Внешний базисный набор в WinGAMESS

вопросы строения молекул и квантовой химии
Ответить
АлександрI
Сообщения: 378
Зарегистрирован: Ср мар 23, 2011 5:09 pm

Внешний базисный набор в WinGAMESS

Сообщение АлександрI » Ср ноя 30, 2011 1:55 am

Уважаемые форумчане, помогите... :dontknow:
Перехожу понемногу от FF для ряда задач к WG. Хочу, как и прежде, использовать внешний базисный набор. Для этого корректирую файл runscript и вижу в аутпуте скоропостижно скончавшегося расчёта сообщение:

Код: Выделить всё

THE EXTERNAL BASIS SET FILE BEING READ IS
     "d:/WinGAMESS/extbas/ttemp.txt"
 *** ELEMENT "C " BASIS "TTEMP   " WAS NOT FOUND IN THE EXTERNAL BASIS FILE ***
 BASIS FILE NAME SEARCHED WAS
 d:/WinGAMESS/extbas/ttemp.txt
 EXECUTION OF GAMESS TERMINATED -ABNORMALLY- AT Wed Nov 30 00:34:45 2011 
Не пойму чего там не найдено, ведь в FF всё было... Вот начало ttemp.txt:

Код: Выделить всё

C         
   N311   6
   D      1
     1         0.8000000000  1.00000000
       
...
Какого чёрта"C" вингамессу надо? :twisted:

АлександрI
Сообщения: 378
Зарегистрирован: Ср мар 23, 2011 5:09 pm

Re: Внешний базисный набор в WinGAMESS

Сообщение АлександрI » Чт дек 01, 2011 10:29 pm

ААААААААААА! :twisted:
Все молчат!
А вот я раскопал у нас на форуме пост 2008 г. на эту тему от VTur, где он, к сожалению, не сказал о структуре внешнего базисного файла, а только о файле runscript.csh (а это значит, что речь шла именно о gamess us), да об этом его Lexx не спрашивал...
Вот VTur точно знает об этом. Но на нашем форуме его не так давно обидели...
Поэтому он очень сердит и не отвечает даже на мою личку :( Как жаль........
Господин Lexx! Может быть Вы что нибудь посоветуете мне по моему вопросу. Ведь, судя по названной выше переписке, Вы вроде бы были удовлетворены указанием VTur и у Вас всё получилось с внешним базисом :shuffle:

Аватара пользователя
sanya1024
Сообщения: 1672
Зарегистрирован: Чт янв 20, 2011 3:24 pm

Re: Внешний базисный набор в WinGAMESS

Сообщение sanya1024 » Пт дек 02, 2011 2:08 am

А может, у Вас с личкой что-то? раз письма не доходят? Кстати, спасибо что напомнили...
Формат файла BASIS.LIB с внешним базисом стандартный, пример:

Код: Выделить всё

St-MWB basis set
 $DATA
 EU St_MWB
 S   3
  1    0.7363006000D+01 -0.1893069969D+00
  2    0.5973380000D+01  0.5419949911D+00
  3    0.2492572000D+01 -0.1305799979D+01
 S   1
  1    0.6217810000D+00  0.1000000000D+01
 S   1
  1    0.3050070000D+00  0.1000000000D+01
 S   1
  1    0.5744400000D-01  0.1000000000D+01
 S   1
  1    0.2669600000D-01  0.1000000000D+01
 P   3
  1    0.4844781000D+01  0.1552890048D+00
  2    0.2980927000D+01 -0.5288870165D+00
  3    0.7304400000D+00  0.1192228037D+01
 P   1
  1    0.3107740000D+00  0.1000000000D+01
 P   1
  1    0.9628600000D-01  0.1000000000D+01
 P   1
  1    0.3375300000D-01  0.1000000000D+01
 D   3
  1    0.2534693000D+01 -0.5829699802D-01
  2    0.7843880000D+00  0.3814979870D+00
  3    0.3320980000D+00  0.7067249760D+00
 D   1
  1    0.1307590000D+00  0.1000000000D+01
 D   1
  1    0.4939000000D-01  0.1000000000D+01

 $END
Но если в FF надо просто в запускающей строке указать путь к файлу BASIS.LIB с ключом -B, то как донести ту же мысль до GAMESS-а, не знаю. Может, я просто еще не все способы перепробовала... но мне оказалось проще забить на это дело.
Вот и вся моя работа. Стеречь ребят над пропастью во ржи. (Дж. Д. Сэлинджер)

Аватара пользователя
sanya1024
Сообщения: 1672
Зарегистрирован: Чт янв 20, 2011 3:24 pm

