Вопросы по разным задачам

вопросы строения молекул и квантовой химии
Dell100
Сообщения: 88
Зарегистрирован: Пн янв 24, 2011 3:05 pm

Вопросы по разным задачам

Сообщение Dell100 » Вт апр 03, 2012 4:25 pm

Здравствуйте, уважаемые форумчане!!! Давно не была на этом сайте и накопила кучу вопросов, в которых так и не разобралась:))
Многи вопросы покажутся глупыми, но все же разрешите мне их задать)
1) Считаю энергию триплетов в Fyrefly методом CIS. Вопрос: нужно ли полученную энергию умножать на множитель линейного масштабирования, или это нужно только для синглетов.
2) хочу визуализировать результаты расчета МЭСП, задача посчиталась, но электростатический потенциал так и не увидела в визуализаторе
Задавала входной файл так:
$CONTRL SCFTYP=RHF RUNTYP=PROP EXETYP=run DFTTYP=B3LYP TDDFT=EXCITE UNITS=ANGS
MULT=1 COORD=UNIQUE $END
$BASIS GBASIS=N31 NGAUSS=6 NPFUNC=1 NDFUNC=1 $END
$SCF DIRSCF=.T. FDIFF=.T. DIIS=.T. SOSCF=.F. $END
$SYSTEM MEMORY=180000000 $END
$GUESS GUESS=MOREAD NORB=360 $END
$TDDFT NSTATE=10 ISTATE=1 RDTDVC=.t. $END
$ELPOT IEPOT=1 $END
$CUBE CUBE=.T. MESH=fine $END
$DATA
...
$END
$VEC
...
Можно что-то еще нужно добавить?
3) Хотела провести сканирование поверхности потенциальной энергии в зависимости от угла вращения. Для этого разбирала конкретный пример для бифенила,запустила расчет с таким входным файлом
INPUT CARD> $CONTRL INTTYP=HONDO RUNTYP=RSURFACE COORD=unique
INPUT CARD> fstint=.t. gencon=.t. d5=.t.
INPUT CARD> MAXIT=100 NZVAR=1
INPUT CARD> exetyp=check
INPUT CARD> SCFTYP=RHF mplevl=0 $END
INPUT CARD> $SYSTEM TIMLIM=360000 MWORDS=200 $END
INPUT CARD>! $system ioflgs(30)=1 $end
INPUT CARD> $smp load=0 call64=.t. $end
INPUT CARD>! $p2p p2p=.t. dlb=.t. mixed=.f. mxbuf=2048 xdlb=.t. $end
INPUT CARD> $trans mptran=2 dirtrf=.t. aoints=dist altpar=.t. mode=112 $end
INPUT CARD> $mp2 GRDMET=2 DM2MET=-1 $end
INPUT CARD>! $BASIS GBASIS=N311 NGAUSS=6 ndfunc=1 npfunc=1 $END
INPUT CARD> $BASIS GBASIS=N31 NGAUSS=6 ndfunc=1 npfunc=1 $end
INPUT CARD> $SCF DIRSCF=.TRUE. $END
INPUT CARD> $statpt opttol=1.0e-4 hssend=.f. nstep=1000
INPUT CARD> METHOD=GDIIS NOREG=5 $end
INPUT CARD> $zmat dlc=.t. auto=.t. AUTOFV=.T.
INPUT CARD> ifzmat(1)=3,2,1,12,14, 4,3,1,2,12, 4,13,12,14,1
INPUT CARD>! irzmat(1)=3,2,1,12,13, 3,3,1,12,14
INPUT CARD> scan=.t. $END
INPUT CARD> $surf ndisp1=20 disp1=5.0 reuse=.t. $end
INPUT CARD> $DATA
INPUT CARD> C12H10

Но задача не посчиталась и выдала ошибку
OUT OF BOUNDS REFERENCE FOR ARRAY IFZMAT
**** ERROR READING INPUT GROUP $ZMAT *****
THE PROBLEM IS WITH THIS CARD, BEFORE OR NEAR THE $ POINTER
IFZMAT(1)=3,2,1,12,14, 4,3,1,2,12, 4,13,12,14,1
$
Помогите разобраться)

