Снижение симметрии.

вопросы строения молекул и квантовой химии
Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13055
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Снижение симметрии.

Сообщение Гесс » Вс июл 01, 2012 4:30 pm

surius z-матричная задача не справилась "побыстрому" и встала в конец очереди "подолгому". Очередь нешевелится так что скоро результатов не будет.
Yurii оптимизация на B3LYP\6-311G(d) действительно дала D3-симметрию. Счас выгрызу геометрию из аутпута и попробую ее загнать в "+" (чето попа подсказывает что будет как и раньше).

Аватара пользователя
Yurii
Сообщения: 682
Зарегистрирован: Сб авг 11, 2007 1:59 am

Re: Снижение симметрии.

Сообщение Yurii » Вс июл 01, 2012 4:43 pm

Гесс писал(а): оптимизация на B3LYP\6-311G(d) действительно дала D3-симметрию. Счас выгрызу геометрию из аутпута и попробую ее загнать в "+" (чето попа подсказывает что будет как и раньше).
Скорее всего как и раньше будет: просто скорость отимизации значительно возросла. Я думал, что Вы будете сравнивать B3LYP/6-311+G(d) и mp2(full)/6-311+G(d). Для mp2(full) выигрыш был бы существенным. А каков размер базиса?
Я бы предварительно остановился на 6-31+G(d): если различие будет большое, то и смыcла в 6-311 нет (для B3LYP). А может и без + посчитать? Но тут на систему надо посмотреть.
прозвище "Фабержé" легендарный разведчик Дроздов получил за свое уникальное умение работать с информацией, добывать ее и превращать в драгоценность высшей пробы.

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13055
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Снижение симметрии.

Сообщение Гесс » Вс июл 01, 2012 5:49 pm

Скорость особо несравнивал, задача в обычном виде занимала 1.5 часа, так что займёт она полчаса или три мне не так принципиально на данный момент.
Симметрия просела до С1, что вообще-то странно: из неоптимизированной D3 скатываться в С2 а из оптимизированной в С1. (при одинавковых базис-методах).
Перестаю понимать что-либо.

Аватара пользователя
Yurii
Сообщения: 682
Зарегистрирован: Сб авг 11, 2007 1:59 am

Re: Снижение симметрии.

Сообщение Yurii » Вс июл 01, 2012 6:17 pm

Гесс писал(а):Перестаю понимать что-либо.
Дело не только в симметрии системы: важна и симметрия в.ф. - не заморачивайтесь, а лучше скажите размер базиса.
прозвище "Фабержé" легендарный разведчик Дроздов получил за свое уникальное умение работать с информацией, добывать ее и превращать в драгоценность высшей пробы.

Аватара пользователя
Лечащий Врач
Сообщения: 382
Зарегистрирован: Вс окт 26, 2003 2:09 pm
Контактная информация:

Re: Снижение симметрии.

Сообщение Лечащий Врач » Вс июл 01, 2012 6:21 pm

@ Гесс

1) Вы пробовали symmetry=loose после того, как геометрия улучшилась?

2) Что вам мешает перед расчетом симметризовать молекулу в ChemCraft или GaussView?

3) Зачем вообще вам нужна симметрия в этой системе, кроме ускорения расчета?

Аватара пользователя
Yurii
Сообщения: 682
Зарегистрирован: Сб авг 11, 2007 1:59 am

Re: Снижение симметрии.

Сообщение Yurii » Вс июл 01, 2012 6:45 pm

Как я понимаю, с симметрией системы при начальном ее определении все окей: все упирается в симметрию в.ф., а тут никакой loose не поможет. И потом, ускорение расчета - разве это не веский аргумент, особенно для mp2 (а тут и размеры памяти не менее вески, чем скорость, а также битье диска).
прозвище "Фабержé" легендарный разведчик Дроздов получил за свое уникальное умение работать с информацией, добывать ее и превращать в драгоценность высшей пробы.

alxyppv
Сообщения: 560
Зарегистрирован: Сб апр 07, 2007 11:23 am

Re: Снижение симметрии.

Сообщение alxyppv » Вс июл 01, 2012 10:17 pm

Если система нежесткая, и Вам действиельно так важно разобраться с симметрией, то имеет смысл еще поиграть с сеткой, поставить что-н. типа UltraFine... Когда-то давно мы изучали систему, в которой этл был "приделан" к адамантану. Так там конформация этила заметно менялась в зависимости от сетки.
А.П.

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13055
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Снижение симметрии.

Сообщение Гесс » Вс июл 01, 2012 11:19 pm

молекулы жесткие, симметрия очевидная, но меня возмущает почему гауссиан находит их так селективно. Я считаю много симметричных молекул и обычно B3LYP/6311+G** не терял того что я ему задаю.

Yurii, мы люди не местные, понимаем через раз: Что вас интересует когда вы спрашиваете про размер базиса?
There are 220 symmetry adapted basis functions of A symmetry.
There are 218 symmetry adapted basis functions of B symmetry.
Integral buffers will be 131072 words long.
Raffenetti 2 integral format.
Two-electron integral symmetry is turned on.
438 basis functions, 684 primitive gaussians, 453 cartesian basis functions
54 alpha electrons 54 beta electrons

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13055
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Снижение симметрии.

