Релятивистские базисы и порядок связи

вопросы строения молекул и квантовой химии
Аватара пользователя
eFo
Сообщения: 4068
Зарегистрирован: Вс ноя 07, 2010 7:32 pm

Релятивистские базисы и порядок связи

Сообщение eFo » Пт дек 02, 2011 2:36 pm

Добрый день. Только начал осваиваться в квантовой химии, и возник такой вопрос.. Корректно ли использовать релятивистские базисы (типа L2) для расчёта порядка связей? Просто так получилось, что, например, при переходе от нерелятивистского базиса к релятивистскому длины связей уменьшаются, плотность в критических точках соответствующих связей увеличивается, а порядок связи существенно уменьшается (бывает даже в 2 раза), что, как мне кажется, нелогично.. Или всё норм? Спасибо за любой совет, что почитать \ ответ :shuffle: )

Аватара пользователя
Лечащий Врач
Сообщения: 382
Зарегистрирован: Вс окт 26, 2003 2:09 pm
Контактная информация:

Re: Релятивистские базисы и порядок связи

Сообщение Лечащий Врач » Пт дек 02, 2011 3:14 pm

Уточните, как именно считаете порядок связи, а также какие именно используете метод и базис.

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 1788
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: Релятивистские базисы и порядок связи

Сообщение amge » Пт дек 02, 2011 3:19 pm

Раз релятивистский базис типа L2, то, скорее всего, это Природа. Природа считает порядки связей по Малликену. Поэтому я бы этим порядкам связей не доверял (по крайней мере, малликеновские же заряды при достаточно хорошем базисе ничего разумного из себя не представляют).

Аватара пользователя
Лечащий Врач
Сообщения: 382
Зарегистрирован: Вс окт 26, 2003 2:09 pm
Контактная информация:

Re: Релятивистские базисы и порядок связи

Сообщение Лечащий Врач » Пт дек 02, 2011 7:29 pm

Интересно тогда, каким именно образом в Природе реализована теория Бейдера. Потому что если есть возмжность получить wfn-файл, то дальше можно воспользоваться делокализационными индексами для расчета порядков связей. А если только внутренний анализ есть, то увы.

Аватара пользователя
sanya1024
Сообщения: 1667
Зарегистрирован: Чт янв 20, 2011 3:24 pm

Re: Релятивистские базисы и порядок связи

Сообщение sanya1024 » Пт дек 02, 2011 11:09 pm

Откуда в Природе Бейдер? нет его там, и не было... Есть возможность получить орбитали в формате MOLDEN. Если из MOLDEN-а после этого можно что-то похожее на wfn вытащить, то можно работать дальше. Еще можно тот же молденовский файл считать ChemCraft-ом, но там из орбиталей можно получить только cube файлы (орбиталей по отдельности, разных их комбинаций, а также полной электронной и спиновой плотности). Не знаю, может ли это как-то пригодиться...

eFo, когда делали релятивистский расчет, не забыли использовать файл basis4.in и four=1?
Вот и вся моя работа. Стеречь ребят над пропастью во ржи. (Дж. Д. Сэлинджер)

EvgeniX
Сообщения: 2659
Зарегистрирован: Пт апр 27, 2007 5:32 am

Re: Релятивистские базисы и порядок связи

Сообщение EvgeniX » Пт дек 02, 2011 11:20 pm

Есть, есть Бейдер в ПРИРОДе. Что-то вроде print=+density.
QCC Front-End умеет визуализировать критические точки.

Надо ещё разобраться, как лаплассиан анализировать.

Аватара пользователя
eFo
Сообщения: 4068
Зарегистрирован: Вс ноя 07, 2010 7:32 pm

Re: Релятивистские базисы и порядок связи

Сообщение eFo » Сб дек 03, 2011 12:51 am

sanya1024, да, и базис такой юзал, и four=1 ставил. Как сказал EvgeniX, критические точки можно находить с помощью print=+density и смотреть в QCC.
Т.е. дело всё-таки в способе расчёта порядка связей?

Аватара пользователя
sanya1024
Сообщения: 1667
Зарегистрирован: Чт янв 20, 2011 3:24 pm

Re: Релятивистские базисы и порядок связи

Сообщение sanya1024 » Сб дек 03, 2011 3:37 am

Интересно :) век живи -- век учись :))) А где QCC берут? (у меня когда-то была давнишняя версия, да давно протухла...)
Вот и вся моя работа. Стеречь ребят над пропастью во ржи. (Дж. Д. Сэлинджер)

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 1788
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: Релятивистские базисы и порядок связи

Сообщение amge » Сб дек 03, 2011 9:02 am

EvgeniX , eFo, спасибо за информацию! Я тоже не знал, что в Природе есть Бейдер. В инструкции написано только про print=+bonds (малликеновские порядки связей). Надо будет поразбираться.

