Координата реакции

вопросы строения молекул и квантовой химии
asp
Сообщения: 122
Зарегистрирован: Вт ноя 11, 2003 11:34 am

Re: Координата реакции

Сообщение asp » Пн дек 26, 2011 6:42 pm

Задам ещё один вопрос попытался найти переходное состояние без параметра trust=0.5, не получилось. Что этот параметр означает? Из перевода хелпа я не понял.

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 1900
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: Координата реакции

Сообщение amge » Вт дек 27, 2011 6:29 am

Это максимально допустимая величина приращения геометрических параметров на каждом шаге оптимизации, вводимая для избежания слишком сильных рывков (на крутом спуске). 0.5 - это умолчаемое значение, которое было в Природе-4. В мануале к Природе-6 умолчаемое значение trust не приведено, но если у Вас в с trust=0.5 и без него получается по разному, то, очевидно, оно другое. Насколько я понимаю, trust выражается в тех же единицах, что и шаг IRC; если так, то имеет смысл для маленьких молекул делать trust меньше, для больших - больше.

asp
Сообщения: 122
Зарегистрирован: Вт ноя 11, 2003 11:34 am

Re: Координата реакции

Сообщение asp » Пт дек 30, 2011 7:54 pm

Все получилось, trust оказался не причем, возможно его величина та же (0,5). В первом сообщении данной темы указана размерность шага IRC. Можете расшифровать поподробнее её по русски и по английски (и сокращенно по русски)? И какую величину шага при проведении IRC порекомендуете? По умолчанию в Природе стоит 0,2 (radius=0.1). Мне показался мелковат, более 50 точек на спуске в сторону продукта.

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 1900
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: Координата реакции

Сообщение amge » Сб дек 31, 2011 8:36 am

asp писал(а):В первом сообщении данной темы указана размерность шага IRC. Можете расшифровать поподробнее её по русски и по английски (и сокращенно по русски)? И какую величину шага при проведении IRC порекомендуете? По умолчанию в Природе стоит 0,2 (radius=0.1). Мне показался мелковат, более 50 точек на спуске в сторону продукта.
Bohr amu1/2
Bohr - атомная единица длины (радиус орбиты электрона в атоме водорода), amu - атомная единица массы (для углерода ~ 12 и т.д.).
В Природе вместо Bohr ангстремы (ангстрем примерно вдвое больше).

Умолчаемый шаг IRC в Природе (да и в других программах тоже) подходит для маленьких молекул. Для средних (15-20 тяжелых атомов) я обычно ставлю radius=0.5. Для больших (~50 тяжелых атомов) - radius=1.0.

asp
Сообщения: 122
Зарегистрирован: Вт ноя 11, 2003 11:34 am

Re: Координата реакции

Сообщение asp » Вт янв 03, 2012 9:52 am

amge, спасибо за разъяснения.

Kirchern
Сообщения: 76
Зарегистрирован: Ср янв 16, 2008 9:56 am

Re: Координата реакции

Сообщение Kirchern » Чт янв 26, 2012 8:51 am

Добрый день!
Не буду создавать новую тему, спрошу здесь:)
Подскажите, как в GAMESS US получить гессиан для дальнейших операций с IRC и DRC.
В Firefly вроде как в конце расчета создается punch файл в котором и содержится гессиан. На нашем GAMESSе такого не происходит.
Может где какое слово ключевое нужно вставить? И еще вопрос, а что мешает программе самой посчитать гессиан перед процедурой IRC?

Аватара пользователя
EvgeniX
Сообщения: 2759
Зарегистрирован: Пт апр 27, 2007 5:32 am

Re: Координата реакции

Сообщение EvgeniX » Чт янв 26, 2012 10:43 am

Возможно, вы запускаете GAMESS через какой-то bat-файл или ещё как-то, и последний удаляет punch или переименовывает во что-то. Какой командой вы запускаете GAMESS?

Kirchern
Сообщения: 76
Зарегистрирован: Ср янв 16, 2008 9:56 am

Re: Координата реакции

Сообщение Kirchern » Чт янв 26, 2012 10:56 am

Как конкретно запускается GAMESS я сейчас сказать не могу, так как устанавливал и настраивал не я. Запускаем просто командой gamess * >*.out
Интересует сам факт, при стандартном входном файле, без дополнительных nprint и т.д. должен ли выдаваться гессиан. Кстати в скрипте, который и запускает gamess тоже не было никакого упоминания о файле с названием или расширением punch.

