+++Построение полимера по координатам мономера

[Nbveh]

Доброго времени суток.
Встретилась одна задачка: построить полимер по оптимизированной структуре полимера, соответственно координаты имеются, осталось их откопипастить чтобы получилась пространственная решетка. Знакомый, который работает с 3дмаксом говорит, что в ручную забивать координаты, которые потом размножаешь, но это выглядит несколько удручающе. Можете подсказать как Вы поступили в подобной ситуации, или просто посоветуйте. Мономер большой.

[ИСН]

Нужна только картинка или что? Чем строить? атомов сколько?

[Nbveh]

В больше 150 атомов (большой комплекс), ну картинка, 3д модель, ну если механические свойства можно будет как-то просчитать будет вообще суперски, может у механиков что-то подобное есть?

[ИСН]

Механиков?
С другой стороны, а чёрт его знает, как считают полимеры...
Что до координат, то я бы взял одно звено, рассчитал необходимый сдвигоповорот, чтобы породить следующее, и породил бы его, а потом ещё и ещё.

[starless]

С другой стороны, а чёрт его знает, как считают полимеры...

Молмеханикой и молдинамикой, чем же ещё? Другой вопрос, с какой целью, ибо нарисовать полимер -- дело нехитрое, а вот систему составить задача наверняка нетривиальная. Не в вакууме же считать.

150 атомов -- это не полимер. Или это мономер такого размера?

[Nbveh]

150 атомов это далеко не мономер, а скажем олигомерная единица, которая представляет собой повторяющуюся часть полимера. Т.е. дело не подсчетах а в автоматическом размножении полученной структуры. Как влияет окружение можно предсказать по изменению энергии вносимой каждой новой молекулой в окружение, ну в общем я не это хотел спрашивать. Этот "олигомер" довольно кристалличная структура, его можно повторять. Можно конечно чемкрафтом крутить, но тоже не айс.

[Yu/2]

А что конкретно нужно? Просто размножить декартовы координаты мономера? Или еще и оптимизировать их?

Для первого все просто самому можно посчитать или могу дать самописную софтину, которой нужно указать декартовы координаты мономера, длины векторов и количество ячеек, которые нужно достроить. На выходе -- декартовы координаты всех атомов в полученной суперячейке.

Если второе, то можно смотреть в сторону DFT с плоскими волнами. Есть, например, бесплатная программа CPMD.

[starless]

150 атомов это далеко не мономер, а скажем олигомерная единица, которая представляет собой повторяющуюся часть полимера. Т.е. дело не подсчетах а в автоматическом размножении полученной структуры.

До какой степени размножать хотите? и в каких направлениях?

Как влияет окружение можно предсказать по изменению энергии вносимой каждой новой молекулой в окружение, ну в общем я не это хотел спрашивать.

А что вы узнать-то хотели? Чёткая формулировка задачи содержит в себе половину решения.

Этот "олигомер" довольно кристалличная структура, его можно повторять. Можно конечно чемкрафтом крутить, но тоже не айс.

Кристаллическая структура известна? Если да, то по координатам и параметрам ячейки всё строится. Если нет, но структура определена каким-то иным методом типа ЯМР, задача сложная, но вроде решабельная. Без экспериментальных данных -- гадание на кофейной гуще. Кстати, почему олигомер у вас в кавычках? Между ними нет ковалентных связей?

[sanya1024]

У нас студентка писала программу построения хаотического полимерного клубка: каждое следующее мономерное звено поворачивается относительно предыдущего на случайный (в определенных пределах) угол. И таким образом построенный клубок используется как старт для мол. динамики.

[Nbveh]

Yu/2 меня правильно понял, мне нужно размножить мои декартовы координаты, как их потом оптимизировать дело второе. Размер размножений 3 на 3 как минимум, возможно и больше. Ну так в начале ия и писал "откопипастить" задача пока не стоит в оптимизации, просто размножить не важно как, главное чтоб не затратно по времени потому что вариантов несколько и еще будет. Каждый раз повторять свихнуться можно. Если можно Yu/2 пришлите эту программку или ссылку на нее, желательно с элементарным мануалом (порой в своих прогах забываю что чем обозначил, поэтому сейчас все подписываю). Да между частями целого нет ковалентной связи, это что-то усложняет?

[starless]

Тогда это не полимер. editconf вас спасёт.

[Nbveh]

Полимер с включениями в полости, композит на молекулярном уровне