Молекулярный переходник

вопросы строения молекул и квантовой химии
Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 11804
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Молекулярный переходник

Сообщение Гесс » Вс апр 22, 2012 1:12 am

Пытаюсь придумать молекулу которая бы обладала следующими характеристиками:
1) на одном конце одинарная связь, на другом двойная, связи соосны.
2) жесткая геометрия (для поддержания соосности) и относительная устойчивость (то есть чтобы вид молекулы не вызывал сердечного приступа ибо такого не может быть впринципе) ну и симметрия (иначе соосности не будет)
Пока придумал вот такое чудо:
Переходник.png
Рассчет его пока не проводился. Синтезнутых аналогов ненайдено.
Что могут сказать уважаемые коллеги? Интересно как по теме так и не по теме тоже.
На данный момент это just for fun, теоретически может оказаться полезным в каких-либо вращающихся нанохренях.
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 1788
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: Молекулярный переходник

Сообщение amge » Вс апр 22, 2012 9:35 am

Любопытная молекула. Но расчет проведите все же. А то у меня большие сомнения, что будет соосность и что эта молекула будет приемлимо ненапряженной.

Аватара пользователя
surius
Сообщения: 1474
Зарегистрирован: Пт сен 21, 2007 11:20 am

Re: Молекулярный переходник

Сообщение surius » Вс апр 22, 2012 10:22 am

если вам нетрудно дайте  XYZ or z-matrix!?!
"Bite my shiny metal ass"
Bender

Reizen
Сообщения: 69
Зарегистрирован: Пт ноя 21, 2008 12:54 pm

Re: Молекулярный переходник

Сообщение Reizen » Вс апр 22, 2012 10:30 am

Ха. Меня всегда интересовали идеи, когда надо по заранее заданным свойствам сконструировать молекулу с любым химическим составом, но чтобы подходила под условие... :)

Вопросы к рисунку:
Это всё углероды? С бензольным кольцом связана одинарная связь, а с бициклом - двойная?
И по сколько водородов у каждого атома на полициклическом фрагменте (а то сходу непонятно, где там двойные связи, а где - одинарные)?
UPD: Понял. Там, видимо, все связи одинарные, жёсткость обеспечивается полициклическим каркасом.

Гесс писал(а):Теоретически может оказаться полезным в каких-либо вращающихся нанохренях.
А можно хотя бы одной фразой для несведующих - как этому (хотя бы в самых общих чертах) предполагается работать? Потому что, например, непонятно, до каких пор эта одинарная связь может быть (по условию) сопряжённой с п-системой, а с каких пор это уже нежелательно...
...Reveal your face to me, guide me through the Stygian fields,
Enthral my soul to Sepedet's beams to serve your will!

(Nightwish - "The Pharaoh Sails To Orion")

Аватара пользователя
ИСН
Робин Гуд
Сообщения: 8527
Зарегистрирован: Пт окт 10, 2003 5:32 pm
Контактная информация:

Re: Молекулярный переходник

Сообщение ИСН » Вс апр 22, 2012 11:14 am

А что? Вполне уважаемая забава. Давайте посчитаем, у кого прямее. Мой кандидат:


Такого как-то не хватает в учебных курсах. Буквально, спросишь студента "приведите молекулу симметрии C4v" - а в ответ вот такие глаза :shock:

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 11804
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Молекулярный переходник

Сообщение Гесс » Вс апр 22, 2012 1:45 pm

все прочел, всем спасибо за отзывы.
позже отвечу подробнее, пока так:
amge - рассчет будет, отпишусь.
surius - xyz координаты неоптимизнутого (после кемофиса-3Д) могу дать хоть счас, оптимизнутые - будя рассчет будут координаты.
Reizen - да все углероды, двойная одна. торчащая вверх из норборнана. Как это может использоваться - ну например есть приколы типа nanorachets и nanogyroscopes (есои интересно кину десяток ссылок), в которых некий "ротор" через С-С или С-С(тройная)С-С "ось" коннектится к массивному статору (замещенные триптицилы и пр). Применения у этого пока толком нет, но свет горит, конторы пишут. Разумеется вращение может быть только вокруг одинарной связи что несколько ограничивает применение множества потенциальных роторов. Я не претендую чтобы именно это стало его применением, но как вариант?
ИСН - хм, прикольный, и размер наверное минимальный. А такой цвиттер-ион сам себя не схлопнет? я посчитаю доложусь. А насчет С4v, в первый момент сам задумался потом как вариант тетраметилкубан, все метилы на одной грани.

starless

Re: Молекулярный переходник

Сообщение starless » Вс апр 22, 2012 3:20 pm

ПМСМ, для такого каркасика лучше плясать не от норборнана, а от биспидина или бициклононана

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 11804
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Молекулярный переходник

Сообщение Гесс » Вс апр 22, 2012 3:29 pm

О бициклононане я думал, но боюсь что он свои уши/ноги так не раздвинет, чтобы вместить мета-бензол. Кстати с ортобензолом такое есть. (получается такой себе аналог гомоадамантана). Ну впринципе посчитать можно, но как сравнить их напряжение и устойчивость я пока непонимаю. Я в компьютерной химии "тут понимаю, тут непонимаю, тут рыбу заворачивали".

starless

Re: Молекулярный переходник

Сообщение starless » Вс апр 22, 2012 3:36 pm

Вам достаточно придумать, как стабилизировать конформацию "ванна-ванна", не факт, что она хуже, чем "кресло-кресло". Литературы по конформационному анализу бициклононана и его гетероаналогов полно, поройтесь, может, найдёте чё.

