FireFly установка

[Галина23str]

Уважаемые, будьте так любезны опишите пожалуйста как установить FireFly (всю последовательность установки)...раньше пользовалась GAMESS..устанавливала не я...а потом комп полетела..решила попробовать FireFly...и никак не могу дойти до сути...устанавливаю..а получается, что файл *.gms выдает пустым..не могу связать компоненты...заранее большое спасибо!!!

[o-oxhem]

тогда поясните, какая операционная система? Устанавливаете на кластер?

[Галина23str]

Windows 7 Max для работы дома

[petrovps]

Просто создайте папку и распакуйте в нее архив с FireFly. А для запуска можете сделать *.bat-файл. И все.

[o-oxhem]

Тогда читаем viewtopic.php?f=71&t=21359&start=20 (без спешки, тут все описано) и тут viewtopic.php?t=43874

Перед этим проверяем все ли правильно распаковано (набор файлов указан ниже):

BINDINGS\ - это директория
input
ff71g.rar
License.pdf
Registration_email_sample.txt
Registration_email_template.txt
readme.txt
documentation.zip
samples.zip
pcgamess.exe
pcgp2p.dll
pcgcuda.dll
p4stuff.dll
fastdiag.dll
mpich_smp.dll
mpibind.dll
wmpi1_3.exe


Кроме того, на сайте FireFly есть ссылка на программу FiCo (это Firefly commander). Он сильно помогает наладить и организовать расчеты.

[Галина23str]

В процессе установки возникли следующие вопросы. Первый, что за файл "input"? Что такое рабочая папка Гамес и где она находится?

[sanya1024]

input -- это дефолтный входной файл. Вообще-то он не должен лежать в одной папке с экзешником. Необходимыми являются файлы *.exe и *.dll. Установить wmpi1_3.exe можно в ту же папку, где лежит pcgamess.exe -- вот что имелось в виду под "рабочей директорией Gamess".

[Галина23str]

почему-то желаемого результата я не достигла..сделала вроде всё как сказано..но всё равно выдает ошибку..и файл *.gms выдает пустым при расчете

[sanya1024]

а как запускаете? и почему *.gms? стандартный вариант -- инпут *.inp, выдача *.out

[Галина23str]

ммм..видимо я что-то путаю..а разве расширения отличаются у GAMESS и FireFly??в Gamess *.dat, *.gms, *.или не так??будьте добры поясните, а то я совсем запуталась...

[sanya1024]

В принципе, это должно быть в запускающем скрипте (батче) прописано. Поэтому и спрашиваю, какой командной строкой запускаете.
У меня, например, стандартно (и в GAMESS, и в FF) *.inp, *.out, *.dat, а бывает вместо *.dat просто PUNCH, к-рый после каждого расчета надо переименовывать, чтобы не пропал при последующем запуске.
Да, обратите внимание: при значительном сходстве многие ключи в инпуте GAMESS и FF не совпадают! И строка для запуска тоже может отличаться (я почти не пользуюсь Гамессом под Windows).
К сожалению, не могу показать, как запускается FF у нас на виндовских машинах: у нас исторически сложилась нетривиальная система запуска, сделанная еще под очень старые версии. В современных версиях бОльшая часть ухищрений не нужна, но батчи переписывать лень, работает -- и ладно.
В общем, покажите строку, вызывающую FireFly.

[Галина23str]

программу запускаю через Total Commander...выделяя Ctrl+Enter-ом строки FireFly.BAT..далее два раза целкаю по файлу с расширением *.dat..вот как-то так...причем вопрос: самого батовского файла в FireFly я не нашла..поэтому скопировала старый с GAMESS.BAT и переименовала под FF.

[sanya1024]

А что написано в FireFly.BAT? приведите весь текст. Скорее всего, GAMESS.BAT просто не годится, нужно посмотреть на сайте FF правильный вид строки запуска (батча).

[Галина23str]

пишет следующее:
Launching GAMESS o file 4_321.gms ...
"Gamess.exe" не является внутренней или внешней командой, исполняемой программой или пакетным файлом.
Delete working files....
как-то так!!!
в принципе вы правы, сказав что батовский файл гамесса не годится..мне просто посоветовали так сделать..видимо не правильно насоветовали((((получается, что батовского файла в самом архиве FF нет..и его нужно с сайта доставать..так получается??

[sanya1024]

А что внутри батча-то написано? того, к-рый Вы переименовали в FireFly.BAT?

