Молекулярный электростатический потенциал

вопросы строения молекул и квантовой химии
Dell100
Сообщения: 88
Зарегистрирован: Пн янв 24, 2011 3:05 pm

Молекулярный электростатический потенциал

Сообщение Dell100 » Вт авг 30, 2011 10:46 am

Всем здравствуйте!!!! В своих расчетах использую программу GAMESS, но еще многого не знаю! Подскажите, возможно ли в этой программе рассчитать молекулярный электростатический потенциал для молекулы каким-нибудь методом, если да, то подскажите как это сделать, какие опции надо включить?

Аватара пользователя
sanya1024
Сообщения: 1668
Зарегистрирован: Чт янв 20, 2011 3:24 pm

Re: Молекулярный электростатический потенциал

Сообщение sanya1024 » Вт авг 30, 2011 2:38 pm

$CONTRL RUNTYP=PROP $END и группа $ELPOT
Вот и вся моя работа. Стеречь ребят над пропастью во ржи. (Дж. Д. Сэлинджер)

Dell100
Сообщения: 88
Зарегистрирован: Пн янв 24, 2011 3:05 pm

Re: Молекулярный электростатический потенциал

Сообщение Dell100 » Пт сен 02, 2011 5:35 pm

Спасибо!!!!А для возбужденных состояний МЭСП считается (мне нужно для основного и для двух нижних возбужденных)? или для каждого конкретного состояния нужно указывать? Результаты расчета МЭСП можно посмотреть в визуализаторе? Составила файл, но неуверенна, что все правильно, считаю на кластере, а там иногда долго ждать в очереди и у меня не всегда есть возможность проверять запустилась задача или нет, а если что-то неправильно сразу исправить и запустить снова! Проверьте пожалуйста!!! Заранее спасибо!
$CONTRL SCFTYP=RHF RUNTYP=PROP DFTTYP=B3LYP TDDFT=EXCITE UNITS=ANGS
MULT=1 COORD=UNIQUE $END
$BASIS GBASIS=N31 NGAUSS=6 NPFUNC=1 NDFUNC=1 $END
$SCF DIRSCF=.T. FDIFF=.T. DIIS=.T. SOSCF=.F. $END
$SYSTEM MEMORY=140000000 $END
$TDDFT NSTATE=2 NONEQ=.t. $END
$ELPOT IEPOT=1 $END

Аватара пользователя
sanya1024
Сообщения: 1668
Зарегистрирован: Чт янв 20, 2011 3:24 pm

Re: Молекулярный электростатический потенциал

Сообщение sanya1024 » Сб сен 03, 2011 12:27 am

Ну, всегда можно пропустить тот же инпут с EXETYP=check. Можно на кластере на 1 узле на 5 минут (такие задачи идут без очереди), а можно на своей локальной машине.
По-моему, для RUNTYP=PROP нужно GUESS=MOREAD (и, соответственно, орбитали в группе $VEC).
Насчет возбужденных состояний -- не знаю, не пробовала. Пропустите check, посмотрите. Заодно и нам расскажете :)
Вот и вся моя работа. Стеречь ребят над пропастью во ржи. (Дж. Д. Сэлинджер)

Dell100
Сообщения: 88
Зарегистрирован: Пн янв 24, 2011 3:05 pm

Re: Молекулярный электростатический потенциал

Сообщение Dell100 » Сб сен 03, 2011 6:39 am

Спасибо!!! Не знала, что так можно, обязательно посмотрю!

Dell100
Сообщения: 88
Зарегистрирован: Пн янв 24, 2011 3:05 pm

Re: Молекулярный электростатический потенциал

Сообщение Dell100 » Сб сен 03, 2011 8:17 am

Проверила свой инпут, в том виде, который приведен в теме, говорит что все нормально, но не представлены $SCFMI, $TRANS, $INTGRL, $GUESS, $MOFRZ, $TRUNCN группы!!! Думаю, что все группы приводить в инпут не буду, а добавлю только группу $GUESS, про которую Вы писали! А еще нужна группа $VEC, про которую Вы тоже говорили. Почитала мануал GAMESSа, там сказано, что группа $VEC содержит вектора, как записано в PUNCH файле в предыдущем расчете! С этой группой мне совсем ничего непонятно, то есть необходимо, чтобы был какой-то расчет до расчета МЭСП! Что такое PUNCH файл, где он находится, у себя в дирректории я его не нашла? Когда считала на FF, там после кождого расчета файл с таким названием появлялся, может в GAMESSе он по-другому называется? А еще бувают группы $VEC1 и $VEC2, которые нужны для расчета момента перехода и спин-орбитального взаимодействия! В общем, я окончательно запуталась :( Кто знает, помогите разобраться!!!

