Программа Scigress explorer и общие вопросы по компьютерной

[jeck19862]

Здесь обсуждаются вопросы по программе Scigress Explorer и обще вопросы по компьютерной химии

[jeck19862]

Привет всем!!!! Если кто имеет опыт работы с Scigress Explorer и еслми есть вопросы по все химическим программам (кроме Priroda) писать сюда!

[Himera]

jeck19862, весь этот форум посвящён компьютерной химии, поэтому не нужно заводить персональные темы. Если есть желание отвечать на вопросы, пишите в уже существующих топиках. Вопросов тут задают предостаточно.

[jeck19862]

jeck19862, весь этот форум посвящён компьютерной химии, поэтому не нужно заводить персональные темы. Если есть желание отвечать на вопросы, пишите в уже существующих топиках. Вопросов тут задают предостаточно.

Но, насколько я видел...программы всего 3......Priroda, Gamess и Gaussian......но программ существует больше для проведения расчетов и они более эффективные.

[jeck19862]

Кроме того и природа и гамесс и гауссиан эффективны для потимизации геометрии, расчетов ИК спектров, ЯМР и некоторых других задач, однако, например, для построения механизмов они не годятся.

[EvgeniX]

Но люди же механизмы строят, используя расчёты, проведённые в вышеперечисленных программах? Или никто ещё не проверял?

[jeck19862]

Но люди же механизмы строят, используя расчёты, проведённые в вышеперечисленных программах? Или никто ещё не проверял?

Люди то строят....используя, например, IRC в GAUSSIAN, но IRC скорее дает представление о координате, а не о механизме. С другой стороны , указанные программы не могут оперировать со слабыми связями корректно (сам проверял) , поэтому обычно рисуют интермедиаты. Но переходный комплекс не нарисуют.

[EvgeniX]

Вот ведь незадача. Что же делать в таких случаях?

И вообще, какие программы и методы предназначены для исследования механизмов химических реакций?

[EvgeniX]

программы всего 3......Priroda, Gamess и Gaussian......но программ существует больше для проведения расчетов и они более эффективные.

Посоветуйте, какие программы более эффективны и для каких задач?

[jeck19862]

Gaussian, Priroda, Gamess эффективны для оптимизации геометрии, ИК, ЯМР спектров, хорошо распаралеливают расчет (многоядерные процессоры, многопроцессорные материнки), Scigress хороша для механизмов, УФ спектров, Material studio для физхимии и кристаллов больше подходит, Discovery Studio для лекарственных препаратов и токсикологии, а Aimall Studio для более подробной инфы о различных параметрах частиц. Hyper Chem можно использовать для обсчета НК и для МД

[jeck19862]

Для обсчета переходных комплексов лучше всего использовать методы DFT. Дучше с учетом диффузии электронных облаков. Если ПК не позволяет такого, то лучше использовать DFT B88-LYP/ 6-31G** с предварительной оптимизацией в базисе 3-21 G, а также полуэмпирическим методом PM5 (либо PM3, PM6) и молекулярной механикй, наприме, MM2 / MM3. Вместо гибридного потенциала B88-LYP можно использовать B3-LYP или CAM-B3-LYP (Fitting Set = AUTO)

[sanya1024]

HyperChem платная и годится только для обучения, Materials Studio тоже весьма платная, остальные из упомянутых ТС, скорее всего, тоже того же плана.

[sanya1024]

Для обсчета переходных комплексов лучше всего использовать методы DFT. Дучше с учетом диффузии электронных облаков. Если ПК не позволяет такого, то лучше использовать DFT B88-LYP/ 6-31G** с предварительной оптимизацией в базисе 3-21 G, а также полуэмпирическим методом PM5 (либо PM3, PM6) и молекулярной механикй, наприме, MM2 / MM3. Вместо гибридного потенциала B88-LYP можно использовать B3-LYP или CAM-B3-LYP (Fitting Set = AUTO)

Спасибо, кэп Что б мы без Вас делали...

[jeck19862]

HyperChem платная и годится только для обучения, Materials Studio тоже весьма платная, остальные из упомянутых ТС, скорее всего, тоже того же плана.

Ну с Hyper Chem соглашусь........ну так все проги платные....ну а бесплатный гамесс конечно хорош , но алгоритмы у него тяжелые........Gaussian тоже платная......ну пользуются ей широко....

[jeck19862]

Для обсчета переходных комплексов лучше всего использовать методы DFT. Дучше с учетом диффузии электронных облаков. Если ПК не позволяет такого, то лучше использовать DFT B88-LYP/ 6-31G** с предварительной оптимизацией в базисе 3-21 G, а также полуэмпирическим методом PM5 (либо PM3, PM6) и молекулярной механикй, наприме, MM2 / MM3. Вместо гибридного потенциала B88-LYP можно использовать B3-LYP или CAM-B3-LYP (Fitting Set = AUTO)

Спасибо, кэп Что б мы без Вас делали...

Важна не только процдура обсчета, но и мехазм который считается.......уже три года механизмы считаю.......вначале он рисукется на бумаге..потом переносится в комп.....для построения следующего ПС используется несколько параметров частиц..........вот и получается что в механизме не 2-3 ПС а 8-10

[EvgeniX]

Даже завидно. Научите?

[sanya1024]

HyperChem платная и годится только для обучения, Materials Studio тоже весьма платная, остальные из упомянутых ТС, скорее всего, тоже того же плана.

Ну с Hyper Chem соглашусь........ну так все проги платные....ну а бесплатный гамесс конечно хорош , но алгоритмы у него тяжелые........Gaussian тоже платная......ну пользуются ей широко....

Гамесс вовсе не тяжелый, FireFly весьма эффективный и бесплатный, Orca тоже (кстати, вышла версия 2.9, но доступна только с нового адреса

Код: Выделить всё

http://www.mpibac.mpg.de/bac/index_en.php

). Гауссиан есть в торрентах (найдите-ка в торрентах Materials Studio). Впрочем, никто не запрещает Вам пользоваться чем Вам нравится. Только не удивляйтесь, что кроме Вас этим никто не пользуется.

[jeck19862]

Ну ....в россии мало кто ползкется........хорошо.....и Gamess и FireFly сосчитает геометрию......ну максисум ИК или IRC...и сто дальше? Я не спорю....ИК нужны иди оптимизация . А дальше что с ними делать? С этими данными?

[jeck19862]

Даже завидно. Научите?

Есть предложение. Послушаешь?

[EvgeniX]

Первый вопрос. Как Galu$$tyan 09 заставить оптимизировать в CCSD(T), жалуется, что аналитических градиентов нет.
Хочу механизмы им изучать