Проблемы с Molpro2009 при установки на ubuntu 11.10

[etzell]

Доброе время!
Хотелось обратиться к пользователям программы Молпро. Стандартным способом Молпро устанавливается без проблем на версию Убунту 11.10. Проблема возникает при запуска задачи. В терминале выходит следующая сообщение

root@etzell:/home/ragnar/soft/Molpro/ex# molpro C2H4_g1_CCSDT_1
tmp = /root/pdir//usr/local/molpro/bin/molprop_2009_1_Linux_i686_i4.exe.p
Creating: host=etzell, user=root,
file=/usr/local/molpro/bin/molprop_2009_1_Linux_i686_i4.exe, port=38678
/usr/local/molpro/bin/molprop_2009_1_Linux_i686_i4.exe, len=54
C2H4_g1_CCSDT_1, len=15
-t, len=2
2, len=1
-master, len=7
etzell, len=6
38678, len=5
1, len=1
1, len=1
0, len=1
0, len=1
molprop_2009_1_Linux_i686_i4.exe: relocation error: /lib/i386-linux-gnu/libnss_files.so.2: symbol strcmp, version GLIBC_2.0 not defined in file libc.so.6 with link time reference
1: interrupt(1)

P.C. При установке на Ubuntu 09.XX таких проблем не возникает....

[EvgeniX]

MolPro 64-битное?

[amge]

user=root

Это неправильно! Не надо (нельзя) пользовательские прграммы из-под рута запускать.

[etzell]

Молпро 32-битная, как и Убунту. Поводу рута мне известно).

[leonidas]

Какой компилятор используете?
По моему опыту лучше всего Intel, у них есть бесплатные академические версии.
Видимо, не хватает какой-то библиотеки.
BLAS используете которые идет с Molpo?

[etzell]

С сайта www.molpro.net скачивается в архиве скрипт molpro2009..sh. После чего под root-ом надо его запустить. Во время установки указать путь установки (/usr/local/molpro/bin) и путь куда надо установить библиотеку (/usr/local/molpro/lib). Далее, либо скачать ключ toketn.txt или прописать его в .bashrc . Молпро будет работать если ключ лицензионый(вы купили молпро или с сами кто-то поделился лицензией). Отдельно запускать компилятор или скачивать библиотеку не нужно как я понял. Во всяком случае в 09.xx версиях убунту (базовая установка) все работало. Хотя библиотека mkl у меня установлена.

[leonidas]

Скачайте бинарник и скомпилируйте, так будет надежнее, чем уже собранный пакет.
На сайте molpro вроде есть такая возможность.
Когда будет запускате configure укажите компилятор и путь к blas (см. инфо на сайте molpro)

[etzell]

Предварительно скачал ifort и mkl. После чего скачал бинарник молпро2010. Ключ лицензии прописан у меня в .bashrc. Далее распаковал файл molpro-mpp-2010.1.7bb900b.Linux_i686.sh в созданную директорию для это. После чего согласно инструкции сделал следующее.
1. ./configure -batch
Получило следующее:
machine type recognized as i686 (Generic 32-bit)
kernel recognized as Linux
GNU Fortran Compiler, Version 4.6.1
FC=/usr/bin/gfortran
GNU Compiler Collection, Version 4.6.1
CC=/usr/bin/gcc
Use BLAS library - Intel 32-bit Math Kernel Library (MKL) for Linux
BLASLIB=-L/opt/intel/mkl/lib/ia32 -lmkl_intel -lmkl_sequential -lmkl_core
parse-Linux-i686-i4.o is your object
CONFIG file created; proceed to compilation

Далее, перешел к следующему шагу.
2. Из под директории в которую я все распаковал, набрал команду make. Пошел процесс компиляции. Компиляция занял более 15 минут(может и больше). После чего я запустил тестовый файл командой molpro filename. В итоге получил следующую проблему.
root@etzell:/home/rashid/soft/Molpro/NEW/Molpro/testjobs# molpro propane_lmp4.test
tmp = /root/pdir//usr/local/molpro/bin/molprop_2010_1_Linux_i686_i4.exe.p
Creating: host=etzell, user=root,
file=/usr/local/molpro/bin/molprop_2010_1_Linux_i686_i4.exe, port=35612
/usr/local/molpro/bin/molprop_2010_1_Linux_i686_i4.exe, len=54
propane_lmp4.test, len=17
-t, len=2
2, len=1
-master, len=7
etzell, len=6
35612, len=5
1, len=1
1, len=1
0, len=1
0, len=1
!LICENCE! (3) Password missing on licence token
1: interrupt(1)
WaitAll: No children or error in wait?

