Как узнать время завершения расчета в "Гауссиане" ?

вопросы строения молекул и квантовой химии
limarodessa
Сообщения: 68
Зарегистрирован: Ср июн 01, 2011 5:28 am

Как узнать время завершения расчета в "Гауссиане" ?

Сообщение limarodessa » Ср апр 25, 2012 12:05 pm

Люди ! Если проводится квантовохимический расчет, например, молекулы белка, по данным загрузки в "Гауссиан" файла PDB, - как узнать ориентировочное время завершения расчета ? То есть - есть ли в "Гауссиане" "линейка прогресса" ? А то иди знай - это сутки будет считаться или (на моем нетбуке) - несколько лет за которые я состарюсь ?

В связи с изложенным второй вопрос

Вот белки (в PDB файлах) http://en.wikipedia.org/wiki/Histone

ну, для конкретики, например, вот такой http://www.rcsb.org/pdb/results/results ... ow=Current

каждый из указанных в приведенной мною из "википедии" таблицы это - несколько тысяч атомов. Как сориентироваться с мощностью компьютера или кластера чтобы время было приемлемым ?

Аватара пользователя
ИСН
Робин Гуд
Сообщения: 8527
Зарегистрирован: Пт окт 10, 2003 5:32 pm
Контактная информация:

Re: Как узнать время завершения расчета в "Гауссиане" ?

Сообщение ИСН » Ср апр 25, 2012 12:35 pm

Квантовохимический? Несколько тысяч? :?

limarodessa
Сообщения: 68
Зарегистрирован: Ср июн 01, 2011 5:28 am

Re: Как узнать время завершения расчета в "Гауссиане" ?

Сообщение limarodessa » Ср апр 25, 2012 12:39 pm

ИСН писал(а):Квантовохимический? Несколько тысяч? :?
Невозможно ? :? Файлы в формате PDB со всеми углами и ангстремами есть - экспериментально кристаллографами получены... Гауссиан файлы в формате PDB воспринимает. Запуск расчета, если я ничего не путаю, принципиально ничем не препятствуется... :issue:

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 1788
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: Как узнать время завершения расчета в "Гауссиане" ?

Сообщение amge » Ср апр 25, 2012 1:10 pm

limarodessa писал(а):Невозможно ? :?
Практически да. Расчет всего лишь 100-атомной молекулы на минимально приемлимом уровне теории с использованием самых быстрых программ (а гауссиан не в их числе) занимает часы-сутки. С утяжелением молекулы время счета и другие ресурсы растут отнюдь не линейно.

Для белков используют молекулярную механику. Для взаимодействия белков с малыми молекулами - MM+QM, т.е. саму малую молекулу и ближнюю к ней часть белка считают квантовохимически, остаток белка - молекулярной механикой.
limarodessa писал(а):Файлы в формате PDB со всеми углами и ангстремами есть - экспериментально кристаллографами получены...
Это удачно. Хорошее начальное приближение для расчета много значит.
limarodessa писал(а):Гауссиан файлы в формате PDB воспринимает.
Ну это в качестве довода просто смешно. Существует масса конверторов, перевести любой химический формат в любой другой вообще не проблема.
limarodessa писал(а):Запуск расчета, если я ничего не путаю, принципиально ничем не препятствуется... :issue:
Это хорошо, но очень скоро расчет белка приличной квантовой химией (не полуэмпирикой) упрется в не недостаток памяти и/или места на диске.

starless

Re: Как узнать время завершения расчета в "Гауссиане" ?

Сообщение starless » Ср апр 25, 2012 1:14 pm

limarodessa писал(а):Файлы в формате PDB со всеми углами и ангстремами есть - экспериментально кристаллографами получены...
Экспериментально? ну-ну

Аватара пользователя
ИСН
Робин Гуд
Сообщения: 8527
Зарегистрирован: Пт окт 10, 2003 5:32 pm
Контактная информация:

Re: Как узнать время завершения расчета в "Гауссиане" ?

Сообщение ИСН » Ср апр 25, 2012 2:34 pm

ой, ну ладно тебе придираться. ясно, что понятие "видеть атомы" в белковой кристаллографии и в обычной имеет несколько разный смысл. Но здесь проблема в другом.

starless

Re: Как узнать время завершения расчета в "Гауссиане" ?

Сообщение starless » Ср апр 25, 2012 3:16 pm

Я к тому, что любая белковая структура в своём изначальном виде для квантов непригодна.

limarodessa
Сообщения: 68
Зарегистрирован: Ср июн 01, 2011 5:28 am

Re: Как узнать время завершения расчета в "Гауссиане" ?