Аватара пользователя
sanya1024
Сообщения: 1667
Зарегистрирован: Чт янв 20, 2011 3:24 pm

Re: Вопросы по разным задачам

Сообщение sanya1024 » Ср апр 04, 2012 1:08 am

Dell100 писал(а): 1) Считаю энергию триплетов в Fyrefly методом CIS. Вопрос: нужно ли полученную энергию умножать на множитель линейного масштабирования, или это нужно только для синглетов.
Опыт показывает, что триплеты в CIS получаются на удивление прилично, ничего масштабировать не надо, они сами более-менее попадают в нужный диапазон энергий.
2) хочу визуализировать результаты расчета МЭСП, задача посчиталась, но электростатический потенциал так и не увидела в визуализаторе
Задавала входной файл так:
$CONTRL SCFTYP=RHF RUNTYP=PROP EXETYP=run DFTTYP=B3LYP TDDFT=EXCITE UNITS=ANGS
MULT=1 COORD=UNIQUE $END
$BASIS GBASIS=N31 NGAUSS=6 NPFUNC=1 NDFUNC=1 $END
$SCF DIRSCF=.T. FDIFF=.T. DIIS=.T. SOSCF=.F. $END
$SYSTEM MEMORY=180000000 $END
$GUESS GUESS=MOREAD NORB=360 $END
$TDDFT NSTATE=10 ISTATE=1 RDTDVC=.t. $END
$ELPOT IEPOT=1 $END
$CUBE CUBE=.T. MESH=fine $END
$DATA
...
$END
$VEC
...
Можно что-то еще нужно добавить?
Тут, к сожалению, ничего подсказать не могу
3) Хотела провести сканирование поверхности потенциальной энергии в зависимости от угла вращения. Для этого разбирала конкретный пример для бифенила,запустила расчет с таким входным файлом
INPUT CARD> $CONTRL INTTYP=HONDO RUNTYP=RSURFACE COORD=unique
INPUT CARD> fstint=.t. gencon=.t. d5=.t.
INPUT CARD> MAXIT=100 NZVAR=1
INPUT CARD> exetyp=check
INPUT CARD> SCFTYP=RHF mplevl=0 $END
INPUT CARD> $SYSTEM TIMLIM=360000 MWORDS=200 $END
INPUT CARD>! $system ioflgs(30)=1 $end
INPUT CARD> $smp load=0 call64=.t. $end
INPUT CARD>! $p2p p2p=.t. dlb=.t. mixed=.f. mxbuf=2048 xdlb=.t. $end
INPUT CARD> $trans mptran=2 dirtrf=.t. aoints=dist altpar=.t. mode=112 $end
INPUT CARD> $mp2 GRDMET=2 DM2MET=-1 $end
INPUT CARD>! $BASIS GBASIS=N311 NGAUSS=6 ndfunc=1 npfunc=1 $END
INPUT CARD> $BASIS GBASIS=N31 NGAUSS=6 ndfunc=1 npfunc=1 $end
INPUT CARD> $SCF DIRSCF=.TRUE. $END
INPUT CARD> $statpt opttol=1.0e-4 hssend=.f. nstep=1000
INPUT CARD> METHOD=GDIIS NOREG=5 $end
INPUT CARD> $zmat dlc=.t. auto=.t. AUTOFV=.T.
INPUT CARD> ifzmat(1)=3,2,1,12,14, 4,3,1,2,12, 4,13,12,14,1
INPUT CARD>! irzmat(1)=3,2,1,12,13, 3,3,1,12,14
INPUT CARD> scan=.t. $END
INPUT CARD> $surf ndisp1=20 disp1=5.0 reuse=.t. $end
INPUT CARD> $DATA
INPUT CARD> C12H10