Аватара пользователя
sanya1024
Сообщения: 1668
Зарегистрирован: Чт янв 20, 2011 3:24 pm

Re: Молекулярный электростатический потенциал

Сообщение sanya1024 » Сб сен 03, 2011 11:15 pm

Группы $SCFMI, $TRANS, $INTGRL, $GUESS, $MOFRZ, $TRUNCN приводить не нужно, если расчет их не требует. Раз check говорит, что все нормально, значит так и есть. Для Вашего расчета нужна только группа $GUESS и $VEC. Последняя вырезается из PUNCH файла (в GAMESS он называется *.dat). Т.е., сначала нужно провести просто single-point расчет, не удалять *.dat файл, найти в нем и вырезать группу $VEC и вставить ее в инпут. На сайте PCGAMESS/FireFly есть утилита datagam, возможно, она и для GAMESS-US сработает.

Группы $VEC1 и $VEC2 Вам пока не нужны, это для очень специальных вещей: моментов перехода между состояниями, посчитанными, например, MCSCF, и констант спин-орбитального взаимодействия. Расчеты TDDFT и CIS сразу дают силы осцилляторов переходов, без доп. ухищрений.

Кстати, из мануала GAMESS я не поняла, работает ли расчет МЭСП для возбужденных состояний. Дело в том, что $VEC -- это МО основного состояния, а $TDVEC -- коэффициенты TDDFT -- GAMESS в *.dat файл не пишет (в отличие от FF) и, похоже, вообще не знает такой группы. Тогда как для расчета свойств возб. состояний нужны и коэффициенты TDDFT. В частности, в FF есть опция RDTDVC для считывания группы $TDVEC. Может быть, Вам стоит попытаться сделать все в FireFly.
Вот и вся моя работа. Стеречь ребят над пропастью во ржи. (Дж. Д. Сэлинджер)

Dell100
Сообщения: 88
Зарегистрирован: Пн янв 24, 2011 3:05 pm

Re: Молекулярный электростатический потенциал

Сообщение Dell100 » Ср дек 21, 2011 3:45 pm

Здравствуйте, уважаемые форумчане!!! Больше месяца не было возможности плотно заниматься расчетами!!! Поэтому извините за повторенье. Недавно вновь взялась за расчет молекулярного электростатического потенциала, но для начала решила пообщаться со специалистами в области квантовой химии. Насколько я поняла для расчета МЭСП в основном состоянии нужны молекулярные орбитали для основного состояния, полученые из предыдущего расчета, они задаются ключевым словом $VEC и содержатся в PUNCH файле в FF. Просмотрев этот файл, мне стало понятно, что без посторонней помощи я не разбирусь. В моем PUNCH файле содержится две группы $VEC. Ниже - как они записаны в файле. Какой из них брать я не знаю. Подскажите! И еще в чем их отличие? Вопросы могут показаться глупыми ( я понимаю)
1)--- R-B3LYP ORBITALS --- GENERATED AT 17:00:44 LT 19-DEC-2011
C16N3H15
E(R-B3LYP )= -782.9547443240, E(NUC)= 1286.8799314848, 15 ITERS
$VEC
....
2) TDDFT NATURAL ORBITALS, E(TDDFT)= -782.8296332081 EXCITED STATE 1
$VEC
...
Для расчета МЭСП в возбужденном состоянии - нужны МО для возбужденного состояния, они содержатся также в PUNCH файле и задаются ключевым словом $TDVEC. насколько я понимаю мне не нужна вся эта группа целиком, а только данные для конкретного состояния?
$TDVEC
12925 SAPS, 10 STATES
STATE 1 ENERGY= -782.8296332081
Где необходима опция RDTDVC? в data файле непосредственного расчета МЭСП или в файле для sngle point расчета?? можно ли без нее обойтись?
Можно одновременно расчитать МЭСП для основного и возбужденного состояния? Как нужно указывать в data файле номер возбужденного состояния для которого я хочу посчитать МЭСП.
И еще вопрос к тем, кто проводил такие расчеты МЭСП. Можно ли результаты визуализировать? Можно ли определить величину МЭСП для конкретного атома? И в чем измеряется МЭСП (кДж/моль)?