Сообщение limarodessa » Ср апр 25, 2012 3:29 pm

starless писал(а):Я к тому, что любая белковая структура в своём изначальном виде для квантов непригодна.
Смею предположить что "белковая структура в своём изначальном виде" может быть "непригодна для квантов" исключительно в силу несовершенства софта или аппаратуры... Не сочтите за разглагольствования, но если природное явление невозможно просчитать на имеющейся технике, то - это проблема исключительно техники, но никак не Природы... Впрочем здесь обсуждаются куда более прагматичные вещи вовсе не "философского" порядка...

starless

Re: Как узнать время завершения расчета в "Гауссиане" ?

Сообщение starless » Ср апр 25, 2012 4:40 pm

В силу ненадёжности структурных данных. Вы бы изучили этот вопрос поподробнее прежде чем ставить невыполнимые задачи.

limarodessa
Сообщения: 68
Зарегистрирован: Ср июн 01, 2011 5:28 am

Re: Как узнать время завершения расчета в "Гауссиане" ?

Сообщение limarodessa » Ср апр 25, 2012 5:36 pm

starless писал(а):В силу ненадёжности структурных данных. Вы бы изучили этот вопрос поподробнее прежде чем ставить невыполнимые задачи.
С вниманием прислушаюсь к Вашему мнению. И приложу все усилия для того чтобы изучить данный вопрос. Он для меня крайне важен. Если можно, конкретизируйте, пожалуйста, какой смысл Вы вкладываете в "ненадежность структурных данных".

starless

Re: Как узнать время завершения расчета в "Гауссиане" ?

Сообщение starless » Ср апр 25, 2012 6:11 pm

Сначала читайте, потом считайте
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.

limarodessa
Сообщения: 68
Зарегистрирован: Ср июн 01, 2011 5:28 am

Re: Как узнать время завершения расчета в "Гауссиане" ?

Сообщение limarodessa » Ср апр 25, 2012 9:40 pm

starless писал(а):Сначала читайте, потом считайте
Хорошая статья. Спасибо. Но автор достаточно осторожен в своих оценках (и как по мне - совершенно оправданно). Большинство оценок в данной статье дается вот, например, в таком вот характерном ключе:
...X-ray crystal structure is one crystallographer’s subjective interpretation
of an experimental electron density map expressed in terms of an
atomic model [9,10]. Such an interpretation may contain errors...
Очевидно что 'may contain errors' это не 'contain errors'. Думаю что одной статьи все же недостаточно для того чтобы бесповоротно дискредитировать в глазах научного сообщества метод рентгеноструктурного анализа. Есть ли еще авторитетные статьи где бы было четко указано что координаты и углы приведенные в общеизвестных базах по структурам молекул приведены с невысокой степенью точности и не подпадают под категорию данных пригодных для использования в квантовохимических расчетах ?

И в той же статье на которую любезно дал ссылку ув. starless:
Fortunately, cases where (almost) the entire protein structure is
modelled incorrectly are very rare
.
:dontknow:
Последний раз редактировалось limarodessa Ср апр 25, 2012 10:24 pm, всего редактировалось 1 раз.

limarodessa
Сообщения: 68
Зарегистрирован: Ср июн 01, 2011 5:28 am

Re: Как узнать время завершения расчета в "Гауссиане" ?

Сообщение limarodessa » Ср апр 25, 2012 10:09 pm

Ну а то что проблемы с достоверностью существуют - так это не только кристаллографии беда:

http://science.compulenta.ru/670419/

http://www.nature.com/nature/journal/v4 ... 3531a.html
http://www.nature.com/nature/journal/v4 ... 3509a.html

Как говорится в анекдоте - "почему вы начали с нашей парикмахерской ?"

Аватара пользователя
sanya1024
Сообщения: 1667
Зарегистрирован: Чт янв 20, 2011 3:24 pm

Re: Как узнать время завершения расчета в "Гауссиане" ?

Сообщение sanya1024 » Чт апр 26, 2012 3:22 am

limarodessa писал(а): Смею предположить что "белковая структура в своём изначальном виде" может быть "непригодна для квантов" исключительно в силу несовершенства софта или аппаратуры... Не сочтите за разглагольствования, но если природное явление невозможно просчитать на имеющейся технике, то - это проблема исключительно техники, но никак не Природы...
Вообще-то это проблема постановки задачи. Если задача поставлена "в лоб", то бедная машинка будет дубасить ее, пока не запилит свой винт вусмерть. Нужно примерно представлять себе границу, за к-рой задача считается "невлезающей" на данную машину -- и не ставить таких задач.
Про QM/MM Вам дело говорят. Копните литературу: что за метод, с чем едят. Для белков ничего лучше еще не придумали.
Вот и вся моя работа. Стеречь ребят над пропастью во ржи. (Дж. Д. Сэлинджер)

Аватара пользователя
Yurii
Сообщения: 658
Зарегистрирован: Сб авг 11, 2007 1:59 am

Re: Как узнать время завершения расчета в "Гауссиане" ?

