Gaussian 09 и AIMAll

[EvgeniX]

Здравствуйте.

Создал в Gaussian 09 wfn-файл для последующего анализа AIMAll.
Шапка входного файла была следующей:

Код: Выделить всё

#p UB3LYP/6-311+G(d,p) guess(mix) gfinput iop(6/7=3) gfprint pop(full,mk,nbo) output(wfn)
...
1.wfn

Запускаю различные утилиты AIMAll, например aimsum.exe и получаю

Код: Выделить всё

AIMSum (Version 10.05.04, Professional)
Copyright © 1997-2010 by Todd A. Keith
AIMSum is a component of the AIMAll package ( http://aim.tkgristmill.com )
forrtl: severe (64): input conversion error, unit 19, file D:\Temp\1.wfn
Image              PC        Routine            Line        Source
aimsum.exe         005009EA  Unknown               Unknown  Unknown
aimsum.exe         004FDA48  Unknown               Unknown  Unknown
aimsum.exe         004B5130  Unknown               Unknown  Unknown
aimsum.exe         004B430A  Unknown               Unknown  Unknown
aimsum.exe         0049FABD  Unknown               Unknown  Unknown
aimsum.exe         0049D67F  Unknown               Unknown  Unknown
aimsum.exe         00423FE6  Unknown               Unknown  Unknown
aimsum.exe         005C90C3  Unknown               Unknown  Unknown
aimsum.exe         004E96D9  Unknown               Unknown  Unknown
kernel32.dll       7C817077  Unknown               Unknown  Unknown

Для wfn-файлов, входящих в комплект AIMAll всё работает. Сравнивал содержимое файлов, подгонял свой под то, что в комплекте AIMAll - всё равно вылетает.

Кто-нибудь в курсе, как решить проблему?

[VTur]

У меня работает

[EvgeniX]

Пробовал на AIMAll v.09.10.24 и v.10.05.04. В обоих одинаково.
Какая у вас версия?

[surius]

попробуйте заменить

Код: Выделить всё

 TOTAL ENERGY =

на

Код: Выделить всё

 THE  HF ENERGY =

конечно некоторое шаманство, но у меня всегда срабатывает. А случается такое, когда пытаюсь подсунуть сгенерированный на linux кластере .wfn версии 
AIMall работающей под Windows

upd:

попробовал ваш запустить, вышел с ошибкой, поменял на указанное выше и пошло. (10.05.04 & 11.06.19)

[EvgeniX]

2 surius: Спасибо, помогло. А случай как раз такой, как у вас

А случается такое, когда пытаюсь подсунуть сгенерированный на linux кластере .wfn версии AIMall работающей под Windows

PS: ЕЩё раз посмотрел примеры, идущие с AIMAll, так такое:

THE SCF ENERGY =

[surius]

Написал письмо с описанием данной проблемы в

Код: Выделить всё

 aim.tkgristmill.com

 Поглядим что ответят.

[Лечащий Врач]

Я лично сто лет как не использую wfn из Гауссиана. Они довольно глючные, и автор программы настоятельно советует использовать fchk, из которого AIMAll wfn-файл делает уже самостоятельно. В последнем Гауссиане еще можно написать output=wfx.

[surius]

По результатам переписки с Todd A. Keith имею следующие результаты:
1. Имеет смысл обновиться до последней версии AIMAll - 12.06.03. B ней все работает отлично, у меня не возникло никаких проблем.
2. и как сказал Лечащий Врач, повторю, авторы рекомендуют использовать расширенный выходной файл волновых функций (.wfx)

От себя добавлю такое наблюдение: лично мне не очень удобно пользоваться .fch И вот почему: с одной стороны G09 создает бинарный чекпоинт файл, который чтобы превратить в форматированый нужно задействовать утилиту formchk
и вот тут возникает проблема, а именно - если у вас .chk создан под linux то formchk.exe под виндой просто не может  с ним ничего сделать.
тогда получается нужно бинарник переделывать под linux. A использование ключевого слова formcheck в .gjf непригодно когда у вас многошаговая работа.
В общем каждый сам выбирает пути решения

[VTur]

У нас Version 11.12.19, все работает. Точнее начинает считать, но через минут 10 я отрубаю.

Спрашивайте Тодда, он отвечает на все вопросы, но математику почему-то не раскрывает. Обещает все опубликовать.

[Гесс]

Господа, а параметр "IQA Energy component ----> T(A)" соответствует "energy of atomic basins", и если да, то полной или кинетической?
А то в мануале об этих сокращениях как то молчат, а авторы читаемой статьи тоже не особо напрягались расписывая как они получили цифры.

P.S. Ага, нашел,

T(A) is the electron kinetic energy of atom A.

P.P.S. а total скорее всего E_IQA(A) или E(A)
Видимо проще пересчитать молекулу из статьи и посмотреть какие цифры авторы брали.

Как говорится всем спасибо за помощь.

[alxyppv]

ну, не совсем. Если Вам нужны именно полные атомные энергии (которые аддитивны и дадут полную энергию при суммировании), то в выдаче AIMAll (*.sum) "K(A)", а точнее "K_scaled(A)".
K(A) = Electronic Kinetic Energy of Atom A (Hamiltonian Form)
K_Scaled(A) = K(A) * E(Mol)/K(Mol) = Approximation to Virial-Based Total Energy of Atom A.

Под таблицей с значениями приводится и расшифровка
Note. K_Scaled(A) = (1+V(Mol)/T(Mol))*K(A) = E(Mol)/T(Mol)*K(A)

[Гесс]

Да, действительно.
Воспроизвел рассчет статьи и сравнил цифры. Поначалу даже закралось сомнение что это E(A) или Ee(A) (цифры оказались подозрительно близки), но потом таки да, настройка K_Scaled(A) все поставила на свои места.
Большое спасибо.

[Cveto4ek]

Поскажите, пожалуйста, выдает ли Gaussian 09 при расчете AIM плотности потенциальной и кинетической энергий в критической точке? Мне одного лапласиана недостаточно, нужна суммарная плотность электронной энергии (сумма потностей потенциальной и кинетической). Вижу кинетические энергии аттракторов (атомов), и все. (Запускала с опциями AIM=BondOrders SCF=Tight)

[surius]

Поскажите, пожалуйста, выдает ли Gaussian 09 при расчете AIM плотности потенциальной и кинетической энергий в критической точке? Мне одного лапласиана недостаточно, нужна суммарная плотность электронной энергии (сумма потностей потенциальной и кинетической). Вижу кинетические энергии аттракторов (атомов), и все. (Запускала с опциями AIM=BondOrders SCF=Tight)

Процессте .wfn (.wfx) в AIMALL ##.#### и будет вам все. (он бесплатный)

[Cveto4ek]

surius, придется... Спасибо!