Approx. hessian из панча FireFly

вопросы строения молекул и квантовой химии
Ответить
АлександрI
Сообщения: 378
Зарегистрирован: Ср мар 23, 2011 5:09 pm

Approx. hessian из панча FireFly

Сообщение АлександрI » Вт июн 14, 2011 3:14 pm

Уважаемые форумчане, кто знает, как получается этот самый Approx. hessian, который приводится в панче после успешного достижения лок. минимума. Там ещё печатаются последовательно: координаты, орбитали, градиент и Approx. hessian. Вроде бы никакого дёрганься атомов не проводилось...

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 2021
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: Approx. hessian из панча FireFly

Сообщение amge » Вт июн 14, 2011 3:48 pm

Насколько я понимаю, при вычислении этого гессиана в качестве "дерганий атомов" используются изменения геометрии, происходящие на каждом шаге оптимизации, в результате чего Approx. hessian каждый раз уточняется.

АлександрI
Сообщения: 378
Зарегистрирован: Ср мар 23, 2011 5:09 pm

Re: Approx. hessian из панча FireFly

Сообщение АлександрI » Вт июн 14, 2011 8:22 pm

amge писал(а):Approx. hessian каждый раз уточняется.
Чрезвычайно рад был услышать Ваше предположение. А где об этом можно почитать, чтобы уточнить детали?

Аватара пользователя
sanya1024
Сообщения: 1668
Зарегистрирован: Чт янв 20, 2011 3:24 pm

Re: Approx. hessian из панча FireFly

Сообщение sanya1024 » Вт июн 14, 2011 11:17 pm

Зачем? Приближенный гессиан Вы использовать не сможете. А если возьмете его вместо нормального, честно вычисленного -- получите такую лажу, что всем форумом не разберемся. Вы уже получали фигню из-за сочетания PCM+гессиан. Мало Вам? решили собрать все возможные грабли? пожалейте себя.
Вот и вся моя работа. Стеречь ребят над пропастью во ржи. (Дж. Д. Сэлинджер)

АлександрI
Сообщения: 378
Зарегистрирован: Ср мар 23, 2011 5:09 pm

Re: Approx. hessian из панча FireFly

Сообщение АлександрI » Ср июн 15, 2011 9:04 am

sanya1024 писал(а):Вы уже получали фигню из-за сочетания PCM+гессиан.
Спасибо за ответ, но если Вы всё время будете напоминать мне о РСМ+гессиан :oops: , я зарегистрируюсь под другим именем, как это делал mumu (он же provocator и т.д., см. наш форум) :)

Аватара пользователя
sanya1024
Сообщения: 1668
Зарегистрирован: Чт янв 20, 2011 3:24 pm

Re: Approx. hessian из панча FireFly

Сообщение sanya1024 » Ср июн 15, 2011 9:54 am

Я больше не буду, но и Вы не упрямьтесь.
Вот и вся моя работа. Стеречь ребят над пропастью во ржи. (Дж. Д. Сэлинджер)

Аватара пользователя
EvgeniX
Сообщения: 2780
Зарегистрирован: Пт апр 27, 2007 5:32 am

Re: Approx. hessian из панча FireFly

Сообщение EvgeniX » Ср июн 15, 2011 10:29 am

АлександрI писал(а):я зарегистрируюсь под другим именем, как это делал mumu (он же provocator и т.д., см. наш форум) :)
А потом его забанили...

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 2021
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: Approx. hessian из панча FireFly

Сообщение amge » Ср июн 15, 2011 10:58 am

АлександрI писал(а):
amge писал(а):Approx. hessian каждый раз уточняется.
Чрезвычайно рад был услышать Ваше предположение. А где об этом можно почитать, чтобы уточнить детали?
Мне об этом рассказывал коллега, который сам реализовывал алгоритмы, подобные применяемым в квантовой химии (для других целей). Так что ссылок дать не могу, но, уверен, их легко найти, просто спросив гугла, например, про BFGS.