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 11804
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Молекулярный переходник

Сообщение Гесс » Вс апр 22, 2012 3:49 pm

В смысле наизнанку его вывернуть? так его однометиленовый мост упрется в любой заместитель между "уше/ногами". Ладно, нарисую а там вскрытие покажет.

starless

Re: Молекулярный переходник

Сообщение starless » Вс апр 22, 2012 3:55 pm

Я не знаю, что значит "наизнанку". Глобальный минимум у него в конформации "кресло-ванна", но альтернативные можно стабилизировать как раз мостиками.

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 1788
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: Молекулярный переходник

Сообщение amge » Вс апр 22, 2012 4:02 pm

Гесс писал(а):amge - рассчет будет, отпишусь.
Советую сразу заменить СН ароматического кольца, который Н-ом торчит внутрь норборнана, на азот, иначе, мне кажется, соосности не получится.

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 11804
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Молекулярный переходник

Сообщение Гесс » Вс апр 22, 2012 5:09 pm

глобальный минимум у него кресло-кресло, как рассчетный так и экспериментальный. стабилизировать его в ванна-ванна наверняка можно мостом между двумя триметиленовыми ногами, но если мост жесткий он будет мешать монометиленовой голове, а если лабильный то нафиг-нафиг. Ладно, это пока переливание из пустого в порожнее.
Взять вместо бензола пиридин можно, идея хорошая, прогоню оба варианта.

Аватара пользователя
surius
Сообщения: 1474
Зарегистрирован: Пт сен 21, 2007 11:20 am

Re: Молекулярный переходник

Сообщение surius » Вс апр 22, 2012 5:15 pm

Гесс писал(а): surius - xyz координаты неоптимизнутого (после кемофиса-3Д) могу дать хоть счас, оптимизнутые - будя рассчет будут координаты.
Whatever you wish. Can you upload file.mol(.cdx)? Any type of file...
"Bite my shiny metal ass"
Bender

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 11804
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Молекулярный переходник

Сообщение Гесс » Вс апр 22, 2012 5:51 pm

Вот выровнянные кемофисом. Гауусианы счас буду запускать.

UPD. какие то хреновые молы получились, гифы гауссиана неприкладываются. счас чето переделаю.
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 11804
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Молекулярный переходник

Сообщение Гесс » Вс апр 22, 2012 6:00 pm

Переименовал гаусинпуты в txt, теперь прилагается.
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.

Аватара пользователя
surius
Сообщения: 1474
Зарегистрирован: Пт сен 21, 2007 11:20 am

Re: Молекулярный переходник

Сообщение surius » Вс апр 22, 2012 6:48 pm

Гесс писал(а):Переименовал гаусинпуты в txt, теперь прилагается.
интереса ради поставил все 3 на opt, nosymm
"Bite my shiny metal ass"
Bender

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 11804
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Молекулярный переходник

Сообщение Гесс » Вс апр 22, 2012 8:12 pm

Первый результат: на #P RB3LYP/6-311+G* Opt Freq=NoRaman Pop=None молекула ИСН не выпластилась:
ISN B3LY66311+G.mol
Возможно карбонилы вместо метиленовых групп спасут положение, но пока жду результатов от 2 других молекул с тем же методом и базисом.
Что скажут коллеги по выбору метод-базиса?
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.

Аватара пользователя
ИСН
Робин Гуд
Сообщения: 8527
Зарегистрирован: Пт окт 10, 2003 5:32 pm
Контактная информация:

Re: Молекулярный переходник

Сообщение ИСН » Вс апр 22, 2012 8:28 pm

Oh shit.
(Это я по поводу молекулы. Про базис ничего не скажу.)

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 11804
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Молекулярный переходник

Сообщение Гесс » Вс апр 22, 2012 11:25 pm

Досчиталась оптимизация (пока без частот) молекулы amge. Point group C01, но выглядит очень даже C2v, без учета водородов. Сейчас пытаюсь разобраться :235: как из нее Strain Energy вытянуть. Просветите несведующего :dontknow: , это правильно через гомодейсмику делать?
amge B3LYP6311+G.mol
Upd: Люди добрые, такая гомодейсмика для рассчета Strain Energy пойдет? А то я то в зуб ногой то медведем по уху...
Homodesmatic.png
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.

Ответить

Вернуться в «квантовая химия и моделирование»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 4 гостя