Аватара пользователя
sanya1024
Сообщения: 1668
Зарегистрирован: Чт янв 20, 2011 3:24 pm

Re: Молекулярный электростатический потенциал

Сообщение sanya1024 » Ср дек 21, 2011 4:05 pm

Для основного состояния нужны $VEC, помеченные -- R-B3LYP ORBITALS --- GENERATED AT ...
Для возбужденного состояния берите всю группу $TDVEC, потому что вытащить из нее нужное состояние Вы руками не сможете, программа сделает это сама -- когда в расчете МЭСП зададите в инпуте $TDDFT RDTDVC=.t. $END. Обойтись -- нельзя. Не забудьте правильно указать номер возбужденного состояния, для к-рого считаете МЭСП (ISTATE): если нужно состояние S1, то ISTATE=1. Да, и $VEC при этом тоже нужен -- тот, к-рый R-B3LYP ORBITALS --- GENERATED AT ...
Одновременно для основного и возбужденного состояния МЭСП посчитать нельзя, нужно 2 отдельных расчета. Ничего страшного, если TDDFT расчет уже сделан, то скушать $VEC и $TDVEC -- не проблема.
Насчет визуализации МЭСП -- не знаю. Вроде бы в ChemCraft-е нет такой возможности, но может быть в jmol. И еще ChemCraft может считывать cube-файлы, если сделаете МЭСП в виде cube-файла, ChemCraft его покажет.
В выдаче наверняка будет написано, в каких единицах посчитан МЭСП.
Дальше, я думаю, имеет смысл обсуждать уже готовую выдачу (наверняка половина вопросов решится при этом сама собой).
Вот и вся моя работа. Стеречь ребят над пропастью во ржи. (Дж. Д. Сэлинджер)

Dell100
Сообщения: 88
Зарегистрирован: Пн янв 24, 2011 3:05 pm

Re: Молекулярный электростатический потенциал

Сообщение Dell100 » Ср дек 21, 2011 7:43 pm

Спасибо, sanya1024, ( Извините, не знаю Вашего настоящего имени)за то, что всегда даете такие подробные ответы)

Dell100
Сообщения: 88
Зарегистрирован: Пн янв 24, 2011 3:05 pm

Re: Молекулярный электростатический потенциал

Сообщение Dell100 » Ср дек 21, 2011 8:59 pm

Составила входной файл) запустила его проверку! Вроде на явные ошибки не указал, но все равно пишет, что EXECUTION OF FIREFLY TERMINATED ABNORMALLY. Что не так, не пойму( может версия FF не нравится)ниже привожу сам файл проверки!
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.

Аватара пользователя
sanya1024
Сообщения: 1668
Зарегистрирован: Чт янв 20, 2011 3:24 pm

Re: Молекулярный электростатический потенциал

Сообщение sanya1024 » Ср дек 21, 2011 9:57 pm

Дело, конечно, не в версии.
Вижу, что забыли поставить NSTATE в $TDDFT. И еще нужно считывать в guess=moread все орбитали (по дефолту -- только занятые): NORB=<полное число МО>. В TDVEC используются возбуждения с занятых орбиталей на виртуальные, поэтому виртуальные орбитали тоже нужны. А группа $TDVEC в инпуте была?
Сейчас будем методом проб и ошибок выяснять, что не так...
Вот и вся моя работа. Стеречь ребят над пропастью во ржи. (Дж. Д. Сэлинджер)

Dell100
Сообщения: 88
Зарегистрирован: Пн янв 24, 2011 3:05 pm

Re: Молекулярный электростатический потенциал

Сообщение Dell100 » Чт дек 22, 2011 5:39 am

Группа $TDVEC тоже была) единственное я скопировала не всю группу, а только для состояния S1. Подскажите как грамотно вырезать из PUNCH файла группы $VEC и $TDVEC. Может есть специальные программы? А число NSTATE я должна задать такое же как и в предыдущем Single point расчете или это не принципиально и можно меньше?

Аватара пользователя
sanya1024
Сообщения: 1668
Зарегистрирован: Чт янв 20, 2011 3:24 pm

Re: Молекулярный электростатический потенциал

Сообщение sanya1024 » Чт дек 22, 2011 1:30 pm

Есть программа datagam

Код: Выделить всё

(http://sourceforge.net/projects/datagam/)
. Очень удобная, если изучить ее опции. Можно и скриптик маленький написать, но с datagam удобнее -- она много чего умеет.
NSTATE лучше задавать таким же. Вам же не придется переделывать расчет TDDFT -- программа скушает уже готовые МО ($VEC) и коэффициенты TDDFT ($TDVEC). А вот NORB в $GUESS должно равняться полному числу МО (по дефолту -- если не указано NORB -- считываются только занятые орбитали, что нам не подходит).
Вот и вся моя работа. Стеречь ребят над пропастью во ржи. (Дж. Д. Сэлинджер)

Dell100
Сообщения: 88
Зарегистрирован: Пн янв 24, 2011 3:05 pm

Re: Молекулярный электростатический потенциал

Сообщение Dell100 » Чт дек 22, 2011 6:02 pm

Спасибо Вам большое)