АлександрI
Сообщения: 378
Зарегистрирован: Ср мар 23, 2011 5:09 pm

Re: Approx. hessian из панча FireFly

Сообщение АлександрI » Ср июн 15, 2011 9:17 pm

sanya1024 писал(а):А если возьмете его вместо нормального, честно вычисленного -- получите такую лажу
А есть другие честные способы вычисления гессиана, кроме дёрганья атомов?
Природа в задаче task=optimize+hessian тоже дёргает атомы, или делает это как то лучше или быстрее, чем FF? Если да, то тогда можно было бы использовать обе эти программы последовательно?

VTur
Сообщения: 7357
Зарегистрирован: Пт авг 31, 2007 1:36 pm

Re: Approx. hessian из панча FireFly

Сообщение VTur » Ср июн 15, 2011 11:09 pm

Если реализован численно, то нет. А так аналитические вторые производные. Тем ГАУССИАН лучше ГАМЕССА с ФайерФлаем, что там для ДФТ аналитический гессиан.
После отстоя требуйте долива

АлександрI
Сообщения: 378
Зарегистрирован: Ср мар 23, 2011 5:09 pm

Re: Approx. hessian из панча FireFly

Сообщение АлександрI » Ср июн 15, 2011 11:38 pm

VTur писал(а):ГАУССИАН лучше ГАМЕССА с ФайерФлаем, что там для ДФТ аналитический гессиан.
А Природа тоже считает гауссиан аналитически? Я смотрел в мануале аутпут Природы в части, где вычисляется гауссиан - там совсем не то, что в гамессах :issue:

Аватара пользователя
sanya1024
Сообщения: 1668
Зарегистрирован: Чт янв 20, 2011 3:24 pm

Re: Approx. hessian из панча FireFly

Сообщение sanya1024 » Чт июн 16, 2011 3:11 am

Природа аналитически считает. Довольно быстро. Кстати, в отличие от Гауссиана, Природа, GAMESS и FF параллелятся больше чем на 1 многоядерную ноду, тогда как Гауссиан без Линды работает в параллель только на 1 ноде. Впрочем, если у Вас не кластер (вроде бы нет?), то Вам надо сравнивать именно производительность на 1 ноде. Тогда для сравнения можно добавить Орку и Турбомоль.
Вот и вся моя работа. Стеречь ребят над пропастью во ржи. (Дж. Д. Сэлинджер)

Аватара пользователя
EvgeniX
Сообщения: 2780
Зарегистрирован: Пт апр 27, 2007 5:32 am

Re: Approx. hessian из панча FireFly

Сообщение EvgeniX » Чт июн 16, 2011 5:28 am

АлександрI писал(а):
VTur писал(а):ГАУССИАН лучше ГАМЕССА с ФайерФлаем, что там для ДФТ аналитический гессиан.
А Природа тоже считает гауссиан аналитически? Я смотрел в мануале аутпут Природы в части, где вычисляется гауссиан - там совсем не то, что в гамессах :issue:
Честно говоря, вы слишком "затеоретизировались". Провели бы небольшие расчёты в ПРИРОДе и 10-ки вопросов, которые у вас возникают на этом форуме, отпали бы как сами собой разумеющиеся. Просто нужно посмотреть выходной файл ПРИРОДы (хотя бы на примере молекулы CH4).

АлександрI
Сообщения: 378
Зарегистрирован: Ср мар 23, 2011 5:09 pm

Re: Approx. hessian из панча FireFly

Сообщение АлександрI » Чт июн 16, 2011 8:56 am

EvgeniX писал(а):слишком "затеоретизировались". Провели бы небольшие расчёты в ПРИРОДе
Да у меня все машины и машинное время заняты этим чёртовым дёргательным флайерфлайерским гауссианом! :evil: И хоть бы кто сказал типа: плюнь на не делай расчёт гауссиана в FF, а досчитывай гауссиан в Природе... А может тогда возникнут другие вопросы типа (вот интересное слово, прилипло к языку, наверное, позаимствовал от студентов): в FF-оптимизации был один базис, а здесь другой и т.п. Хотя, если кто помнит, я не так давно на форуме поддержал мнение сотрудника Гордона о том, что расчёт гауссиана не зависит от базиса, за что форумчане меня дружно обругали! :cry:

