Расчет ИК спектра

вопросы строения молекул и квантовой химии
Ответить
Dell100
Сообщения: 88
Зарегистрирован: Пн янв 24, 2011 3:05 pm

Расчет ИК спектра

Сообщение Dell100 » Сб авг 06, 2011 8:45 am

Всем здравствуйте!!! Собираюсь посчитать Ик спектр в GAMESSE, составила входной файл, но расчет не длился даже минуты, программа сразу его сбросила
$CONTRL SCFTYP=RHF RUNTYP=HESSIAN DFTTYP=B3LYP UNITS=ANGS
MULT=1 COORD=UNIQUE nzvar=72 $END
$ZMAT DLC=.t. AUTO=.t. $END
$BASIS GBASIS=N31 NGAUSS=6 NPFUNC=1 NDFUNC=1 $END
$SCF DIRSCF=.T. FDIFF=.T. DIIS=.T. SOSCF=.F. $END
$SYSTEM MEMORY=140000000 $END
Помогите разобраться!

Аватара пользователя
sanya1024
Сообщения: 1672
Зарегистрирован: Чт янв 20, 2011 3:24 pm

Re: Расчет ИК спектра

Сообщение sanya1024 » Сб авг 06, 2011 11:57 am

А какая диагностика?
Учтите, что в DFT частоты считаются численно -- придется посчитать 3N смещений атомов (N -- число атомов), а для пущей точности все 6N. Это реально долго. Правда, расчет гессиана можно рестартовывать. Кстати, посмотрите группу $FORCE в мануале.
Вот и вся моя работа. Стеречь ребят над пропастью во ржи. (Дж. Д. Сэлинджер)

Dell100
Сообщения: 88
Зарегистрирован: Пн янв 24, 2011 3:05 pm

Re: Расчет ИК спектра

Сообщение Dell100 » Пн авг 08, 2011 8:01 am

Про диагностику не скажу! Файл этот, к сожалению, удалила! :( Обычно если что-то не так пишет, что error такая-то, в том файле ничего такого не было! В DFT частоты считаются численно не зависимо от того в какой программе я считаю? Этот расчет никакого отношения к моей работе не имеет, то есть мне в принципе не важно каким методом посчитать! Тогда есть ли в GaMesse метод, в котором можно рассчитать частоты в ИК спектре аналитически! В DFT сначала запустила оптимизацию, затем расчет гессиана, а он выдал две отрицательные частоты. Можно ли понизив точность расчета, добиться чтобы не было этих отрицательных частот, или же нужно повозиться с геометрией?

Аватара пользователя
sanya1024
Сообщения: 1672
Зарегистрирован: Чт янв 20, 2011 3:24 pm

Re: Расчет ИК спектра

Сообщение sanya1024 » Пн авг 08, 2011 1:08 pm

Какие-нибудь слова насчет terminated abnormally были? Пропустите Check (exetyp=check) и посмотрите, может, выдаст что-нибудь.

Насчет Гауссиана не скажу, GAMESS и ORCA считают численно, Природа -- вроде бы аналитически. По крайней мере, Природа считает довольно быстро.

От мнимых частот так, как Вы предлагаете, не избавляются. Вы хотите подогнать результаты, это нехорошо. А в данном случае понижение точности приводит как раз к обратному результату -- мнимые частоты не исчезнут, а наоборот, еще и новые добавятся.
Тут было много дискуссий на тему мнимых частот. Посмотрите на получившиеся частоты и их величину (маленькие мнимые частоты часто свидетельствуют о слишком низкой точности расчета гессиана). Если мнимой частоте соответствует какое-то внутримолекулярное движение, дайте атомам смещение вдоль этой моды и соптимизируйте заново (возможно, ужесточив порог сходимости по геометрии). Если похоже, что это трансляция или вращение всей молекулы, поставьте
$FORCE purify=.t. nvib=2 $END
Впрочем, по-любому поставьте, не повредит, зато избавит от проблем, связанных с ошибками округления и прочими погрешностями численного расчета. С nvib=2 будут делаться не 3N, а 6N смещений атомов (туда и обратно), поэтому расчет будет в 2 раза дольше.
Очень часто мнимая мода требует повернуть какой-нибудь метил в более удобное положение. Метилов у Вас, насколько я помню, хватает -- проверьте все, удобно ли они сидят.
Вот и вся моя работа. Стеречь ребят над пропастью во ржи. (Дж. Д. Сэлинджер)

Dell100
Сообщения: 88
Зарегистрирован: Пн янв 24, 2011 3:05 pm

Re: Расчет ИК спектра

Сообщение Dell100 » Пн авг 08, 2011 2:05 pm

Спасибо за ответ!!! То есть я могу в Chemcrafte посмотреть какие колебания совершает молекула при этих мнимых частотах, а затем с учетом этих движений подкорректировать геометрию и запустить расчет?

Аватара пользователя
sanya1024
Сообщения: 1672
Зарегистрирован: Чт янв 20, 2011 3:24 pm

Re: Расчет ИК спектра

Сообщение sanya1024 » Пн авг 08, 2011 11:42 pm

Именно так!
Вот и вся моя работа. Стеречь ребят над пропастью во ржи. (Дж. Д. Сэлинджер)

Ответить

Вернуться в «квантовая химия и моделирование»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 25 гостей