Но задача не посчиталась и выдала ошибку
OUT OF BOUNDS REFERENCE FOR ARRAY IFZMAT
**** ERROR READING INPUT GROUP $ZMAT *****
THE PROBLEM IS WITH THIS CARD, BEFORE OR NEAR THE $ POINTER
IFZMAT(1)=3,2,1,12,14, 4,3,1,2,12, 4,13,12,14,1
$
Помогите разобраться)
Вроде бы это тот пример, что я Вам давала. У меня он работал. Очень странно... Программе не понравился лишний пробел в строчке IFZMAT(1)=3,2,1,12,14, 4,3,1,2,12, 4,13,12,14,1? Не должно бы такого быть, но на всякий случай уберите этот пробел. Если снова вывалится ошибка -- выложите полностью инпут. Может, у Вас где-то в группе $DATA очепятки?
Вот и вся моя работа. Стеречь ребят над пропастью во ржи. (Дж. Д. Сэлинджер)

Dell100
Сообщения: 88
Зарегистрирован: Пн янв 24, 2011 3:05 pm

Re: Вопросы по разным задачам

Сообщение Dell100 » Сб апр 07, 2012 6:35 am

Спасибо за ответы)))Задача со сканированием так и не посчиталась, хотя вроде убрала все пробелы, которые только посчитала возможными убрать. На всякий случай выложу тот входной файл, которым пользовалась)
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 1806
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: Вопросы по разным задачам

Сообщение amge » Сб апр 07, 2012 10:12 am

Если уже не пробовали, то попробуйте поставить пробел перед $END, закрывающим группу $zmat

Dell100
Сообщения: 88
Зарегистрирован: Пн янв 24, 2011 3:05 pm

Re: Вопросы по разным задачам

Сообщение Dell100 » Сб апр 07, 2012 11:47 am

Так тоже пробовала, не помогло((( Понять не могу, что не так(

Аватара пользователя
sanya1024
Сообщения: 1667
Зарегистрирован: Чт янв 20, 2011 3:24 pm

Re: Вопросы по разным задачам

Сообщение sanya1024 » Сб апр 07, 2012 1:47 pm

Проверила (вернув пробелы между группами цифр в IFZMAT(1) и перед $END). Теперь другая ошибка: ERROR: UNABLE TO PROJECT DLC! Но это ошибка понятная, с ней надо бороться, добавив ORTTOL=1.0D-12 в группу $zmat (ORTTOL можно в принципе уменьшать до 1.0D-15). С ORTTOL=1.0D-12 в этом примере все получается.

А Вы точно FireFly запускаете, а не GAMESS?
Вот и вся моя работа. Стеречь ребят над пропастью во ржи. (Дж. Д. Сэлинджер)

Dell100
Сообщения: 88
Зарегистрирован: Пн янв 24, 2011 3:05 pm

Re: Вопросы по разным задачам

Сообщение Dell100 » Вс апр 08, 2012 9:06 am

Да, конечно fyrefly))Попробовала проделать то же самое + добавила группу OPTTOL, но и это не помогло: выдает ошибку в группе $zmat :( :issue:

Аватара пользователя
sanya1024
Сообщения: 1667
Зарегистрирован: Чт янв 20, 2011 3:24 pm

Re: Вопросы по разным задачам

Сообщение sanya1024 » Вс апр 08, 2012 4:55 pm

А у Вас какая версия FF? Если 7x и выше, вроде, не должно быть проблем.
А указатель $ в выдаче указывает на слово IFZMAT(1) или на какие-то элементы массива?
Вот и вся моя работа. Стеречь ребят над пропастью во ржи. (Дж. Д. Сэлинджер)

Dell100
Сообщения: 88
Зарегистрирован: Пн янв 24, 2011 3:05 pm

Re: Вопросы по разным задачам

Сообщение Dell100 » Вс апр 08, 2012 7:15 pm

Версия 7.1.G! Выдает следующую ошибку
**** ERROR READING INPUT GROUP $ZMAT *****
THE PROBLEM IS WITH THIS CARD, BEFORE OR NEAR THE $ POINTER
$ZMAT DLC=.T. AUTO=.T. AUTOFV=.T. OPTTOL=1.0D-12
$
Хотя пробелы расставила правильно.
Во вложении выходной файл, может это поможет разобраться)
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.

