не могу оптимизировать(

[Elbereth]

Здравствуйте. я уже около месяца в общей сложности пытаюсь оптимизировать геометрию молекулы в FF в методе PCM. расчет постоянно, спустя несколько циклов обрывается из-за градиента. вот, что в выходном файле:
MAXIMUM GRADIENT = 0.0002246 RMS GRADIENT = 0.0000483
HESSIAN UPDATED USING THE BFGS FORMULA
ERROR! WRONG NUMBER OF TR MODES.

вот, что я задаю во входном:
$CONTRL SCFTYP=RHF EXETYP=run RUNTYP=optimize
MAXIT=190 ICHARG=0 MULT=1 UNITS=ANGS COORD=CART $END
$SYSTEM TIMLIM=10000000 MEMORY=25000000 $END
$SCF DAMP=.TRUE. DIIS=.TRUE. EXTRAP=.TRUE. SOSCF=.FALSE.
SHIFT=.FALSE. RSTRCT=.FALSE. NCONV=6 $END
$STATPT OPTTOL=0.000001 NSTEP=1395 $END
$GUESS GUESS=HUCKEL $END
$BASIS GBASIS=N31 NGAUSS=6 npfunc=1 ndfunc=1 $END
$pcm solvnt=C2H5OH $end
другие, родственные молекулы рассчитала без проблем. что здесь у меня не так?

[sanya1024]

Вы, похоже, в декартовых координатах оптимизируете. Будет долго, плохо и с ошибками. Поставьте $CONTRL nzvar=<любое ненулевое число> $end и $ZMAT DLC=.t. AUTO=.t. $END -- будет оптимизироваться во внутренних делокализованных (DLC) координатах. Еще хорошо добавить $statpt METHOD=GDIIS $end

Еще рекомендую вместо COORD=CART поставить более безопасную опцию COORD=UNIQUE. Не сейчас, так позже последствия могут выплыть.

А на форум FireFly Вы не заглядывали? там много полезного.

[Elbereth]

А на форум FireFly Вы не заглядывали? там много полезного.

спасибо, sanya1024 обязательно загляну))))

[Elbereth]

Вы, похоже, в декартовых координатах оптимизируете. Будет долго, плохо и с ошибками. Поставьте $CONTRL nzvar=<любое ненулевое число> $end и $ZMAT DLC=.t. AUTO=.t. $END -- будет оптимизироваться во внутренних делокализованных (DLC) координатах. Еще хорошо добавить $statpt METHOD=GDIIS $end

Еще рекомендую вместо COORD=CART поставить более безопасную опцию COORD=UNIQUE. Не сейчас, так позже последствия могут выплыть.

sanya1024, а эти указания лучше использовать непосредственно в моей ситуации или вообще, всегда следует проводить оптимизацию геометрии (и последующие другие расчеты) использую выше перечисленные опции?
если да, то почему?
если нет, то почему?

[sanya1024]

Вообще говоря, во внутренних координатах всегда лучше оптимизировать, чем в декартовых. Бывают случаи, когда тщательно построенная ручками Z-матрица работает лучше автоматически сгенерированной, но обычно автоматически сгенерированный набор внутренних координат вполне неплох, всяко лучше Z-матрицы, построенной как попало. GDIIS -- новый алгоритм оптимизации (в GAMESS-US его нет), Грановский его рекомендует. Так что ответ: да, всегда.

[Elbereth]

sanya1024, я сделала все, что вы сказали.
и вот что опять вышло:
MAXIMUM GRADIENT = ********** RMS GRADIENT =**********
0OPTIMIZATION ABORTED.
почему так, если все другие молекулы оптимизировались нормально?
перезапустила расчет с координатами из последнего цикла. вот, что пишут:
MAXIMUM GRADIENT = ********** RMS GRADIENT =**********
0OPTIMIZATION ABORTED.
-- GRADIENT OUT OF RANGE
-- MAXIMUM ALLOWED FORCE (FMAXT) = 10.000

[o-oxhem]

Может, мультиплетность указана неправильно? Нужно бы на весь файл посмотреть, если все как описываете.
Тоже самое, но без PCM нормально оптимизируется?

Код: Выделить всё

HESSIAN UPDATED USING THE BFGS FORMULA
 ERROR! WRONG NUMBER OF TR MODES.

Не в градиенте ошибка. Если без PCM нормально, то нужно перебирать опции PCM.

[Elbereth]

Без РСМ все нормально. Более того, у таутомера моей молекулы (а там разница-то в координате одного протона!) все нормально оптимизировалось.