Я использую код, поэтому токен.тхт файл мне не нужен. (есть два варианта, либо скачивать токен, либо прописывать ключ).
Может, после make, еще что-то нужно набрать... ?

[leonidas]

FC=/usr/bin/gfortran
укажите явно опцию ./configure -ifort (еще раз, см. инструкции на сайте molpro).
На моем опыте gfotran хуже, даже если удается запустить.

Что касается лицензии, то раньше после make install программа установки просила указать путь к файлу token. Сейчас же, после установки
просить имя и пароль выданные при регистрации и автоматически скачивает token.

У Вас пробная версия?

[etzell]

Нет лицензия. Но я использую ключ, а не файл токен. Там же два варианта, либо ключ использовать (прописать его в.bashrc),либо скачать файл токен самому, либо действительно автоматически. Путь поправлю.Спасибо)
Да, кстати после make install пишет следующее
make[1]: Entering directory `/home/etzell/soft/Molpro/NEW/Molpro'
building bin/molpro
building local-install.sh.gz
make[1]: Leaving directory `/home/etzell/soft/Molpro/NEW/Molpro'

Installation of Molpro files complete

Token installed from MOLPRO_KEY environment variable

[leonidas]

Вы используете git когда устанавливаете?
Насколько я понимаю ключ нужен чтобы скачать token, которые нужен в любом случае.
Как видно, Molpro у Вас установлено, но что-то с лицензией.
Поищете файл token, он должен быть где-то в установочном каталоге.

[etzell]

Хорошо. На сколько мне известно ifort платный?
я пока использовал gfortran. Файл токен я скачал с сайта молпро( под нашу лицензию). Куда его нужно положить? (в самом дистрибутиве его не было, в мануале описан путь /usr/local/lib/molpro-mpptype-arch/.token). Изначально я устанавливал только с ключом. Заранее спасибо.
P.C.
1. ./configure
2. make
3. make install

Эти шаги я сделал, для установки молпро.

[leonidas]

Насчет ifort читайте внимательнее мои посты.

После make install он должен запрашивать имя и пароль (версия 2010.1). В 2009 вроде бы нужно указать путь к token, смотрите внимательно
manual.

[etzell]

Про ifort прочитал, извиняюсь. Мне нужно в начале хотя бы запустить с gfortran. 2009 версия устанавливалась с ключом, можно конечно и с токеном. Но я все проделывал с ключом. Выше я описал какая проблема возникает. Кроме того, на сайте я не вижу source code 2009 версии. Там только пакет..

[leonidas]

Зачем Вам именно 2009? Ставьте 2010, лицензия же на все версии?

[etzell]

Конечно мне желательна 2010 версия. Просто в заголовке я написал, что проблема была с библиотекой с 2009 версией в Убунту 11.10. Сейчас я скачал 2010 версию. Здесь проблема с токеном. Сейчас когда удалил все предыдущие версии молпро, при команде make install, у меня запросили логин и пароль, автоматически скачался ключ. Осталось протестить..

[etzell]

Удалил старые версии молпро. Скачал 2010 в исходных кодах. Распаковал. Запустил ./configure -batch. Создался файл CONFIG. Там вроде все хорошо. После этого запустил команду make install. Ввел пароль и логин. Файл токен скачался успешно. Но процесс компиляции не запустился. После чего команда molpro filename не распознается. надо что-то еще в баш прописать? Или все таки написать скрипт для запуска задачи?

[leonidas]

Должно работать. Можно несколько версий установить одновременно.
Кстати, Вы скачали версию 2010.1 или 2010.2?
Есть ли там версия 2010.2?

[etzell]

Version 2010.1
Версии 2010.2 пока нет
Так еще раз повторюсь. До этого я скачал и фортран и мкл. Прописал пути к ним(выше указал). Запустил ./configure -batch. После этого make install (после вода логина и пароля скачался и установился токен). Теперь захожу для примера в папку testjobs и запускаю любой файл командой molpro filename. В итоге
/home/etzell/soft/Molpro/NEW/Molpro/testjobs# molpro so.test
molpro: command not found
Может что-то я пропустил?)

[leonidas]

Она есть, но почему-то ее сначала выложили, а потом убрали. Это версия девелоперская, скачивается только с помощью git.
В ней устранено много багов, следующая официальная видимо будет 2012.1

А что за задачи у Вас?