Прерванный расчет гессиана. как продолжить?

вопросы строения молекул и квантовой химии
Ответить
Аватара пользователя
Elbereth
Сообщения: 41
Зарегистрирован: Ср авг 17, 2011 2:38 am

Прерванный расчет гессиана. как продолжить?

Сообщение Elbereth » Чт фев 23, 2012 1:16 pm

Здравствуйте, подскажите как продолжить расчет гессиана в FF, Gamess US и в природе если расчет по каким - то причинам оборвался? Для оптимизации геометрии продолжить прерванный расчет просто - выделил последние координаты оптимизации и вставил во входной файл. что делать этом случае с гессианом?

простите за такой вопрос, спасибо заранее.

EvgeniX
Сообщения: 2662
Зарегистрирован: Пт апр 27, 2007 5:32 am

Re: Прерванный расчет гессиана. как продолжить?

Сообщение EvgeniX » Чт фев 23, 2012 1:48 pm

Если гессиан рассчитывается аналитически - никак.
Если численный (в ПРИРОДе у DFT расчёт гессиана аналитический, а в случае riDFT, MP2 и т.п. - численный), то продолжить можно

Код: Выделить всё

$d2edr2
...
 steps=%d,%d         initial and final numerical differentiation steps for
                     this run: a useful option for numerical hessian restarts:
                     let the reference geometry be #0, 1st displaced
                     geometry #1 and so on up to 3N or 6N (1 or 2 disp.).
                     default is: 0,-1 which means to do all necessary steps
                     from 0 to 3N|6N in one run.
                     Other possibility can be illustrated by the example:
                     for a 12-atom molecule one can prepare 4 input files
                     which differ only in that:
                     $d2edr2 disp=1 steps= 0, 9 $end - for file mol.in1
                     $d2edr2 disp=1 steps=10,18 $end - for file mol.in2
                     $d2edr2 disp=1 steps=19,27 $end - for file mol.in3
                     $d2edr2 disp=1 steps=28,36 $end - for file mol.in4
                     Then 4 calculation can be started in parallel on
                     different computers, after which the data can be
                     extracted from all output files and appended to one
                     input file:
                     grep "num>" mol.out{1,2,3,4} | sed "s/\.*num>//g" >> mol.in
                     then one adds
                     $d2edr2 steps=-1 $end
                     and executes the program once again to process the partial
                     results.
При расчёте надо приложить все секции $EnergyXXX...$end во входной файл.

Аватара пользователя
Elbereth
Сообщения: 41
Зарегистрирован: Ср авг 17, 2011 2:38 am

Re: Прерванный расчет гессиана. как продолжить?

Сообщение Elbereth » Чт фев 23, 2012 3:05 pm

а в FF, Gamess US можно что-то сделать если численный гессиан?

Аватара пользователя
sanya1024
Сообщения: 1667
Зарегистрирован: Чт янв 20, 2011 3:24 pm

Re: Прерванный расчет гессиана. как продолжить?

Сообщение sanya1024 » Чт фев 23, 2012 4:23 pm

Легко. Просто приаттачиваете в конец инпута группу $VIB из *.irc файла, не забываете добавить в конец $END -- и расчет рестартует автоматически (наличие этой группы автоматически включает рестарт гессиана).
Вот и вся моя работа. Стеречь ребят над пропастью во ржи. (Дж. Д. Сэлинджер)

LVictor
Сообщения: 50
Зарегистрирован: Вс мар 22, 2015 9:15 am

Re: Прерванный расчет гессиана. как продолжить?

Сообщение LVictor » Вс сен 27, 2015 1:04 pm

Добрый день. А такой вопрос: как продолжить расчет при распараллеливании процессов на многоядерном процессоре? Как поступить с папками временных рабочих директорий?

Ответить

Вернуться в «квантовая химия и моделирование»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 1 гость