизированные функционалом BP (впервые слышу про такой), а для остальных - SP-расчет. Во-первых, зачем вообще оптимизировали, если есть эксп. xray данные, во-вторых, почему функционалом, который даже отсутствует в их же списке "хороших"? Подозрения усугубляются тем, что двое авторов из трех - явно китайцы.

Но в любом случае, ТС может воспользоваться (на мой взгляд, сомнительным) утверждением авторов этой статьи о том, что от функционала геометрия нифига не зависит и спокойно оптимизировать свои структуры Природой, а затем делать SP-расчет чем-то другим - быстрее будет.

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 1788
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: расчёты для порфиринов

Сообщение amge » Пн апр 06, 2015 8:28 am

Немного оффтоп, но раз уж речь зашла о сравнении функционалов...

С большим удивлением прочитал (см. приложенную статью), что B3LYP, оказывается, напрочь игнорирует дисперсионное взаимодействие. Проверил - действительно. Тогда как чистый PBE (DFT/PBE/L1, Природа) дает для димера аргона минимум на 4.0 ангстрем глубиной 140 кал - вполне достойно на фоне других.
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 11804
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: расчёты для порфиринов

Сообщение Гесс » Пн апр 06, 2015 2:25 pm

А аргон учавствовал в гибридизации B3LYPа?
А не сочтите за труд с помощью DFT-D3 наложить дисперсионную коррекцию на вашу кривую. (правда в DFT-D3 скорее всего нет L1, тогда придется еще и кривую пересчитывать). Ну или сразу применять D3 коррекцию из орки или из D релиза гауссана.

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 11804
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: расчёты для порфиринов

Сообщение Гесс » Пн апр 06, 2015 2:56 pm

Еще одна мысль кстати - CAM-B3LYP, он обязан учитывать дальние взаимодействия.
В Природе его кажется нет, но тут мы опять возвращаемся к Орке и Гауссиану.

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 1788
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: расчёты для порфиринов

Сообщение amge » Пн апр 06, 2015 4:00 pm

Гесс писал(а):А не сочтите за труд с помощью DFT-D3 наложить дисперсионную коррекцию на вашу кривую. (правда в DFT-D3 скорее всего нет L1, тогда придется еще и кривую пересчитывать).
Наложил. Минииум сместился на 3.8 ангстрем (правильно) и стал глубиной 340 кал (вроде, глубоковат малость). Насчет базиса в dftd3 - он там практически не предусмотрен. Поправки, полученные в базисе QZVP, зашиты в огромный файл параметров, и dftd3 выдает результат за доли секунды.
Гесс писал(а):Еще одна мысль кстати - CAM-B3LYP, он обязан учитывать дальние взаимодействия.
В Природе его кажется нет, но тут мы опять возвращаемся к Орке и Гауссиану.
Да ... с ним, с CAM-B3LYP. В Природе нет массы гораздо более важных вещей, например, учета растворителя.

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 11804
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: расчёты для порфиринов

Сообщение Гесс » Пн апр 06, 2015 4:24 pm

amge писал(а):
Гесс писал(а):А не сочтите за труд с помощью DFT-D3 наложить дисперсионную коррекцию на вашу кривую. (правда в DFT-D3 скорее всего нет L1, тогда придется еще и кривую пересчитывать).
Наложил. Минииум сместился на 3.8 ангстрем (правильно) и стал глубиной 340 кал (вроде, глубоковат малость). Насчет базиса в dftd3 - он там практически не предусмотрен. Поправки, полученные в базисе QZVP, зашиты в огромный файл параметров, и dftd3 выдает результат за доли секунды.
Это в PBE? А в B3LYP?
Я DFT-D3 использовал слишком давно, я еще помню что там надо указывать функционал но уже непомнил нужен ли там базис. Из общей логики предположил что нужен. Обшибся.
amge писал(а):
Гесс писал(а):Еще одна мысль кстати - CAM-B3LYP, он обязан учитывать дальние взаимодействия.
В Природе его кажется нет, но тут мы опять возвращаемся к Орке и Гауссиану.
Да ... с ним, с CAM-B3LYP. В Природе нет массы гораздо более важных вещей, например, учета растворителя.
:offtop: Нууу, у всех свои предпочтения. При том что слишком хороших моделей растворителя я незнаю, то для меня лишние функционалы ценнее чем так себе модели.
Не, понятно что в иделае бы хотелось много всего и сразу: функционалы, растворитель, CAS, SAC, EOM, MR, CI и самые разнообразные комбинации этих букв. Но тогда природа тупо выгонит всех с рынка :lol:

