Угол между плоскостями!

[AlexKsen]

Уважаемые форумчане подскажите, как найти угол между двумя дипирролилметеновыми плоскостями? В какой программе можно нарисовать эти плоскости?

[ИСН]

У меня вышло 89.9°, если плоскость брать строго по циклам, или 89.4°, если брать по циклам и метильным углеродам. Это XP из SHELX (впрочем, нарисовать плоскость там всё равно нельзя), а Вам советую что-нибудь из бесплатного скачать, например, Mercury - не помню, как там у него, но вроде должен уметь тоже.

[AlexKsen]

А как Вы посчитали?

[Гесс]

Chemoffice 3D при последовательном выделении 4 атомов показывает угол и неочень внятную крякозябру визуализирующую это значение. Плоскости оно не нарисует, но обычно это и не так критично.
Материал студио четко прорисовывает путь между атомами и крякозябра в нем понятнее.

[ИСН]

Сохранил файл как .ort, дописал все требуемые регалии, пронумеровал атомы - они там хорошо идут, сначала один лиганд, потом другой - открыл в XP, а дальше просто:
FMOL
KILL $H
KILL C13... (все не помню, но которые этильные, короче)
MPLN C??
MPLN С1?? (второй-то я нумеровал с сотни, С101 и т.д.)
Ну и вот.
Upd. Если бы речь шла о торсионном угле (углу?), то его бы можно было тупо посмотреть прямо здесь, в Jmol. Но - - -

[AlexKsen]

Спасибо!

[Гесс]

А почему не диэдральный угол?
Я предполагаю что цинк лежит в плоскостях, и тогда например угол С36-C35-C19-C29 должен все нормально описывать. Вообще таких углов можно подобрать множество.
У меня конкретно этот угол получился 90.1 что неплохо согласуется с вашим 89.9 как два угла дающие 180.

[ИСН]

Потому что плоскости не обязаны быть строго плоскими. На глаз они вроде ничего - ну вот с такой точностью этот угол и будет описывать всё нормально.

[AlexKsen]

А Вы мне можете помочь определить углы еще для 4 аналогичных молекул! Если не сложно!

[ИСН]

Вы это можете проделать самостоятельно, руками, прямо здесь в Jmol - если Вас устроит торсионный угол, как предлагает Гесс.

[AlexKsen]

Нет, я тоже считаю, что плосксти не обязательно просто плоские!

[ИСН]

ОК, давайте тогда файлы. Только надо договориться, как проводить плоскость. Какие атомы учитывать?

[AlexKsen]

Скорее всего, можно учитывать крайние этильные атомы углерода.

[ИСН]

Если учитывать крайние этильные (а таких в каждом лиганде один), то это и будет, по сути, торсионный угол. Или Вы что-то другое имели в виду? Плоскость надо проводить по многим атомам, иначе не стоит и браться.

[AlexKsen]

А там где Вы считаете, можно все атомы дипиррольных доменов учесть, чтобы найти угол?

[ИСН]

Я именно это в самом начале и сделал.

[AlexKsen]

Так мне и нужно учесть все атомы углерода!

[Гесс]

тогда уж лучше говорить о поверхности или фрагменте. Плоскость все таки плоская ))).
Я имею родственную проблему (точнее она имеет меня, но это нюансы). В процессе расчета кусок графена (с наворотами) перестает быть плоским. В предельном случае можно утверждать только что три точки лежат в одной плоскости. Для 200атомных молекул это как то неособо, но выбор невелик.
Если подходить к делу ооочень дотошно можно предложить такой вариант: берете три атома которые на ваш взгляд "задают" плоскость/поверхность. Я стараюсь брать три максимально удаленные. Замеряете торсионными углами насколько прочие атомы выбранного вами фрагмента отклоняются от плоскости. Принимаете решение, что рассматриваемый фрагмент достаточно плоский и хорошо описывается выбранными точками. Меряете нужные вам углы используя выбранные точки.

[Гесс]

Так мне и нужно учесть все атомы углерода!

Все атомы углерода учесть нельзя. Либо вы считаете что ваш фрагмент достаточно плоский, либо вы выбираете атомы которые действительно хотите учесть.

[ИСН]

Так мне и нужно учесть все атомы углерода!

Наверное, всё-таки не все (мало ли где болтаются те этилы!), а только те, что в циклах?
Гесс, Вы про среднеквадратичную плоскость слышали? "Учесть все" не только можно, но это ещё и регулярно делается.