В какой программе лутше выполнить расчёт ПС?

вопросы строения молекул и квантовой химии
Ответить
Vadim
Сообщения: 448
Зарегистрирован: Пт окт 31, 2008 2:15 pm

В какой программе лутше выполнить расчёт ПС?

Сообщение Vadim » Ср фев 08, 2012 4:23 pm

Доброго времени суток уважаемые форумчане!

Прошу Вашего совета, значит имеется органическая реакция которая в зависимости от реагентов (1-й один и тот же а второй различается лишь тем что изменяется заместитель) идёт различными путями. Так вот сам вопрос в какой программе лучше выполнить расчёты переходных состояний (энергии ПС, энергии активации, барьеры вращения вокруг связи и т.д.)?

Заранее Вам очень признателен!

Аватара пользователя
EvgeniX
Сообщения: 2759
Зарегистрирован: Пт апр 27, 2007 5:32 am

Re: В какой программе лутше выполнить расчёт ПС?

Сообщение EvgeniX » Ср фев 08, 2012 5:05 pm

В той, в какой умеете =)

Vadim
Сообщения: 448
Зарегистрирован: Пт окт 31, 2008 2:15 pm

Re: В какой программе лутше выполнить расчёт ПС?

Сообщение Vadim » Ср фев 08, 2012 5:30 pm

Спасибо, очень конструктивный ответ :up:

Аватара пользователя
EvgeniX
Сообщения: 2759
Зарегистрирован: Пт апр 27, 2007 5:32 am

Re: В какой программе лутше выполнить расчёт ПС?

Сообщение EvgeniX » Ср фев 08, 2012 5:40 pm

А более конструктивного ответа быть не может.
Программы - это лишь инструменты, в которых реализованы разные методы. Есть бесплатные, есть платные программы, есть универсальные и медленные, есть узкоспециальные и быстрые, есть для суперкомпьютеров, есть для персональных ЭВМ. В зависимости от задачи могут понадобится совершенно разные методы, одни из которых проще (например, DFT), другие очень сложны в освоении. Не зная вашей задачи, вашей квалификации и т.п. помочь нельзя.

От себя могу предложить использовать какую-либо из следующих программ: ПРИРОДА, ORCA, Gaussian (платная), FireFly (медленная).
Настоятельно нерекомендую HyperChem (платная, медленная).
расчёты переходных состояний (энергии ПС, энергии активации, барьеры вращения вокруг связи и т.д.)
Это любой квантовохимический пакет программ может.

kbob
Сообщения: 1607
Зарегистрирован: Сб окт 17, 2009 9:48 am

Re: В какой программе лутше выполнить расчёт ПС?

Сообщение kbob » Ср фев 15, 2012 3:07 pm

Где можно скачать программу ПРИРОДА?
http://wt.knc.ru/wiki/index.php/Priroda ... 0%B8%D1%85

По ссылке пустая папка.
http://www.physto.se/~laikov/
Последний раз редактировалось amik Ср фев 15, 2012 3:10 pm, всего редактировалось 1 раз.
Причина: цитирование предыдущего поста удалено
If you are not part of the solution, you are part of the precipitate.

Аватара пользователя
sanya1024
Сообщения: 1667
Зарегистрирован: Чт янв 20, 2011 3:24 pm

Re: В какой программе лутше выполнить расчёт ПС?

Сообщение sanya1024 » Ср фев 15, 2012 3:52 pm

Просите у автора лично. Где-то в недрах форума есть его мейл
Вот и вся моя работа. Стеречь ребят над пропастью во ржи. (Дж. Д. Сэлинджер)

kbob
Сообщения: 1607
Зарегистрирован: Сб окт 17, 2009 9:48 am

Re: В какой программе лутше выполнить расчёт ПС?

Сообщение kbob » Чт фев 16, 2012 3:13 pm

sanya1024 писал(а):Просите у автора лично. Где-то в недрах форума есть его мейл
Такие программы у меня доверия не вызывают.

