Компьютеры для квантовохимических расчетов

вопросы строения молекул и квантовой химии
Ответить
asp
Сообщения: 122
Зарегистрирован: Вт ноя 11, 2003 11:34 am

Компьютеры для квантовохимических расчетов

Сообщение asp » Пн янв 23, 2012 6:44 am

Предлагаю обсудить железо для расчетов.
Вопрос по Bulldozer от AMD с его "хитрыми" 8 ядрами (у него 2 ядра с командами х86 на один блок MMX и др. расширения). Как параллелятся задачи? Ускорение такое же как на полноценных ядрах? В частности интересует Priroda.

Alex Granovsky
Сообщения: 50
Зарегистрирован: Ср июн 28, 2006 1:17 pm
Контактная информация:

Re: Компьютеры для квантовохимических расчетов

Сообщение Alex Granovsky » Ср янв 25, 2012 1:59 am

Я тестирую эти процессоры вот уже месяц. Хотя про Природу ничего сказать не могу, могу уже достаточно уверенно сказать про Firefly и про общие ощущения. Микроархитектура и сами процессоры - крайне неудачные. Никому не советую покупать и использовать системы на базе Бульдозеров. Да и кодовое название какое неэстетичное, чего от таких ожидать :) В силу разных причин, я пока не проводил полностью систематического исследования на наших стандартных наборах тестов, поэтому на сайте ff, наверное, детальная информация появится несколько позже. Но есть большой соблазн просто там написать, что Firefly не поддерживает эти процессоры.

asp
Сообщения: 122
Зарегистрирован: Вт ноя 11, 2003 11:34 am

Re: Компьютеры для квантовохимических расчетов

Сообщение asp » Чт янв 26, 2012 6:25 pm

Спасибо за ответ, а то уже собрался на нём комп собирать.

jeck19862
Сообщения: 27
Зарегистрирован: Ср фев 01, 2012 2:56 pm

Re: Компьютеры для квантовохимических расчетов

Сообщение jeck19862 » Ср фев 01, 2012 4:49 pm

Распаралеливание процессов зависит от проги. На счет Природы не в курсах. Gamess автоматически паралелится, гауссина при повощи параметра "Shared processors" ....остальные не паралелятся, насколько я заню. Работаю На Dual CORE E5400

kbob
Сообщения: 1550
Зарегистрирован: Сб окт 17, 2009 9:48 am

Re: Компьютеры для квантовохимических расчетов

Сообщение kbob » Пт фев 17, 2012 3:13 pm

asp писал(а):Предлагаю обсудить железо для расчетов.
Вопрос по Bulldozer от AMD с его "хитрыми" 8 ядрами (у него 2 ядра с командами х86 на один блок MMX и др. расширения). Как параллелятся задачи? Ускорение такое же как на полноценных ядрах? В частности интересует Priroda.
Все будет зависеть от компилятора.
http://opennet.ru/opennews/art.shtml?num=32245
Ресурс Phoronix провёл тестирование производительности кода, сгенерированного компиляторами GCC 4.6.2, LLVM/Clang 3.0-RC1 и AMD Open64 4.2.5.2 на платформах Intel Sandy Bridge и AMD Shanghai. Отдельно представлены результаты тестирования на платформе AMD Bulldozer.
Компилятор AMD Open64 продемонстрировал отличную производительность на платформах компании AMD, почти в два раза обогнав конкурентов в тесте C-Ray....
If you are not part of the solution, you are part of the precipitate.

Аватара пользователя
VIPer
Сообщения: 387
Зарегистрирован: Вт фев 13, 2007 10:17 pm

Re: Компьютеры для квантовохимических расчетов

Сообщение VIPer » Пн фев 27, 2012 12:41 pm

а про nvidia cuda для dft методов пока ничего не слышно? в фф вроде как было для mp4.. :dontknow:

kbob
Сообщения: 1550
Зарегистрирован: Сб окт 17, 2009 9:48 am

Re: Компьютеры для квантовохимических расчетов

Сообщение kbob » Пн фев 27, 2012 4:04 pm

VIPer писал(а):а про nvidia cuda для dft методов пока ничего не слышно? в фф вроде как было для mp4.. :dontknow:
Что-то тестировали.
http://www.nvidia.ru/object/computation ... ry_ru.html

Но судя по названиям "Бакиболл", "Холестерол" это были не специалисты в химии.
If you are not part of the solution, you are part of the precipitate.

