Gamess-Us. Использование псевдопотенциалов и базисов для Lu.

вопросы строения молекул и квантовой химии
Ответить
etzell
Сообщения: 139
Зарегистрирован: Пн май 10, 2010 12:55 pm

Gamess-Us. Использование псевдопотенциалов и базисов для Lu.

Сообщение etzell » Пн июн 06, 2011 11:18 am

Доброе время. на сайте http://www.theochem.uni-stuttgart.de/ps ... se.en.html можно выбрать псевдопотенциал и базис для лантанидов. Gamess - формат там недоступен, но есть формат для Gaussian, который можно переделать в Gamess, кам не сказали. Какие ключи нужно использовать в инпут файле и как вообще подключать внешний базис (или его можно сразу вставить в input-файл Gamess) для рачсета с ECP (молекула содержит лютеций)?

alxyppv
Сообщения: 560
Зарегистрирован: Сб апр 07, 2007 11:23 am

Re: Gamess-Us. Использование псевдопотенциалов и базисов для

Сообщение alxyppv » Пн июн 06, 2011 11:27 am

это опять я. в Орке вшиты базисы из турбрмола. Если вы делаете расчет в Орке с исползованием опции PrintBasis, то в выдаче будет напечатан базис в фомате гамесс. Можно просто копировать :)
А так - мне, например, неизвестны опции автоматического пернеделывания форматов, но здесь и вручную один раз можно переделать просто сравнивая форматы. Или посмотрет на сайте https://bse.pnl.gov/bse/portal - там есть и гамессовский формат.
Пр подключении внешнего базиса я обычно вставляю его непосредственно в группу $DATA, но тогда нужно ставить базис после каждого атома, а группу $BASIS убить.
А.П.

etzell
Сообщения: 139
Зарегистрирован: Пн май 10, 2010 12:55 pm

Re: Gamess-Us. Использование псевдопотенциалов и базисов для

Сообщение etzell » Пн июн 06, 2011 11:39 am

Хорошо, попробую. Спасибо!

etzell
Сообщения: 139
Зарегистрирован: Пн май 10, 2010 12:55 pm

Re: Gamess-Us. Использование псевдопотенциалов и базисов для

Сообщение etzell » Пн июн 06, 2011 12:36 pm

Кстати а как быть с Лютецием? Дл лютеция Gamess-Us- формат выдает на сайте следующее:
$ECP
LU-ECP GEN 28 5
1 ----- h-ul potential -----
0.000000000 2 1.000000000
1 ----- s-ul potential -----
989.995584000 2 35.162097000
1 ----- p-ul potential -----
278.865652000 2 19.464402000
1 ----- d-ul potential -----
71.009178000 2 10.006865000
1 ----- f-ul potential -----
-47.405890000 2 23.517932000
1 ----- g-ul potential -----
-35.557146000 2 29.412238000
$END
------------------------
Если я буду вставлять это все в $DATA, то у меня выходит ошибка, так как у меня ключ $ECP открывается. Это нужно вставлять после $DATA, тогда как быть с атомом лютецием, для которого задаются координаты?

Аватара пользователя
sanya1024
Сообщения: 1667
Зарегистрирован: Чт янв 20, 2011 3:24 pm

Re: Gamess-Us. Использование псевдопотенциалов и базисов для

Сообщение sanya1024 » Пн июн 06, 2011 1:54 pm

check.zip
Здесь в файле используется внешний базис,
BASIS.ZIP
но можно вставлять базисы прямо в $DATA, как обычно.
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.
Вот и вся моя работа. Стеречь ребят над пропастью во ржи. (Дж. Д. Сэлинджер)