Попробую ORCA 2.9.0
http://www.mpibac.mpg.de/bac/logins/nee ... _neese.php
весит правда 1.2Gb
If you are not part of the solution, you are part of the precipitate.

o-oxhem
Сообщения: 425
Зарегистрирован: Вт июл 08, 2008 10:33 pm

Re: В какой программе лутше выполнить расчёт ПС?

Сообщение o-oxhem » Чт фев 16, 2012 4:09 pm

Почему Вы так сразу. Алгоритмы опубликованы и признаны, например, тем же Frank Neese, базисные наборы опубликованы. Исходные коды доступны. библиография применения программы PRIRODA вполне существенна и включает в том числе статьи в междунарожных изданиях. А проблемы при применении любой программы бывают.

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 1900
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: В какой программе лутше выполнить расчёт ПС?

Сообщение amge » Чт фев 16, 2012 4:25 pm

o-oxhem писал(а):Исходные коды доступны.
Ух ты! Не знал. Сильно хотелось бы их заиметь. Не подскажете, как?

o-oxhem
Сообщения: 425
Зарегистрирован: Вт июл 08, 2008 10:33 pm

Re: В какой программе лутше выполнить расчёт ПС?

Сообщение o-oxhem » Чт фев 16, 2012 4:43 pm

Собственно, автор их сам для версии 9 рассылает по просьбе. Это для параллельного исполнения. А для одного процессора то было приложено к одной из статей. Более старая версия кода лежит (точно, лежала) в обменнике CCL.

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 1900
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: В какой программе лутше выполнить расчёт ПС?

Сообщение amge » Чт фев 16, 2012 4:47 pm

Понятно. Я, помнится, просил коды, безуспешно, но это было давно, когда 4-я версия еще была. Большое спасибо за ценную информацию.

Аватара пользователя
EvgeniX
Сообщения: 2759
Зарегистрирован: Пт апр 27, 2007 5:32 am

Re: В какой программе лутше выполнить расчёт ПС?

Сообщение EvgeniX » Чт фев 16, 2012 5:09 pm

o-oxhem писал(а):Собственно, автор их сам для версии 9 рассылает по просьбе. Это для параллельного исполнения. А для одного процессора то было приложено к одной из статей. Более старая версия кода лежит (точно, лежала) в обменнике CCL.
Вроде он раньше рассылал скомпилированные файлы, но не слинкованные с библиотеками MPI. Т.е. это были не исходники, а уже код.

o-oxhem
Сообщения: 425
Зарегистрирован: Вт июл 08, 2008 10:33 pm

Re: В какой программе лутше выполнить расчёт ПС?

Сообщение o-oxhem » Чт фев 16, 2012 5:52 pm

Тогда поправка: очень старая версия кода лежит в CCL. Все новое, действительно, только нелинкованное.

Код: Выделить всё

 Lebedev, V.I. Zh. Vychisl. Mat. Fiz., 1975, 15, 48 (b) Lebedev, Zh. Vychisl. Mat. Fiz., 1976, 16, 293 © Lebedev; V.I.; Laikov, D.N. Doklady Mathematics, 1999, 59, 477 (d) Lebedev, V.I.; Skorokhodov, A.L. Sov. Phys.-­?Dokl., 1992, 45, 587 (e) Eden, M.; Levitt, M.H. J. Mag. Res., 1998, 132, 220 (f) Stroud, A.H. Approximate Calculation of Multiple Integrals, Prentice-­?Hall, Englewood Cliffs, 1971 (g) http://www.ccl.net/cca/software/SOURCES/FORTRAN/Lebedev-­?Laikov-­?Grids/. These routines are based on C code provided by Dmitri Laikov (laikov@chem.msu.ru). Christoph van Wullen (Christoph.van.Wuellen@Ruhr-­?Uni-­?Bochum.de) has made the effort to obtain the code and convert it to Fortran77, and he obtained Dmitri's kind permission to make the routines publically available. 
http://www.ccl.net/cca/software/SOURCES ... ndex.shtml

Скоро акты SOPA и PIPA будут. Так что имеет смысл заранее.

kbob
Сообщения: 1607
Зарегистрирован: Сб окт 17, 2009 9:48 am

Re: В какой программе лутше выполнить расчёт ПС?

