Параметризация жесткости связей c помощью US GAMESS

[ftorazyne]

Здравствуйте! Я считаю молекулярную динамику в GROMACS. Для одного из моих лигандов в силовом поле AMBER99 не хватает параметров для связей, валентных и двугранных углов. (Для связи, приближаемой "пружиной", т. е. потенциалом вида E=k*(r-r0)^2, это константа жесткости k и равновесная длина r0, например). Их можно рассчитать, используя модельную систему, содержащую те же связи и углы, оптимизировав геометрию системs расчетом ab initio и, представляя её z-матрицей, рассчитать энергии для заданных длин связей и углов. Проблема же в том, что я - полный профан в квантовой химии и понятия не имею, какой метод расчета даст наиболее достоверные данные. Прошу у сведущих людей совета, как провести наиболее достоверный расчет с помощью US GAMESS (я умею пользоваться только этой программой).

[starless]

Не надо применять для лигандов силовые поля, параметризованные для белков (Почему не AMBER FF10, кстати? это осовремененная версия FF99). Используйте GAFF и будет вам щастье. Или возьмите параметры из GAFF либо любого другого поля, где они имеются, и имплантируйте их в свою топологию -- но лучше не смешивать в одном лиганде разные силовые поля всё-таки.

[sanya1024]

А вообще мои коллеги для этих целей пользуются DFT с функционалом B3LYP в базисе 6-311G(d,p) и методом MP2 в том же базисе. В основном результаты очень близкие, но в отдельных случаях могут и заметно различаться. Кому больше доверия -- зависит от ситуации. В нашем случае к MP2 пришлось прибегнуть именно потому, что насчет DFT были подозрения. MP2 -- это долго. Мы считали в FireFly (к-рая по формату ввода во многом похожа на Гамесс), потому что там было много сделано специально для оптимизации алгоритмов MP2. Что будет в Гамессе -- не знаю.

[ftorazyne]

Или возьмите параметры из GAFF

Вот мне это советовали, но я не понимаю, как оттуда параметры брать. Например, для связей авторы дают в статье (DOI: 10.1002/jcc.20035) таблицу, где величины для расчета силовой константы приведены безотносительно типа связи (кратность, между атомами какого типа установлена), а просто: C-N, C-C, C-H ... Может, я не знаю откуда параметры брать?

[starless]

http://ambermd.org/tutorials/basic/tutorial4b/

Если кратко: готовите свой лиганд в leap, автоматически создавая файл frcmod. Большинство параметров там будет взято по аналогии, но если захотите, их можно будет поменять. Текущая версия силового поля входит в дистрибутив AmberTools.

Ну и с типами атомов там всё нормально.