Dell100
Сообщения: 88
Зарегистрирован: Пн янв 24, 2011 3:05 pm

Re: Молекулярный электростатический потенциал

Сообщение Dell100 » Пт дек 23, 2011 7:30 am

Скачала программу datagam. Вчера пыталась ее запустить, но не вышло(. В папке к программе помимо exe файла прилагался еще несколько текстовых файлов, но ни в одном не нашла подробной инструкции, как действовать. Программа предназначена для того, чтобы вырезать нужные куски из PUNCH файла. Следовательно, в одной директории с PUNCH файлом должна быть эта программа! А куда вводить данные о том, какой кусок я хочу вырезать, я не поняла!Полагаю, что на выходе должен появиться файл с вырезанным нужным куском.
И еще возник вопрос. Для МЭСП в основном состоянии в inp файле должна быть только группа $VEC, а возбужденном состоянии и $VEC и $TDVEC. Для основного состояния не нужно вводить количество всех МО и не нужно слово ISTATE? Я правильно поняла??? Или опять ошибаюсь)

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 2021
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: Молекулярный электростатический потенциал

Сообщение amge » Пт дек 23, 2011 10:41 am

Dell100 писал(а):Скачала программу datagam. Вчера пыталась ее запустить, но не вышло(. В папке к программе помимо exe файла прилагался еще несколько текстовых файлов, но ни в одном не нашла подробной инструкции, как действовать. Программа предназначена для того, чтобы вырезать нужные куски из PUNCH файла. Следовательно, в одной директории с PUNCH файлом должна быть эта программа! А куда вводить данные о том, какой кусок я хочу вырезать, я не поняла!Полагаю, что на выходе должен появиться файл с вырезанным нужным куском.
Запускать эту программу нужно из командной строки. Для этого запустить cmd, перейти в нужную директорию (командой cd) и запускать программу там. Для этого она действительно должна быть в той директории (или вызывать программу с полным путем, или ее папка д.б. в переменной %PATH%). Инструкция - datagam.txt. Например, чтобы вырезать последние вектора, набрать на клавиатуре
datagam -i VEC -1 file.dat
Но datagam понимает не все группы, например, ту же TDVEC не понимает (непонятно, что помешало автору сделать, чтобы программа распознавала любую группу).

Аватара пользователя
sanya1024
Сообщения: 1668
Зарегистрирован: Чт янв 20, 2011 3:24 pm

Re: Молекулярный электростатический потенциал

Сообщение sanya1024 » Пт дек 23, 2011 4:00 pm

Для вырезания $TDVEC я datagam-ом не пользовалась, но в свое время по моей просьбе автор сделал вырезание $CISVEC. Думаю, можно попросить его сделать аналогично для $TDVEC.
Командная строка у datagam может получиться довольно длинной -- удобнее сделать скрипт (или batch под Виндой).
И вообще, можно не мучиться: если взять панч от single-point расчета вертикального спектра и просто удалить в нем группу $DATA, а оставшееся приклеить в хвост инпута, то все будет как надо: FF считает первую группу $VEC (к-рая R-B3LYP ORBITALS) и проигнорирует вторую (TDDFT NATURAL ORBITALS), потом скушает $TDVEC -- и все будет как надо. А вот с панчами от оптимизаций геометрии уже без datagam-а не обойтись.
В принципе, для основного состояния действительно не обязательно считывать все орбитали, достаточно только занятых. И ключ istate тоже не нужен, потому что он в группе $TDDFT, а состояние -- основное. Можно вообще в этом случае группу $TDDFT закомментарить, чтоб не смущала.
Вот и вся моя работа. Стеречь ребят над пропастью во ржи. (Дж. Д. Сэлинджер)

Dell100
Сообщения: 88
Зарегистрирован: Пн янв 24, 2011 3:05 pm

Re: Молекулярный электростатический потенциал

Сообщение Dell100 » Вт дек 27, 2011 4:31 pm

Попытка №2 (на самом деле уже сбилась со счету). Подправила свой входной файл. Добавила недостающие ключевые слова. Поставила как нужно группы $VEC И $TDVEC. Цель-посчитать мэсп в первом возбужденном состоянии. запустила check и он в очередной раз выдал ошибку. Помогите разобраться. Ниже привожу файл с результатами проверки.
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.

Аватара пользователя
sanya1024
Сообщения: 1668
Зарегистрирован: Чт янв 20, 2011 3:24 pm

Re: Молекулярный электростатический потенциал

Сообщение sanya1024 » Ср дек 28, 2011 4:43 am

Вот что я вспомнила: viewtopic.php?f=11&t=76419&p=541422#p541422
Жаль, для возбужденного состояния МЭСП посчитать не получится :(
Может, в 8 версии поддержка RUNTYP=PROP для TDDFT появится? у меня есть 8-я бета, если пришлете (заархивированный) инпут, я проверю.
Если этого и в 8 версии нет, будем хором просить Дедушку Мороза ААГ добавить такую фичу.
Вот и вся моя работа. Стеречь ребят над пропастью во ржи. (Дж. Д. Сэлинджер)

Ответить

Вернуться в «квантовая химия и моделирование»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 15 гостей