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 1788
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: расчёты для порфиринов

Сообщение amge » Вт апр 07, 2015 8:22 am

Гесс писал(а):Это в PBE? А в B3LYP?
Становится нормально:
DFT-D3.png
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 1788
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: расчёты для порфиринов

Сообщение amge » Вт апр 07, 2015 8:48 am

Гесс писал(а):Не, понятно что в иделае бы хотелось много всего и сразу: функционалы, растворитель, CAS, SAC, EOM, MR, CI и самые разнообразные комбинации этих букв. Но тогда природа тупо выгонит всех с рынка :lol:
Да хотя бы не растворитель, а бесструктурная среда, характеризуемая только диэлектрической проницаемостью. А то последнее время постоянно приходится иметь дело с ионными парами, которые в вакууме так и норовят образовать коавалентную связь. И если бы была возможность с помощью эпсилон всего лишь уменьшить электростатическое притяжение между ионами (а в вакууме оно немаленькое, десятки ккал/моль), было бы гораздо лучше. И модели, как назло, большие, от Природы особо не уйдешь.

VTur
Сообщения: 7360
Зарегистрирован: Пт авг 31, 2007 1:36 pm

Re: расчёты для порфиринов

Сообщение VTur » Пт апр 10, 2015 8:22 pm

В DFT по определению нет дисперсионного взаимодействия. Оно было получено в теории возмущений и может быть только в ней.
В ДФТ возникнет слабое связывание, если возникнет перемычка из электронной плотности.

[ Post made via Android ] Изображение
После отстоя требуйте долива

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 11804
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: расчёты для порфиринов

Сообщение Гесс » Пт апр 10, 2015 9:54 pm

VTur писал(а):В DFT по определению нет дисперсионного взаимодействия. Оно было получено в теории возмущений и может быть только в ней.
В ДФТ возникнет слабое связывание, если возникнет перемычка из электронной плотности.
http://www.compchemhighlights.org/2014/ ... n-dft.html
ну и до кучи
http://www.tau.ac.il/~odedhod/abs/abs026.html

VTur
Сообщения: 7360
Зарегистрирован: Пт авг 31, 2007 1:36 pm

Re: расчёты для порфиринов

Сообщение VTur » Пт апр 10, 2015 11:27 pm

В DFT дисперсионного взаимодействия нет по определению. Почитайте что-нибудь как было получено дисперсионное/индукционное/ориентационное взаимодействие.

Гримм придумал присандалить эмпирическую поправку к DFT, в результате как бы получаются нужные минимумы. Но ни волновая функция, ни электронная плотность для этого минимума не чаляются оптимальными. Они получаются на предыдущем шаге. Они получаются для неоптимального состояния, висящего над этим искусственным минимумом

[ Post made via Android ] Изображение
После отстоя требуйте долива

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 11804
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: расчёты для порфиринов

Сообщение Гесс » Пт апр 10, 2015 11:49 pm

При чем тут вообще Гримме? На нем свет клином не сошелся.
В DFT дисперсию можно учитывать разными манерами. О чем в частности указано и в приведенных ссылках.

Вот еще обзор по "как с дисперсией в DFT"
DOI:
http://dx.doi.org/10.1002/poc.1606

Dispersion interactions in density-functional theory

По D-коррекциям Гримме - два скромных абзаца.

