Огромный скачок RMS в начале оптимизации

вопросы строения молекул и квантовой химии
Ответить
АлександрI
Сообщения: 378
Зарегистрирован: Ср мар 23, 2011 5:09 pm

Огромный скачок RMS в начале оптимизации

Сообщение АлександрI » Пн авг 15, 2011 6:53 pm

Уважаемые форумчане, помогите...
Только что новый свеженький расчёт оптимизации геометрии по FireFly закончился неудачно из-за (ИМХО:) огромного скачка RMS в начале процесса (прилагаю файл из Chemcrafta). Какую команду и в какую строку надо внести, чтобы устранять исходный скачок? Где-то на каком-то форуме я уже встречал этот вопрос и ответ, но, убейте меня, не могу найти :(
P.S. Присоединяюсь к мнению Sanya, что более 20 дефолтных шагов делать не следует, кроме спецслучаев - иначе получаются порченные вектора.

Аватара пользователя
EvgeniX
Сообщения: 2628
Зарегистрирован: Пт апр 27, 2007 5:32 am

Re: Огромный скачок RMS в начале оптимизации

Сообщение EvgeniX » Пн авг 15, 2011 11:12 pm

АлександрI, я наблюдаю ваши вопросы и очень часто вижу, что вы задаёте крайне методически не правильные вопросы. И часто при минимуме исходных данных, вернее при недостатке (что сильно напрягает мозг отвечающим), пытаетесь формулировать вопрос крайне глобально.

Если есть скачок, то проблема не в том, что он есть, а в том, что исходная структура очень далека от равновесной (либо ППЭ пологая). Но если вам всё-таки хочется гладкой оптимизации, можно задать максимальную величину шага (радиуса) оптимизации (к примеру, в ПРИРОДе оно зовётся $optimize trust).
АлександрI писал(а):Уважаемые форумчане, помогите...
P.S. Присоединяюсь к мнению Sanya, что более 20 дефолтных шагов делать не следует, кроме спецслучаев - иначе получаются порченные вектора.
Во-первых не вектора, а векторы!!!!! А во-вторых, кто на ком стоял, т.е. кто кого портит?

PS: Бегло посмотрел руководство к FireFly:
$STATPT

--- the next four control the step size ---

DXMAX = initial trust radius of the step, in Bohr.
For METHOD=RFO, QA, or SCHLEGEL, steps will
be scaled down to this value, if necessary.
(default=0.3 for OPTIMIZE and 0.2 for SADPOINT)
For METHOD=NR, DXMAX is inoperative.
For METHOD=CONOPT, DXMAX is the step along the
previous two points to increment the hypersphere
radius between constrained optimizations.
(default=0.1)

the next three apply only to METHOD=RFO or QA:

TRUPD = a flag to allow the trust radius to change as
the geometry search proceeds. (default=.TRUE.)

TRMAX = maximum permissible value of the trust radius.
(default=0.5 for OPTIMIZE and 0.3 for SADPOINT)

TRMIN = minimum permissible value of the trust radius.
(default=0.05)
Раз в Борах задано, то тут уже эмпирически надо подбирать лучший радиус.
1001110111010000101110100010100100010010110000001010100100010101

Аватара пользователя
sanya1024
Сообщения: 1661
Зарегистрирован: Чт янв 20, 2011 3:24 pm

Re: Огромный скачок RMS в начале оптимизации

Сообщение sanya1024 » Вт авг 16, 2011 12:51 am

Как обычно, структуру в студию (xyz или инпут)
Вот и вся моя работа. Стеречь ребят над пропастью во ржи. (Дж. Д. Сэлинджер)

АлександрI
Сообщения: 378
Зарегистрирован: Ср мар 23, 2011 5:09 pm

Re: Огромный скачок RMS в начале оптимизации

Сообщение АлександрI » Вт авг 16, 2011 4:52 pm

EvgeniX писал(а):вы задаёте крайне методически не правильные вопросы
EvgeniX писал(а):не вектора, а векторы!
С благодарностью принимаю все ваши нарекания. Конечно, если бы я смог методически правильно сформулировать свой вопрос, то, вполне вероятно, что и сам смог на него ответить и не путаться под ногами Знатоков :(
EvgeniX писал(а):кто кого портит?
Не знаю, о чём вы... :?
Я делаю оптимизацию геометрических параметров молекулы в воде (модель РСМ). Случился останов по техническим причинам с такими результатами:

Код: Выделить всё

MAXIMUM GRADIENT =  0.0003650    RMS GRADIENT = 0.0000682
После двух последовательных рестартов (с опт. геометрией и векторами) получились похожие, приведенной выше, картинки и RMS не уменьшается и мин. нет. Я из принципа (или из глупости) оставляю дефолтное число шагов. :evil:
EvgeniX писал(а):Бегло посмотрел руководство к FireFly
Я тоже. Поставил dxmax=0.1 висит уже два часа после первой итерации первого шага...
Последний раз редактировалось АлександрI Вс авг 21, 2011 3:40 pm, всего редактировалось 1 раз.