Сообщение Yurii » Чт апр 26, 2012 3:29 pm

amge писал(а): Расчет всего лишь 100-атомной молекулы на минимально приемлимом уровне теории с использованием самых быстрых программ (а гауссиан не в их числе) занимает часы-сутки.
Высокосимметричные системы (IH), содержащие до 1000 тяжелых атомов, gaussian позволяет считать в довольно приличном базисе (скажем, 6-311g**) на одном хорошем компе (6 ядер, 24 гига памяти, RAID-массив) за приемлемое время. Разумеется, без спектра.
Последний раз редактировалось Yurii Чт апр 26, 2012 3:34 pm, всего редактировалось 1 раз.
прозвище "Фабержé" легендарный разведчик Дроздов получил за свое уникальное умение работать с информацией, добывать ее и превращать в драгоценность высшей пробы.

limarodessa
Сообщения: 68
Зарегистрирован: Ср июн 01, 2011 5:28 am

Re: Как узнать время завершения расчета в "Гауссиане" ?

Сообщение limarodessa » Чт апр 26, 2012 3:34 pm

Уважаемые участники обсуждения, вы позволите мне вернуться к самому первому вопросу (который собственно озвучен в названии темы) ? - То есть - существует ли в "Гауссиане" возможность определения ориентировочного времени окончания расчета ? - Есть ли в "Гауссиане" "линейка прогресса" ?

Аватара пользователя
Yurii
Сообщения: 658
Зарегистрирован: Сб авг 11, 2007 1:59 am

Re: Как узнать время завершения расчета в "Гауссиане" ?

Сообщение Yurii » Чт апр 26, 2012 3:40 pm

limarodessa писал(а):Уважаемые участники обсуждения, вы позволите мне вернуться к самому первому вопросу (который собственно озвучен в названии темы) ? - То есть - существует ли в "Гауссиане" возможность определения ориентировочного времени окончания расчета ? - Есть ли в "Гауссиане" "линейка прогресса" ?
Это кто вас надоумил на такую постановку вопроса?
прозвище "Фабержé" легендарный разведчик Дроздов получил за свое уникальное умение работать с информацией, добывать ее и превращать в драгоценность высшей пробы.

limarodessa
Сообщения: 68
Зарегистрирован: Ср июн 01, 2011 5:28 am

Re: Как узнать время завершения расчета в "Гауссиане" ?

Сообщение limarodessa » Чт апр 26, 2012 3:44 pm

Yurii писал(а):Это кто вас надоумил на такую постановку вопроса?
Никто не надоумил... подобного рода сервис существует во многих программных продуктах. Поскольку у меня расчет молекул, содержащих большое количество атомов, то соответственно время расчета достаточно велико и необходимо ориентировочно знать сколько суток будет работать программа.

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 1788
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: Как узнать время завершения расчета в "Гауссиане" ?

Сообщение amge » Чт апр 26, 2012 3:57 pm

Нет "линейки прогресса". Если проводите оптимизацию геометрии, то дождитесь, пока закончится 1 цикл оптимизации и умножьте время на 20. Чтобы понять, когда цикл закончился, нужно пристально рассматривать log-файл. И конечно же "умножить на 20" - это сугубая условность. При очень хорошем начальном приближении достаточно нескольких шагов оптимизации, при плохом - и сотни может не хватить. В log-файле ищите кусок типа

Код: Выделить всё

         Item               Value     Threshold  Converged?
 Maximum Force            0.040107     0.000015     NO 
 RMS     Force            0.011405     0.000010     NO 
 Maximum Displacement     0.094048     0.000060     NO 
 RMS     Displacement     0.036263     0.000040     NO 
и следите как ведут себя критерии сходимости.

limarodessa
Сообщения: 68
Зарегистрирован: Ср июн 01, 2011 5:28 am

Re: Как узнать время завершения расчета в "Гауссиане" ?

Сообщение limarodessa » Чт апр 26, 2012 4:00 pm

Спасибо

Ответить

Вернуться в «квантовая химия и моделирование»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 3 гостя