расчеты без изменения геометрии молекул

[N oxide]

Уважаемые коллеги, подскажите как можно в Гауссиане "заморозить" геометрию молекул для расчета межмолекулярного взаимодействия?
Сразу оговорюсь опыта расчетов мало
Я знаю, что в кейводах Гауссиана есть "freeze" - "F", но если его ставить в координатах, они же и заморозятся, что не нужно.
Выход - "морозить" углы и межатомные расстояния для каждой молекулой, оставляя для оптимизации только геометрию их взаимодействия, но к сожалению примеров данного приема я не нашел.
По возможности покажите образец написания инпут-файла на примере 2-х молекул воды, так сказать для наглядности.

[N oxide]

Неужели никто не работает с Гауссианом?

[o-oxhem]

Не ясно, что Вы хотите. Все противоречиво и просто не ясно. Можно подождать, может кто-то и поймет.

[leonidas]

У меня похожая тема (см. "input для димера в Gaussian").

Если Вы задаете в z-matrix длины связей и углов без опции Opt, то они будут заморожены по умолчанию.

Что конкетно Вам нужно найти, только точки минимума энергии димера или всю ППЭ взаимодействия?

[amge]

Я понял задачу топикстартера так: нужно зафиксировать все геометрические параметры, задающие структуры каждой молекулы (т.е. сделать их жесткими), и оставить для оптимизации лишь три параметра, определяющие взаимное положение молекул (в дальнейшем, возможно, один из этих параметров варьировать, т.е. тоже фиксировать). Но как это сделать именно в гауссиане, я не знаю, потому молчу

[leonidas]

оставить для оптимизации лишь три параметра

Как раз таки для димера воды будет не три, а больше

[amge]

Да, Вы правы, не 3 параметра, а 6:
[3(a+b)-6] - [3a-6] - [3b-6] = 6

[leonidas]

Да, правильно, в случае двух нелинейных молекул в димере это будут шесть углов, но два из них зависимые, плюс расстояние между центрами масс.
Для линейных молекул надо заменить на [3a-5], для атомов соответсвенно 0.

[N oxide]

amge респект!
именно это я имел в виду - задание так называемых rigid molecules. требуется воспроизвести ряд расчетов, описанных ранее в статье, но вот как это делать?

[Auld-Bore]

# HF/STO-3G POpt test

Water dimer

0 1
o
h 1 ho2
h 1 ho3 2 hoh3
h 1 ho4 2 hoh4 3 dih4
o 4 oh5 1 oho5 2 dih5
h 5 ho6 4 hoh6 1 dih6
Variables:
ho4 3.000000
hoh4 109.471
dih4 120.000
oho5 109.471
dih5 180.000
dih6 180.000
Constants:
ho2 0.950000
ho3 0.950000
hoh3 105.471
oh5 0.950000
ho6 0.950000
hoh6 105.471

[N oxide]

спасибо!!! и с новым годом всех!!!

[amge]

Да, правильно, в случае двух нелинейных молекул в димере это будут шесть углов, но два из них зависимые, плюс расстояние между центрами масс.

leonidas, скажите, пожалуйста, в какой программе есть возможность использовать расстояние между центрами масс двух фрагментов в качестве фиксируемого или оптимизируемого геометрического параметра?

[leonidas]

скажите, пожалуйста, в какой программе есть возможность использовать расстояние между центрами масс двух фрагментов в качестве фиксируемого или оптимизируемого геометрического параметра?

Я использую Molpro, в котором очень гибкий встроенный скриптовый язык, где можно фиксировать переменные, можна задавать циклы.
Что касается оптимизации,то, я это делаю вручную, так как можно предсказать примерно где будет минимум. Например, для комплекска HCN-He есть два минимума, глобальный и локальный.
Пытаюсь сейчас приготовить инпут для Gaussian.

[amge]

Спасибо за ответ! Но, к сожалению, я так и не понял, можно ли в Molpro зафиксировать расстояние между центрами масс двух фрагментов (и оптимизировать все остальное). Попытался читать мануал, но все равно не понял. Хотя, на самом деле, меня больше интересует другое. Есть ли возможность зафиксировать некую локальную симметрию (a la mopac)? Этого мне сильно не хватает для поиска переходных состояний. Например, для поиска ПС миграции водорода было бы заманчиво зафиксировать равенство расстояний от этого водорода до каждого из атомов, между которыми он мигрирует (не сами расстояния, а только их равенство). Возможны ли в Molpro такие вещи? И если да, то должны ли эти два расстояния присутствовать в явном виде в z-матрице?

[leonidas]

amge, Вы имеете ввиду локальную группу симметрии всего димера или отдельных мономеров? Да, думаю, что можно сделать в Molpro то что Вам нужно, как я уже написал, там есть хороший встроенный язык работы с переменными, похож на фортрановский, есть условия if then else и другие. Напишите конкретно о Ваших комплексах тут или в личку.