Аватара пользователя
sanya1024
Сообщения: 1668
Зарегистрирован: Чт янв 20, 2011 3:24 pm

Re: Approx. hessian из панча FireFly

Сообщение sanya1024 » Чт июн 16, 2011 4:28 pm

Просто придется делать отдельные расчеты в FF и Природе, потом сравнивать. Природа Вам понадобится, чтобы щупать разные сольваты, когда наконец решитесь учитывать водородно-связанные молекулы воды в явном виде. А PCM -- уже потом, когда (и если) захотите окунуть Ваш сольват в континуум. Тогда уже не Природой, а FF, GAMESS, Гауссиан.
Кстати, расчет гессиана можно прервать, потом рестартовать с $VIB из *.irc файла. А эксперименты с Природой много времени не займут.
Вот и вся моя работа. Стеречь ребят над пропастью во ржи. (Дж. Д. Сэлинджер)

АлександрI
Сообщения: 378
Зарегистрирован: Ср мар 23, 2011 5:09 pm

Re: Approx. hessian из панча FireFly

Сообщение АлександрI » Чт июн 16, 2011 7:13 pm

sanya1024 писал(а):расчет гессиана можно прервать, потом рестартовать
Да, верно, я так и делаю, иначе 40 атомов и nvib=2 - это не всегда удаётся сделать за один раз...
sanya1024 писал(а):щупать разные сольваты, когда наконец решитесь
Скоро обязательно захочу щупать... :very_shuffle:
sanya1024 писал(а):А PCM...
Опять!!! :evil:
sanya1024 писал(а):придется делать отдельные расчеты в FF и Природе, потом сравнивать.
Это как понять?! У меня, если Вы помните из ранних личек, довольно развесистый базис, причём разный для отдельных групп атомов, и Вы советуете делать ОТДЕЛЬНЫЕ, т.е. полные расчёты типа opt+hess на FF с названным базисом и на П, а там такого базиса нет, и сравнивать результаты? Или я неправильно понял, поясните ещё раз, пожалуйста. Ведь П мне понадобилась (пока) только для более быстрого подтверждения установления стационарной точки и в этом смысле для меня очень привлекательна :shuffle:.
Может быть, я не совсем ясно сформулировал вопрос (то простите меня), а повторяю его так:
1. Я получил на FF с моим базисом процедурой optimize сообщение о достижении стационарной точки. :!:
2. Возможно ли теперь, располагая материалом панча FF, каким то образом (посоветуйте, каким) с помощью П это подтвердить (вычислить гессиан, частоты... или ещё что)? :issue:
3. Если ДА, то тогда буду просить у г-на Лайкова программу Природа.
EvgeniX писал(а):Провели бы небольшие расчёты в ПРИРОДе
Спасибо за совет, я читал Ваши материалы на Уфе и уверен, что Вы классный спец по Природе, но, извините, у меня другая метода: прежде чем что то сделать, я 103 раз подумаю, нужно ли это делать, и нужно ли это делать вообще...

Аватара пользователя
sanya1024
Сообщения: 1668
Зарегистрирован: Чт янв 20, 2011 3:24 pm

Re: Approx. hessian из панча FireFly

Сообщение sanya1024 » Чт июн 16, 2011 10:05 pm

АлександрI писал(а):
sanya1024 писал(а):А PCM...
Опять!!! :evil:
Нет-нет, тут как раз ничего дурного. Просто single-point energy или вертикальный спектр для сольвата (а не "голой" молекулы) в континуальном окружении. Все нормально.
sanya1024 писал(а):придется делать отдельные расчеты в FF и Природе, потом сравнивать.
Это как понять?! У меня, если Вы помните из ранних личек, довольно развесистый базис, причём разный для отдельных групп атомов, и Вы советуете делать ОТДЕЛЬНЫЕ, т.е. полные расчёты типа opt+hess на FF с названным базисом и на П, а там такого базиса нет, и сравнивать результаты? Или я неправильно понял, поясните ещё раз, пожалуйста. Ведь П мне понадобилась (пока) только для более быстрого подтверждения установления стационарной точки и в этом смысле для меня очень привлекательна :shuffle:.
Может быть, встроенный "Природный" базис (один из нескольких) Вам подойдет. Во всяком случае, даже простенький 3z -- это triple-zeta quality, а есть еще т.н. Лямбда-базисы (в файле basis.in) и их релятивистские аналоги (надеюсь, Вам не понадобятся, у Вас тяжелых атомов нет). Честно говоря, я уже забыла, почему Вам пришлось городить разные базисы для разных групп атомов, sorry :oops: Обычная органика... анионы, поэтому диффузные функции... "ощипывание" диффузных функций с внутренних атомов, чтобы убрать линейную зависимость... Так или я путаю?