Dell100
Сообщения: 88
Зарегистрирован: Пн янв 24, 2011 3:05 pm

Re: Вопросы по разным задачам

Сообщение Dell100 » Вс апр 08, 2012 7:21 pm

Еще вопрос: можно ли найти какую-нибудь ссылку, где указывается, что энергия CIS триплетов выдается корректно, и нет необходимости ее масштабировать :235:

Аватара пользователя
sanya1024
Сообщения: 1667
Зарегистрирован: Чт янв 20, 2011 3:24 pm

Re: Вопросы по разным задачам

Сообщение sanya1024 » Вс апр 08, 2012 10:54 pm

Нет, я не видела, хотя ищу. Видела указания на то, что TDDFT триплеты занижает, но эти статьи я сходу не найду.
Вот и вся моя работа. Стеречь ребят над пропастью во ржи. (Дж. Д. Сэлинджер)

Аватара пользователя
sanya1024
Сообщения: 1667
Зарегистрирован: Чт янв 20, 2011 3:24 pm

Re: Вопросы по разным задачам

Сообщение sanya1024 » Вс апр 08, 2012 10:58 pm

Посмотрела: сейчас значок $ указывает на OPTTOL. Конечно, это очепятка: нужно ORTTOL, как я выше писала.
Вот и вся моя работа. Стеречь ребят над пропастью во ржи. (Дж. Д. Сэлинджер)

Dell100
Сообщения: 88
Зарегистрирован: Пн янв 24, 2011 3:05 pm

Re: Вопросы по разным задачам

Сообщение Dell100 » Пн апр 09, 2012 2:58 pm

Странно))) исправила очепятку)) А все равно расчет не идет) Может версия не подходит. Не может же быть так, что одинаковый input у одного считается а у другого нет :( Кстати вариант в mplevl=2 ошибок не выдает при проверке, там и группа ifzmat из одного набора из 5 цифр. Это еще один input, который Вы выкладывали. Но Вы говорили, что расчет с ним не совсем корректный, вроде )
Вообще я разбираю этот пример, чтобы затем на своих молекулах его применить. Хочу посмотреть, как будет выглядеть кривая ППЭ для основного, возбужденного синглетного и триплетного состояний.
В этом конкретном примере мне не совсем понятно почему мы задаем три набора цифр в группе ifzmat, что первая цифра означает. Вроде 3- означает торсионный угол, а остальные 4 цифры зададают номера атомов, которые образуют этот угол. Или нет??? В мануале обо всем об этом очень коряво написано)
Какой из вариантов mplevl=0 или mplevl=2 целесообразнее использовать для указанных задач???А может есть еще какая-нибудь альтернатива)

Аватара пользователя
sanya1024
Сообщения: 1667
Зарегистрирован: Чт янв 20, 2011 3:24 pm

Re: Вопросы по разным задачам

Сообщение sanya1024 » Вт апр 10, 2012 12:12 am

Про mplevl: 0 -- это ХФ расчет, 2 - это MP2. ХФ я использую только для тестов, чтобы проверить, что координата сканирования задана правильно: задача проскакивает довольно быстро. Можно делать и в DFT, тоже будет быстро, и результат будет лучше хартри-фоковского. В MP2, несмотря на все улучшения и ухищрения Грановского, получается довольно медленно (для сравнения, RIMP2 в Природе на том же кластере, на том же кол-ве ядер шел еще медленнее).

"Неправильность" примера с одним набором цифр вот в чем. Совершенно верно, 3 -- торсионный угол, след. 4 цифры -- номера атомов, этот угол образующих. Но если начать релаксированный скан только по этому торсионному углу, с какого-то момента Вы заметите, что поворачиваемые фрагменты сопряженной системы становятся неплоскими, "выламываются", а на каком-то шагу происходит "срыв" кривой сканирования -- "выламывающийся" угол меняет знак. Чтобы этого не происходило, нужно фиксировать out-of-plane angles -- обозначаются цифрой 4 (+ 4 атома, образующих oop angle). При этом получите гладкую кривую сканирования. Верхушка барьера на ней, скорее всего, будет "двойным седлом": одна мнимая мода в ней будет соответствовать торсионной координате, а другая -- как раз "выламыванию" сопряженных фрагментов. Соответственно, переходных состояний будет два, соответствующих "выламыванию" в одну и в другую сторону. Т.е., путь реакции (IRC) на самом деле соответствует какой-то комбинированной координате: поворот + "выламывание". И если Вы сможете построить IRC, то, в отличие от релаксированного скана по одному торсионному углу, это будет кривая без срывов.