Аватара пользователя
sanya1024
Сообщения: 1661
Зарегистрирован: Чт янв 20, 2011 3:24 pm

Re: Огромный скачок RMS в начале оптимизации

Сообщение sanya1024 » Ср авг 17, 2011 12:07 am

Сама структура выглядит вполне прилично (это начальная или на каком-то шагу оптимизации?). Хорошо бы поглядеть на саму выдачу (приложите архив, в формате docx не надо). Какому рывку соответствуют скачки? какие атомы дернулись? если атомы самой молекулы не дергались, то, скорее всего, что-то было с переопределением полости на соответствующем шагу. У Вас analyze было задано? вроде это не рекомендуется для оптимизаций в PCM. Но если analyze не задавать, то есть риск вообще зависнуть (quasi-infinite loop, как сказано в мануале). Прискорбное противоречие D-PCM :(

Честно говоря, не припомню, чтобы я настаивала на дефолтных 20 шагах... напомните, в каком контексте я это говорила? может быть, сейчас как раз не тот случай?
Вот и вся моя работа. Стеречь ребят над пропастью во ржи. (Дж. Д. Сэлинджер)

Аватара пользователя
Yurii
Сообщения: 652
Зарегистрирован: Сб авг 11, 2007 1:59 am

Re: Огромный скачок RMS в начале оптимизации

Сообщение Yurii » Чт авг 18, 2011 4:48 pm

В гауссиане все сходится без всяких скачков.
прозвище "Фабержé" легендарный разведчик Дроздов получил за свое уникальное умение работать с информацией, добывать ее и превращать в драгоценность высшей пробы.

АлександрI
Сообщения: 378
Зарегистрирован: Ср мар 23, 2011 5:09 pm

Re: Огромный скачок RMS в начале оптимизации

Сообщение АлександрI » Чт авг 18, 2011 5:24 pm

Yurii писал(а):В гауссиане все сходится без всяких скачков.
Спасибо, я очень рад :(
А гессиан в воде тоже получится? :shuffle:

Аватара пользователя
Yurii
Сообщения: 652
Зарегистрирован: Сб авг 11, 2007 1:59 am

Re: Огромный скачок RMS в начале оптимизации

Сообщение Yurii » Чт авг 18, 2011 7:52 pm

АлександрI писал(а):
Yurii писал(а):В гауссиане все сходится без всяких скачков.
А гессиан в воде тоже получится? :shuffle:
Естественно: минимальная частота равна 22.6, счет менее 6 часов m062x/6-31g(d) int(ultrafine) freq(NoRaman).
прозвище "Фабержé" легендарный разведчик Дроздов получил за свое уникальное умение работать с информацией, добывать ее и превращать в драгоценность высшей пробы.

Аватара пользователя
sanya1024
Сообщения: 1661
Зарегистрирован: Чт янв 20, 2011 3:24 pm

Re: Огромный скачок RMS в начале оптимизации

Сообщение sanya1024 » Чт авг 18, 2011 9:26 pm

Yurii, Вы в PCM геометрию оптимизировали? В FF PCM (единственно возможный вариант, D-PCM) довольно нестабильный, в Гауссиане по дефолту C-PCM (если не путаю) -- он и считается быстрее D-PCMа, и стабильнее. В GAMESS-US тоже есть несколько вариантов PCM, и также по дефолту включается довольно быстрый и стабильный C-PCM.
Вот и вся моя работа. Стеречь ребят над пропастью во ржи. (Дж. Д. Сэлинджер)

Аватара пользователя
Yurii
Сообщения: 652
Зарегистрирован: Сб авг 11, 2007 1:59 am

Re: Огромный скачок RMS в начале оптимизации

Сообщение Yurii » Чт авг 18, 2011 9:32 pm

SCRF(PCM)
прозвище "Фабержé" легендарный разведчик Дроздов получил за свое уникальное умение работать с информацией, добывать ее и превращать в драгоценность высшей пробы.

Аватара пользователя
sanya1024
Сообщения: 1661
Зарегистрирован: Чт янв 20, 2011 3:24 pm

Re: Огромный скачок RMS в начале оптимизации

Сообщение sanya1024 » Чт авг 18, 2011 9:51 pm

А что там дергалось, АлександрI нам так и не сказал...
Вот и вся моя работа. Стеречь ребят над пропастью во ржи. (Дж. Д. Сэлинджер)

АлександрI
Сообщения: 378
Зарегистрирован: Ср мар 23, 2011 5:09 pm

Re: Огромный скачок RMS в начале оптимизации

Сообщение АлександрI » Пт авг 19, 2011 9:02 pm

sanya1024 писал(а):А что там дергалось, АлександрI нам так и не сказал...
Да... это потому, что я весь утонул в чёрной зависти :( :skull:

Аватара пользователя
sanya1024
Сообщения: 1661
Зарегистрирован: Чт янв 20, 2011 3:24 pm

Re: Огромный скачок RMS в начале оптимизации

Сообщение sanya1024 » Сб авг 20, 2011 12:50 am

Это Вы зря... зависть -- она печенку ест. Будете желтый и усушенный -- некрасиво. А если серьезно, машинка у Вас слабенькая, там и Гауссиан тормозить будет, и Гамессы всех мастей, и даже Природа. Но мы Вам поможем разобраться, в чем дело. Предварительная гипотеза: нестабильность D-PCM.
Кстати, попалась статья (позже выложу) с некими бенчмарками: сравнивали производительность Гауссиана 03 и 09 на однотипных задачах. И 09-ка считает раза в 3 быстрее 03-шки. Монополисты почуяли, что им наступают на пятки :)
Вот и вся моя работа. Стеречь ребят над пропастью во ржи. (Дж. Д. Сэлинджер)

Аватара пользователя
sanya1024
Сообщения: 1661
Зарегистрирован: Чт янв 20, 2011 3:24 pm

Re: Огромный скачок RMS в начале оптимизации

Сообщение sanya1024 » Сб авг 20, 2011 12:52 am

А вот и статья с бенчмарками
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.
Вот и вся моя работа. Стеречь ребят над пропастью во ржи. (Дж. Д. Сэлинджер)

Ответить

Вернуться в «квантовая химия и моделирование»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 5 гостей