VTur
Сообщения: 7360
Зарегистрирован: Пт авг 31, 2007 1:36 pm

Re: Gamess-Us. Использование псевдопотенциалов и базисов для

Сообщение VTur » Пн июн 06, 2011 7:14 pm

Эти базисы
а) "CRENBL ECP"
La: R.B. ROSS, W.C. ERMLER, P.A. CHRISTIANSEN ET AL. J. CHEM.
! PHYS. 93,(1990)6654.
!Ce - Lu: R.B. Ross, W.C. Ermler, S. Das, To be published
!Hf - Rn: R.B. ROSS, W.C. ERMLER, P.A. CHRISTIANSEN ET AL. J. CHEM.
! PHYS. 93,(1990)6654.
!Fr - Pu: W.C. ERMLER, R.B. ROSS, P.A. CHRISTIANSEN, INT. J. QUANT.
! CHEM. 40,(1991)829.
!Am - Uuo:C.S. NASH, B.E. BURSTEN, W.C. ERMLER, J. CHEM. PHYS. 1997

б) "Stuttgart RSC 1997 ECP"
Rf - Ha: M. Dolg, H. Stoll, H. Preuss, R.M. Pitzer, J. Phys. Chem. 97, 5852
! (1993).
есть в ЧемКрафте. Вы их можете автоматически использовать для генерации входного файла ГАМЕСС,
если недостаточно, подгрузите свой и автоматом создавайте свой файл




.
После отстоя требуйте долива

etzell
Сообщения: 139
Зарегистрирован: Пн май 10, 2010 12:55 pm

Re: Gamess-Us. Использование псевдопотенциалов и базисов для

Сообщение etzell » Вт июн 07, 2011 4:19 pm

Спасибо. не знал про эту возможность Чемкрафта) Надо будет посмотреть еще и другие возможности этой программы.
Кстати, когда я выбираю базисы (Штуттгарт), то в $DATA нет базисных функции для атомов водорода. Для них в ручную нужно выбирать базисные функции из другого базиса? Или как в этом случае быть?

VTur
Сообщения: 7360
Зарегистрирован: Пт авг 31, 2007 1:36 pm

Re: Gamess-Us. Использование псевдопотенциалов и базисов для

Сообщение VTur » Ср июн 08, 2011 8:03 pm

Либо прописать для него свой базис руками,
либо подгрузить другой базис с водородами,
либо взять понравившийся базис, поставить водороды первыми, создать новый файл, вырезать из него водороды с базисом, вставить в свой.
После отстоя требуйте долива

Аватара пользователя
sanya1024
Сообщения: 1667
Зарегистрирован: Чт янв 20, 2011 3:24 pm

Re: Gamess-Us. Использование псевдопотенциалов и базисов для

Сообщение sanya1024 » Чт июн 09, 2011 12:07 am

Я посмотрела, как в ChemCraft это работает... что-то странновато получается. На мой взгляд, руками проще :) Базисы тут: https://bse.pnl.gov/bse/portal. Можно создать в ChemCraft некую "рыбу", а потом доработать ее ручками.
Вот и вся моя работа. Стеречь ребят над пропастью во ржи. (Дж. Д. Сэлинджер)

VTur
Сообщения: 7360
Зарегистрирован: Пт авг 31, 2007 1:36 pm

Re: Gamess-Us. Использование псевдопотенциалов и базисов для

Сообщение VTur » Чт июн 09, 2011 8:24 pm

Если на портале нужный базис есть, то ничего дорабатывать не надо.
etzell, вышлите мне вашу структуру и укажите базис на портале.
После отстоя требуйте долива

Аватара пользователя
sanya1024
Сообщения: 1667
Зарегистрирован: Чт янв 20, 2011 3:24 pm

Re: Gamess-Us. Использование псевдопотенциалов и базисов для

Сообщение sanya1024 » Пт июн 10, 2011 12:54 am

Вот именно: взять базис с портала и если где чего не вставилось ChemCraft-ом, вставить ручками.
Но по-моему гораздо удобнее создать внешний файл с базисом (взять нужные базисы для элементов с портала) и подгружать его. Тогда, например, при рестарте оптимизации геометрии не придется заново вписывать базисы в инпут (ручками или ChemCraft-ом), побеспокоиться придется только о том, чтобы не потерялась группа $ECP.
Вот и вся моя работа. Стеречь ребят над пропастью во ржи. (Дж. Д. Сэлинджер)

Ответить

Вернуться в «квантовая химия и моделирование»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 3 гостя