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 1900
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: Координата реакции

Сообщение amge » Чт янв 26, 2012 1:51 pm

Kirchern писал(а):Подскажите, как в GAMESS US получить гессиан для дальнейших операций с IRC и DRC.
В Firefly вроде как в конце расчета создается punch файл в котором и содержится гессиан. На нашем GAMESSе такого не происходит.
Может где какое слово ключевое нужно вставить? И еще вопрос, а что мешает программе самой посчитать гессиан перед процедурой IRC?
Можно в группе $statpt если сказать hess=read и в конец инпут-файла добавить группу $hess из punch-файла, можно сказать hess=calc, тогда гессиан будет предварительно посчитан. Программе самой считать гессиан перед процедурой IRC, без особого указания (hess=calc) - это неправильно. Дело в том, что в некоторых случаях расчет гессиана - это очень долго, может быть даже дольше, чем сама IRC. А между тем, IRC гессиан нужен только на самом первом шаге, чтобы определиться, в какую сторону начать движение. Поэтому, заставляя юзера говорить hess=calc программа тем самым напоминает ему, например, а не стоит ли, вместо того, чтобы считать гесссиан методами DFT или MP2 (численно, долго), подложить ей гессиан, посчитанный в HF (аналитически, быстро, а колебание с мнимой частотой, скорее всего, будет таким же).

asp
Сообщения: 122
Зарегистрирован: Вт ноя 11, 2003 11:34 am

Re: Координата реакции

Сообщение asp » Сб янв 28, 2012 5:40 am

Вопрос знатокам, что делать если при спуске по IRC получается мало точек и программа говорит, что это стационарная, хотя до продуктов еще далеко? Каков алгоритм действий при наличии нескольких переходных состояний? Расчет нового гессиана в такой точке с последующим запуском IRC не дает продуктов, а дает еще одно стационарное состояние уже без мнимых частот.
Другой вопрос, можно ли взять график, полученный при сканировнии расстояния между атомами, в качастве графика IRC и найти энергию переходного сосотояния как разницу между макимумом и исходными реагентами? (подозреваю, что наверное нет)

Auld-Bore
Сообщения: 17
Зарегистрирован: Пт апр 29, 2011 5:38 pm

Re: Координата реакции

Сообщение Auld-Bore » Вс янв 29, 2012 5:29 am

Kirchern писал(а):Кстати в скрипте, который и запускает gamess тоже не было никакого упоминания о файле с названием или расширением punch
По умолчанию GAMESS, если запускать ее из "родного" rungms, пишет PUNCH в файл *.dat. Не исключено, что используемый Вами скрипт gamess его потом куда-то перепрятывает.

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 1900
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: Координата реакции

Сообщение amge » Вс янв 29, 2012 6:45 am

asp писал(а):Вопрос знатокам, что делать если при спуске по IRC получается мало точек и программа говорит, что это стационарная, хотя до продуктов еще далеко? Каков алгоритм действий при наличии нескольких переходных состояний? Расчет нового гессиана в такой точке с последующим запуском IRC не дает продуктов, а дает еще одно стационарное состояние уже без мнимых частот.
Возможно, в результате этих манипуляций вы попали в некий локальный минимум. Если так, то нужно попытаться найти переходное состояние, связывающее его с продуктом. К сожалению, алгоритма, гарантированно приводящему к нахождению нужного ПС, не существует, и поиск ПС иногда напоминает пляски с бубнами. Обычный рецепты "пустить скан по подходящему геометрическому параметру и максимум использовать в качестве начального приближения для ПС" работает далеко не всегда. Иногда помогает такой прием: нарисовать ПС вручную, так как ты себе его представляешь, и пустить на оптимизацию (не на поиск ПС, а именно на оптимизацию геометрии). Далее смотреть на график оптимизации. Если на нем есть полочка или плечо или хотя бы перегиб, и в том месте еще есть ключевые черты предполагаемого ПС, то использовать эту структуру в качестве начального приближения. Аналогично, если оптимизация ПС какое-то время болталась вблизи некой привлекательной структуры (но потом из нее ушла), стоит пустить еще одну оптимизацию ПС, начиная с этой структуры.
asp писал(а):Другой вопрос, можно ли взять график, полученный при сканировнии расстояния между атомами, в качастве графика IRC и найти энергию переходного сосотояния как разницу между макимумом и исходными реагентами? (подозреваю, что наверное нет)
Если на графике сканирования нет излома и в анимации сканирования нет резих скачков геометрии, то тогда максимум графика будет с хорошей точностью пререходным состоянием (и по геометрии, и по энергии). Такое бывает, когда на протяжении всей реакции плавно меняется сканируемая длина связи и случается, к сожалению, не часто, только в тривиальных случаях. Но даже если случилось, правильнее будет взять максимум и соптимизировать его как ПС.

asp
Сообщения: 122
Зарегистрирован: Вт ноя 11, 2003 11:34 am

Re: Координата реакции

Сообщение asp » Вс янв 29, 2012 9:01 am

Максимум я соптимизировал в ПС и из него запустил IRC. В обоих направлениях получились локальные минимумы. amge спасибо за консультации, буду дальше "шаманить".
Как можно уменьшить чувствительность при прохождении по IRC к локальным минимумам порядка 0,5 - 1 ккалл/моль, чтобы на них не останавливаться, какой параметр изменить, считаю в Природе.