Что касается слетающей задачи... выложите последнюю выдачу, хочу посмотреть, на какое конкретно слово ругается программа. Или просто вставьте сообщение об ошибке с тегами [/code] -- тогда указатель $ окажется в нужной позиции и укажет на неправильное слово.
Вот и вся моя работа. Стеречь ребят над пропастью во ржи. (Дж. Д. Сэлинджер)

Аватара пользователя
Yurii
Сообщения: 662
Зарегистрирован: Сб авг 11, 2007 1:59 am

Re: Вопросы по разным задачам

Сообщение Yurii » Вт апр 10, 2012 12:41 am

Задачу сканирования можно разбить на псевдо-независимые подзадачи и считать олновременно на куче машин.
прозвище "Фабержé" легендарный разведчик Дроздов получил за свое уникальное умение работать с информацией, добывать ее и превращать в драгоценность высшей пробы.

Аватара пользователя
sanya1024
Сообщения: 1667
Зарегистрирован: Чт янв 20, 2011 3:24 pm

Re: Вопросы по разным задачам

Сообщение sanya1024 » Вт апр 10, 2012 12:50 am

Можно и так. Но иногда удобнее сканировать. И не всегда есть возможность считать на куче машин.
Сейчас прикол ситуации в том, что один и тот же инпут у меня работает, а у топикстартера -- нет. С версией FF проблем быть не должно. Вот и пытаемся разобраться...
Вот и вся моя работа. Стеречь ребят над пропастью во ржи. (Дж. Д. Сэлинджер)

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 1806
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: Вопросы по разным задачам

Сообщение amge » Вт апр 10, 2012 6:44 am

sanya1024 писал(а):Сейчас прикол ситуации в том, что один и тот же инпут у меня работает, а у топикстартера -- нет.
Не смог найти, но точно помню, здесь на форуме уже была тема с аналогичной ситуацией. Тогда был еще больший прикол: у топикстартера той темы задача пошла после того как он взял собственный же инпут с форума (copy-paste) :).

Dell100
Сообщения: 88
Зарегистрирован: Пн янв 24, 2011 3:05 pm

Re: Вопросы по разным задачам

Сообщение Dell100 » Вт апр 10, 2012 6:35 pm

Да, всякое бывает))) Ситуация бредовая)))Высылаю последний выходной файл, может свежий взгляд увидит проблему)
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.

Аватара пользователя
sanya1024
Сообщения: 1667
Зарегистрирован: Чт янв 20, 2011 3:24 pm

Re: Вопросы по разным задачам

Сообщение sanya1024 » Ср апр 11, 2012 1:31 am

Ничего не понимаю! в Вашей выдаче программе не понравилась группа цифр 4,3,1,2,12 в ifzmat(1). А я еще раз прогнала этот пример (к счастью, весь Ваш инпут уместился в ECHO OF THE FIRST FEW INPUT CARDS -- его и скопировала, убрав INPUT CARD>). Все работает. Есть два предложения: (1) попробовать запустить эту задачу не на 16 ядрах, а на 8 и (2) Скорее переходить на 8 версию Firefly.
Вот и вся моя работа. Стеречь ребят над пропастью во ржи. (Дж. Д. Сэлинджер)

Dell100
Сообщения: 88
Зарегистрирован: Пн янв 24, 2011 3:05 pm

Re: Вопросы по разным задачам

Сообщение Dell100 » Ср апр 11, 2012 10:25 am

А как получить новую версию. Нужно писать Грановскому или это необязательно??? есть другие способы. FF установлен у нас на кластере)

Ответить

Вернуться в «квантовая химия и моделирование»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 3 гостя