Кстати, если найденный минимум на ППЭ -- хороший, глубокий, то переоптимизация Природой структуры, найденной в FF, и наоборот, сильно молекулу не покорежит. Процедура сделает несколько шагов с небольшим градиентом на грани порога сходимости и сойдется. Хотя... при переходе от базиса качества double-zeta к triple-zeta могут более-менее равномерно съехать все длины связей (типа "дышашего" колебания). Ну да сами увидите, когда попробуете.
Может быть, я не совсем ясно сформулировал вопрос (то простите меня), а повторяю его так:
1. Я получил на FF с моим базисом процедурой optimize сообщение о достижении стационарной точки. :!:
2. Возможно ли теперь, располагая материалом панча FF, каким то образом (посоветуйте, каким) с помощью П это подтвердить (вычислить гессиан, частоты... или ещё что)? :issue:
Скормить геометрию молекулы, переоптимизировать с максимально похожим базисом (т.е., если в FF был double-zeta, то и в Природе брать либо 2z из файла 3z.bas, либо L1 из basis.in), убедиться, что структура почти не изменилась, и посчитать гессиан. Тогда все будет более-менее чисто. Хотя обычно начинают оптимизацию с Природы, а потом полученную структуру передают в FF для дальнейших мучений (переоптимизации в другом базисе, чтобы иметь стационарную точку для другого базиса, расчета вертикального спектра в гибридном функционале, к-рые не работают в Природе, окунания в континуальную среду, и т.п.). Если Природа дала нормальный минимум, то можно надеяться, что и полученная в FF стационарная точка тоже будет минимумом (если при визуальном сравнении структур ничего принципиально не поменялось).
3. Если ДА, то тогда буду просить у г-на Лайкова программу Природа.
Виндовскую просить бесполезно, она не параллельная. Имеет смысл просить под линух, там сможете задействовать все ядра Вашего компа. Или просить объектный код и собирать параллельную версию под Винду самостоятельно. Но я вообще не знаю, как это делать и возможно ли.
EvgeniX писал(а):Провели бы небольшие расчёты в ПРИРОДе
Спасибо за совет, я читал Ваши материалы на Уфе и уверен, что Вы классный спец по Природе, но, извините, у меня другая метода: прежде чем что то сделать, я 103 раз подумаю, нужно ли это делать, и нужно ли это делать вообще...
Ну кстати зря. Иногда один простенький эксперимент стОит 103 вопросов. Заодно и опыт необходимый приобретете. Зато если знающие люди говорят, что чего-то делать не надо, то лучше и не делать -- только время потеряете.

Да, и в Вашей задаче гессиан -- не самоцель (а Вы уже, похоже, зафиксировались на нем). Опытный взгляд химика довольно часто может отличить структуру-минимум от стационарной точки, не являющейся минимумом. Простейший диагностический признак: "мешающие" друг другу атомы. Стоит только слегка скрутить соотв. связь, чтобы атомы не налезали друг на друга, как энергия поползет вниз и свалится в нормальный минимум. Структура, к-рую Вы где-то в форуме показывали, выглядела по этому параметру вполне нормальной, так что скорее всего, это минимум. А вот глобальный или какой-то локальный -- это можно уяснить только исчерпывающим перебором :(
Вот и вся моя работа. Стеречь ребят над пропастью во ржи. (Дж. Д. Сэлинджер)

Ответить

Вернуться в «квантовая химия и моделирование»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: Metalian и 17 гостей