[Галина23str]

@ECHO OFF

rem *** Set Env Space
if '%3'=='ComSpec' goto RealRun
%ComSpec% /e:4096 /c call %0 %1 %2 ComSpec
goto end

:RealRun
echo ===========================================================
echo = Batch file for GAMESS under Win95/32b =
echo = Written by Ryzkhov Andrey e-mail RedAndr@usa.net =
echo = Modifyed by Vakulin Ivan e-mail VakulinIV@ic.bashedu.ru =
echo ===========================================================
echo = Special version for Makhmutova Rezeda =
echo ===========================================================
echo = **** Usage **** =
echo = gamess.bat Input_file Output_file =
echo = ATTENTION: Output_file must be with out extension =
echo ===========================================================
echo я= **** Example **** =
echo = c:\gamess.bat test.dat test =
echo ===========================================================
rem *** Check parameters
IF '%2.gms'=='' GOTO NOPARAMS
:if '%1'=='DeleteWork' goto DELWORK
IF NOT EXIST %1 GOTO NOEXIST

rem *** Check GAMESS
REM if not exist gamess.exe goto err_nogamess

:Call %0 DeleteWork
if exist gmsf_punch del gmsf_punch
if exist gmsf_irc del gmsf_irc
if exist %2.gms del %2.gms
if exist %2.pun del %2.pun
ECHO Launching GAMESS to file %2.gms ...

set INPUT=%1
set OUTPUT=%2.gms
set IRCDATA=gmsf_irc
set PUNCH=gmsf_punch
set AOINTS=gmsf_aoints
set MOINTS=gmsf_moints
set DICTNRY=gmsf_dictnry
set DRTFILE=gmsf_drt
set CIVECTR=gmsf_civec
set NTNFMLA=gmsf_ntn
set CIINTS=gmsf_ciints
set WORK15=gmsf_F15
set WORK16=gmsf_F16
set CSFSAVE=gmsf_csf
set FOCKDER=gmsf_F18
set DASORT=gmsf_F20
set JKFILE=gmsf_F23
set ORDINT=gmsf_F24
set EFPIND=gmsf_F25
set PCMDATA=gmsf_F26
set PCMINTS=gmsf_F27
set DAFL30=gmsf_F30
set MCQD50=gmsf_F50
set MCQD51=gmsf_F51
set MCQD52=gmsf_F52
set MCQD53=gmsf_F53
set MCQD54=gmsf_F54
set MCQD55=gmsf_F55
set MCQD56=gmsf_F56
set MCQD57=gmsf_F57
set MCQD58=gmsf_F58
set MCQD59=gmsf_F59
set MCQD60=gmsf_F60
set MCQD61=gmsf_F61
set MCQD62=gmsf_F62
set MCQD63=gmsf_F63
set MCQD64=gmsf_F64

GAMESS.EXE >%2.gms
ECHO Ok!

if exist gmsf_punch ren gmsf_punch %2.pun

ELWORK
ECHO Delete working files ...
REM COMMANDS FOR FILE DELETING
if exist gmsf_dictnry DEL gmsf_dictnry
if exist aoints del aoints
if exist moints del moints

:::
ECHO Ok!
GOTO END

:NOPARAMS
ECHO Usage : %0 INP_NAME OUT_NAME
GOTO DELWORK

:NOEXIST
ECHO Error : File %1 not exist.
GOTO END

:err_nogamess
echo Error : GAMESS.EXE not found
goto END

:END
ECHO Exit from %0

[sanya1024]

Совершенно не годится.
Простейший вариант: взять Ваши инпут, скопировать его под именем input и запустить так:
полный_путь_к_папке_с_экзешником/firefly.exe > имя_выдачи.out
Чуть более продвинутый вариант:
полный_путь_к_папке_с_экзешником/firefly.exe -i имя_инпута.inp -o имя_выдачи.out -r -f -p -stdext
Попробуйте.

[Галина23str]

ага!спасибо!!сейчас попробую!!

[Галина23str]

выдает следующее:
CAN NOT OPEN FIREFLY INPUT FILE. THIS FILE EITHER SHOULD BE NAMED 'INPUT',
OR IT SHOULD BE DEFINED USING THE 'INPUT' ENVIRONMENT VARIABLE.

FOR EXAMPLE, YOU CAN DO SOMETHING LIKE FOLLOWING:

COPY D:\MYDIR\MYTASK.INP INPUT
C:\FIREFLY\FIREFLY.EXE >MYTASK.OUT

OR

SET INPUT=D:\MYDIR\MYTASK.INP
C:\FIREFLY\FIREFLY.EXE >MYTASK.OUT
пробовала сделать как скзано было..но опять та же самая ошибка

[Галина23str]

у меня получилось!!расчет сделал!!!
а вот сейчас вопрос следующего характера: теперь при каждом расчете молекулы мне придется в батче изменять информацию?
при расчете образовались файлы: AOINTS(?) и PUNCH - его, я так понимаю, нужно переименовать в *.dat, чтобы не пропал?