Аватара пользователя
Любитель_Манниха
флудомастер
Сообщения: 15178
Зарегистрирован: Вт июл 15, 2008 11:55 pm

Re: расчёты для порфиринов

Сообщение Любитель_Манниха » Сб апр 11, 2015 2:28 am

Любитель_Манниха писал(а):
theory=ridft. Считать будет существенно дольше
Мда. Похоже, что для систем такого размера и моего железа - не существенно, а катастрофически :lol:
За сутки даже нулевой шаг не сделало.
Появилась возможность иногда пользовать более мощное железо.
На 32-х ядрах нулевой шаг (таки RIDFT-B3LYP) не сделан за 5+ часов :?

Тем временем на домашнем компе потихоньку считается с PBE, прилагаю аут на суд общественности :roll:
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.
Я лично правами человека накушалась досыта. Некогда и мы,и ЦРУ,и США использовали эту идею как таран для уничтожения коммунистического режима и развала СССР. Эта идея отслужила свое,и хватит врать про права человека и про правозащитников. © Новодворская

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 11804
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: расчёты для порфиринов

Сообщение Гесс » Сб апр 11, 2015 3:01 am

Ну вцелом ведет себя хорошо. Разве что на последних трех шагах наметился прыжочек энергии, может стать началом осциляций.

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 1788
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: расчёты для порфиринов

Сообщение amge » Сб апр 11, 2015 7:16 am

Любитель_Манниха писал(а):Тем временем на домашнем компе потихоньку считается с PBE, прилагаю аут на суд общественности :roll:
Ух ты, как интересно. Барий организовал себе домик :). А если от порфирина азотные протоны отодрать?

Кстати, рекомендую: следилка за ходим оптимизации

Код: Выделить всё

#!/usr/bin/perl -w

die "Usage: $0 output.file\n" unless @ARGV;

my $f = qr/-?\d+\.\d+/;
my $count;

open FILE, '<', $ARGV[0] or die "Can't read $ARGV[0]: $!\n";
for (;;) {
  for ($curpos = tell(FILE); $_ = <FILE>; $curpos = tell(FILE)) {
    # search for some stuff and put it into files
    m/Geometry Optimization Step (\d+):/ && $1 != 0 && printf "%3d  ", $1-1;
    m/^\s+Energy:\s+($f)/                && print "$1 \t";
    m/^\s+max. gradient\s+=\s*($f)/i     && print "$1\n";
    m/OPTIMIZATION CONVERGED/            && print ++$count." OPTIMIZATIONs\n";
    m/ Memory used =/                    && exit;
    # for IRC
    m/^IRC> (path point .+)/              && print "$1\n";
    m/^ Optimization Cycle\s+(\d+):/      && printf "%2d  ", $1;
    m/^ Energy =\s+($f)/                  && print "$1  ";
#    m/^ gradient =\s*($f)\s+displacement/ && print "$1\n";
    m/^ gradient =\s*($f)\s+/             && print "$1\n";
    m/^IRC> point/                        && print;
    m/^ REACTION PATH:/                   && exit;
    # for numeric hessian
    m/^ Step $f au \w+\s+for coordinate\s+\d+:/ && print;
  }
  sleep 1;
  seek(FILE, $curpos, 0);
}
Градиенты еще большие.

VTur
Сообщения: 7360
Зарегистрирован: Пт авг 31, 2007 1:36 pm

Re: расчёты для порфиринов

Сообщение VTur » Вс апр 12, 2015 5:20 pm

На счет дисперсии. Дисперсионная поправка была получена в рамках теории возмущений, и честно реализована может быть только в ней. Либо посредством эмпирических поправок, как в DFT D. Происхождение дисперсионного взаимодействия - нулевые колебания. Где FDT и где нулевые колебания

[ Post made via Android ] Изображение
Последний раз редактировалось VTur Вс апр 12, 2015 10:15 pm, всего редактировалось 1 раз.
После отстоя требуйте долива

Ответить

Вернуться в «квантовая химия и моделирование»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 1 гость