Сообщение kbob » Пт фев 17, 2012 4:11 am

o-oxhem писал(а):Скоро акты SOPA и PIPA будут. Так что имеет смысл заранее.
Причем тут SOPA. Я лично соблюдаю лицензионные соглашения.
If you are not part of the solution, you are part of the precipitate.

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 1900
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: В какой программе лутше выполнить расчёт ПС?

Сообщение amge » Пт фев 17, 2012 6:50 am

kbob, если хотите попробовать Природу, это можно сделать, не нарушая никаких лицензий и не вступая в переписку с автором.
По ссылке вложение 22767_ftp.pdf - это tgz-архив. Он же - SI к статье Лайкова в J. Chem. Phys.. В этом архиве бинарник data/bin/p1 - полнофункциональная Природа11 для linux x86-64 с единственным, но весьма существенным ограничением - не параллельная. В архиве нет базисов, пригодных для обычных расчетов. Их можно скачать здесь.

Главное, за что любят Природу - ее скорость при использовании pure DFT-функционалов. Она существенно быстрее, чем даже Orca. Насчет Вашего недоверия - уважаемый o-oxhem прав - Природа многократно многими людьми проверена.

kbob
Сообщения: 1607
Зарегистрирован: Сб окт 17, 2009 9:48 am

Re: В какой программе лутше выполнить расчёт ПС?

Сообщение kbob » Пт фев 17, 2012 2:24 pm

amge писал(а):kbob, если хотите попробовать Природу, это можно сделать, не нарушая никаких лицензий и не вступая в переписку с автором.
По ссылке вложение 22767_ftp.pdf - это tgz-архив. Он же - SI к статье Лайкова в J. Chem. Phys.. В этом архиве бинарник data/bin/p1 - полнофункциональная Природа11 для linux x86-64 с единственным, но весьма существенным ограничением - не параллельная. В архиве нет базисов, пригодных для обычных расчетов. Их можно скачать здесь.

Главное, за что любят Природу - ее скорость при использовании pure DFT-функционалов. Она существенно быстрее, чем даже Orca. Насчет Вашего недоверия - уважаемый o-oxhem прав - Природа многократно многими людьми проверена.
Спасибо. Заработало. Действительно загружено всего одно ядро процессора i7 (абыдна да).

Разговор видимо нужно продолжать в теме?
viewtopic.php?f=71&t=80217

Опроса на тему, "какую программу квантово-механических расчетов я предпочитаю" у вас на форуме случайно не было?
If you are not part of the solution, you are part of the precipitate.

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 1900
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: В какой программе лутше выполнить расчёт ПС?

Сообщение amge » Пт фев 17, 2012 3:36 pm

kbob писал(а):Спасибо. Заработало. Действительно загружено всего одно ядро процессора i7 (абыдна да).
Конечно, обидно, если задача тяжелая. Но если много не очень тяжелых - просто запускайте 4 штуки одновременно, это даже эффективнее будет, чем подряд на 4-х ядрах каждая. На чистом DFT у Природы (как и у других DFT-программ) запросы по диску и памяти очень умеренные, так что тормозов не будет.
kbob писал(а):Разговор видимо нужно продолжать в теме? viewtopic.php?f=71&t=80217
Если о Природе, то логичнее здесь.
kbob писал(а):Опроса на тему, "какую программу квантово-механических расчетов я предпочитаю" у вас на форуме случайно не было?
Подобные темы регулярно появляются, но не помню, чтобы в них было что-то шибко полезное.

Ответить

Вернуться в «квантовая химия и моделирование»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 2 гостя