Re: Внешний базисный набор в WinGAMESS

Сообщение sanya1024 » Пт дек 02, 2011 2:12 am

О, как сравнила форматы, так и увидела Вашу ошибку: файл должен начинаться с названия, потом $DATA, потом название элемента и название базиса, и только потом баз. функции. И так для всех элементов, и в конце $END. Может, если в таком виде попробуете, то сработает?
Вот и вся моя работа. Стеречь ребят над пропастью во ржи. (Дж. Д. Сэлинджер)

Аватара пользователя
Lexx
Сообщения: 1205
Зарегистрирован: Пн фев 28, 2005 12:44 pm
Контактная информация:

Re: Внешний базисный набор в WinGAMESS

Сообщение Lexx » Пт дек 02, 2011 8:46 am

Я в личке писем от вас не имею.
А базис я просто прописал в инпут-файле для отдельных атомов.
А я вот паровоз поднимал... Но не поднял.

АлександрI
Сообщения: 378
Зарегистрирован: Ср мар 23, 2011 5:09 pm

Re: Внешний базисный набор в WinGAMESS

Сообщение АлександрI » Сб дек 03, 2011 6:09 pm

Lexx писал(а):Я в личке писем от вас не имею.
Извините, я, может быть неточно выразился: я Вам в личку не писал, а писал VTur'у. И пока от него ничего нет, а, я надеюсь, будет, я нарыл из форума посты NORD'а, ещё более ранние - аж 2004 года. Там г-н NORD обещает прислать конкретный пример реализации внешнего базиса. Чтобы не вытаскивать на свет божий ту старую тему, я просто написал NORD'у в личку, всё с той же просьбой. Пока тоже ответа нет...
sanya1024 писал(а):Может, если в таком виде попробуете, то сработает?
Увы, тоже не получилось... Но мне не так уже и обидно за потраченное затраченное время, так как я заметил, что и уважаемые боссы форума тоже затрудняются...
Что же это за проблема такая, что периодически муссируется на форуме, но уже скоро 10 лет без решения ???

Аватара пользователя
sanya1024
Сообщения: 1672
Зарегистрирован: Чт янв 20, 2011 3:24 pm

Re: Внешний базисный набор в WinGAMESS

Сообщение sanya1024 » Сб дек 03, 2011 11:46 pm

А письма мои тоже не доехали?

Вот цитата из мануала Гамесса:
Except for MCP basis sets, no external file is provided with GAMESS, thus you must create your own.
Значит, надо посмотреть на прилагательные к Гамессу MCP базисы в качестве образца.
The GBASIS keyword must give an 8 or less character string, obviously not using any internally stored names. Every atom must be defined in the external file by a line giving the chemical symbol, and this chosen string. Following this header line, give the basis in free format $DATA style, containing only S, P, D, F, G, and L shells, and terminating each atom by the usual blank line. The external file may have several families of bases in the same file, identified by different GBASIS strings.
Вроде тот образец, что я предлагала, подходит под описание. И с FF прекрасно работает. А на что ругается программа? не может найти файл с базисом или не может найти базис в файле?
Вот и вся моя работа. Стеречь ребят над пропастью во ржи. (Дж. Д. Сэлинджер)

Аватара пользователя
Himera
Сообщения: 3454
Зарегистрирован: Ср мар 05, 2003 5:38 pm
Контактная информация:

Re: Внешний базисный набор в WinGAMESS

Сообщение Himera » Вс дек 04, 2011 3:21 am

АлександрI писал(а):Извините, я, может быть неточно выразился: я Вам в личку не писал, а писал VTur'у. И пока от него ничего нет, а, я надеюсь, будет, я нарыл из форума посты NORD'а, ещё более ранние - аж 2004 года. Там г-н NORD обещает прислать конкретный пример реализации внешнего базиса. Чтобы не вытаскивать на свет божий ту старую тему, я просто написал NORD'у в личку, всё с той же просьбой. Пока тоже ответа нет...
Nordа уже сто лет как нет на форуме, и не факт, что он ещё пользуется почтой, с которой регистрировался. А вот VTur, я полагаю, просто не сможет до Нового года прочитать свои личные сообщения. Но ведь его нетрудно и по e-mail найти, если действительно нужно. Адрес подсказать?

АлександрI
Сообщения: 378
Зарегистрирован: Ср мар 23, 2011 5:09 pm

Re: Внешний базисный набор в WinGAMESS

Сообщение АлександрI » Вс дек 04, 2011 7:51 pm

Himera писал(а):Nordа уже сто лет как нет на форуме
Я сожалею... :(
Himera писал(а):VTur, я полагаю, просто не сможет до Нового года прочитать свои личные сообщения
А..., вот в чём дело... а я уже подзабыл о драконовских методах на форуме об этой ситуации, извините... :shock:
Himera писал(а):Адрес подсказать?
Да, пожалуйста...

Ответить

Вернуться в «квантовая химия и моделирование»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 9 гостей