[sanya1024]

Тогда дело действительно в PCM. D-PCM (других вариантов в FF нет) действительно довольно нестабильный, поэтому оптимизировать в нем я даже не пыталась. Но даже в single-point расчетах сталкивалась с похожими вещами: очень близкие структуры ведут себя очень по-разному. Это связано с особенностями построения полости вокруг молекулы. У PCM в FF немного опций, и ничего полезного для оптимизации. А стартовать со структуры, оптимизированной без PCM, пробовали?

[Yurii]

Попробуйте g09.

[sanya1024]

В Г09 и GAMESS-US по дефолту другие модели PCM (в Г IEF-PCM, в Гамессе C-PCM), а D-PCM считается устаревшей и не используется. Придется пересчитывать всю серию. В Гауссиане будет считаться гораздо дольше, чем в FF, подозреваю, что в Гамессе (если не на кластере) тоже.

[Yurii]

Гауссиан не советует использовать dpcm. И дело в том, что для программирования учет растворителя - очень сложная задача: я уже давно наблюдаю, как в ней Гауссиан последовательно обходит все больше острых углов. В g09 b01 результаты очень недурные. И что толку, что быстрей, если вообще не считает. . Вот и быстроту можно проверить заодно. Только под Linux x64 конечно надо считать.

[Elbereth]

А стартовать со структуры, оптимизированной без PCM, пробовали?

Я именно с нее и стартую.
И еще: а что такое IEF-PCM, D-PCM и C-PCM и в чем их отличие?

[sanya1024]

Об этом лучше почитать в мануале Гауссиана, там для начала достаточно написано. А подробности (вряд ли Вам они сейчас нужны) -- в статьях. Если в двух словах -- разница в том, как решается уравнение Пуассона на границе полости, построенной вокруг молекулы (d-pcm -- dielectric, c-pcm -- conductor, ief-pcm -- integral equation formalism). Вроде как считается, что c-pcm -- наиболее продвинутый вариант.

Видимо, с Вашей задачей надо разбираться конкретно. Так что выкладывайте инпут и проблемную выдачу, поглядим коллективным разумом.

[Elbereth]

Снова здравствуйте. Перешла в Gamess US, воспользовалась вашими советами. Теперь оптимизирую молекулу кислорода.
вот что пишут:
DLC=.TRUE. AND AUTO=.TRUE. ARE NOT COMPATIBLE WITH LINEAR MOLECULES.
PLEASE USE LINEAR BEND COORDINATES IN $ZMAT.
а какие команды тут нужны для линейной молекулы, вместо тех, что приведены выше?

[sanya1024]

просто составьте руками Z-матрицу (и, соответственно, coord=zmt), двухатомная молекула -- там всего одна координата. Или посмотрите, что у Вас в nzvar. Для двухатомной молекулы должно быть nzvar=1

Ваш файл с неудачной оптимизацией в FF я отправила Грановскому, жду реакции от него. Там в выдаче видно, что самый большой градиент на одной CH группе (C19-H20), ее прямо в куски рвет. Не знаю, связано ли это с D-PCM или особенность самой молекулы... видимо, все-таки дело в PCM, раз в C-PCM все получилось прилично. Не забудьте пересчитать в C-PCM другой изомер -- результат изменится по сравнению с D-CPM, возможно, сильно.

[Elbereth]

Не забудьте пересчитать в C-PCM другой изомер -- результат изменится по сравнению с D-CPM, возможно, сильно.

sanya1024, я уже все пересчитала в Gamess Us, результаты вполне приличные. Спасибо)

[sanya1024]

А мне Грановский ответил: в общедоступном коде FireFly действительно ошибки в тесселяции (разбиении окружающих молекулу сфер на кусочки для интегрирования), в новой 8 версии они исправлены и все считается без проблем. Сейчас 8-ю версию можно попросить у Грановского лично, она еще на стадии бета-тестирования, но у меня пашет исправно. Можно будет сравнить результаты из C-PCM и D-PCM.

[Elbereth]

А мне Грановский ответил: в общедоступном коде FireFly действительно ошибки в тесселяции (разбиении окружающих молекулу сфер на кусочки для интегрирования), в новой 8 версии они исправлены и все считается без проблем. Сейчас 8-ю версию можно попросить у Грановского лично, она еще на стадии бета-тестирования, но у меня пашет исправно. Можно будет сравнить результаты из C-PCM и D-PCM.

а студенту Грановский стал бы отвечать? а то я бы поработала с 8-ой версией....или когда 8 версия планирует выйти?

[sanya1024]

Пишите, ответит (возможно, не сразу). А что студент, не человек, что ли? Вы думаете, Грановский только с профессорами общается?