sanya1024 писал(а):Собс-но генерация случайных кластеров -- расчет с EXETYP=CHECK. Один запуск -- пара минут -- на выходе 1 кластер. Если написать скрипт, можно за несколько минут нагенерить целую кучу. А само Монте-Карло... вроде работает, и даже довольно быстро, но надо с этим еще разбираться. Пока у меня не получилось ничего вдохновляющего.
прошу прощения, а не могли бы вы, в качестве примера выложить какой-угодно пример
.inp. Будучи не сильно искушенным в gamess
мне было бы проще стартовать с чего-нибудь "полуготового". Спасибо
upd:
нашел в мануале к гамесу такие строки:
Код: Выделить всё
Example, allowing the random cluster to have 20 geometry
optimization steps:
$contrl runtyp=globop coord=fragonly $end
$globop rndini=.true. riord=rand mcmin=.true. $end
$statpt nstep=20 $end
$efrag
coord=cart
FRAGNAME=WATER
O1 -2.8091763203009 -2.1942725073400 -0.2722207394107
H2 -2.3676165499399 -1.6856118830379 -0.9334073942601
H3 -2.1441965467625 -2.5006167998896 0.3234583094693
...repeat this 15 more times...
FRAGNAME=MeOH
O1 4.9515153249 .4286994611 1.3368662306
H2 5.3392575544 .1717424606 3.0555957053
C3 6.2191743799 2.5592349960 .4064662379
H4 5.7024200977 2.7548960076 -1.5604873643
H5 5.6658856694 4.2696553371 1.4008542042
H6 8.2588049857 2.3458272252 .5282762681
...repeat 15 more times...
$end
$water
...give a full EFP2 potential for water...
$end
$meoh
...give a full EFP2 potential for methanol...
$end
и по последнему фрагменту есть вопрос, ф что есть такое full EFP2 potential for...? Их где-то достают,
покупают-продают?
upd2:
все в том же мануале есть пример на использование effective fragment solvation
Код: Выделить всё
! EXAM30
! Test of water EFP ... formamide/three water complex
! FINAL E= -169.0085352303 after 12 iterations
! RMS gradient=0.008099469
! The geometry below combines a computed gas phase
! structure for formamide, with three waters located
! in a cylic fashion whose positions approximate the
! minimum structure of W.Chen and M.S.Gordon. This
! approximate structure lies about 11 mHartee above
! the actual minimum.
$contrl scftyp=rhf runtyp=gradient coord=zmt $end
$system memory=300000 $end
$basis gbasis=dh npfunc=1 ndfunc=1 $end
$data
formamide with three effective fragment waters
C1
C
O 1 rCO
N 1 rCN 2 aNCO
H 3 rNHa 1 aCNHa 2 0.0
H 3 rNHb 1 aCNHb 2 180.0
H 1 rCH 2 aHCO 4 180.0
rCO=1.1962565
rCN=1.3534065
rNHa=0.9948420
rNHb=0.9921367
rCH=1.0918368
aNCO=124.93384
aCNHa=119.16000
aCNHb=121.22477
aHCO=122.30822
$end
$efrag
coord=int
fragname=H2ORHF
O1 4 1.926 3 175.0 1 180.0
H2 7 0.9438636 4 117.4 3 -175.0
H3 7 0.9438636 8 106.70327 4 95.0
fragname=H2ORHF
O1 8 1.901 7 175.0 4 0.0
H2 10 0.9438636 8 110.0 4 -5.0
H3 10 0.9438636 11 106.70327 8 -95.0
fragname=H2ORHF
H2 2 1.951 1 150.0 3 0.0
O1 13 0.9438636 2 177.0 3 0.0
H3 14 0.9438636 13 106.70327 3 140.0
$end
но здесь, если я правильно понял, стартовое приближение (относительное расположение молекулы
сольвата и сольвент(а)ов) задается ручками через z-matrix основываясь на каких-либо предпосылках/чутье -
и только потом начинается оптимизация?
сейчас у меня жуткий завал...