Kuzmin
Сообщения: 6
Зарегистрирован: Чт мар 01, 2012 5:12 am

Re: Компьютеры для квантовохимических расчетов

Сообщение Kuzmin » Чт мар 01, 2012 5:32 am

Уважаемые форумчане!
Считаю катализаторы на основе переходных металлов в основном DFT, MP2(3,4) в PC GAMESS, GAMESS-US, редко в Gaussian 09W из-под Windows 7 x64 и OpenSuse 12.1.
Хочу собрать расчетную машину, помогите выбрать процессор.
1. AMD Phenom II X6 1100T 3.3 GHz
2. AMD FX-6100 3.3GHz
3. AMD FX-8150 3.6GHz
4. Intel Core i7-2600K 3.4GHz
5. Intel Core i7-3930K 3.2 ГГц
Предполагается СЖО и небольшой разгон ~20%.
По поводу №3 все понятно из данной ветки форума (неудачный вариант). Что скажете по поводу остальных? Вариант: двухпроцессорный сервер на Socket LGA 1366 рассматривал, но выходит дороговато.
Что посоветуете? Может есть альтернативные варианты.

Буду благодарен за ответы!

Аватара пользователя
Yu/2
Сообщения: 538
Зарегистрирован: Сб ноя 15, 2003 12:33 pm

Re: Компьютеры для квантовохимических расчетов

Сообщение Yu/2 » Чт мар 01, 2012 12:17 pm

При ограниченном бюджете лучше i7-2600K и побольше быстрой памяти.

Kuzmin
Сообщения: 6
Зарегистрирован: Чт мар 01, 2012 5:12 am

Re: Компьютеры для квантовохимических расчетов

Сообщение Kuzmin » Чт мар 01, 2012 1:40 pm

Yu/2 писал(а):При ограниченном бюджете лучше i7-2600K и побольше быстрой памяти.
Спасибо. А что скажете по-поводу модели постарше i7 3930K?

Аватара пользователя
Yu/2
Сообщения: 538
Зарегистрирован: Сб ноя 15, 2003 12:33 pm

Re: Компьютеры для квантовохимических расчетов

Сообщение Yu/2 » Чт мар 01, 2012 2:13 pm

Kuzmin писал(а): Спасибо. А что скажете по-поводу модели постарше i7 3930K?
Можно купить, но не в ущерб памяти и материнской плате, и если нужные методы в используемом софте хорошо параллелятся.

Kuzmin
Сообщения: 6
Зарегистрирован: Чт мар 01, 2012 5:12 am

Re: Компьютеры для квантовохимических расчетов

Сообщение Kuzmin » Чт мар 01, 2012 2:37 pm

По поводу памяти есть комплект DDR3 Corsair XMS3 4*2Gb с частотой 1600 МГц стоит в связке с i5 750... Склоняюсь к покупке все-же камня i7 3930K для него скорее всего возьму комплект DDR3 4096MBx4 PC12800 1600MHz Corsair Vengeance LP 9-9-9-24 и мать ASUS LGA2011 P9X79 PRO X79 8xDDR3-2400 (4xPCI-E3,0(16+16+8+8) 8ch BT 4xSATA 4xSATA3 RAID 6xUSB3 eSATA ATX). Остальные запчасти в принципе имеются: 2шт. SSD по 90Гб, 2шт. SATA2 по 1 Тб и киловаттник.

