Помогите задать значения fix=? и value=? в ПРИРОДЕ

[LKalvin]

Здравствуйте уважаемые форумчане!

Провожу расчёты в Природе 06

Очень хотелось бы посчитать как изменяется значение Е в зависимости от угла поворота вдоль связи С3-N2 в диапазоне от 0 до 360 градусов в связи с чем вопрос:

какие значения требуется задать для fix=? и value=? в прикрепленном инпут-файле?

Заранее премного Вам признателен и благодарен!

P.S. предложения типа перевода координат в z-матрицу и последующего расчёта не предлагать

[amge]

посчитать как изменяется значение Е в зависимости от угла поворота вдоль связи С3-N2 в диапазоне от 0 до 360 градусов

Что-то я такой связи не обнаружил. Если имелось в виду С2-N3, то
fix=3,14,3,2,4 value=0,360 points=10
Но точки через 40 град. - это слишком редко. хотя бы через 20, а лучше через 10. И если я правильно угадал угол, то на 360 не обязательно, можно на 180:
fix=3,14,3,2,4 value=0,180 points=19

И еще есть подозрение, что у Вас в инпуте отнюдь не самый стабильный конформер.

[LKalvin]

Спасибо за помощь будем пробовать

Попутно вопрос а с чего Вы взяли что: "И еще есть подозрение, что у Вас в инпуте отнюдь не самый стабильный конформер."

Ведь координаты были взяты из аутпут-файла для полученного минимума. Если я не прав то как определить самый стабильный конформер?

P.S. не судите строго я в этом деле ещё новичок

[amge]

Спасибо за помощь будем пробовать Попутно вопрос а с чего Вы взяли что: "И еще есть подозрение, что у Вас в инпуте отнюдь не самый стабильный конформер." Ведь координаты были взяты из аутпут-файла для полученного минимума. Если я не прав то как определить самый стабильный конформер?

Я исходил из такого соображения: в этой молекуле могут быть разнообразные вращения, и они запросто приведут к образованию большего, чем есть, количества водородных связей, т.е. к дополнительной стабилизации. Причем угадать с первого раза наиболее стабильный конформер такой нежесткой системы практически невозможно. То что Вы получили при оптимизации минимум, еще ничего не означает, минимум может оказаться локальным, а не глобальным. Для поиска же глобального миннимума надо применять специальные молекулярно-механические программы для конформационного анализа, автоматически преребирающие конформеры. Через одну из них (scan из пакета Tinker, силовое поле MMFF94) я прогнал Вашу молекулу. Получил при ограничении по энергии 20 ккал/моль 572 конформера. Они в приложенном архиве (xyz-файлы, отсортированы по энергии). Из них нужно вять несколько десятков самых стабильных (а по хорошему - все), прооптимизировать Природой или другой квантовой химией, и опять взять самые стабильные. После этой процедуры вероятность нахождения глобального минимума существенно увеличится. Но гарантии все равно не будет .