Сообщение Гесс » Чт июл 05, 2012 4:54 pm

свежие новости:
Проблему удалось решить советом страших коллег. B3LYP/cc-pvtz дает те точечные группы что я хочу видеть. Энергии напряжения для B3LYP/6-311+G**, B3LYP/cc-pvtz и MP2/cc-pvdz ложатся практически в одну точку, с разбросом до 3 ккал/моль максимум. Энергия напряжения B97D/6-311+G** системно выше (10-15 ккал/моль). Для кубана B3LYP/6-311+G** дает 151, MP2/cc-pvdz - 157 а B97D/6-31+G** 165 ккал/моль. При этом B97D/6-311+G**, в отличие от B97D/6-31+G**, D3-cимметрию не нашел. Так что возможно влияют не диффузные функции "плюсика" а какие то еще более прикольные параметры. Энергия по этим двум рассчетам близка.
Ну и наконец MP2/6-311+G**. Наконец посчиталась хоть одна молекула (D3). Она полностью утратила любую симметрию (С1) энергия напряжения выше чем нравящиеся мне значения на 15-18 ккал/моль, хотя на глаз изменения геометрии не заметны. Для кубана этот метод дает 155 ккал/моль.

Аватара пользователя
surius
Сообщения: 1485
Зарегистрирован: Пт сен 21, 2007 11:20 am

Re: Снижение симметрии.

Сообщение surius » Вс июл 08, 2012 7:30 pm

Гесс, а тогда может быть так поступить, ну как вариант.
Найти в литературе какой-нибудь репер, максимально схожий с вашими структурками, но в тоже время приличных размеров (так чтобы его можно было оперативно обсчитать и в MP2 и в DFT) для которого люди уже посчитали все что вам интересно, а может даже и померили. И посмотреть как он (этот репер) себя будет вести у вас, а что самое главное как будет вести себя симметрия. Просто интересный факт, что МР2 растеряла симметрию :dontknow:
А еще вы попробовали задать симметрию через z-matrix?
"Bite my shiny metal ass"
Bender

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13055
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Снижение симметрии.

Сообщение Гесс » Вс июл 08, 2012 8:13 pm

ну все зависит от критериев подобия.
В близком родстве только 2-3 структуры, их мы и так роем. (прикол в отсутсвии плоскостей симмметрии).
В более дальнем кубан и додекаэдран. Я уже применял частично этот метод для кубана, как минимум посмотреть какую энергию напряжения дают разные методы. Энергия скачет прилично (порядка 15 ккал/моль), но экспериментальная цифра тоже какая-то нечеткая. Банальный гуглеж дает сразу два результата типа 150 и 165 ккал/моль. Оригинальные работы счас в процессе анализа, они упирются в то что экспериментально определяется только теплота образования, а все остальные цифры домысливаются.
Пока у меня нет ни одного метода который бы вышибил молекулу кубана из Oh симметрии.
Да, как я говорил у меня через z-matrix задана меньшая из проблемных молекул, она не смогла посчитаться "побыстрому", отстояла очередь "подолгому", и сразу легла из-за лажи в инпуте (думать иногда надо перед тем как задавать), поэтому счас она опять в конце очереди.

Аватара пользователя
surius
Сообщения: 1485
Зарегистрирован: Пт сен 21, 2007 11:20 am

Re: Снижение симметрии.

Сообщение surius » Вс июл 08, 2012 11:35 pm

Гесс писал(а):Да, как я говорил у меня через z-matrix задана меньшая из проблемных молекул, она не смогла посчитаться "побыстрому", отстояла очередь "подолгому", и сразу легла из-за лажи в инпуте (думать иногда надо перед тем как задавать), поэтому счас она опять в конце очереди.
Если хотите, и если у вас есть готовые .gjf могу для вас подкинуть их на наш расчетный кластер, для ускорения процесса. Ну и конечно сообщите как будут результаты по первой с z-matrix.
"Bite my shiny metal ass"
Bender

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13055
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Снижение симметрии.

Сообщение Гесс » Вс июл 08, 2012 11:56 pm

Спасибо за предложение. Но пока у меня только один z-matrix, меньший, большой пока не делал. Жду когда наконец свой родной кластер оживет. А то считаю непонятно где...
Возможно воспользуюсь. Спасибо.

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13055
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Снижение симметрии.

Сообщение Гесс » Ср июл 11, 2012 1:14 pm

z-matrix снова накрылся медным тазом.
На сей раз Error termination request processed by link 9999.
Как это лечить я знаю, но вцелом мне уже начало надоедать его лечить.

Аватара пользователя
Yurii
Сообщения: 682
Зарегистрирован: Сб авг 11, 2007 1:59 am

Re: Снижение симметрии.

Сообщение Yurii » Пт июл 13, 2012 7:24 am

прозвище "Фабержé" легендарный разведчик Дроздов получил за свое уникальное умение работать с информацией, добывать ее и превращать в драгоценность высшей пробы.

Аватара пользователя
surius
Сообщения: 1485
Зарегистрирован: Пт сен 21, 2007 11:20 am

Re: Снижение симметрии.

Сообщение surius » Вс июл 22, 2012 12:45 pm

Гесс писал(а):Как это лечить я знаю, но вцелом мне уже начало надоедать его лечить.
Дайте одну структурку, если не секрет, конечно...
"Bite my shiny metal ass"
Bender

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13055
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Снижение симметрии.

Сообщение Гесс » Вс июл 22, 2012 2:26 pm

Какие секреты? :-)
Z-mat1.out.txt
Z-mat1.txt
- через Z matrix
chiral3peraxaneb.log
chiral3peraxaneb.txt
Были некоторые проблемы с расширениями файлов, поэтому все приложено с расширением тхт
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.

Ответить

Вернуться в «квантовая химия и моделирование»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 11 гостей