Я так понимаю что довольно проблематично параллелится можно и на меньшем числе ядер запустить, ну или две задачи одновременно решать?
Вообще по какому параметру выбрать проц: SuperPi тест, LinX тест или какой-то иной бенчмарк?

kbob
Сообщения: 1550
Зарегистрирован: Сб окт 17, 2009 9:48 am

Re: Компьютеры для квантовохимических расчетов

Сообщение kbob » Чт мар 01, 2012 7:19 pm

А зачем вам 2 штуки SSD?
If you are not part of the solution, you are part of the precipitate.

starless

Re: Компьютеры для квантовохимических расчетов

Сообщение starless » Чт мар 01, 2012 10:32 pm

Kuzmin писал(а):Вообще по какому параметру выбрать проц: SuperPi тест, LinX тест или какой-то иной бенчмарк?
Оптимально в качестве бенчмарков использовать задачи, максимально приближенные к тем, которые вы собираетесь решать.

Аватара пользователя
VIPer
Сообщения: 387
Зарегистрирован: Вт фев 13, 2007 10:17 pm

Re: Компьютеры для квантовохимических расчетов

Сообщение VIPer » Пт мар 02, 2012 4:22 pm

зачем память корсар? возьмите хайникс или самсунг, они и стоят дешевле, и гонятся очень даже. на тех же корсаровских частотах спокойно будут работать. корсар - это только доплата за брэнд, а зачастую ещё гемор с матерями.. сам сталкивался, во времена ddr-2

Alex Granovsky
Сообщения: 50
Зарегистрирован: Ср июн 28, 2006 1:17 pm
Контактная информация:

Re: Компьютеры для квантовохимических расчетов

Сообщение Alex Granovsky » Пт мар 02, 2012 8:19 pm

Что касается более-менее репрезентативных бенчмарков Firefly, то они есть у нас на сайте в разделе "Performance". Кончается там все на i7-2600K, но с тех пор ничего качественно лучшего не появлялось, за исключением наращивания числа ядер. Для полноты картины не хватает результатов для Бульдозера. Каюсь, немного подзапустил это дело, но довольно скоро все же надеюсь их тоже опубликовать. В целом, на AMD FX 8120 с формальной частотой 3.1 GHz результаты на всех восьми ядрах совсем немного получше, чем для старенького уже Phenom II X4 955 3.2 GHz
starless писал(а):
Kuzmin писал(а):Вообще по какому параметру выбрать проц: SuperPi тест, LinX тест или какой-то иной бенчмарк?
Оптимально в качестве бенчмарков использовать задачи, максимально приближенные к тем, которые вы собираетесь решать.

Kuzmin
Сообщения: 6
Зарегистрирован: Чт мар 01, 2012 5:12 am

Re: Компьютеры для квантовохимических расчетов

Сообщение Kuzmin » Сб мар 03, 2012 3:25 am

kbob писал(а):А зачем вам 2 штуки SSD?
Удобно в RAID0 считать MP2, например, на 4-х ядрах.

Kuzmin
Сообщения: 6
Зарегистрирован: Чт мар 01, 2012 5:12 am

Re: Компьютеры для квантовохимических расчетов

Сообщение Kuzmin » Сб мар 03, 2012 3:30 am

VIPer писал(а):зачем память корсар? возьмите хайникс или самсунг, они и стоят дешевле, и гонятся очень даже. на тех же корсаровских частотах спокойно будут работать. корсар - это только доплата за брэнд, а зачастую ещё гемор с матерями.. сам сталкивался, во времена ddr-2
Вы, конечно, правы. У хиникса и самсунга пока не встречал такие комплекты памяти, у кингстона есть, и цена совсем на немного отличается... В любом случае учту Ваши замечания!

Аватара пользователя
VIPer
Сообщения: 387
Зарегистрирован: Вт фев 13, 2007 10:17 pm

Re: Компьютеры для квантовохимических расчетов

Сообщение VIPer » Пн мар 05, 2012 12:05 pm

да там и комплекты не нужны, просто берите сколько нужно штук планок по 4 гб и всё :) одна планка будет порядка 700-800 р где-то. 8 гигов - почти 1,5 тыщи, 16 - 3 тыщи. не помню, когда так память дёшево стоила) я брал корсар 2 по 2 китом за 5 с чем-то.. DDR-2.. потом еле продал.

Ответить

Вернуться в «квантовая химия и моделирование»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 7 гостей