EvgeniX
Сообщения: 2659
Зарегистрирован: Пт апр 27, 2007 5:32 am

Re: Релятивистские базисы и порядок связи

Сообщение EvgeniX » Сб дек 03, 2011 10:53 am

sanya1024 писал(а):Интересно :) век живи -- век учись :))) А где QCC берут? (у меня когда-то была давнишняя версия, да давно протухла...)
Старую и используем :-)
amge писал(а):EvgeniX , eFo, спасибо за информацию! Я тоже не знал, что в Природе есть Бейдер. В инструкции написано только про print=+bonds (малликеновские порядки связей). Надо будет поразбираться.
Бейдер+DFT+металлокомплексы дают не совсем правду.

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 1788
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: Релятивистские базисы и порядок связи

Сообщение amge » Сб дек 03, 2011 12:31 pm

EvgeniX писал(а):Бейдер+DFT+металлокомплексы дают не совсем правду.
Только Природовская реализация или вообще?

EvgeniX
Сообщения: 2659
Зарегистрирован: Пт апр 27, 2007 5:32 am

Re: Релятивистские базисы и порядок связи

Сообщение EvgeniX » Сб дек 03, 2011 12:38 pm

Я только в природовской реализации смотрел, но поверхностно.

Аватара пользователя
eFo
Сообщения: 4068
Зарегистрирован: Вс ноя 07, 2010 7:32 pm

Re: Релятивистские базисы и порядок связи

Сообщение eFo » Сб дек 03, 2011 1:19 pm

Ладно, спасибо за обсуждение, будем думать... sanya1024, у меня QCC v2.09, не знаю насколько стар... Просто я слышал, что создатель этого QCC слишком рано умер..

Аватара пользователя
sanya1024
Сообщения: 1667
Зарегистрирован: Чт янв 20, 2011 3:24 pm

Re: Релятивистские базисы и порядок связи

Сообщение sanya1024 » Сб дек 03, 2011 11:25 pm

eFo писал(а):Ладно, спасибо за обсуждение, будем думать... sanya1024, у меня QCC v2.09, не знаю насколько стар...
Я уж теперь и не помню, какая была версия. Лицензия была привязана к железу, и при смене компа, ес-но, протухла. На noname была ссылка на депозит, но оттуда файл удалили. Может, где еще лежит?
Просто я слышал, что создатель этого QCC слишком рано умер..
Не знала :(
Вот и вся моя работа. Стеречь ребят над пропастью во ржи. (Дж. Д. Сэлинджер)

Аватара пользователя
eFo
Сообщения: 4068
Зарегистрирован: Вс ноя 07, 2010 7:32 pm

Re: Релятивистские базисы и порядок связи

Сообщение eFo » Сб дек 03, 2011 11:33 pm

sanya1024 писал(а):
eFo писал(а):Ладно, спасибо за обсуждение, будем думать... sanya1024, у меня QCC v2.09, не знаю насколько стар...
Я уж теперь и не помню, какая была версия. Лицензия была привязана к железу, и при смене компа, ес-но, протухла. На noname была ссылка на депозит, но оттуда файл удалили. Может, где еще лежит?
Просто я слышал, что создатель этого QCC слишком рано умер..
Не знала :(
Я могу послать, если надо... С keygen'ом

Аватара пользователя
sanya1024
Сообщения: 1667
Зарегистрирован: Чт янв 20, 2011 3:24 pm

Re: Релятивистские базисы и порядок связи

Сообщение sanya1024 » Сб дек 03, 2011 11:38 pm

Спасибо.
Вот и вся моя работа. Стеречь ребят над пропастью во ржи. (Дж. Д. Сэлинджер)

EvgeniX
Сообщения: 2659
Зарегистрирован: Пт апр 27, 2007 5:32 am

Re: Релятивистские базисы и порядок связи

Сообщение EvgeniX » Вт дек 06, 2011 12:19 am

При первом запуске вводим любой номер.
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.

Аватара пользователя
sanya1024
Сообщения: 1667
Зарегистрирован: Чт янв 20, 2011 3:24 pm

Re: Релятивистские базисы и порядок связи

Сообщение sanya1024 » Вт дек 06, 2011 12:30 am

Спасибо и Вам, EvgeniX.
Вот и вся моя работа. Стеречь ребят над пропастью во ржи. (Дж. Д. Сэлинджер)

EvgeniX
Сообщения: 2659
Зарегистрирован: Пт апр 27, 2007 5:32 am

Re: Релятивистские базисы и порядок связи

Сообщение EvgeniX » Вт дек 06, 2011 12:32 am

Не за что. Жаль, что автор не сможет доделать программу, но хотя бы она в свободном доступе будет.
(Беседин Д.В. и другими интересными проектами для iXBT.com занимался)

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 1788
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: Релятивистские базисы и порядок связи

Сообщение amge » Вт дек 06, 2011 5:01 am

Коллеги, научите, пожалуйста, как извлекать из природовского расчета print=+density какую-нибудь информацию, кроме координат критических точек (порядки связей, заряды, etc.)

Ответить

Вернуться в «квантовая химия и моделирование»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 1 гость