jeck19862
Сообщения: 27
Зарегистрирован: Ср фев 01, 2012 2:56 pm

Re: Координата реакции

Сообщение jeck19862 » Ср фев 01, 2012 6:15 pm

eFo писал(а):Уважаемые коллеги, может ли координата реакции иметь такой вид? Или всё-таки в области плато между IM и TS1-b нужно попытаться найти ещё одно TS (но там всё-таки идёт постоянное увеличение энергии)? Такая координата получилась анализом IRC...
Почему бы и нет.....но вот , смотря какой реакци......обычно я привык, что ереходных комплексов больше.....Хотя я и считал более сложные реакции. :D

asp
Сообщения: 122
Зарегистрирован: Вт ноя 11, 2003 11:34 am

Re: Координата реакции

Сообщение asp » Вс фев 05, 2012 7:21 pm

Прошу прощения за назойливость, задам еще вопрос. Делал поиск седловой точки получил вот такую кривую, расчет до конца не дошел (300 точек ограничение). Есть ли тут седловая и где?
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 1900
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: Координата реакции

Сообщение amge » Пн фев 06, 2012 8:05 am

asp писал(а):Как можно уменьшить чувствительность при прохождении по IRC к локальным минимумам порядка 0,5 - 1 ккалл/моль, чтобы на них не останавливаться, какой параметр изменить, считаю в Природе.
Неожиданная постановка вопроса. Обычно стараются не проскочить минимум, а наоборот, остановиться в нем. По моему, чтобы IRC проскочила локальный минимум глубиной 0,5 - 1 ккалл/моль - такого не будет ни при каких разумных параметрах. Проскок существенно менее глубокого минимума (десяток-другой кал) и следующего за ним ПС еще могу себе представить, особенно если задать шаг IRC по-больше.
asp писал(а):Делал поиск седловой точки получил вот такую кривую, расчет до конца не дошел (300 точек ограничение). Есть ли тут седловая и где?
"Истина где-то рядом". Обширное плато в начале кривой - это явно нечто очень похожее на ПС. Но что-то мешает ему превратиться в настоящее ПС. Этим "что-то" бывает какое-нибудь низкоэнергетическое движение в другой части молекулы, типа, какому-нибудь метилу нужно бы изменить свою конформацию, но не получается. Сравните структуру самой последней точки со структурой на плато. Возможно, в результате предшествующих скачков что-то изменилось. Тогда - вновь пустите поиск ПС начиная с последней точки.

Но хочу заметить, изредка бывают случаи, когда ПС не удается найти вовсе. Например, вращение в бораазабифениле.
BN.png
Система простая, я исходил окресности предполагаемого ПС буквально вдоль и поперек, но так и не нашел его, в результате чего пришел к выводу, что ПС попросту нет. А умная sanya объяснила, почему так может быть.
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.

asp
Сообщения: 122
Зарегистрирован: Вт ноя 11, 2003 11:34 am

Re: Координата реакции

Сообщение asp » Вт фев 07, 2012 7:46 pm

Как сделать так, чтобы после нахождения одного из локальных минимумов найти следующее переходное состояние? Спрашиваю потому, что расчет длительный и прежде чем запускать хочется не впустую тратить время. Можно ли будет получить непрерывную кривую с нескольким переходными состояниями?

Аватара пользователя
EvgeniX
Сообщения: 2759
Зарегистрирован: Пт апр 27, 2007 5:32 am

Re: Координата реакции

Сообщение EvgeniX » Вт фев 07, 2012 8:06 pm

"Как сделать так, чтобы после нахождения одного из локальных минимумов найти следующее переходное состояние?"
Сканированием, сканированием... Жизнь сложна.

YuraM
Сообщения: 452
Зарегистрирован: Пн ноя 26, 2007 11:07 pm

Re: Координата реакции

Сообщение YuraM » Пн окт 08, 2012 10:03 am

Простите, я правильно понимаю,что если у меня радиус по IRC 0,25 то шаг будет ~ 0.5 Å•amu**0.5 (важна размерность)? Спасибо заранее!
Кто смел тот и съел

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 1900
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: Координата реакции

Сообщение amge » Пн окт 08, 2012 12:19 pm

YuraM писал(а):Простите, я правильно понимаю,что если у меня радиус по IRC 0,25 то шаг будет ~ 0.5 Å•amu**0.5 (важна размерность)?
В Природе если radius=0.25, то и шаг будет 0.25 Å•amu**0.5 (на самом деле, чуть больше, типа 0.26, но никак не 0.5; за исключением последнего шага IRC, который непосредственно перед стационарной точкой, он, как правило, меньше). В других программах не проверял, но если выложите свой IRC, легко могу проверить.

Ответить

Вернуться в «квантовая химия и моделирование»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 1 гость