Помогите разобраться с инпутом

[shura_zd]

Доброго времени суток уважаемые форумчане!

Помогите разрешить проблему:

нужно в исходном файле test3.inp разорвать связь 1-2 однако в процессе исполнения происходит только оптимизация геометрии данной структуры. Что я делаю не так?

Заранее премного Вам благодарен!

[VTur]

У Вас же оптимизация. Все сваливается обратно в туже потенциальную яму. Вам нужно развести продукты друг от друга?

[shura_zd]

Да, мне нужно развести аммиак и ацетонитрил

[Shorku]

у вас там скан стоит?

[shura_zd]

оптимизация

[Shorku]

а с чего им тогда друг от друга отрываться?
поставьте скан и посмотрите, что получится. если я правильно понимаю, это гамесовский инпут?
или я неправильно понимаю задачу, и надо их не расчетно развести, а ручками?

[shura_zd]

- расчётно
- да это ff-инпут

[Shorku]

тогда ставьте скан. как это делается в гамесе не знаю, не пользовался

[VTur]

Вы барьер ищите или энергию разрыва связи?

[shura_zd]

с первым разобрался, помогите со следующим (text55.inp).

Значит моделирую разрыв связи и оптимизацию полученного переходного состояния. Значит при варьировании значения OPTTOL от минимального либо возникают несколько мнимых частот, либо одна либо не одной однако ни одна из них не является той которая приводила бы к образованию продукта. Стандартный вопрос: что я делаю не так?

[VTur]

"оптимизацию полученного переходного состояния"

RUNTYP=SADPOINT
не пытались сделать?

[shura_zd]

значит так я взял полученные оптимизированные координаты и запустил RUNTYP=SADPOINT и вот что из этого вышло: text56.7z. Что тут ещё можно предложить ?

[Shorku]

Во избежание недопонимания: технически существует два способа поиска переходного состояния:
а) вы знаете, откуда вы идете и куда, соответственно, если в пакет встроен алгоритм такого поиска, то скармливать надо две геометрии
б) вы находите точку максимально близкую к TS и ищете переходное состояние начиная с нее. В этом случае Вам нужно сделать скан ППЭ, скажем, по длине разрываемой связи, найти максимум на этом скане (возможно, потом сделать скан с еще меньшим шагом), и эту точку брать за стартовую.
Внимание, вопрос: что вы брали за начальное приближение для поиска TS?

[shura_zd]

Мне не известны программы реализующие подход а).
Пытаюсь сделать по методу б).

[VTur]

Если мода в явном виде не указана, то движение по координате реакции идет вдоль моды 1. Это та самая мода? Она соответствует координате реакции?
Если нет, то измените номер
IFOLOW =N
в $STATPT

[VTur]

Мне не известны программы реализующие подход а).

GAUSSIAN

[shura_zd]

Теперь программа известна спасибо однако воспользоваться ею к сожалению не удастся уж больно дорогая лицензия как для личного исспользования

[shura_zd]

прошу простить за ламерский вопрос а как определить какая именно мода мне нужна?

[VTur]

Визуализатором, по направлению наибольшего размаха колебаний (в виде векторов),
по смещениям в нужную сторону, если они выдаются во внутренних координатах (можно сделать в гессиане координатный анализ, но морока большая). Проще первый вариант.
Если рвётся связь, то брать валентное колебание этой связи, если какой-нибудь конформационный переход, то деформационное или крутильное

[Shorku]

прошу простить за ламерский вопрос а как определить какая именно мода мне нужна?

в визуализаторе посмотрите, какое из колебаний больше похоже на движение по координате вашей реакции, например