Софт для визуализации ППЭ

[asp99]

Добрый день! Посоветуйте, пожалуйста, программу для удобной визуализации поверхностей потенциальной энергии молекулы. Имеются данные по энергиям конформаций в зависимости от трех-чертырех двугранных углов (около 2500 точек). Существует ли возможность быстрого построения проекций этой ППЭ на 3-мерное пространство. Если нет специализированной химической программы, то возможно, есть математическая, где это удобно реализовано - визуализация многомерных поверхностей.
Заранее спасибо за советы!

[АлександрI]

около 2500 точек)

Ого!!
И каковы для всех них градиенты (RMS макс. и так), равноточны ли результаты оптимизации, подтверждены ли расчёты "дветысячипятьюстами" гессианов . То есть я предлагаю, пока не поздно, уточнить качество расчётов г-на asp99. Я не знаю ответа на его вопрос, но подозреваю, что иначе форумчане могут очень много насоветовать по этому поводу, а в результате человек будет делать котлеты из гнилого фарша ...

[Himera]

АлександруI день отдыха для ознакомления с понятием ППЭ и дальнейшего осмысления понятия гессиана

[VTur]

Я делал в Maple, но только потому, что лучше его знаю. Используйте MatLab.

[Lantano]

Origin используем.

[asp99]

Спасибо! Приспособил Origin.

[АлександрI]

Спасибо администраторам за ЦУ и приношу извинения за то, что если не так.
Я хотел, если моё сообщение кого либо заинтересует, рассказать, что у меня в процессе отладки, к сожалению, уже долгое время, находится управляющая программа на фортране по вычислению точек ППЭ, координаты которых задаются методом Монте-Карло. А в автоматическом режиме установить, является ли текущая точка стационарной, либо близкой к ней, помогает гессиан! А как интересно уменьшается количество Im Freq при приближении издалека к седловой точке... А в фортране есть интерфейсы для передачи данных о ППЭ в те же Maple, Mathcad, Matlab и т.п.
Но, к сожалению, моё сообщение слишком быстро заинтересовало лишь админов

[asp99]

Программа интересная, надеюсь, вам удастся ее довести до полностью рабочей версии и сделать доступной для использования.
А в каких приближениях (level of theory) она может работать?
В данный момент у меня несколько другая задача - набор точек ППЭ уже имеется (получены полным сканированием ППЭ методом GRID по интересующим внутренним координатам методом молекулярной механики). Из них выбираю минимумы (для этого визуализация бы очень и пригодилась), вернее приближения к ним. Эти структуры используются для оптимизации геометрии и расчета гессиана в более высоких уровнях теории (до DFT).
А сама ППЭ нужна для нахождения глобального минимума.

[amge]

А в автоматическом режиме установить, является ли текущая точка стационарной, либо близкой к ней, помогает гессиан!

Интересно, каким образом? Ну получили Вы, затратив кучу времени, гессиан. Некоторые вторые производные положительны, некоторые отрицательны, или все они положительны. Само по себе это ни о чем не говорит: какая разница, на выпуклом или вогнутом склоне ППЭ находится точка. Чтобы понять, является ли текущая точка стационарной, либо близкой к ней, смотреть нужно не на гессиан, а на близость к нулю градиентов, т.е. первых производных, а гессиан, по моему скромному мнению, имеет смысл анализировать только в том случае, если близость к нулю градиентов уже достигнута, тогда с его помощью можно будет охарактеризовать стационарную точку (минимум-седло).